NIPT - Domus Medica · 2019-10-22 · Facts en Figures • Start methode 1 juli 2017 – ~6500...
Transcript of NIPT - Domus Medica · 2019-10-22 · Facts en Figures • Start methode 1 juli 2017 – ~6500...
NIPT
Complexe genetische analyse of accurate screening voor Down
syndroom?
Algemeen Medisch Laboratorium – Antwerpen
Dr. M. Berth
Trisomie 21 - Down
Roizen NJ, Patterson D. Lancet 2003;361 (9365):1281-9
Trisomie 21 - Down
Bunt CW, Bunt SK. Am Fam Physician 2014;90:851-8
Trisomie 18 - Edwards
Adams DJ, Clark DA. Pediatr Clin North Am 2015;62:411-26
Trisomie 13 - Patau
Adams DJ, Clark DA. Pediatr Clin North Am 2015;62:411-26
NIPT algemeen
Acroniem
Niet Invasieve Prenatale
- Diagnostiek
- Test
- Screening
Klassieke screening
ACOG Practice Bulletin No. 77. Obstet Gynecol 2007;109:217-27.
NIPT Performantie
Sensitiviteit Specificiteit
Trisomie 21 99,2% 99,9%
Trisomie 18 96,3% 99,9%
Trisomie 13 91,7% 99,9%
Gil MM et al. Ultrasound Obstet Gynecol 2015;45:249-66.
klassiek vs. NIPT
HGR nr. 8912; 2014.
HGR nr. 8912; 2014.
klassiek vs. NIPT
Vanaf 1/7/2017
Nipt Methodes
• Elke NIPT heeft sequencing als centrale technologie.
• Sequencing laat toe om de genetische code van
moeder en foetus te ontcijferen
– Laat ook toe om deze informatie terug te vertalen per
chromosoom.
– Aantallen chromosomen kunnen geteld worden.
• Er zijn verschillende soorten NIPT:
– ‘Targetted’ versus ‘whole genome’
– Commercieel versus ‘home brew’
– Geautomatiseerd versus manueel
– Verschillen in gevoeligheid
Methodes
• Flow van een staal:
– Plasma isolatie door centrifugatie
– DNA extractie (vrij circulerend DNA in maternaal bloed)
– Aanhechten ‘genetische barcode’
• Identificatie van het staal in de sequencer
– ‘Equimolair’ verdunnen van het DNA
• Elk staal gelijkwaardig behandeld in de sequencer
– ‘Poolen’ van het DNA
• Sequencer heeft voldoende capaciteit om 48 stalen in één keer te verwerken.
– Eigenlijke sequentie reactie
– Dataverwerking en rapportering
Duurtijd test
13 uur8 uur 3 uur
Facts en Figures
• Start methode 1 juli 2017
– ~6500 stalen gelopen
• 1300 stalen per maand
• 16.000 stalen per jaar
• 15 à 20% van de Belgische NIPTs
– Gemiddelde duur resultaat gekend: 59 uur
– 0,12% antwoorden we niet (te weinig cfDNA)
• Ongeveer 1,7% stalen twee keer gelopen
– Afwijkende stalen
• T21: 26 positief (4 vals positief)
• T18: 6 positief
• T13: 7 positief
• SCA: 12 positief
– X0 (Turner): 7
– XXY (Klinefelter): 3
– XYY (Jacobs): 2
Predictieve waarde van een test?
Het theorema van Bayes (ook regel van Bayes of stelling van Bayes) is een
regel uit de kansrekening die de kans dat een bepaalde mogelijkheid ten
grondslag ligt aan een gebeurtenis uitdrukt in de voorwaardelijke kansen op
de gebeurtenis bij elk van de mogelijkheden.
(de predictieve waarde van een test is afhankelijk van de prevalentie van de
ziekte in de onderzochte populatie)
(de kans dat bij een positief of een negatief resultaat er inderdaad wel of geen
ziekte aanwezig is)
Wikipedia
Predictieve waarde
Predictieve waarde van een test?
NIPT
De negatief predictieve waarde (NPV) is steeds heel hoog
gezien de lage prevalentie van de drie momenteel
opgespoorde trisomieën, m.a.w een negatief resultaat is
meestal juist.
De positief predictieve waarde (PPV) daarentegen...
Een positief resultaat is niet altijd voorspellend voor de
aanwezigheid van een trisomie!
Predictieve waarde
Practice Bulletin No.163 Obstet Gynecol 2016;127:979-81.
Prevalentie
Leeftijd moeder Risico trisomie 21 (1/)
20 1480
25 1340
30 940
35 353
40 85
45 35
Screening bij 10000 vrouwen 20 jaar oud; prevalentie Down 1/1480 (=0,07%)
Klassiek NIPT
Down Geen Down
7 9993
Screening + 6 500
Screening - 1 9493
Gevoeligheid screening: 85%
Specificiteit screening: 95%
Positief predictieve waarde: 1,2%
Down Geen Down
7 9993
Screening + 7 10
Screening - 0 9983
Gevoeligheid screening: 99,2%
Specificiteit screening: 99,9%
Positief predictieve waarde: 41%
klassiek vs. NIPT
Screening bij 10000 vrouwen 35 jaar oud; prevalentie Down 1/353 (=0,28%)
Klassiek NIPT
Down Geen Down
28 9972
Screening + 24 499
Screening - 4 9473
Gevoeligheid screening: 85%
Specificiteit screening: 95%
Positief predictieve waarde: 4,6%
Down Geen Down
28 9972
Screening + 28 10
Screening - 0 9962
Gevoeligheid screening: 99,2%
Specificiteit screening: 99,9%
Positief predictieve waarde: 74%
klassiek vs. NIPT
NIPT
Taneja et al. Prenat Diagn 2016;36:237-43.
Pitfalls...
Gregg A et al, Genet Med 2016;18:1056-65.
Practice Bulletin No. 163 Obstet Gynecol 2016;127:979-81.
Pitfalls...
Slide van Illumina. Dank!!
Pitfalls...
HGR nr. 8912; 2014.
?
Pitfalls...
- Vanishing twins, placentair mosaicisme.
- Aanwezigheid vreemd DNA bij moeder of
genetische varianten van de moeder.
- Enkel de drie klassieke trisomieën.
- Geen neurale buis defecten: 2e trimester
AFP is nog steeds relevant.
- Echografie!!
Pitfalls...
Geslachtsbepaling...
- Geen probleem als XY of XX.
- Echter bij varianten
- performantie van de test: minder
gedocumenteerd!
- klinische betekenis van XXX, XYY, ...?
- ethisch probleem?
De toekomst
- klinisch relevante copy number variants
- vergt uitgebreide klinische validatie met
gestandaardiseerde testen!
- meer invasieve diagnostiek...
- varianten met ongekende klinische betekenis?
- ethiek?
NIPT Aanvraag
NIPT Aanvraag
NIPT Bloedafname
NIPT Resultaat
NIPT Resultaat
Besluit
- NIPT is een zeer goede screeningstest (NIPS).
- Positieve resultaten vereisen invasieve testing.
- Frequentie van testfalen is methode afhankelijk en
heeft een belangrijke klinische impact.
- Enkel trisomie 21, 18, 13. Echografie blijft
belangrijk!
- Ethisch gezien momenteel geen verschil t.o.v. de
klassieke screening (behalve geslacht).
- Eenvoudige aanvraag, eenduidig resultaat.
Einde
NIPT
Een complexe genetische analyse en
een accurate screening voor Down syndroom!