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Hopitaux Universitaires Pitié Salpêtrière - Charles Foix édition du 5 mars 2015

Laboratoire de Virologie

Bilan d'AES (Patient source)

- Echantillon : Sang veineux - Délai de rendu : 4 H

- Conditionnement : 2 X Tube PET SST bouchon jaune sans anticoagulant avec gel séparateur vide

5ml (SSTIIAdvance) BD (367955) - Volume mini : 2

- Instructions : Ce bilan AES (Ag+Ac anti-VIH 1&2, AgHBs, Ac anti-VHC) est réalisé aux heures

d'ouverture du laboratoire. Il confirme le test rapide d'orientation diagnostique ac anti-VIH et complète

le bilan réalisé en garde.

- Transport délai : le plus rapidement possible - Transport température : t. ambiante

Biologie moléculaire des virus des hépatites; HCV Recherche de mutations de

Résistance NS3

- Echantillon : Sang veineux - Délai de rendu : 2 S

- Conditionnement : 2 X Tube PET bouchon violet anticoagulant EDTA-K2 vide 6ml BD (367864) -

Volume mini : 2

- Instructions : Prescriptible dans le cas d'une charge virale VHC connue positive.

Cette recherche sera adaptée en fonction des traitements reçus et uniquement si ceux-ci sont

précisés.

En cas de demande extérieure à l'hôpital, merci de joindre un bon de commande et de préciser

l'adresse de rendu des résultats.

Centrifugation des tubes dans les 24H, conserver 48H le plasma entre 2 et 8 °C ou congeler le

plasma au moins à -70°C. Envoi en glace ou carboglace.

Centrifugation 800-1600g pendant 20minutes à température ambiante.

- Transport délai : <24H - Transport température : t. ambiante

Secteurs d’activité

Localisation labo - lieux réceptions

échantillons (n° bâtiment GHPS)

Horaires réception échantillons

N° téléphone

Du lundi au vendredi

samedi Dimanche et jours fériés

Jour Cervi 1er étage (82) 8h à 18h15 Fermé 01 42 17 74 21 réception

Nuit (AES) Gaston Cordier 1er étage (12)

18h30 à 8h 01 42 17 75 65 bip 765

Dimanche et jours fériés (AES)

Bactériologie Pharmacie 2e étage (89)

8H à

18h30 01 42 16 20 85


Biologie moléculaire des virus des hépatites; Hépatite B Charge virale

- Echantillon : - Délai de rendu : 6 J


Volume mini : 2

- Instructions : En cas de demande extérieure à l'hôpital, merci de joindre un bon de commande et

de préciser l'adresse de rendu des résultats.

Si délai d'acheminement >24 heures, le plasma est aliquoté et envoyé dans de la glace ou dans de la

carboglace.

Centrifugation des tubes de prélèvement à 800-1600g pendant 20 minutes à température ambiante.

- Transport délai : <24h - Transport température : t. ambiante

Biologie moléculaire des virus des hépatites; Hépatite B Génotype

- Echantillon : - Délai de rendu : 2 S


Volume mini : 2

- Instructions : Prescriptible dans le cas d'une charge virale VHB positive.




carboglace.



Biologie moléculaire des virus des hépatites; Hépatite C Charge virale

- Echantillon : Sang veineux - Délai de rendu : 6 J


Volume mini : 2








Biologie moléculaire des virus des hépatites; Hépatite C Génotype



Volume mini : 2








Biologie moléculaire des virus des hépatites; Hépatite Delta Charge virale



Volume mini : 2



Renseignements cliniques obligatoires justifiant la demande.


carboglace.



Biologie moléculaire des virus des hépatites; Hépatite E Charge virale



Volume mini : 2

- Instructions : Renseignements obligatoires justifiant la demande.




carboglace.




Biologie moléculaire des virus des hépatites; VHB Recherche de mutations de résistance

Polymérase



Volume mini : 2

- Instructions : Prescriptible dans le cas d'une charge virale VHB positive.Cette recherche sera

adaptée en fonction des traitements reçus et uniquement si ceux-ci sont précisés.




carboglace.



Biologie moléculaire des virus des hépatites; VHC Recherche de mutations de

Résistance NS5



Volume mini : 2


Cette recherche sera adaptée en fonction des traitements reçus et uniquement si ceux-ci sont

précisés.







Charge virale du VIH-1



Volume mini : 1

- Instructions : Renseignements cliniques justifiant la demande.

Information sur d'éventuel traitement.



Si délai d'acheminement > 24 heures, le plasma (et le culot globulaire si besoin) est aliquoté et envoyé

dans de la carboglace.

Centrifugation des tubes de prélèvement 800-1600g pendant 20 minutes à température ambiante.



Charge virale du VIH-1

- Echantillon : Liquide céphalo rachidien - Délai de rendu : 1 J

- Conditionnement : 1 X Tube PET bouchon translucide sans additif vide 3ml BD (362725) -

Volume mini : 40gouttes



Si délai d'acheminement> 24H, congeler à -20°C.

Envoi dans de la carboglace.


Charge virale Hépatite E


- Conditionnement : 1 X Flacon polypropylène bouchon rouge vissé avec spatule 180ml (TP53020)

- Volume mini :



La durée maximale de conservation de l' échantillon est de 48 heures à +4°C.


Dépistage moléculaire du VIH-1 chez le nouveau-né


- Conditionnement : 1 X Tube PET bouchon violet translucide anticoagulant EDTA -K3 vide 3ml BD

(368857) - Volume mini : 1

- Instructions : Feuille de demande spécifique à compléter.



Au delà de 24 heures, le plasma et le culot globulaire sont aliquotés, congelés et envoyés dans de la

carboglace.

Centrifugation des tubes de prélèvement à 800-1600g pendant 20minutes à température ambiante.


Dépistage rapide du VIH

- Echantillon : - Délai de rendu : 1 H



- Instructions : Mention obligatoire de l'AES

Indication d'un poste de médecin a rappeler

En cas d'envoi, l'échantillon est centrifugé, aliquoté et transporté dans de la glace.

- Transport délai : Le plus court - Transport température : t. ambiante


Génotype de résistance du VIH-1



Volume mini : 1

- Instructions : Les renseignements cliniques et l'historique thérapeutique sont obligatoires (feuille de

demande spécifique).








- Echantillon : Liquide céphalo rachidien - Délai de rendu : 2 S













Volume mini : 1





Si délai d'acheminement > 24 heures, le plasma et le culot globulaire sont aliquotés, congelés et

envoyés dans de la carboglace.







Volume mini : 1









Génotype de Résistance du VIH-1



Volume mini : 1












Volume mini : 1
































Génotype de Résistance du VIH-1 Détermination du tropisme



Volume mini : 1










Génotype de Résistance du VIH-1 Détermination du tropisme











Génotype de résistance du VIH-1; Détermination du tropisme



Volume mini : 1









Recherche de génome viral par amplification génique (PCR) CMV







Volume minimum accepté 10 gouttes (5 analyses max)







Volume mini : 3 mL




Un minimum de 10 gouttes est requis pour les prélèvements de vitré, ponction de chambre antérieure

et humeur aqueuse.





- Conditionnement : 1 X V Monovette Z urine vide 4ml bouchon jaune ( ref 11.2252001 sur boite)

Sarstedt - Volume mini : 4 mL




Urine fraichement émise sans lavage ni désinfection du méat.



Recherche de génome viral par amplification génique (PCR) HSV



Volume mini : 1







Recherche directe des virus; Recherche de génome viral par amplication génique (PCR)

Adénovirus



Volume mini : 1






Recherche directe des virus; Recherche de génome viral par amplification génique

(PCR)


- Conditionnement : 1 X Ecouvillon stérile avec milieu de transport - Volume mini :




Prélèvement cutanéo-muqueux avec un écouvillon stérile qui doit être exprimé dans un tube de milieu

de transport.

Prélèvement de vésicule, il est capital d'intervenir avant toute application de topique. Si les lésions

sont surinfectées les nettoyer délicatement avec un coton stérile imbibé de sérum physiologique.

Si du liquide de vésicule parait possible à prélever, ponctionner le maximum de liquide à la seringue et

le transférer dans le tube de milieu de transport en aspirant du milieu et en refoulant trois fois. Dans

tous les cas, prélever aussi par écouvillonnage la périphérie du plancher de la lésion (zone active), si

besoin après rupture du toit de la vésicule au vaccinostyle ou à l'aiguille.




(PCR)



Volume mini :




Nature de prélèvement: Biopsie





(PCR)

- Echantillon : Tout liquide de ponction - Délai de rendu : 2 J


Volume mini : 3 mL







(PCR)



Volume mini :








(PCR)



Volume mini :









(PCR)



Volume mini : 3 mL







(PCR) Adénovirus



Volume mini :








(PCR) Adénovirus


- Conditionnement : 1 X Flacon polypropylène bouchon rouge vissé avec spatule 180ml (TP53020)

- Volume mini :








(PCR) Adénovirus











(PCR) Adénovirus

- Echantillon : Liquide amniotique - Délai de rendu : 3 J

- Conditionnement : 1 X Flacon bouchon rouge vissé polypropylène 40ml stérile (FP40VPS) -

Volume mini : 5mL


Joindre à la feuille de demande, le compte rendu de l'amniocentèse et le consentement de la patiente.






(PCR) Adénovirus







de transport.











(PCR) Adénovirus



Volume mini : 3 mL







(PCR) Adénovirus dans prélèvement respiratoire


- Conditionnement : 1 X - Volume mini : 1mL

- Instructions : Renseignements cliniques justifiant la demande



Aspiration naso-pharyngée, aspiration trachéale (Tube PET bouchon translucide sans additif vide 3

mL BD réf362725)

Ecouvillon nasal (prélèvement sur système Virocult ou écouvillon exprimé dans un milieu de transport

pour virus).




(PCR) CMV


- Conditionnement : 1 X - Volume mini :




Prélèvement avec un écouvillon stérile qui doit être exprimé dans un tube de milieu de transport.





(PCR) CMV



Volume mini : 5 mL








(PCR) CMV

- Echantillon : Aspiration bronchique - Délai de rendu : 3 J


Volume mini : 3mL




Autres natures de prélèvement: Liquide de lavage broncho-alvéolaire, brosse bronchique,

prélèvement distal protégé.




(PCR) CMV



Volume mini :









(PCR) CMV



Volume mini : 1







(PCR) dans prélèvement respiratoire



Volume mini : 3mL









(PCR) de l'HHV-6



Volume mini : 1







(PCR) de l'HHV-8



Volume mini : 1






(PCR) du VZV



Volume mini : 1







(PCR) EBV

- Echantillon : Ecouvillonnage - Délai de rendu : 2 J


- Instructions : Analyse réalisée sur les écouvillons de gorge et de bouche.

Renseignements cliniques justifiant la demande.



Prélèvement de gorge et de bouche avec un écouvillon stérile qui doit être exprimé dans un tube de

milieu de transport.





(PCR) EBV











(PCR) EBV



Volume mini : 1







(PCR) HHV-6

- Echantillon : Aspiration bronchique - Délai de rendu : 1 S


Volume mini : 5mL



Liquide de lavage broncho-alvéolaire, brosse bronchique, prélèvement bronchique protégé,


Si delai> 12H, acheminement à +4°C





(PCR) HHV-6



Volume mini :







(PCR) HHV-6






de transport.










(PCR) HHV-6











(PCR) HHV-6



Volume mini : 3 mL




et humeur aqueuse.




(PCR) HHV-6


- Conditionnement : - Volume mini :



Prélèvement avec un écouvillon stérile qui doit être exprimé dans un tube de milieu de transport fourni

par le laboratoire de Virologie. Après expression, le tube de milieu de transport est envoyé sans

l'écouvillon.

Si delai> 12H, acheminement à +4°C




(PCR) HHV-8



Volume mini :








(PCR) HHV-8

- Echantillon : Aspiration bronchique - Délai de rendu : 2 S


Volume mini : 5mL



Liquide de lavage broncho-alvéolaire, brosse bronchique, prélèvement bronchique protégé,



Envoi à température ambiante



(PCR) HHV-8

- Echantillon : Tout liquide de ponction - Délai de rendu : 2 S


Volume mini : 5 mL




Envoi à température ambiante.



(PCR) HSV



Volume mini : 3mL










(PCR) HSV










(PCR) HSV


- Conditionnement : 1 X - Volume mini : 1mL




Aspiration naso-pharyngée, aspiration trachéale (Tube PET bouchon translucide sans additif vide 3

mL BD réf362725)

Ecouvillon nasal (prélèvement sur système Virocult, ou écouvillon exprimé dans un milieu de transport

pour virus)





(PCR) HSV







de transport.










(PCR) HSV











(PCR) HSV



Volume mini : 3 mL





et humeur aqueuse.





(PCR) HSV



Volume mini :








(PCR) Virus BK











(PCR) Virus BK



Volume mini : 1








(PCR) Virus respiratoires


- Conditionnement : - Volume mini : 1 mL




Aspiration naso-pharyngée, aspiration trachéale, liquide de lavage broncho-alvéolaire, aspiration

bronchique... (Tube PET bouchon translucide sans additif vide 3 mL BD réf362725)

Ecouvillon nasal (prélèvement sur système Virocult)




(PCR) VZV



Volume mini : 3mL









(PCR) VZV



Volume mini : 3 mL





et humeur aqueuse.


- Transport délai : <24H - Transport température :



(PCR) VZV



Volume mini : 5mL








(PCR) VZV



Volume mini :








(PCR) VZV












(PCR) VZV









Recherche directe des virus; Recherche de génome viral par amplification génique ADE










Recherche directe des virus; Recherche de résistance génotypique des herpèsvirus aux

antiviraux CMV






Se reporter aux conditions de prélèvement pour la détection ou la quantification de l'ADN du CMV.




antiviraux CMV



Volume mini :








antiviraux CMV











antiviraux CMV












antiviraux CMV










antiviraux CMV







de transport.










antiviraux CMV



Volume mini : 3 mL





et humeur aqueuse.





antiviraux CMV

- Echantillon : Liquide amniotique - Délai de rendu : 1 S


Volume mini : 5mL








antiviraux CMV



Volume mini : 1







antiviraux HSV







de transport.











antiviraux HSV






Se reporter aux conditions de prélèvement pour la détection ou la quantification de l'ADN de l'HSV.



antiviraux HSV










antiviraux HSV



Volume mini : 1








antiviraux HSV











antiviraux HSV



Volume mini : 3 mL





et humeur aqueuse.




antiviraux HSV



Volume mini :









antiviraux VZV










antiviraux VZV











antiviraux VZV



Volume mini : 1








antiviraux VZV






Se reporter aux conditions de prélèvement pour la détection ou la quantification de l'ADN du VZV.



antiviraux VZV



Volume mini :








antiviraux VZV







de transport.











antiviraux VZV

- Echantillon : Liquide amniotique - Délai de rendu : 1 S


Volume mini : 5mL








antiviraux VZV







de transport.











antiviraux VZV



Volume mini : 3 mL





et humeur aqueuse.



Sérologies virales ; Anticorps anti-VIH1+2




- Instructions : Réalisable en urgence dans le cadre d'un AES.

Renseignements cliniques justifiant la demande.



Les échantillons peuvent être conservés entre 2 et 8°C pendant 5 jours.


- Transport délai : le plus court possible pour les AES - Transport température : t. ambiante

Sérologies virales Rubéole



5ml (SSTIIAdvance) BD (367955) - Volume mini : 2 tubes

- Instructions : Renseignements cliniques obligatoires justifiant la demande.



Si le dosage est exécuté dans les 5 jours suivant le prélèvement, les échantillons peuvent être

conservés entre 2 et 8°C. Dans le cas contraire, ils doivent être aliquotés et congelés à –20°C ou à

des températures plus basses.

centrifugation 15min à 1950g à 25°C.



Sérologies virales, Hépatite Virale C (VHC)




- Instructions : Renseigner la feuille de demande (Bilan exploratoire, Hépatite aiguë ou chronique).



Conservation entre 2 et 8 °C jusqu'à 5 jours.


Sérologies virales; Anticorps anti-HTLV1+2










Sérologies virales; Cytomégalovirus (CMV) IgG anti-CMV










Sérologies virales; Cytomégalovirus (CMV) Recherche d' IgM




- Instructions : Renseignements cliniques évocateurs d'une infection aiguë


l'adresse de rendu des résultats





Sérologies virales; Hépatite Virale A Bilan vaccination (Ac anti-VHA)




- Instructions : Les recherches d'IgM anti-VHA et d'IgG anti-VHA ne peuvent pas être prescrites sur

le même bilan.






Sérologies virales; Hépatite virale B (Bilan vaccination)









Sérologies virales; Hépatite Virale B (VHB); Hépatite Chronique




- Instructions : Marqueurs sérologiques en fonctions des antériorités

Hépatites chronique évolutive depuis le ?

Traitement?







Sérologies virales; Hépatite Virale B; Bilan exploratoire (Ag HBs, Ac Anti-HBs, Ac

anti-HBc)










Sérologies virales; Hépatite virale B; Hépatite aiguë ou fulminante




- Instructions : Contexte d'hépatite aiguë.






Sérologies virales; Hépatite virale E (Hépatite aigue IgM anti-VHE)



5ml (SSTIIAdvance) BD (367955) - Volume mini : 2 tubes

- Instructions : Contexte d'hépatite aiguë.



Conservation 5 jours entre 2-8°C



Sérologies virales; Hépatites Virales B et Delta




- Instructions : Prescriptible dans le cas d'un antigène HBs positif connu.






Sérologies virales; Rubéole Bilan exploratoire (IgG anti-virus de la rubéole)










Sérologies virales; VIH Antigène P24




- Instructions : Justification de la demande obligatoire

Urgence possible sur accord du Biologiste



Justification de la demande obligatoire

Urgence possible sur accord du Biologiste





Sérologies virales; Virus Epstein-Barr (EBV) IgG anti-VCA et anti-EBNA





Analyse réalisée en urgence dans un contexte de mononucléose infectieuse.






Sérologies virales; Virus Epstein-Barr (EBV) recherche d' IgM





Analyse réalisée en urgence dans un contexte de mononucléose infectieuse.






Sérologies virales; Virus herpes simplex 1/2 (HSV1/2) IgG anti-HSV










Sérologies virales; Virus herpes simplex 1/2 (HSV-1/2) recherche d'IgM











Sérologies virales; Virus varicelle-zona (VZV) IgG anti-VZV





Analyse réalisée en urgence dans le contexte femme enceinte avec contact varicelleux.






Sérologies virales; Virus varicelle-zona (VZV) recherche d' IgM

- Echantillon : - Délai de rendu :



- Instructions : Renseignements cliniques évocateurs d'une infection aiguë.






Sérologies virales; Western-blot VIH 1/2




- Instructions : Test de confirmation d'une sérologie VIH positive.







Sérologies virales; Western-blot VIH 1/2




- Instructions : Test de confirmation d'une sérologie VIH positive.



Le sérum peut être conservé à 2-8°C si le test est fait dans les 7 jours; congélation

-20°C possible.

Centrifugation 15min à 1950g à température ambiante.


VIH Sérologie virale Dépistage rapide HIV-1/HIV-2









VIH-1 Quantification de l'ARN du Virus de l'Immunodéficience Humaine 1 (VIH-1)

groupe M et O

- Echantillon : Prélèvement de sperme - Délai de rendu : 1 S


Volume mini :



Cette analyse est réalisée sur plasma séminal (1mL minimum) ou sur fraction de spermatozoïdes

sélectionnés (en cas de contrôle).


Envoi en glace ou carboglace si l'échantillon est congelé.



VIH-1 Résistance génotypique aux antirétroviraux (RT & PROT)



Volume mini : 1









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