“It could be anything · PDF fileCoorevits L Respiratoire infecties FTD Respiratory 21...

“It could be anything”

Syndromale benadering in de moleculaire diagnostiek

Studiedag HoGent 14/03/2017

Liselotte Coorevits

Klinisch Bioloog Labo Medische Microbiologie UZ Gent

Coorevits L Coorevits L

Inleiding

Syndroom A combination of signs and/or symptoms that forms a distinct clinical picture indicative of a particular disorder (Oxford Concise Medical Dictionary, 8th ed)

Syndromale test Één test voor een waaier aan oorzaken (pathogenen) voor een bepaald syndroom


Inleiding

Gerichte aanvraag Syndromale benadering

Welk pathogeen

veroorzaakt het

syndroom?

Is er een bepaald

pathogeen aanwezig

in het staal?


Inleiding

Sepsis > hemocultuur

Gastro-enteritis > bacteriële kweek

Luchtweginfectie > kweek bacteriën/schimmels

Multiplex PCR

Simultane opsporing van virus, bacterie, fungus, parasiet, R merkers (n= 2 à 27)

Beperkt tot 4 targets per reporter dye

CAVE competitie (FN)

Broad-range PCR

16S rRNA (bacteriën)

28S rRNA (fungi)


Detecteert pathogenen met zelfde kliniek

Frequent voorkomende pathogenen

Zeldzame verwekkers waarvoor behandeling voorhanden is

Detecteert belangrijke resistentie merkers

Betere test performantie

Betere outcome voor patiënt

Kosten-effectief

Respiratoir, gastro-intestinaal, meningitis, sepsis, SOI

Evid

ence

Inleiding


Inleiding

Gerichte aanvraag Syndromale benadering

Bepaling of afstand Bepaling op point of care

POCT


Aanbod

DNA-/RNA-extractie

PCR set-up PCR Amplicon- detectie

Automaat RT-PCR

Qiasymphony SP/AS (QIAGEN)

Abbott m2000 sp (Abbott)

Syndromale panels

RIDA GENE (R-Biopharm)

MultiFinder (PathoFinder)

FTD (FastTrack Diagnostics)

SEEAMP (Seegene)

VYOO (SIRS-Lab)

SeptiFast (Roche)

SepsiTest (Molzym)

EntericBio (Serosep)

…


Geïntegreerde stystemen

Aanbod

DNA-/RNA-extractie

PCR set-up PCR Amplicon- detectie

Automaat RT-PCR


Aanbod

LAB

BD MAX (BD)*

ePlex (GenMark Dx)*

Unyvero (Curetis)*

Iridica (Abbott)*

Panther (Hologic)

COBAS 6800 (Roche)

ELITe InGenius (ELITech)

3M Integrated cycler (Focus Diagnostics)

T2 Dx (T2 Biosystems)

Verigene (Luminex)*

CLART (Genomica)*

…

POCT

Idylla (Biocartis)*

Filmarray (BioFire/BioMérieux)*

GeneXpert (Cepheid)

AleriTM i (Alere)

COBAS-Liat (Roche)

…

*syndromale panels

Coorevits L Coorevits L Hanson 2016

Aanbod


Respiratoire infecties FTD Respiratory 21 (FastTrack Diagnostics)

GeneXpert Xpress Flu/RSV (Cepheid)

Multiplex PCR Bordetella spp. (In-house)

Antigentest Influenza of RSV Sofia (Quidel)

Meningitis FilmArray (BioFire/BioMérieux) in studieverband

Huijskens 2012

Influenza A

Influenza B

Influenza A H1N1

Rhinovirus

Coronavirus NL63

Coronavirus 229E

Coronavirus OC43

Coronavirus HKU1

Parainfluenza 2

Parainfluenza 3

Parainfluenza 4

Internal Control

Parainfluenza 1

hMPV A/B

Bocavirus

M. pneumoniae

RSV A/B

Adenovirus

Enterovirus

Parechovirus

Aanbod – UZ Gent


Pro/Con

Conventionele Dx Syndromaal panel

Pre-analytiek Verschillende stalen of

aliquoteren 1 staal

Workflow Diverse technieken

(opleiding, QC, organisatie)

Uniforme workflow

Kortere TAT (?)

Sensitiviteit Kweek: onderhevig aan AB Hoger dan Ag test

Lager dan singleplex PCR

Specificiteit Hoog

Sensitiviteit: meestal >90% BioFire: 24% voor Aeromonas Luminex: 48% voor Yersinia enterocolitica

Luminex: 80% voor Campylobacter, Salmonella, Shigella/EIEC, adenovirus Multiplex BSI: tot 30% van kweek+ niet bevestigd met multiplex PCR


Pro/Con

Conventionele Dx Syndromaal panel

Pre-analytiek Verschillende stalen of

aliquoteren 1 staal

Workflow Diverse technieken

(opleiding, QC, organisatie)

Uniforme workflow

Kortere TAT (?)

Sensitiviteit Kweek: onderhevig aan AB Hoger dan Ag test

Lager dan singleplex PCR

Specificiteit Hoog

Specificiteit: meestal >99% CAVE lage prevalentie = lage PPV Belang om clinicus hierop te wijzen, teneinde vertrouwen in de test niet te verliezen


Kostprijs

Kostprijs test zelf >> conventionele diagnostiek

MAAR

Kortere TAT

Snellere identificatie verwekker

Minder bijkomende diagnostiek

Snelle detectie van outbreaks

Snelle initiatie infectiepreventiemaatregelen

(source control, cohortering, …)

Nadeel: Je hebt geen isolaat voor typering, R bepaling

Sneller negatief resultaat


Sneller stop isolatie


Kostprijs

Studie: 8 maanden paralelle diagnostiek

Conventionele tests: kweek, RO, EIA (dagelijks)

Luminex GI Panel (elke 5e dag)

Kostprijs

Aangevraagde tests + effectieve isolatiedagen vs.

Multiplex PCR + theoretisch aantal isolatiedagen

Finale reductie totaal aantal isolatiedagen (2202 1447)

Meer pathogenen gedetecteerd = meer isolatiedagen

Snellere TAT = sneller negatief resultaat = minder isolatiedagen Goldenberg 2015


Management

Pro Contra

Panel Vaak gelijkaardige kliniek

(virale + bacteriële verwekkers)

Niet flexibel

Niet allesomvattend

Meer

positieve

resulaten

“Verrassende” diagnose

(inzicht in lokale epidemiologie)

Snel adequate therapie


Patiënt geruststellen

(diagnose is er)

Klinische betekenis?

(normale flora, asympt drager)

Onnodige behandeling

Soms volstaat gerichte aanvraag

“When you hear hoofbeats, think

of horses not zebras”

Management zal in praktijk weinig

veranderen (meestal zelf-limiterend)


Management

Studie: BioFire respiratory pathogens

n=295

Effect op behandeling

Besluit: enkel testen voor Influenza efficiënter dan multiplex

Green 2016


Management

Studie: FilmArray rapid respiratory panel (RRP)

Pre-RRP = Multiplex PCR voor influenza A/B en RSV (soms ook PiV en

hMPV); dagelijks

Post-RRP = FilmArray voor influenza A/B, RSV, RV, EV, AV, CoV,

hMPV, PiV; random access

□ niet meer significant als Influenza buiten beschouwing wordt gelaten

Rogers 2015


“How well does physician selection of microbiologic tests identify

Clostridium difficile and other pathogens in paediatric diarrhoea?”

Aanvraag clinicus

1. Enkel C. difficile

2. C. difficile + andere pathogenen

3. Enkel andere pathogenen

Parallelle analyse

Conventionele tests

Multiplex PCR (FilmArray GI Panel)

Stockmann 2015

Management

Coorevits L Coorevits L Stockmann 2015

Meer positieven met

multiplex

Expect the unexpected 28%

8%


C. difficile

Betekenis van C. difficile bij patiënt zonder risicofactoren voor

infectie: kolonisatie vs. infectie?

Positief bij 19% van opgenomen kinderen mét diarree

↕

Positief bij 24% van opgenomen kinderen zónder diarree

Leibowitz 2015

Management


Nood aan op maat aanvragen en rapporteren van multiplex tests?

Gastro-intestinale infecties

Virussen: meest prevalent; te weinig getest

Bacteriën: belangrijk; te veel getest (vooral C. difficile van belang)

Parasieten: weinig prevalent; te veel getest

Quid zwak positieve resultaten? Verlengde shedding van virussen (vooral bij kinderen)

Interne validatie cutoff voor elk pathogeen (asymptomatisch vs.

symptomatisch) moeilijk!

Bloomfield 2015 Goldenberg 2015 Guerrant 2001

Management



Respiratoire infecties

Seizoenale prevalentie

Goldenberg 2015 Guerrant 2001

Management


…

UZ Gent 2015-2016

0

50

100

150

200

250

RSV

RV

PeV

PiV

MP

Flu

hMPV

EV

CoV

BoV

AV

Winter

Heel jaar

Zomer Management



Lumigene Veriplex RV Flex

16 virale en bacteriële targets

Elke combinatie kan aangevraagd worden

De overige analyses gebeuren wel, maar worden niet gerapporteerd

Obv de eerste resultaten kunnen bijkomende resultaten reflexmatig

gerapporteerd worden

Deze bijkomende rapportering wordt aangerekend

je betaalt enkel voor de targets die je gebruikt

Management


Lumigene Veriplex RV Flex

Management


Implementatie

Welke test is geschikt voor de vooropgestelde populatie?

(targets, sensitiviteit, specificiteit, …)

Welke test is geschikt voor het lab?

(aantal stalen (batch vs. random access), expertise, faciliteiten, …)

Wat zijn de verwachtingen van de test?

Hoe verwachtingen meten/opvolgen?

Hoe zullen resultaten worden gerapporteerd?

(volledig vs. trapsgewijs rapporteren, commentaren bij minder gekende

pathogenen, …)

Wie krijgt toegang tot de test?

In samenspraak met clinici


Besluit

Impact

Financiële impact van multiplex panels overstijgt labo-kost

Nood aan robuuste studies: medische outcome vs.

algemene kostenreductie (labo, ziekenhuis, …)

Uitdagingen

Testaanbod

Aanvraag op maat

Kwaliteitscontrole (POCT!)

Interpretatie van resultaten

Rapportering op maat?

Commentaar?

“It could be anything · PDF fileCoorevits L Respiratoire infecties FTD Respiratory 21...

Documents

Transcript of “It could be anything · PDF fileCoorevits L Respiratoire infecties FTD Respiratory 21...