La phylogénomique sans alignement de séquences
-
Upload
aiko-perez -
Category
Documents
-
view
40 -
download
1
description
Transcript of La phylogénomique sans alignement de séquences
![Page 1: La phylogénomique sans alignement de séquences](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022062516/56812c1f550346895d90855c/html5/thumbnails/1.jpg)
La phylogénomique sansalignement de séquences
Jean-Loup RislerStatistique & Génome
[email protected] Carry-le-Rouet, Décembre 2006
![Page 2: La phylogénomique sans alignement de séquences](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022062516/56812c1f550346895d90855c/html5/thumbnails/2.jpg)
Reconstructions phylogénétiques
Distances Maximum de parcimonie Maximum de vraisemblance
Recherche de synténies
Identification des orthologues Blast Alignements multiples
![Page 3: La phylogénomique sans alignement de séquences](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022062516/56812c1f550346895d90855c/html5/thumbnails/3.jpg)
Une alternative: la recherche de « mots » communsdans les séquences (k-words, k-tups, k-grams...)
Exemple classique : le « Dotplot »
![Page 4: La phylogénomique sans alignement de séquences](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022062516/56812c1f550346895d90855c/html5/thumbnails/4.jpg)
Les alignements de chromosomes entiers sontimpossibles à cause des réarrangements.
La recherche de « mots communs » ne se souciepas de leurs positions.
On peut donc penser à déterminer une « distance »entre chromosomes à partir de leur contenu enmots communs.
![Page 5: La phylogénomique sans alignement de séquences](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022062516/56812c1f550346895d90855c/html5/thumbnails/5.jpg)
B. E. Blaisdell, PNAS 83 (1986), 5155-5159
Composition en di- et tri-nucléotides (chaînes deMarkov d’ordre 1 et 2) de séquences codantes etnon codantes test du chi2:
![Page 6: La phylogénomique sans alignement de séquences](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022062516/56812c1f550346895d90855c/html5/thumbnails/6.jpg)
1
2
3
4
5
A
B
![Page 7: La phylogénomique sans alignement de séquences](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022062516/56812c1f550346895d90855c/html5/thumbnails/7.jpg)
Revue: Vinga, S. & Almeida, J.Alignment-free sequence comparisonBioinformatics 19 (2003), 513-523.
Gary W. Stuart
Une séquence peut être représentée par un vecteur
S = AATATTAAATTTATA
AA = 3AT = 4TT = 3TA = 4 AA
TT
AT
{s343
s = (3, 4, 3, 4)
![Page 8: La phylogénomique sans alignement de séquences](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022062516/56812c1f550346895d90855c/html5/thumbnails/8.jpg)
AA
TT
AT
{s1 2
22
{s2 4
44
![Page 9: La phylogénomique sans alignement de séquences](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022062516/56812c1f550346895d90855c/html5/thumbnails/9.jpg)
AA
TT
AT
{s1 u1 = 3
v1 = 4t1 = 4
{s2 u2 = 4
v2 = 4t2 = 4
s1 . s2 = u1*u2 + v1*v2 + t1*t2
= |s1|*|s2|*cos()
|s1| = (u12 + v1
2 + t12)1/2
![Page 10: La phylogénomique sans alignement de séquences](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022062516/56812c1f550346895d90855c/html5/thumbnails/10.jpg)
d(i,j) = -Log[(1 + cos )/2]
![Page 11: La phylogénomique sans alignement de séquences](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022062516/56812c1f550346895d90855c/html5/thumbnails/11.jpg)
![Page 12: La phylogénomique sans alignement de séquences](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022062516/56812c1f550346895d90855c/html5/thumbnails/12.jpg)
Il y a 160.000 tetrapeptides possibles.Donc, si l’on décompose un jeu de protéines en motsde longueur 4, chaque protéine sera représentée parun vecteur dans un espace à 160.000 dimensions...
De très nombreux « axes » portent peu d’information(tetrapeptides peu ou pas présents). On réduit la taillede l’espace en prenant pour repères les axes d’inertieles plus significatifs du nuage de points (changementde repère) et en supprimant les axes de faible inertie.
![Page 13: La phylogénomique sans alignement de séquences](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022062516/56812c1f550346895d90855c/html5/thumbnails/13.jpg)
xy
z
A
A’
B
B’
A A’
B
B’
![Page 14: La phylogénomique sans alignement de séquences](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022062516/56812c1f550346895d90855c/html5/thumbnails/14.jpg)
![Page 15: La phylogénomique sans alignement de séquences](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022062516/56812c1f550346895d90855c/html5/thumbnails/15.jpg)
Toutes les protéines d’une même espèce sont regroupéesen un seul vecteur --> chaque espèce est représentée parun vecteur.
![Page 16: La phylogénomique sans alignement de séquences](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022062516/56812c1f550346895d90855c/html5/thumbnails/16.jpg)