Mikroskop konfokalny a fluorescencyjny • Dekonwolucja...
Transcript of Mikroskop konfokalny a fluorescencyjny • Dekonwolucja...
![Page 1: Mikroskop konfokalny a fluorescencyjny • Dekonwolucja ...konfokal.nencki.gov.pl/Prezentacja2.pdf · Komputerowa obróbka i analiza obrazu. • Mikroskop konfokalny a fluorescencyjny](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022050414/5f8b11efe5fd7826fa6935e0/html5/thumbnails/1.jpg)
Komputerowa obróbka i analiza obrazu.
• Mikroskop konfokalny a fluorescencyjny • Dekonwolucja• Oprogramowanie• Techniki obróbki i analizy.
![Page 2: Mikroskop konfokalny a fluorescencyjny • Dekonwolucja ...konfokal.nencki.gov.pl/Prezentacja2.pdf · Komputerowa obróbka i analiza obrazu. • Mikroskop konfokalny a fluorescencyjny](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022050414/5f8b11efe5fd7826fa6935e0/html5/thumbnails/2.jpg)
Mikroskop konfokalny
Zalety:– Lepsza rozdzielczość i
kontrast– Rejestrowanie obrazów
cienkich warstw preparatu
Wady:– Powolny– Obraz o słabej
intensywności– Drogi
![Page 3: Mikroskop konfokalny a fluorescencyjny • Dekonwolucja ...konfokal.nencki.gov.pl/Prezentacja2.pdf · Komputerowa obróbka i analiza obrazu. • Mikroskop konfokalny a fluorescencyjny](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022050414/5f8b11efe5fd7826fa6935e0/html5/thumbnails/3.jpg)
Porównanie obrazów.
Mikroskop Fluorescencyjny Zastosowanie algorytmu Dekonwolucji
![Page 4: Mikroskop konfokalny a fluorescencyjny • Dekonwolucja ...konfokal.nencki.gov.pl/Prezentacja2.pdf · Komputerowa obróbka i analiza obrazu. • Mikroskop konfokalny a fluorescencyjny](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022050414/5f8b11efe5fd7826fa6935e0/html5/thumbnails/4.jpg)
Dekonwolucja. Algorytmy dekonwolucji służą do likwidacji zakłóceń, które wpłynęły na
jakość obrazu. Oryginalny Blind
Zdjęcie: M. Zaremba
![Page 5: Mikroskop konfokalny a fluorescencyjny • Dekonwolucja ...konfokal.nencki.gov.pl/Prezentacja2.pdf · Komputerowa obróbka i analiza obrazu. • Mikroskop konfokalny a fluorescencyjny](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022050414/5f8b11efe5fd7826fa6935e0/html5/thumbnails/5.jpg)
Dekonwolucja. Algorytmy dekonwolucji służą do likwidacji zakłóceń, które wpłynęły na
jakość obrazu. Inverse Filter Gold’s Method
![Page 6: Mikroskop konfokalny a fluorescencyjny • Dekonwolucja ...konfokal.nencki.gov.pl/Prezentacja2.pdf · Komputerowa obróbka i analiza obrazu. • Mikroskop konfokalny a fluorescencyjny](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022050414/5f8b11efe5fd7826fa6935e0/html5/thumbnails/6.jpg)
• ImageJ• Leica Confocal Software• Leica AF
Oprogramowanie
![Page 7: Mikroskop konfokalny a fluorescencyjny • Dekonwolucja ...konfokal.nencki.gov.pl/Prezentacja2.pdf · Komputerowa obróbka i analiza obrazu. • Mikroskop konfokalny a fluorescencyjny](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022050414/5f8b11efe5fd7826fa6935e0/html5/thumbnails/7.jpg)
ImageJ
Formaty plików:
•TIFF, pojedynczy oraz multi-plik(serie) •Otwiera i zapisuje w wielu formatach (BMP,GIF, JPG, PNG, …)•Pluginy dla specjalnych formatów (Leica,Zeiss LSM, DICOM,...) •Raw - jeżeli znamy parametry zdjęcia•Eksportowanie serii zdjęć jako filmów(avi, quicktime, animowany GIF)
![Page 8: Mikroskop konfokalny a fluorescencyjny • Dekonwolucja ...konfokal.nencki.gov.pl/Prezentacja2.pdf · Komputerowa obróbka i analiza obrazu. • Mikroskop konfokalny a fluorescencyjny](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022050414/5f8b11efe5fd7826fa6935e0/html5/thumbnails/8.jpg)
Techniki obróbki i analizy obrazuTechniki obróbki i analizy obrazu
![Page 9: Mikroskop konfokalny a fluorescencyjny • Dekonwolucja ...konfokal.nencki.gov.pl/Prezentacja2.pdf · Komputerowa obróbka i analiza obrazu. • Mikroskop konfokalny a fluorescencyjny](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022050414/5f8b11efe5fd7826fa6935e0/html5/thumbnails/9.jpg)
Redukcja szumów.
Pojedynczy obraz.
Oryginalny Mean Median
Zdjęcie: mgr G. Schneider
![Page 10: Mikroskop konfokalny a fluorescencyjny • Dekonwolucja ...konfokal.nencki.gov.pl/Prezentacja2.pdf · Komputerowa obróbka i analiza obrazu. • Mikroskop konfokalny a fluorescencyjny](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022050414/5f8b11efe5fd7826fa6935e0/html5/thumbnails/10.jpg)
Redukcja szumów.
Seria czasowa - Filtr Kalmana
Zdjęcie: mgr A. Sozańska
Seria w osi Z – Median3D
Zdjęcie: mgr G. Schneider
![Page 11: Mikroskop konfokalny a fluorescencyjny • Dekonwolucja ...konfokal.nencki.gov.pl/Prezentacja2.pdf · Komputerowa obróbka i analiza obrazu. • Mikroskop konfokalny a fluorescencyjny](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022050414/5f8b11efe5fd7826fa6935e0/html5/thumbnails/11.jpg)
Praca ze zdjęciami LUT oraz RGB
Zdjęcie: dr G. Wilczyński
R G B RGB
![Page 12: Mikroskop konfokalny a fluorescencyjny • Dekonwolucja ...konfokal.nencki.gov.pl/Prezentacja2.pdf · Komputerowa obróbka i analiza obrazu. • Mikroskop konfokalny a fluorescencyjny](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022050414/5f8b11efe5fd7826fa6935e0/html5/thumbnails/12.jpg)
Praca ze zdjęciami LUT oraz RGB
Zdjęcie: mgr K. Szydłowska
Zdjęcie: mgr M. Stefaniuk
![Page 13: Mikroskop konfokalny a fluorescencyjny • Dekonwolucja ...konfokal.nencki.gov.pl/Prezentacja2.pdf · Komputerowa obróbka i analiza obrazu. • Mikroskop konfokalny a fluorescencyjny](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022050414/5f8b11efe5fd7826fa6935e0/html5/thumbnails/13.jpg)
Pomiary i Analiza.
Zdjęcie: Z. Kurowska
Obliczanie ilości komórek.
![Page 14: Mikroskop konfokalny a fluorescencyjny • Dekonwolucja ...konfokal.nencki.gov.pl/Prezentacja2.pdf · Komputerowa obróbka i analiza obrazu. • Mikroskop konfokalny a fluorescencyjny](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022050414/5f8b11efe5fd7826fa6935e0/html5/thumbnails/14.jpg)
Pomiary i Analiza.
Zdjęcie: dr G. Wilczyński
Pomiar intensywności w czasie.
![Page 15: Mikroskop konfokalny a fluorescencyjny • Dekonwolucja ...konfokal.nencki.gov.pl/Prezentacja2.pdf · Komputerowa obróbka i analiza obrazu. • Mikroskop konfokalny a fluorescencyjny](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022050414/5f8b11efe5fd7826fa6935e0/html5/thumbnails/15.jpg)
Pomiary i Analiza.
Zdjęcie: mgr K. Szyfłowska
Pomiar intensywność.
![Page 16: Mikroskop konfokalny a fluorescencyjny • Dekonwolucja ...konfokal.nencki.gov.pl/Prezentacja2.pdf · Komputerowa obróbka i analiza obrazu. • Mikroskop konfokalny a fluorescencyjny](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022050414/5f8b11efe5fd7826fa6935e0/html5/thumbnails/16.jpg)
Pomiary i Analiza.
Zdjęcie: mgr A. Sozańska
Śledzenie obiektów: ręczne i automatyczne.
![Page 17: Mikroskop konfokalny a fluorescencyjny • Dekonwolucja ...konfokal.nencki.gov.pl/Prezentacja2.pdf · Komputerowa obróbka i analiza obrazu. • Mikroskop konfokalny a fluorescencyjny](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022050414/5f8b11efe5fd7826fa6935e0/html5/thumbnails/17.jpg)
Obrazowanie 3D• Renderowanie powierzchni.
Zdjęcie: dr K. Kwiatkowska
![Page 18: Mikroskop konfokalny a fluorescencyjny • Dekonwolucja ...konfokal.nencki.gov.pl/Prezentacja2.pdf · Komputerowa obróbka i analiza obrazu. • Mikroskop konfokalny a fluorescencyjny](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022050414/5f8b11efe5fd7826fa6935e0/html5/thumbnails/18.jpg)
Dziękuję za uwagę!