La PCR en Temps Réel_ppt
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Laboratoire de Pharmacologie-ToxicologieINRA TOULOUSE
La PCR en temps rel.Choix damorces et analyse des rsultats
UR
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7
Pascal MARTIN : [email protected]
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Plan
La PCR en temps rel pour la mesure de lexpression des gnes
Principes de base
Le choix des amorces de PCR
La mise au point dun dosage en SYBR Green
Les choix mthodologiques pour lanalyse des rsultats
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7La PCR en temps rel pour la mesure de lexpression des gnes
Mesurer lexpression dun gne = mesurer labondance des transcrits produits par ce gne un instant donn
Abondance relative (units arbitraires) ou abondance absolue (nombre de copies ou g/L)
En pratique, la quantification relative est la plus utilise en raison de la difficult quil y a construire une courbe de calibration absolue (lutilisation de plasmides ou de produits de PCR est dangereuse).
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7La PCR en temps rel pour la mesure de lexpression des gnes
Etapes initiales :OrganeCellulesTraits vs non traits
Sauvage vs transgnique
ARN total ADNcExtraction ARN Transcription inverse
Dosage
Dosage au spectrophotomtre (A260nm) : pas dvaluation dune potentielle dgradation diffrentielle des ARNs
Transcription inverse : pas dvaluation des diffrences potentielles defficacit de transcription inverse
IL EST NECESSAIRE DE CALIBRER NOS DONNEES PAR RAPPORT A UNE QUANTITE QUI EST CONSTANTE ENTRE LES DIFFERENTS ECHANTILLONS DARN INTACT.
Contrle endogne = gne de mnage = housekeeping gene
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7La PCR en temps rel pour la mesure de lexpression des gnes
Je calibre Je ne calibre pas
2 botes de cellules identiques (A et B). ARNA non dgrad, ARNBdgrad 50%. RTA et RTB efficaces 100%. (gne X)A=20, (gne X)B=10. (-actin)A=200, (-actin)B=100
(gne X)A / (-actin)A = 0.1
(gne X)B / (-actin)B = 0.1
(gne X)A = 20
(gne X)B = 10
Idem mais cette fois-ci efficacit RTB=50% => (gne X)B=5 et (-actin)B=50
Je calibre Je ne calibre pas
(gne X)A / (-actin)A = 0.1
(gne X)B / (-actin)B = 0.1
(gne X)A = 20
(gne X)B = 5
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Cycle number
Fluo ~ DNA quantity
Exponentialphase
Linearphase
Plateau phase
Not detected
UR
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Principes de base
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Cycle number
Exponentialphase
Linearphase
Fluo ~ DNA quantity
Principes de base
UR66, janvier 07
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Principes de base
Ctthreshold
Rn = ROX normalized signal ROX normalized baseline signal
Nombre de cycles
Baseline
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Rn
Nombre de cycles
Distance = 1 cycle
Dilutions au 1/10me => 3.32 cycles de distanceUR66,
janv
ier 0
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Principes de base
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Principes de base
1) laccumulation de la fluorescence est proportionnelle laccumulation du produit de PCR qui nous intresse => notion de spcificit, choix des primers
2) Lefficacit de PCR doit tre la mme dans les diffrents chantillons
3) Le seuil utilis dans les analyses doit tre fix de manire couper toutes les courbes de PCR au niveau de la phase exponentielle afin dtre sr que le CT est bien reprsentatif du nombre initial de copies de lARN et pas de diffrences de cintique entre les PCRs
Peirson SN et al., NAR, 2003
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Principes de base1) laccumulation de la fluorescence est proportionnelle
laccumulation du produit de PCR qui nous intresse => notion de spcificit, choix des primers
En SYBR Green, si mes amorces font des dimres, si jamplifie un ou des produits de PCR non spcifiques ou bien si jamplifie de lADN gnomique, je ne sais plus ce que reprsente concrtement lintensit de fluorescence en ordonne (mon produit de PCR? Des dimres de primers? Un autre amplicon? Un peu de tout a?)
Cest un choix judicieux des amorces de PCR qui va me permettre dassurer la spcificit ncessaire
Remarque : en TaqMan, cest un choix judicieux de ma sonde TaqManqui va assurer la spcificit de quantification
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Principes de base2) Lefficacit de PCR doit tre la mme dans les diffrents
chantillons
0,0E+00
2,0E+09
4,0E+09
6,0E+09
8,0E+09
1,0E+10
1,2E+10
0 5 10 15 20 25 30 35
E=2, X0=10E=2, X0=20E=1.95, X0=10
25 30
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Principes de base2) Lefficacit de PCR doit tre la mme dans les diffrents
chantillons
Avec 95% defficacit de PCR, au bout de 26-27 cycles, on obtient deux fois moins de produit de PCR quavec une efficacitde 100%
On doit donc vrifier que lon a bien la mme efficacit de PCR entre les diffrents chantillons et essayer didentifier si certains chantillons ont une efficacit de PCR diffrente des autres.
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Principes de base3) Le seuil utilis dans les analyses doit tre fix de manire couper
toutes les courbes de PCR au niveau de la phase exponentielle afin dtre sr que le CT est bien reprsentatif du nombre initial de copies de lARN et pas de diffrences de cintique entre les PCRs
High precision duringexponential phase
Variable plateau phase
96 Replicates
PCR
Pro
duct
Applied Biosystems David Favy
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Le choix des amorces de PCR
Primer Express 2.0
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Le choix des amorces de PCRSpcificit On ne veut amplifier que notre ADNc dintrt et pas un autre
ADNc. Cet aspect est fondamental, en particulier si on sintresse une famille multignique ou un transcrit alternatif prcis
Mme si notre chantillon dADNc est un peu contamin par de lADN gnomique, on aimerait que lamplification de ce dernier ne soit pas possible
On ne veut pas que nos amorces puissent sauto-amplifier en formant des dimres damorces
1
2
3
Outils 1
2
3
Connaissance de la squence et des squences qui prsentent des homologies. Connaissance du ou des transcrits tudis. GenBank, BLAST, Ensembl, PubMed, Multalin, Entrez
Choix des primers sur deux exons diffrents spars par un intron dau moins 1-2 Kb. Ensembl, Entrez, BLAST
Etude des primers sous Primer Express (Primer Test Document)
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Le choix des amorces de PCR
www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=Nucleotide
Un choix judicieux damorces ne peut se faire sans une solide connaissance de votre squence de dpart, 1
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Le choix des amorces de PCRdes homologies que prsente cette squence avec dautres transcrits,
1
www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/
bioinfo.genopole-toulouse.prd.fr/multalin/
+ ClustalW +ClustalX +etc
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Le choix des amorces de PCRde lexistence de transcrits alternatifs ou de gnes cods sur le brin complmentaire1
www.ensembl.org/index.html
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Le choix des amorces de PCRADN gnomique et ADN complmentaire2
ADN gnomique
ADNc
ADN gnomique
ADNc
Cas o lon a que des introns de petite taille :
3-4 bases maxi, sinon
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Le choix des amorces de PCR3 Absence de dimres de primers
5
3Loop-back
3-3 dimer3
3
5-5 dimer 5
5Pas dextension possible donc pas un problme
Toujours penser raliser toutes les combinaisons possibles :
sens/sens, antisens/antisens et sens/antisens
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Le choix des amorces de PCR3 Absence de dimres de primers
OK OKOK, mais
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Le choix des amorces de PCR3 Absence de dimres de primers
OK NON
NON
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Le choix des amorces de PCR
Pas plus de G que de C (essayer le rverse complment)
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Le choix des amorces de PCRAutres critres
Classement des amorces selon le critre de pnalit. Ce critre nest pas
comparable dune recherche damorces lautre.
Prsence de polymorphismes? Critique surtout pour les polymorphismes
situs en 3. Voir les bases de donnes
Parfois, il faut fixer la main lune des deux amorces. Dans ce cas, il
est critique de sassurer que son Tm est bien compris entre 58 et 60 et
quelle ne risque pas de former de dimres damorces.
jen oublie certainement mais dans la plupart des cas, rien ne vaut
les tests en tubes
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Mise au point dun dosage en SYBR Green
1) Etude de la squence du gne tudier
2) Choix des amorces de PCR
3) Optimisation des concentrations damorces et
vrification de la spcificit
4) Ralisation dune courbe standard
5) Dosage des chantillons dintrt
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Mise au point dun dosage en SYBR Green3) Optimisation des concentrations damorces et vrification de la spcificit
900/900900/300900/50900
300/900300/300300/50300
50/90050/30050/5050
90030050
Reverse Primer (nM)
Forw
ard
Prim
er (n
M)
Le Tm dune amorce dpend de sa concentration[50;900nM] ~ Tm + [0;4C]
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UR66, janvier 07
Mise au point dun dosage en SYBR Green3) Optimisation des concentrations damorces et vrification de la spcificit
Faible reproductibilit, CT tardifs
300/300 and 300/900 : OK valeurs de CT robustes
Plateau le plus lev (voir en chelle linaire + besoin de rplicats)
Rn
Le choix est guid par 1) le CT le plus prcoce possible, 2) la meilleure reproductibilit possible et 3) le plateau le plus lev possible
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Mise au point dun dosage en SYBR Green3) Optimisation des concentrations damorces et vrification de la spcificit
Sur la mme plaque de PCR, on mettra des contrles ngatifs (idalement des chantillons RT-, i.e. des ARN rverse transcrits en labsence de rverse transcriptase)On ralisera des courbes de dissociation pour vrifier 1) que lon a bien amplification dun unique amplicon, 2) que lon a pas de formation de dimres de primers et 3) que lon amplifie pas lADN gnomique dans les chantillons RT-. Idalement on fera aussi un contrle sur gel.
Fluo
resc
ence
Temperature (C)
-Derive
Temperature (C)
Fluo
resc
ence
Tm of PCR product
Primer dimers
-
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Log (Co)
Ct
Slope is between -3.3 and -3.4 => Efficiency=100%
Slope is above -3.3 => maybe PCR inhibitors
Slope is below -3.4 => Efficiency0.99
Mise au point dun dosage en SYBR Green4) Ralisation dune courbe standard
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Choix mthodologiques pour lanalyse des rsultatsLors de la phase exponentielle de la PCR, on a :
Xn = X0 . En
Xn = nombre damplicons au cycle n
X0 = nombre initial de transcrits = ce que lon souhaite connatre
E = efficacit de PCR comprise entre 1 et 2 (E=1 0% defficacit; E=2 100% defficacit)
E=2 => Xn = Xo x 2n
Xn+1 = Xo x 2n+1
= (Xo x 2n) x 2
Xn+1 = Xn x 2
Efficacit de 100% = on double le nombre de produit de PCR chaque cycle
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Choix mthodologiques pour lanalyse des rsultatsLors de la phase exponentielle de la PCR, on a :
Xn = X0 . EnXn = nombre damplicons au cycle n
X0 = nombre initial de transcrits = ce que lon souhaite connatre
E = efficacit de PCR comprise entre 1 et 2
Le seuil est fix de manire couper les courbes de PCR au niveau de la phase exponentielle ET la fluorescence est proportionnelle au nombre damplicon
RCT = R0 . ECT
RCT = fluorescence slectionne comme seuil
R0 = fluorescence initiale
E = efficacit de PCR comprise entre 1 et 2
CT = fraction de cycle laquelle la courbe de PCR croise le seuil
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Choix mthodologiques pour lanalyse des rsultatsRCT = R0 . ECT
RCT = fluorescence slectionne comme seuil
X0 = fluorescence initiale
E = efficacit de PCR comprise entre 1 et 2
CT = fraction de cycle laquelle la courbe de PCR croise le seuil
R0 = RCT . E-CT
R0 = RCT . E-CT log(R0) = log(RCT)+log(E-CT)
log(R0) = log(RCT)-CT.log(E)log(RCT) est une constante (seuil fix). Si lefficacit de PCR est constante aussi, on peut poser log(RCT)=a et log(E)=b.
log(R0) = a b.CTDonc il existe un lien linaire entre le log de la concentration initiale et le CT. Cest ce que lon observe en faisant une courbe standard.
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Choix mthodologiques pour lanalyse des rsultatslog(R0) = log(RCT)-CT.log(E)
Avec le logiciel ABI PRISM, on dispose de lquation dans lautre sens :
log(R0) = a b.CT
Si on observe une pente de -3.32 avec cette quation, alors :
b = log(E) = 1/3.32
CT = a/b 1/b . log(R0)
E = 101/3.32 = 2
Avec lquation dans ce sens l, b = log(E) = pente de la droite de rgression, do E = 10pente de la droite de rgression
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Choix mthodologiques pour lanalyse des rsultats
Courbes standard
CT
Estimations individuelles des efficacits
Test de lhomognit des efficacits et estimation par la moyenne des estimations individuelles
1
2
3
4
La quantit qui nous intresse :
endo
ett
RR
0
0 arg O target reprsente notre gne dintrt et endo reprsente notre gne contrle endogne
On peut galement sintresser directement au ratio de cette quantitentre un groupe trait et un groupe contrle
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Choix mthodologiques pour lanalyse des rsultats
Courbes standard1
0 1 2 3 4 5 6 75
1015
2025
30
Target gene
Endogenouscontrol
s=-3.1052
s=-4.0368Ct is not constant
Log(Co)
Ct
Mthode qui permet de grer le cas o les PCR des gnes targetet endo nont pas les mmes efficacits
Mthode qui suppose que lefficacit de PCR pour un gne donn est toujours la mme dans les diffrents tubes (standards et chantillons en particulier).
On va estimer cette efficacit sur la courbe standard et appliquer cette efficacit toutes les donnes
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Choix mthodologiques pour lanalyse des rsultatsCourbes standard1
Pour chaque gne (target ou endo), la courbe standard va nous fournir les valeurs de a et b (ou a et b) telles que :
Pour chaque chantillon de concentration inconnue, on connat la valeur de CT. A laide des valeurs a et b (ou a et b) fournies par la courbe standard, on en dduit aisment les valeurs de log(R0) pour chaque chantillon
log(R0) = a b . CT
CT = a b . log(R0)
Il ne reste plus qu calculer pour chaque chantillon :
)log()log()log(0
000
target
targe
endo
endotRR
RR =
-
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Choix mthodologiques pour lanalyse des rsultats
Ctt,T3
Ctt,T2
Ctt,T1
Ctt,C3
Ctt,C2
Ctt,C1
Cttarget
Cte,T3
Cte,T2
Cte,T1
Cte,C3
Cte,C2
Cte,C1
Ctendo
T3
T2
T1
C3
C2
C1
Sample
Qt,T3
Qt,T2
Qt,T1
Qt,C3
Qt,C2
Qt,C1
Qtarget
T3
T2
T1
C3
C2
C1
Sample
Standard curve target gene
Qt,T3/Qe,T3
Qt,T2/Qe,T2
Qt,T1/Qe,T1
Qt,C3/Qe,C3
Qt,C2/Qe,C2
Qt,C1/Qe,C1
Qtarget / Qendo
T3
T2
T1
C3
C2
C1
Sample
StatsStandard curve
endogenous control
Qe,T3
Qe,T2
Qe,T1
Qe,C3
Qe,C2
Qe,C1
Qendo
Courbes standard1
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Choix mthodologiques pour lanalyse des rsultatsCourbes standard1
Avantages : Principe simple et comprhensible
Ralisation des courbes standard assez facile
Ralisation des calculs simple
Inconvnients : Ralisation de PCRs (env. 15-20) qui nont pas dintrt direct pour le chercheur (cot, temps, chantillons rares)
Problmes destimations si la gamme de concentration nest pas assez large, si on a peu de points ou si lchantillon de dpart prsente des inhibiteurs de PCR (gnes faiblement exprims, inhibition de PCR aux fortes concentrations,)
Hypothse forte : lefficacit de PCR est la mme dans tous les tubes
Impossibilit didentifier des chantillons prsentant une efficacit de PCR anormale
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Choix mthodologiques pour lanalyse des rsultatsCT2
RCT = R0 . ECT
RCT = fluorescence slectionne comme seuil = constante
X0 = fluorescence initiale
E = efficacit de PCR comprise entre 1 et 2
CT = fraction de cycle laquelle la courbe de PCR croise le seuil
Pour le gne dintrt (target) :target
target target0. CTCT ETT =
Pour le contrle endogne (ref) : refref ref0
. CTCT ERR =
ref
target
ref
target
ref
target
0
0 . CTCT
CT
CT
EE
RT
R
T=En divisant ces 2 quations :
-
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Choix mthodologiques pour lanalyse des rsultatsCT2
ref
target
ref
target
ref
target
0
0 . CTCT
CT
CT
EE
RT
R
T=
targetCTT
refCTRet Sont les seuils de fluorescence fixs pour le gne
dintrt et pour le gne de rfrence respectivement. Ces deux valeurs sont des constantes. Si on a fix le mme seuil pour les deux gnes, alors le rapport vaut 1.
1)(K .ref
target
ref
target
ref
target
0
0 === CT
CT
CT
CT
EE
RT
R
TO K est une constante
-
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Choix mthodologiques pour lanalyse des rsultatsCT2
KEE
RT
CT
CT
=ref
target
ref
target
0
0 . (1)target
ref
target
ref
0
0 . CTCT
EEK
RT
=
Si Etarget = Eref = E alors,
(1)CTCTCT EKEK
RT == .. targetref
0
0 Avec CT = CTtarget-CTref
Si E = 2 (efficacit 100%) alors,
CTKRT = 2.
0
0On sait calculer T0/R0 une constante prs (et cette constante vaut 1 si le seuil de fluorescence est le mme pour target et ref)
-
s=-3.3352
s=-3.2965
Target gene
Endogenouscontrol
Ct reste constant
Log(Co)
Ct
Ct
Log(Co)
Relative efficiency plot
-2.0 -1.5 -1.0 -0.5 0.0
-2.8
-2.6
-2.4
-2.2
Pente 0.1 pour le graphe defficacit relative
Corrlation minimum entre les courbes standard = 0.99
Choix mthodologiques pour lanalyse des rsultatsCT2
UR
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er 0
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er 0
7
Choix mthodologiques pour lanalyse des rsultatsCT2
Mise en uvre :
1) On calcule 2-CT pour chaque chantillon (avec CT=CTtarget-CTref)
2) On calcule les moyennes et carts-types pour chaque lot dindividus
3) Eventuellement on divise ces moyennes (et les carts-types!!) par la moyenne du groupe contrle pour ramener ce groupe une moyenne de 1
4) On fait ses stats habituelles (il faut parfois transformer toutes les donnes en log pour homogniser les variances)
-
UR
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anvi
er 0
7
Choix mthodologiques pour lanalyse des rsultatsCT2
Avec CT = CTtarget-CTrefCTK
RT = 2.
0
0
Pour le groupe traits : traitCT
trait
KRT =
2.
0
0
Pour le groupe contrle : ctrolCT
ctrol
KRT =
2.
0
0
Donc :CTCTCT
CT
CT
control
trait ctroltraitctrol
trait
RTRT
===
2222 )(
0
0
0
0
-
UR
66, j
anvi
er 0
7
Choix mthodologiques pour lanalyse des rsultatsCT2
CT
control
traits
RTRT
=
2
0
0
0
0
En pratique, ce calcul est bien adaptaux donnes apparies ou la comparaison de deux chantillons.
Cette mthode donne des rsultats surprenants quand on compare 2 groupes dchantillons
-
UR
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anvi
er 0
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Choix mthodologiques pour lanalyse des rsultatsCT2
22.522.4RefCtrol3
22.521.2RefTrait4
1.014
1.00021.922.3TargetCtrol1
0.81221.922.0TargetCtrol2
1.23121.921.5TargetCtrol3
1.917
1.74121.919.8TargetTrait4
1.86621.920.2TargetTrait5
2.14421.920.0TargetTrait6
22.522.9RefCtrol1
22.522.3RefCtrol2
22.521.7RefTrait5
22.521.7RefTrait6
Ratio moyen
2-CTCT moyen ctrol
CTGneGroupeSample
2^-[(20.0-21.7)-(21.9-22.5)]
Daprs Livak KJ & Schmittgen TD, 2001
!!
-
UR
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anvi
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Choix mthodologiques pour lanalyse des rsultatsCT2
Cest pourquoi je vous conseille dutiliser plutt la mthode du CT plutt que celle du CT
Pour en savoir un peu plus sur cette mthode (cas particulier de la comparaison de 2 chantillons, calculs des carts-types) :
-
UR
66, j
anvi
er 0
7
Choix mthodologiques pour lanalyse des rsultatsCT2
Avantages : Calculs rapides et facilement automatisables
Les hypothses font que les courbes standard ne sont faites quune seule fois
Inconvnients : Hypothses trs (trop?) fortes : Etarget = Eref = 1
Approximations pouvant avoir des consquences importantes
Calculs assez compliqus. Plusieurs tapes des calculs ncessitent des hypothses qui ne sont pas toujours bien explicites et que lon a tendance oublier quand cette mthode est utilise en routine
Applicabilit limite
Impossibilit didentifier des chantillons prsentant une efficacit de PCR anormale
-
UR
66, j
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Choix mthodologiques pour lanalyse des rsultatsEstimations individuelles des efficacits3
Phase exponentielle : Xn = X0 . EnXn = nombre damplicons au cycle n
X0 = nombre initial de transcrits = ce que lon souhaite connatre
E = efficacit de PCR comprise entre 1 et 2
La fluorescence est proportionnelle au nombre damplicon
Rn = R0 . EnRn = fluorescence au cycle n
R0 = fluorescence initiale
E = efficacit de PCR comprise entre 1 et 2
Phase exponentielle :
log(Rn) = log(R0) + n . log(E)Passage au logarithme
-
UR66, janvier 07
Choix mthodologiques pour lanalyse des rsultatsEstimations individuelles des efficacits3
log(Rn) = log(R0) + n . log(E)
Au cours de la PCR, lappareil enregistre la fluorescence Rn en fonction des cycles n
0
2
4
6
8
10
12
0 5 10 15 20 25 30 35 40
log
0,001
0,01
0,1
1
10
100
0 5 10 15 20 25 30 35 40
log(Rn)
n
droite de pente log(E) et dordonne
lorigine log(R0)
-
UR
66, j
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er 0
7
Choix mthodologiques pour lanalyse des rsultatsEstimations individuelles des efficacits3
Le principal problme consiste choisir les points de mesure qui vont tre utiliss pour effectuer la rgression linaire.
Plusieurs solutions ont t proposes dans la littrature.
Le logiciel LinRegPCR (Ramakers C et al., 2003) permet une slection automatique des points ainsi que des ajustements manuels.
target
ref
target
ref
0
0 . CTCT
EEK
RT
=
A partir des droites de rgression, on a accs R0 et E ce qui permet de calculer aisment :
soit en utilisant les estimations R0 et T0, soit en utilisant les estimations des efficacits (un peu plus stables a priori)
-
UR
66, j
anvi
er 0
7
Choix mthodologiques pour lanalyse des rsultatsEstimations individuelles des efficacits3
Avantages : Pas de courbe standard ncessaire
Les estimations individuelles des efficacits permettent de reprer aisment des points aberrants prsentant des efficacits de PCR extrmes
Applicable dans tous les cas (en thorie au moins)
Inconvnients : Calculs compliqus. Ncessite un logiciel danalyse ddi.
En moyenne 4 6 points sont utiliss pour raliser les rgressions. Les estimations des pentes et des ordonnes lorigine sont donc peu prcises. Au moins avec LinRegPCR, cela gnre une variabilit considrable dans les donnes ce qui rend la mthode compltement inutilisable en pratique (sauf pour identifier des points aberrants).
-
UR
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anvi
er 0
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Test de lhomognit des efficacits et estimation par la moyenne des estimations individuelles
4
Choix mthodologiques pour lanalyse des rsultats
Ide : les diffrentes estimations individuelles des efficacits de PCR sont peu prcises mais constituent des estimations non biaises de lefficacit de PCR relle qui est en fait la mme pour tous les chantillons
Mise en uvre :
1) Estimer les efficacits de PCR dans chaque tube (pour un gne donn)
2) Raliser un test pour vrifier quil ny a pas de diffrence significative entre les efficacits de PCR des diffrents groupes dchantillons
3) Utiliser la moyenne des efficacits de PCR estimes sur chaque courbe comme efficacit de PCR globale pour ce gne
4) En dduire T0 pour chaque chantillon
5) Suivre le mme processus pour le contrle endogne et en dduire les R0pour chaque chantillon
6) Calculer les T0/R0 et faire les stats appropries pour conclure
-
UR
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Choix mthodologiques pour lanalyse des rsultatsTest de lhomognit des efficacits et estimation par la moyenne des estimations individuelles
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Problme : toujours le mme i.e. choisir les points de mesure qui appartiennent la phase exponentielle (pour fixer le seuil + estimer lefficacit de PCR)Ide (Peirson et al., NAR, 2003) : Prendre le max de fluorescence (Rmax) et estimer le min de fluorescence partir des valeurs sur les 10 premiers cycles de PCR (Rnoise). En dduire le point moyen (midpoint) situ entre ces deux extrmes.
0,001
0,01
0,1
1
10
100
0 5 10 15 20 25 30 35 40
log(Rn)
n
Ce point correspond peu prs au milieu de la phase exponentielle. En prenant un facteur 10 de fluorescence de part et dautre de ce point, on slectionne les points situs dans la phase exponentielle (au minimum 3 points)
Rnoise
Rmax
Midpoint
-
UR
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Choix mthodologiques pour lanalyse des rsultatsTest de lhomognit des efficacits et estimation par la moyenne des estimations individuelles
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Dfinition du Point moyen, un peu de calcul
Rmax
Rnoise
M
( )noisemaxnoise 21 RRRM +=
Mais on est en chelle logarithmique
( ))log()log(21)log()log( max noisenoise RRRM +=
=
noise
maxnoiselog)log( R
RRM
noise
maxnoise R
RRM =
-
UR
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Choix mthodologiques pour lanalyse des rsultatsTest de lhomognit des efficacits et estimation par la moyenne des estimations individuelles
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Logiciel DART-PCR (Peirson et al., NAR, 2003)
Une fois que lon a estim les efficacits de PCR pour chaque courbe, on crit un modle danalyse de variance du type :
efficacit ~ groupe +
et si on a ralis chaque PCR en triplicat (technique), on peu crire un modle plus complet :
efficacit ~ groupe + chantillon/groupe +
On teste ainsi sil existe un effet groupe sur lefficacit de PCR et si (au moins) un chantillon au sein des groupes est diffrent des autres.
Si vous faites beaucoup de PCR en temps rel, attention la multiplicit des tests
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Avantages : Pas de courbe standard ncessaire
Les estimations individuelles des efficacits permettent de reprer aisment des points aberrants prsentant des efficacits de PCR extrmes
Lutilisation de la moyenne de ces estimations rend la mthode robuste
Applicable dans tous les cas (en thorie au moins)
Inconvnients : Calculs assez compliqus. Ncessite un logiciel danalyse ddi.
Le logiciel DART-PCR actuellement disponible oblige faire chaque PCR en triplicats et gre un maximum de 6 groupes et 32 chantillons au total.
Peut-tre bientt (ou pas) un package R
Choix mthodologiques pour lanalyse des rsultatsTest de lhomognit des efficacits et estimation par la moyenne des estimations individuelles
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Remerciements
Tous les utilisateurs de la PCR en temps rel qui sont venus discuter leurs manips et rsultats avec moi et mont permis de mieux comprendre comment marche cette technique.
Un bon site o trouver des logiciels pour analyser ses PCR : www.gene-quantification.de