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COG: Cluster of Orthologous Groups of COG: Cluster of Orthologous Groups of proteinsproteins

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Tipos de informaciónTipos de información• Lista de todos los COGs organizados por Lista de todos los COGs organizados por

categorías funcionalescategorías funcionales• Páginas individuales de COGPáginas individuales de COG• Página de COGnitorPágina de COGnitor• Herramienta de búsqueda del patrón Herramienta de búsqueda del patrón

filogenéticofilogenético• Matriz de ocurrencia de genomas en COGs Matriz de ocurrencia de genomas en COGs

Lista de todos los COGs Lista de todos los COGs organizados por categorías organizados por categorías

funcionalesfuncionales

La lista de COGs muestra todos los COGs que están La lista de COGs muestra todos los COGs que están actualmente en la base de datosactualmente en la base de datos

número de proteínas en cada COGnúmero de proteínas en cada COG

Patrón filogenéticoPatrón filogenético

Identificador de proteínaIdentificador de proteína

Código de funciónCódigo de función

Número único de identificaciónNúmero único de identificación

Nombre descriptivo de cada COGNombre descriptivo de cada COG

Categorías Categorías funcionales:funcionales:número de COGsnúmero de COGsDominiosDominiosDescripciónDescripciónVías y sistemas Vías y sistemas funcionalesfuncionales

11 Archeaoglobus fulgidusArcheaoglobus fulgidus aa

22 Methanococcus jannaschiiMethanococcus jannaschii mm

…… …… ……

2020 Chlamydia pneumoniaeChlamydia pneumoniae nn

2121 Rickettsia prowazekiiRickettsia prowazekii xx

Cada letra representa a un organismo en particular, Cada letra representa a un organismo en particular, y tiene una posición asignada en el patróny tiene una posición asignada en el patrón

22 --m-k---vd-lb-efgh---j---- RsmC [ RsmC [J] ] COG2813 16S RNA G1207 methylase RsmC 16S RNA G1207 methylase RsmC

1) Número de 1) Número de proteínas en proteínas en

el COGel COG

2) Patrón 2) Patrón filogenéticofilogenético

3) Proteína 3) Proteína IdentificadoraIdentificadora

4) Código de 4) Código de funciónfunción

5) Número 5) Número de de

identificacióidentificaciónn

único del único del COGCOG

6) Nombre 6) Nombre descriptivo del descriptivo del

COGCOG

Páginas individuales de COGPáginas individuales de COG

Alineamiento múltiple de los miembros del COG Alineamiento múltiple de los miembros del COG producidos automáticamente usando el programa producidos automáticamente usando el programa ClustalWClustalW

Secuencias de Secuencias de residuos residuos

conservadosconservadosRelaciones Relaciones evolutivasevolutivasDendograma del cluster generado usando los Dendograma del cluster generado usando los

valores de BLAST como mediad de similitud entre valores de BLAST como mediad de similitud entre las proteínaslas proteínas

Representación gráfica de los outputs de BLAST para Representación gráfica de los outputs de BLAST para cada miembro del COG (con links a GenBank y Entrez-cada miembro del COG (con links a GenBank y Entrez-Genomes)Genomes)

Numero de prot en el COGNumero de prot en el COGCódigo de funciónCódigo de funciónPatrón filogenéticoPatrón filogenéticoNúmero unico del COGNúmero unico del COGNombre descriptivo del COGNombre descriptivo del COGVía o sistema funcionalVía o sistema funcional

Herramienta de búsqueda:Herramienta de búsqueda: Patrón filogenético Patrón filogenético

Indica la presencia o ausencia de proteínas de Indica la presencia o ausencia de proteínas de un organismo dado en un COG específicoun organismo dado en un COG específico

Letras minúsculas o guiones (-) que representan de Letras minúsculas o guiones (-) que representan de manera resumida presencia/ausencia en el COGmanera resumida presencia/ausencia en el COG

Usado de manera sistemática: permite identificar si Usado de manera sistemática: permite identificar si un vía metabólica particular existe en un organismo un vía metabólica particular existe en un organismo

(por las proteínas que presenta)(por las proteínas que presenta)

Página de COGnitorPágina de COGnitor

Input: secuencia de proteínaInput: secuencia de proteína

Programa que asigna nuevas proteínas a los COGsPrograma que asigna nuevas proteínas a los COGs

La compara con toda la base de datos de los COGs para identificar el COG al que la proteína

pertenece

Inclusión en el COG es sugerida cuando Inclusión en el COG es sugerida cuando hay BeTs con proteínas de al menos hay BeTs con proteínas de al menos

tres cladostres clados

Colocar secuencia de Colocar secuencia de aminoácidos de alguna proteína aminoácidos de alguna proteína conocida o utilizar el ejemploconocida o utilizar el ejemplo

- Información sobre el COG al que se Información sobre el COG al que se predicepredice que que pertenece la proteínapertenece la proteína

- Un gráfico BLAST mostrando regiones similares Un gráfico BLAST mostrando regiones similares entre las prot. y los alineamientos correspondientesentre las prot. y los alineamientos correspondientes

- Información del COG: Información del COG: - Letra asociada a funciónLetra asociada a función- Nombre del COGNombre del COG- Número único del COG (con hyperlink)Número único del COG (con hyperlink)

Página de COGnitorPágina de COGnitor

OUTPUTOUTPUT

COGs en el Genoma de una especie específica:Seleccionar un organismo y observar los diferentes COGs presentes