NCBIoNotifier: Um Aplicativo Móvel para Notificar Pesquisadores Sobre Atualizações em Bancos de...
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NCBIoNotifier: Um Aplicativo Móvel para
Notificar Pesquisadores Sobre Atualizações
em Bancos de Dados do National Center
For Biotechnology Information
Pontifícia Universidade Católica de Minas Gerais
Sistemas de Informação
Aluno: Matteus Barbosa dos Santos
Orientador: Saulo Augusto de Paula Pinto
Belo Horizonte
Dezembro de 2017
Introdução
Buscas em bancos de dados de expressão gênica do
Centro Nacional de Informações Biotecnológicas
(NCBI)
“... um considerável número de recursos foram criados
para resolver esta questão...” (GEER, L. Y., 2009,
tradução nossa)
ZHU Y. et al já destacaram a “suma importância de
que pesquisadores utilizem métodos eficientes,
flexíveis, e poderosos para obter dados...” (ZHU Y. et
al, 2008, tradução nossa)
Introdução
Identificação
My NCBI – Saved Searches
Termos
Assinatura de e-mail
Agendamento
Formatos*
Tamanho da remessa
Formulário de criação de alerta em “Pesquisa Salva”
Fonte: Portal NCBI / Pesquisas Salvas (My NCBI Help, 2015).
Mensagem opcional e-mail
Definição do Problema
Consumo de tempo do pesquisador ao recuperar e
filtrar os dados considerados atualizados
Pesquisas repetitivas (manuais)
Identificação de alterações
Mobilidade da informação
Motivação e Objetivos
Possibilidade de automatizar pesquisas de rotina
Recursos disponíveis em plataformas móveis
Implementar um aplicativo móvel notificador
Publicar o aplicativo na Play Store e na Apple Store
Permitir a extensão do aplicativo a novos suportes
Manter o pesquisador informado a respeito de seus
termos de interesse, periodicamente
Trabalhos relacionados
GEOMetaDB
Extração de informação útil do NCBI GEO
PHP e MySQL
Armazena metadados e relações entre experimentos
resultantes de pesquisas
Trabalhos relacionados
Search NCBI Extração de informação
útil de 50 bases do NCBI
Nativo
Formulário de criação de pesquisa
Fonte: App Search NCBI
Desenvolvimento
IDE Intel XDK
Simulação e debugging
Geração do pacote Cordova
Framework de Programação Apache Cordova 6.3
Plataforma para a construção de aplicações móveis nativas
usando HTML, CSS e JavaScript
Plugins
Compilação via comandos cordova
Desenvolvimento
Visão de módulos: Inclusão de um novo suporte a consultas
Fonte: Esboço do autor
Desenvolvimento
Compilação de aplicações móveis nativas usando
HTML, CSS e JavaScript
JavaScript
Linguagem principal
Bootstrap
Framework de componentes de interface
jQuery
Framework de interações com componentes da interface
Requisições AJAX ao webservice
Desenvolvimento
Plugins Cordova
Armazenamento
IndexedDB
LocalStorage
Notificação
Local Notifications
Desenvolvimento Obtenção de resultados de forma programada
Desenvolvimento
Telas do NCBIoNotifier
Fonte: Aplicativo NCBIoNotifier
Desenvolvimento
Formulário de agendamento de consulta
Fonte: Aplicativo NCBIoNotifier
Identificação
Termos
Ordenação
Frequência
Horário
Formulário “Pesquisa Salva”
Fonte: Portal NCBI / Pesquisas Salvas
(My NCBI Help, 2015).
Desenvolvimento
Aplicativo NCBIoNotifier
Fonte: Apple Store
Aplicativo NCBIoNotifier
Fonte: Play Store
Resultados
Exibição dos resultados
Fonte: Aplicativo NCBIoNotifier
Exibição das notificações
Fonte: Esboço do autor
Resultados
Pesquisa TermosBanco de
dadosFrequência
R1
(1º dia)
R2
(2º dia)
R3
(3º dia)
depressãobicoid OR bcd)
AND Drosophilamedgen
semanal
12:000 0 0
depressãobicoid OR bcd)
AND Drosophilapubmed
mensal
12:004 4 0
genes GABAGABA OR GAD OR
DBIgene
diário
6:001 0 0
DopaminaDAT OR DRD OR
COMT protein
diário
12:000 3 0
serotonina5-HTTLPR OR
HTR1A OR HTR2Aprotein
mensal
12:009 0 2
cancer cancer proteinsemanal
6:003674 3254 3112
Conclusão
Espera-se que o resultado obtido na produção do NCBIoNotifier a partir
da IDE Intel XDK e seu suporte a plugins do Framework Apache Cordova
contribua com a comunidade internacional de pesquisadores e incentive a
produção de soluções híbridas, por parte de desenvolvedores do nicho,
que facilitem rotinas de pesquisadores.
Trabalhos futuros
A criação de suportes para mais bancos de dados é imprescindível
para que o aplicativo ganhe popularidade no meio em que pretende
se inserir.
Referências Bibliográficas
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https://developer.mozilla.org/pt-BR/docs/IndexedDB/Usando_IndexedDB.
Acesso em 24/04/2017.
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Disponível em: https://software.intel.com/en-us/xdk/blog/what-is-crosswalk.
Acesso em: 24/04/2017.
Intel Software. Simulate Tab Limitations. Disponível em:
https://software.intel.com/en-us/xdk/docs/intel-xdk-simulator-limitations.
Acesso em 29/04/2017.
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Parameters, Syntax and More. Disponível em:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK25499/#chapter4. Acesso em:
10/04/2017.
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Disponível em:
https://projects.apache.org/project.html?cordova. Acesso em: 03/06/2017.
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Acesso: abril / 2017.
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Acids Research. v. 39, n. 1, p. 1, Jan. 2005.
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Data. In Nucleic Acids Research. v. 39, n. 1, p. 1, Nov. 2016.
W3C. Web Storage: Recommendation 30 July 2013. Disponível em:
https://www.w3.org/TR/webstorage/. Acesso em: 23/04/2017.
Apache Cordova. Local Storage. Disponível em:
https://cordova.apache.org/docs/en/latest/cordova/storage/storage.html. Acesso
em: 24/04/2017
GIL, A. C. Como elaborar projetos de pesquisa.. 4. ed. São Paulo: Atlas, 2002.
Disponível em:
https://professores.faccat.br/moodle/pluginfile.php/13410/mod_resource/content/1/
como_elaborar_projeto_de_pesquisa_-_antonio_carlos_gil.pdf. Acesso:
novembro/2016.
Referências Bibliográficas
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domain database. Oxford University Press: BIOINFORMATICS APPLICATIONS
NOTE. San Francisco, v. 31 n. 1, p. 134 -136, Sep. 2014.
Zhu Y. et al. GEOmetadb: powerful alternative search engine for the Gene
Expression Omnibus. Oxford University Press: BIOINFORMATICS APPLICATIONS
NOTE. Bethesda, v. 24, n. 23, p. 2798-2800, Oct. 2008.
Davis, S., Meltzer, P. S. GEOquery: a bridge between the Gene Expression
Omnibus (GEO) and BioConductor. Oxford University Press: BIOINFORMATICS
APPLICATIONS NOTE, Bethesda, v. 23 n. 14, p. 1846–1847, May. 2007.
Edgar, R. et al. (2002) Gene Expression Omnibus: NCBI gene expression and
hybridization array data repository. Oxford University Press: Nucleic Acids
Research, Bethesda, v. 30, n. 1, p. 207-210, Oct. 2001.
Ganguli, S. et al. Intelligent Access to Sequence and Structure Databases (IASSD)
− an Interface for Accessing Information from Major Web Databases.
Bioinformation, v. 10, n.12, p. 764–766, Oct. 2016.
Sayers, E. Entrez Programming Utilities Help. National Center for Biotechnology
Information (US). 2010. Disponível: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK25501/
Acesso: novembro / 2016.
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