Structural and Functional Characterization of Monomeric EphrinA1 ...
NMR struktur av UbcH5b - Linköping University...Malate synthase G (MSG) from E. coli - a monomeric...
Transcript of NMR struktur av UbcH5b - Linköping University...Malate synthase G (MSG) from E. coli - a monomeric...
NMR struktur av UbcH5b
Tiopurinmetyltransferas - TPMT
TPMT
Dipolära kopplingar
Individuella magnetiska moment skapar magnetiska fält. Dessa påverkar magnetiska fält som skapas vid andranäraliggande magnetiska moment. Växelverkan sker parvis: j påverkar k samtidigt som k påverkar j. I en vätska med isotrop rörelse medelvärdas den dipolärakopplingen och endast ett kemiskt shift fås för varje atom.
Levitt
Men vad händer då molekylerna ordnar upp sig?
I en kristall beror det kemiska shiftet också på orienteringen av molekylen relativt det magnetiska fältet, eftersom molekyler med olika
orientering upplever olika ’shielding’ gentemot det yttre fältet.
Levitt
I en slumpvis orienterad fast fas får vi en apparent breddning avdet kemiska shiftet, men det är egentligen en summering av alla
de olika shift som atomerna visar.
Levitt
Hcs ∝ <3cos2θ−1>, Β0
Dipolära kopplingar är symmetriska
Precis som för J-kopplingar finns par av tillstånd, vilket ger en splittringpå två toppar i ett partiellt orienterat system (proteiner/biceller).
HDD ∝ <3cos2θ−1>, 1/r3
Storleken påkopplingen är riktningsberoende mapyttre fältet, och avståndsberoende.
I partiellt ordnade system kan vissa dipolära kopplingarkvarstå (dvs inte medelvärdas). Detta påverkar storleken
på den heteronukleära kopplingskonstanten.
Levitt
Vad händer om vi delvis orienterar molekylerna?
Ett partiellt ordnat system består till exempel av magnetiska biceller som ordnar sig partiellt i ett magnetiskt fält. Denna
ordning påverkar fördelningen av orienteringar som proteinerna i lösningen antar.
Hur ser detta ut i spektra?
Residual Dipolar Couplings (RDCs) mäts från skillnaden i kopplingskonstantmellan icke-dekopplade HSQC spektramed och utan en orienterande fas. Olikakopplingar t ex N-HN, Cα-Hα, och Cα-C kan studeras. Från denna information kan bindningsvektor-orienteringar relativtdet yttre fältet beräknas och användas i strukturberäkningar.
Vi kan orientera strukturelement gentemot det yttre fältet och på
så sätt få bättre strukturer.
RDCs i strukturbestämningar
Simon & Sattler, 2002
Lipsitz & Tjandra, 2004
Den experimentella RDCn och den teoretiskt beräknade RDCn kan användas för förfining av strukturer.
Exempel: multidomänproteiner
• Kristallografi: domänorienteringar påverkas ofta av kristallpackning
• NMR: ofta för få NOEer mellan domänerna för att definiera en orientering
Vad är verkligt?
Domänorientering i kristallstrukturen
Domänorientering i lösning m hj av RDCs
Fischer et al., Biochemistry 1999
Strukturbestämningar bara med RDCs
Bax lab, NIH Betesda; Protein Science 2005
Strukturbestämningar bara med RDCs
Strukturbestämningar bara med RDCs
RDC-bestämningen ger en öppnare struktur av domänparetän kristallografistrukturerna –även mer korrekt med biologiska data
Exempel från review Mackay09, Proteins
Hur binder ACP till LpxA?Viktigt för design av antibakteriella
inhibitorer
Exempel: Proteininteraktioner
LpxA: en trimer
ACP
Jain et al., JMB 2004
Kemisk shift-analys vid komplexbindning…
…tillsammans med RDC-mätningar…
…gav tillräckligt med information för att kunna docka de två proteinerna.
Användning av RDCs: • Förbättra strukturdata map interdomän-
orientering• Snabbt räkna om struktur där domänändringar
förväntas vid t ex ligandbindning• Förbättra kristallstrukturdata map rörliga loopar• Docking och domäninteraktioner• Struktur av stora proteiner / komplex
TROSYNMR-analys av större proteiner (> 30 kDa)
begränsas av två faktorer:
-Snabb transvers relaxation hos intressanta spinn (1H, 15N, 13C): och vi behöver ha magnetiseringen i x-y-planet
för detektion och manipulering
-Snabbare relaxation ju större proteiner
Hur gå vidare?
I ett vanligt HSQC spelar vi in 1H-15N-korrelationer, men vi dekopplar för att inte fåtopparna splittrade av J-kopplingen.
I ett kopplat S-I –system (spinn ½) påverkas den transversella
relaxationen olika för olika magnetiseringsövergångar,
beroende på specifika kemisk-shift-egenskaper och dipol-
dipol-växelverkan. Detta blir än mer uttalat för större proteiner,
och högre fält.
Figure by Sattler & Simon, 2002
Vi kan designa experiment som selektivt väljer ut den smalaste
linjen för varje multiplett!
Vi förlorar något i toppintensitet (eftersom en del av övergångarna
selekteras bort under experimentet) men vi vinner
oerhört i upplösning.
TROSY Konventionellt HSQC
För S. aureus DNA gyrase B, 45 kDa
… och så här ser skillnaden ut i 1D-spektra
Här har vi ännu högre molekylvikter!
S. aureus 7,8-dihydroneopterin aldolase(DHNA), 110 kDa
Vi kan använda dessa metoder för heteronukleär tillordning av stora proteiner.
TROSY-HNCA
Konventionellt HNCA
NMR på membranproteiner
Fernandéz & Wütrich, FEBS Lett. 2003
OBS: proverna måste prepareras, och märkas (2H, 15H, 13C)
NMR på membranproteiner
Fernandéz & Wütrich, FEBS Lett. 2003
OmpX OmpA
PagP
Malate synthase G (MSG) from E. coli - a monomeric 723-residue protein1531 NOE, 1101 dihedral angles, 415 residual dipolar coupling, and 300
carbonyl shift restraints. Tugarinov, Choy, Orekov and Kay, PNAS 2005
Är subdomänerna rörliga? Kan vi utvärdera det med NMR?