La visualisation des arborescences
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La visualisation des arborescences
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Version avec 3000 espèces (David Hillis, http://www.zo.utexas.edu/faculty/antisense/DownloadfilesToL.html )
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http://en.wikipedia.org/wiki/File:Tree_of_life_with_genome_size.svg
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Dendrogramme:Montre le résultat d’un “clustering”
Nuage de points (“scatterplot”)
Dendrogramme montrant4 “clusters” principaux
(Merci à Patrick Oesterling pour les images.)
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Arbre noeud-lien modifié pour montrer le temps
Venolia et Neustaedter, “Understanding Sequence and Reply Relationships within Email Conversations: A Mixed-Model Visualization”, ACM CHI 2003
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Une recette
http://www.cookingforengineers.com/2004/09/recipe-file-basic-tiramisu.html
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Filelighthttp://www.methylblue.com/filelight/
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http://www.topicscape.com/
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Les arborescences
Zhao, McGuffin, et Chignell 2005
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Susanne Jürgensmann et Hans-Jörg Schulz,A Visual Survey of Tree Visualization, affiche à InfoVis 2010
http://treevis.shows.it/
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Rappel: les parcours d’arbre
• Parcours en profondeur “preorder”: ABDEFICGH(les parents sont visités avant les enfants)
• Parcours en profondeur “postorder”: DEIFBGHCA(les enfants sonttn visités avant les parents)
• Parcours en largeur: ABCDEFGHI
A
B C
D
I
E GF H
À retenir!
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Un layout naïf et facile à programmer: chaque sous-arborescence a un intervalle en x qui n'est pas chevauchée par les sous-arborescences voisines. Un parcours en profondeur "postorder" combine les intervalles des sous-arbres pour donner l’intervalle de chaque parent.
Un layout de style "Reingold Tilford" : économise de l'espace en x en rapprochant les sous-arbres le plus possible. (Pour les détails, voir la section 3 de Christoph Buchheim, Michael Jünger et Sebastian Leipert, "Improving Walker's Algorithm to Run in Linear Time",Proceedings of Symposium on Graph Drawing (GD) 2002, pages 344-353.)
Un autre layout facile à programmer: un parcours en profondeur “preorder” va rencontrer les noeuds en ordre des coordonnées y, tandis que la coordonnée x est proportionnelle à la profondeur de chaque noeud.
Classique/En couches (“layered”) En liste “indentée”
À retenir!
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Un layout naïf et facile à programmer: chaque sous-arborescence a un intervalle en x qui n'est pas chevauchée par les sous-arborescences voisines. Un parcours en profondeur "postorder" combine les intervalles des sous-arbres pour donner l’intervalle de chaque parent.
Un layout de style "Reingold Tilford" : économise de l'espace en x en rapprochant les sous-arbres le plus possible. (Pour les détails, voir la section 3 de Christoph Buchheim, Michael Jünger et Sebastian Leipert, "Improving Walker's Algorithm to Run in Linear Time",Proceedings of Symposium on Graph Drawing (GD) 2002, pages 344-353.)
Un autre layout facile à programmer: un parcours en profondeur “preorder” va rencontrer les noeuds en ordre des coordonnées y, tandis que la coordonnée x est proportionnelle à la profondeur de chaque noeud.
Classique/En couches (“layered”) En liste “indentée”
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Un layout naïf et facile à programmer: chaque sous-arborescence a un intervalle en x qui n'est pas chevauchée par les sous-arborescences voisines. Un parcours en profondeur "postorder" combine les intervalles des sous-arbres pour donner l’intervalle de chaque parent.
Un layout de style "Reingold Tilford" : économise de l'espace en x en rapprochant les sous-arbres le plus possible. (Pour les détails, voir la section 3 de Christoph Buchheim, Michael Jünger et Sebastian Leipert, "Improving Walker's Algorithm to Run in Linear Time",Proceedings of Symposium on Graph Drawing (GD) 2002, pages 344-353.)
Un autre layout facile à programmer: un parcours en profondeur “preorder” va rencontrer les noeuds en ordre des coordonnées y, tandis que la coordonnée x est proportionnelle à la profondeur de chaque noeud.
Classique/En couches (“layered”) En liste “indentée”
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@article{wetherell1979, author = {Charles Wetherell and Alfred Shannon}, title = {Tidy Drawings of Trees}, journal = {IEEE Transactions on Software Engineering}, year = 1979, month = {September}, volume = {SE-5}, number = 5, pages = {514--520}}
@article{reingold1981, author = {Edward M. Reingold and John S. Tilford}, title = {Tidier Drawings of Trees}, journal = {IEEE Transactions on Software Engineering}, year = 1981, month = {March}, volume = {SE-7}, number = 2, pages = {223--228}}
@article{walker1990, author = {{Walker II}, John Q.}, title = {A Node-Positioning Algorithm for General Trees}, journal = {Software---Practice and Experience}, year = 1990, month = {July}, volume = 20, number = 7, pages = {685--705}}
@inproceedings{buchheim2002, author = {Christoph Buchheim and Michael J\"{u}nger and Sebastian Leipert}, title = {Improving {Walker's} Algorithm to Run in Linear Time}, booktitle = conf_gd, year = 2002, pages = {344--353}}
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SpaceTree(Catherine Plaisant, Jesse Grosjean, Benjamin Bederson, InfoVis 2002)
http://www.cs.umd.edu/hcil/spacetree/
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SpaceTree(Catherine Plaisant, Jesse Grosjean, Benjamin Bederson, InfoVis 2002)
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SpaceTree(Catherine Plaisant, Jesse Grosjean, Benjamin Bederson, InfoVis 2002)
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SpaceTree(Catherine Plaisant, Jesse Grosjean, Benjamin Bederson, InfoVis 2002)
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SpaceTree(Catherine Plaisant, Jesse Grosjean, Benjamin Bederson, InfoVis 2002)
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SpaceTree(Catherine Plaisant, Jesse Grosjean, Benjamin Bederson, InfoVis 2002)
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Treemaps(Ben Shneiderman et d’autres)
Martin Wattenberg, 1998et
http://www.smartmoney.com/map-of-the-market/
Marc Smith et Andrew Fiore, 2001
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Bruls, Huizing, van Wijk (2000)
http://www.win.tue.nl/~vanwijk/stm.pdf
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Treemap dans Konquerorhttp://www.dgp.toronto.edu/~mac/tmp/konqy_space_usage_disp.png
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Treemaps (Shneiderman 1992; http://www.cs.umd.edu/hcil/treemap-history/ )
Ci-dessous: un Treemap calculé par l'algorithme « slice-and-dice », l'algorithme original proposé par Shneiderman. L'algorithme slice-and-dice prend un temps linéaire, mais a le désavantage qu'il produit beaucoup de rectangles longs et minces. Ces rectangles minces sont difficiles à sélectionner, et ont des superficies difficiles à comparer visuellement.
À retenir!
L'algorithme slice-and-dice fonctionne en divisant chaque noeud en tranches (horizontales ou verticales) pour les enfants, ensuite en divisant chaque enfant dans l'autre sens, de façon récursive.
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L'algorithme de treemap “slice-and-dice” donne des proportions ("aspect ratios") élevées
Figure prise de Bruls, Huizing, van Wijk (2000)http://www.win.tue.nl/~vanwijk/stm.pdf
superficie du parent: 4×6=24
superficies à donner aux enfants, dont la somme donne 24
Le plus petit enfant est 0.25 de large et 4 de haut.La proportion ("aspect ratio") du plus petit enfant est 4/0.25 = 16/1
La proportion ("aspect ratio") du plus petit enfant est 6/(1/6) = 36/1
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Algorithme de treemap “slice-and-dice”
Figure prise de Bruls, Huizing, van Wijk (2000)http://www.win.tue.nl/~vanwijk/stm.pdf
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Les "mosaic plots" sont une sorte de treemap slice-and-dice où toutes les feuilles ont la même
profondeur et le nombre d'enfants à chaque niveau est le même (l'arbre est complet).
http://www.statmethods.net/advgraphs/mosaic.html
sexe
yeux
cheveux
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Treemaps• Un Treemap « squarified » : algorithme glouton,
temps linéaire*, améliore la proportion (« aspect ratios ») des noeuds.
* Sans compter le temps pour trier les enfants de chaque noeud
À retenir!
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Algorithme de treemap “squarified”
Bruls, Huizing, van Wijk (2000)
http://www.win.tue.nl/~vanwijk/stm.pdf
8
12
3
4
6
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Bruls, Huizing, van Wijk (2000)
http://www.win.tue.nl/~vanwijk/stm.pdf
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Algorithme de treemap “squarified”,avec marges et lissage
Bruls, Huizing, van Wijk (2000)
http://www.win.tue.nl/~vanwijk/stm.pdf
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Les arborescences
Michael McGuffin et Jean-Marc Robert, 2010
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Aire de chaque feuille proportionnelle à la superficie de l’île
Aire de chaque feuille égale
« Squarified Treemaps »
« Icicle diagrams » (diagrammes à glaçons)
Michael McGuffinet Jean-Marc Robert, 2010
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Asymptotic Analysis of the Space-Efficiency of Tree Representations
Key ideas:• Impose a 1×1 bounding square on all representations• Evaluate size of smallest nodes, not just total area• Evaluate size of labels as a function of their aspect ratio L• Examine limits of these sizes as depth D→∞
Michael McGuffin et Jean-Marc Robert, 2010
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Michael McGuffin et Jean-Marc Robert, 2010
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Michael McGuffin et Jean-Marc Robert, 2010
![Page 45: La visualisation des arborescences](https://reader035.fdocuments.net/reader035/viewer/2022062518/568148fe550346895db626f7/html5/thumbnails/45.jpg)
Squarified treemap “Rectified” treemap
Michael McGuffin et Jean-Marc Robert, 2010
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Hans-Jörg Schulz et al., PacificVis 2013
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Hans-Jörg Schulz et al., PacificVis 2013
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Hans-Jörg Schulz et al., PacificVis 2013
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Hans-Jörg Schulz et al., PacificVis 2013
![Page 50: La visualisation des arborescences](https://reader035.fdocuments.net/reader035/viewer/2022062518/568148fe550346895db626f7/html5/thumbnails/50.jpg)
Hans-Jörg Schulz et al., PacificVis 2013
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Hans-Jörg Schulz et al., PacificVis 2013
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Hans-Jörg Schulz et al., PacificVis 2013
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Hans-Jörg Schulz et al., PacificVis 2013