Journée inter hospitalière de formation des … · Structure d’une bactérie Taille ......
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Journée inter‐hospitalière de formation des correspondants paramédicaux22 novembre 2012
LES BACTERIES
Définition
• Bactérie= cellule
• Cellule: la plus petite unité de matière vivante qui mène une existence indépendante et qui peut se reproduire.
Structure d’une bactérie
Taille De 0,3 à 200 μm , en moyenne 2 μm
Structures constantes• Chromosome : ADN circulaire• Cytoplasme contenant les ribosomes, vacuoles...• Membrane cytoplasmique• Paroi externe rigide qui confère la forme
Structures facultatives• Flagelles• Pili• Plasmides• Capsule• Spores
Structure d’une bactérie
Pili autour d ’une entérobactérie
Pneumocoque (diplocoque) capsulé
flagelle
Deux formes de bactéries
cocci bacille
Identification par la coloration de Gram (forme et couleur) et la mise en culture (besoins en nutriments, en oxygène…)
Coloration simple (ex bleu de méthylène)
Coloration différentielle: coloration de Grambactéries Gram + colorées en violetbactéries Gram - en rose
Gonocoques dans un pus uréthral
Différents aspects de cocci à la coloration de Gram
Cocci à Gram +en amas
(staphylocoques)
Cocci à Gram -en diplocoques, en grains de café
(Neisseria spp.)
Cocci à Gram +en chainette
(streptocoques)
Cocci à Gram +en diplocoques
(pneumocoque= streptocoque)
Représentation schématique de la paroi des bactéries à Gram positif, négatif et des mycobactéries
Porine
Porine Autres lipides
Acides mycoliques
Peptidoglycane
Périplasme
Membrane cytoplasmique (bicouche de
phospholipides)
Cytoplasme
Lipopolysaccharides
Phospholipides
Gram positif (ex S. aureus)
Gram négatif (ex E. coli)
Mycobactérie (ex M. tuberculosis)
Au total
• Cocci Gram +– Ex : staphylocoque, streptocoque, pneumocoque, etc…
• Cocci Gram –– Ex : méningocoque, gonocoque
• Bacille Gram +– Ex : corynebacterie, clostridium, bacillus, listeria, etc…
• Bacille Gram –– Ex : entérobactéries, pseudomonas,
Bactéries et corps humain
• Peau: Staph coag ‐, Corynebactérium,Propionibacterium acnes
• Tube digestif:Entérobactéries, Entérocoques ,Anaérobies (ex: clostridium)
• Gorge: Strepto A, Haemophilus, méningocoque
• Nez:Staph aureus
Mise en culture(besoins en nutriments, en oxygène…)
Différentes techniques diagnostiques• Cultures
– Technique classique– Clinique oriente la recherche : on trouve plus facilement quand on sait ce que l’on cherche (ex : coqueluche)
– Savoir ce que l’on peut attendre de la bactériologie (ex : prescription d’une coproculture et C.difficile)
• Antigène– Recherche de partie de la bactérie
• Anticorps– Recherche d’Ac dirigés contre la bactérie
• Mise en évidence du génome– PCR
EX : légionellose• Culture :
– Milieu spécifique BCYE => permet de comparer la souche clinique à une souche environnementale
• Antigènémie urinaire– Spécifique de L.pneumophila de type1
• Sérologie– Recherche d’Ac dirigés contre la bactérie, permet de diagnostiquer les autres L.pneumophila (ex : type6)
– mais diagnostique rétrospectif• PCR
– Mise en évidence du génome de la bactérie sur des prélèvements cliniques et environnementaux
LES ANTIBIOTIQUES
Antibiotique :substance d’origine naturelle, hémi‐synthétique ou synthétique, ayant la capacité d’arrêter la multiplication ou de détruire des bactéries
Définitions
….
Familles d’antibiotiques• Beta lactamines
– Penicillines => PeniG, Peni M, Peni A…– Cephalosporines => C1G, C2G, C3G– Penèmes => Imipénème, ertapénème, doripénème
• Aminosides (gentamicine, amikacine, etc…)• Macrolides et apparentés
– Macrolides – Lincosamides– streptogramines
• Glycopeptides• Quinolones• Autres
– Rifampicine– Fosfomycine– cyclines
Mode d’action des Antibiotiques
• Paroi– B lactamine, Glycopeptide, fosfomycine
• Ribosome– Macrolides, Aminosides, cyclines
• ADN– Quinolones (réplication), rifampicine (transcription), sulfamides (synthèse)
Inhibition de la synthèse de la paroi bactérienne : B-lactamines, glycopeptides, fosfomycine
Inhibition de la synthèse protéique : tétracyclines, aminosides, chloramphénicol, macrolides, acide fucidique, linézolide
Action sur la membrane plasmique : polymyxines
Inhibition de la synthèse ou du fonctionnement des acides nucléiques : quinolones, sulfamides, rifampicine, 5-nitroimidazolés, nitrofuranes
Mode d’action des Antibiotiques
Résistance aux antibiotiques• Résistance naturelle ou constitutionnelleIl s'agit d'une résistance qui touche toutes les bactéries d'une même espèce. Ces résistances définissent les spectres d'activité des antibiotiques.
ex : bactéries anaérobies et aminosides.
• Résistance acquiseC'est la survenue dans une espèce naturellement sensible aux antibiotiques d'une souche résistante.
ex : E. coli normalement sensible à l'Amoxicilline, mais 20‐25% sont résistants.
Mécanismes de résistance aux antibiotiques
• Enzymatique (penicillinase, BLSE, carbapenemase)
• Modification de cible (PLP2a)• Efflux actif• Imperméabilité
– Porines (porine D2)– Épaississement de paroi
Porine
ATBImperméabilité de la membrane
Topoisomérase
ADN gyrase
Modification de la cible
ATB
ATB
Pompes d ’efflux actifs
Sécrétion d ’enzyme qui va détruire l ’antibiotique
Mécanismes de résistance
1. Résistance chromosomique : ‐ elle se fait par mutation au niveau du
chromosome ‐ phénomène rare
2. Résistance plasmidique : ‐ en pratique : la plus fréquente ‐ d'autant plus dangereuse qu'elle est épidémique,
transférable de bactéries en bactéries.
Origine des mécanismes de résistance acquise
L’Antibiogramme
Antibiogramme par diffusion en gélose
Antibiogramme automatisé
La Pression de sélection
• Ensemble des conditions de l'environnement qui favorisent l'émergence des bactéries possédant des gènes de résistance.– en pratique liée directement à l'utilisation des antibiotiques.
• Sélection des mutants spontanés• Sélection des bactéries qui ont reçu un gène de résistance par transfert
Effet de la pression de sélection sur l’émergence de
mutants
Antibiotique 2h
Antibiotique 4j
Paradoxe des antibiotiques
• Plus on utilise les ATB moins ils sont efficaces.
• Les antibiotiques sélectionnent les souches qui leurs résistent dans une population de bactéries
• Avoir une utilisation raisonnée des ATB
Les bactéries multi résistantes Les « BMR »
• SARM : Cf. USA augmentation +++ – apparition de souches de sensibilité diminuée aux glycopeptides : GISA et de souches totalement résistantes à la vancomycine = VRSA (2002)
– Apparition de souches plus virulentes (SASM et SARM): leucocidine de Panton‐Valentine Vandenesch Emerging infect
2003
• Entérocoques résistants à la vancomycine (ERV)• Augmentation des entérobactéries résistantes aux ATB : résistances aux carbapénèmes , ex : imipénème TIENAM®
Augmentation de la résistance aux antibiotiques
Ex : Entérobactéries productrices de NDM1Kumarasamy Lancet Infect Dis 2010 Grundmann
Lancet 2006
LES VIRUS
QU'EST‐CE QU'UN VIRUS ?• virus non vivants, à la différence des bactéries et des
parasites• 1 virus = 1 génome avec une protection, dans le milieu
extérieur
• contient un seul type d’acide nucléique : ADN ou ARN
• reproduction par réplication à partir de son seul matériel génétique
• le virus nécessite pour son développement un parasitisme intracellulaire absolu
• Absence de croissance, structure définitivement organisée• Ne sont pas sensibles aux antibiotiques
Structure générale
A. Génome ‐Acide nucléique des virus : ARN ou ADN
B. Capside protéique 2 types de nucléocapsides (= capsides) :
C. Enveloppe Certains virus sont enveloppés, d’autres non. L’enveloppe s’acquiert au détriment de la membrane plasmique.
CLASSIFICATION
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Principaux virus rencontrés
A‐ Virus respiratoireGrippe, VRS (virus respiratoire syncytial), Varicelle, Oreillons, Rubéole, Rougeole... B‐ Virus entériques Rotavirus, Adenovirus, Entérovirus, Hépatite A… C‐ virus cutanés Herpes, Varicelle …D‐ Virus du sang et des tissus Hépatite B, Hépatite C, HIV…
Ex: Virus de la Grippe
• Virus H1N1• H = Hémagglutinine
– Permet au virus de la grippe de se fixer aux cellules respiratoires et de penétrer à cellules
• N = Neuraminidase– Permet aux nouveaux virions de sortir des cellules infectées
– Cible des nouveaux traitements => anti‐neuraminidase (tamiflu, relenza)
LES CHAMPIGNONS
Les champignons
• Infections dues à des champignons microscopiques : mycoses bénignes le plus souvent et graves chez les immunodéprimés
• Principales mycoses rencontrées : ‐ Candidoses : C. albicans, C. glabrata, C. tropicalis ... ‐ Cryptococcoses‐ Aspergilloses• Mycoses superficielles : cutanées ou muqueuses• Mycoses profondes : un organe touché ou disséminées.
Les champignons
• Champignons filamenteux : structure filamenteuse : ex : Aspergillus fumigatus
• Levures : unicellulaire : ex: Candida albicans
Saccharomycescerevisiaeboulardii
Geotrichumcandidumcapitatum
Trichosporoncutaneum
beigelii
Cryptococcusneoformans
Candidaalbicanstropicalis
LEVURESUnicellulaires
Bourgeonnantes
Histoplasmecapsulatum
duboisii
DIMORPHIQUESLevures à 37°C
Filaments à 25°C
Epidermophytonfloccosum
Trichophytonrubrum
soudanense
Microsporumcanis
audouini
DermatophytesPathogènesSuperficiels
Mucor sp. Rhizopus sp. Absidia sp.
Mucorales
Scedosporiumapiospermum
Fusarium sp
Aspergillusfumigatus
niger
MoisissuresOpportunistes
Profonds
FILAMENTEUX
CHAMPIGNONS
Facteurs favorisant les infections à levures
Chirurgie digestiveou chimiothérapie
ABT large spectre
Cathéter et sondes
Autres patients porteurs ouinfectés, personnel soignant
Surfaces, matériel, solutés..
Traitement antifongiqueinadaptéRisque lié à l’alitement
(chaleur et humidité)
Traitementsimmunosuppresseurs
Pathologiesimmunosuppressives
Différences entre Infections Nosocomiales (IN) virales et IN bactériennes et fongiques
IN bactériennes et fongiques
IN virales
Incubation
habituellement < 48-72H
très variable selon les agents (quelques heures à quelques
mois)
Principales manifestations cliniques (en termes de fréquence)
infections urinaires infections du site opératoire
infections sur cathéters bactériémies pneumonies
infections gastro-intestinales infections du tractus respiratoire
hépatites infections cutanéo-muqueuses
Populations à risque patients soumis à des traitements invasifs
(intubation-ventilation, sondages, explorations
endoscopiques, implantation de matériel étranger...)
opérés immunodéprimés
sujets âgés
nouveau-nés et jeunes enfants sujets hospitalisés en service de
long séjour immunodéprimés
transplantés hémodialysés hémophiles
hémodialysés personnel soignant
Prise en compte dans les enquêtes de surveillance
très correcte fortement sous-estimée
Principaux éléments de prévention et de
traitement spécifiques
antibioprophylaxie antibiothérapie curative
traitements antifongiques
vaccination traitements antiviraux