Tu juan  dar i   pewarnaan  ada lah  untuk  memudahkan  me l iha t  bak te r i  dengan  mik roskop ,memper je las  uku ran  dan  ben tuk  bak ter i ,   un tuk  me l iha t   s t ruk tu r   lua r  dan  s t ruk tu r  da lam bakteri seperti dinding sel dan vakuola, menghasilkan sifat-sifat fisik dan kimia yang khas daripada bakteri dengan zat warna,serta meningkatkan kontras mikroorganisme dengan sekitarnya (Pelczar & Chan, 1986; Volk & Wheeler, 1993; Lim, 1998).

Ada beberapa faktor yang mempengaruhi pewarnaan bakteri yaitu fiksasi, pelunturwarna,sub t ra t ,   in tens i f i kas i   pewarnaan  dan  penggunaan  za t  warna  penu tup.  Pewarnaan  g ram pertama kali mulai dikembangkan pada tahun 1884 oleh ahli histologi yaitu Cristian Gram (Cappuccino & Sherman, 1983).

Contoh bakteri yang tergolong bakteri tahan asam, yaitu dari genus Mycobacterium dan beberapa spesies tertentu dari genus Nocardia. Bakteri-bakteri dari kedua genus ini diketahui m e m i l i k i   s e j u m l a h   b e s a r   z a t   l i p o d i a l   ( b e r l e m a k )   d i   d a l a m  d i n d i n g   s e l n y a   s e h i n g g a menyebabkan dinding sel tersebut relatif tidak permeabel terhadap zat-zat warna yang umum sehingga sel bakteri tersebut tidak terwarnai oleh metode pewarnaan biasa, seperti pewarnaan sederhana atau Garm (Ratna, 1993; Dwidjoseputro, 1994).

Tu juan dar i pe rcobaan in i ada lah dapat me lakukan pembuatan p repara t da r i bahan yang   b e r a s a l   d a r i   p e n d e r i t a   b a i k   i t u   d e n g a n   m e d i a   c a i r   d a n  m e d i a   p a d a t . D a p a t   m e l a k u k a n  pengecatan bakteri khususnya dapat membedakan bakteri gram positif dan bakteri gramnegatif. Mikroorganisme merupakan populasi makhluk hidup di alam yang jumlahnya sangat besar namun, semua mikroorganisme mempunyai morfologi, struktur dan sifat-sifat yang khas,sama halnya dengan bakteri. Bakteri yang hidup hampir tidak berwarna dan kontras dengan air. Pengecatan dan pewarnaan merupakan salah satu cara untuk mengamati sel-sel bakteri (Sutedjo, 1991).

B a k t e r i - b a k t e r i   d a r i   g e n u s   M y c o b a c t e r i u m   d a n   s p e s i e s  t e r t e n t u   d a r i   g e n u s   N o c a r d i a mengandung  se jumlah besar   za t   l ipo ida l   (be r lemak)  d i  da lam d ind ing  se lnya  seh inggamenyebabkan dinding sel tersebut relatif tidak permeabel terhadap zat-zat warna yang umum seh ingga  se l  bak te i   te rsebu t   t i dak   te rwarna i  o leh  pewarnaan  b iasa ,  seper t i  pewarnaansederhana atau Gram. Kelompok bakteri tahan asam ini juga dapat hidup sebagai flora normal pada  usus   te rnak  unggas ,  dengan  demik i an  sumber   te rsebu t  memudahkan  da lam upayamendapatkan isolat bekteri yang tahan asam (Cappuccino & Sherman, 1983)

Berbaga i  macam  t ipe  mor fo log i  bak te r i   ( kokus ,  bas i l ,   sp i r i l um,  dan  sebaga inya)  dapa tdibedakan dengan menggunakan pewarna sederhana. Istilah ”pewarna sederhana” dapatdiartikan dalam mewarnai sel-sel bakteri hanya digunakan satu macam zat warna saja (Gupte,1990) .  

Kebanyakan  bak te r i  mudah bereaks i  dengan  pewarna-pewarna  sederhana  ka renasitoplasmanya bersifat basofilik (suka akan basa) sedangkan zat-zat warna yang digunakanuntuk pewarnaan sederhana umumnya bersifat alkalin (komponen kromoforiknya bermuatan positif). Faktor-faktor yang mempengaruhi pewarnaan bakteri yaitu fiksasi, peluntur warna ,substrat, intensifikasi pewarnaan dan penggunaan zat warna penutup. Suatu preparat yangsudah meresap suatu zat warna, kemudian dicuci dengan asam encer maka semua zat warnaterhapus. sebaliknya terdapat juga preparat yang tahan terhadap asam encer. Bakteri-bakteriseperti ini dinamakan bakteri tahan asam, dan hal ini merupakan ciri yang khas bagi suatuspesies (Dwidjoseputro, 1994).

Za t warna ada lah senyawa k im ia berupa garam-garam yang sa lah sa tu ionnya berwarna. Garam terdiri dari ion bermuatan positif dan ion bermuatan negatif. Senyawa-senyawa kimiaini berguna untuk membedakan bakteri-bakteri karena reaksinya dengan sel bakeri akanmember ikan  warna  berbeda .  Perbedaan   in i lah  yang  d igunakan  sebaga i  dasar  pewarnaan  bakteri (Sutedjo, 1991).

Sel-sel warna dapat dibagi menjadi dua golongan yaitu asam dan basa. Jika warna terletak  pada muatan positif dari zat warna, maka disebut zat warna basa. Jika warna terdapat padaion negat i f , maka d isebu t za t warna asam. Contoh za t warna basa ada lah methy len b lue , safranin, netral red, dan lain-lain. Sedangkan anionnya pada umumnya adalah Cl-, SO4-,CH3COO-, COOHCOO. Zat warna asam umumnya mempunyai sifat dapat bersenyawa lebihcepat dengan bagian sitoplasma sel sedangkan zat warna basa mudah bereaksi dengan bagian- bagian inti sel. Pewarnaan bakteri dipengaruhi oleh faktor-faktor seperti: fiksasi, peluntur  warna, substrat, intensifikasi pewarnaan dan penggunaan zat warna penutup (Sutedjo, 1991).

Sel–sel bakteri mempunyai muatan yang agak negatif bila pH lingkungannya mendekatinetral. Muatan negatif dari sel bakteri akan bergabung dengan muatan positif dari ion zat