Introduction à l’informatique médicale

Pr. F. Kohlerkohler@medecine.uhp-nancy.fr

Domaine de l’informatique médicale

• L’informatique « technologique »– Embarquée dans le matériel médical : imagerie, traitement du signal,

automate de laboratoire, chirurgie assistée (robot)….• L’informatique au service de la communication

– Télémédecine, Télésanté, @Santé : patient/PS, PS/PS• L’informatique au service de la documentation et de la connaissance

– Base de données bibliographiques, système d’aide à la décision…• L’informatique au service de la prise en charge coordonnée du patient

– Dossier médical partagé, système d’information…• L’informatique au service de la santé publique

– Système de surveillance épidémiologique et d’alerte• …

Toutes ces applications de l’informatique nécessitent l’emploi d’éléments de langage médical partagé

Du langage naturel à un langage standardisé

• Le langage naturel est :– Spécifique à une langue– Souvent ambigu :

• Synonymie• Polysémie

– Contextualité :« La petite brise la glace »

Le traitement et le partage de l’information

• Nécessite une standardisation pour enlever toute ambigüité

• Ceci concerne les différents champs de la santé :– Diagnostics, Actes, Médicaments, Dispositif médicaux,

Etablissement de santé, Professionnel de santé– …

• Ceci est impératif pour les traitements :– Traduction dans différentes langues, Facturation,

Statistiques, Aide à la décision, Surveillance et Alerte– ….

Un exemple

Quel est le mode d’entrée ?Quand a-telle été hospitalisée ?

« douleurs thoraciques rétrosternales caractéristiques irradiant dans le bras gauche » : ANGOR

OAP : œdème aigu du poumonHTA : hypertension artérielle ou hystérectomie total par voie abdominale

Bilan habituel ?….

Madame X a été hospitalisée en urgence pour des douleurs thoraciques rétrosternales caractéristiques irradiant dans le bras gauche dont les premiers épisodes remontent à 2 ans avec survenue à l'effort ou au froid. Il n'y avait pas d'OAP. Les enzymes cardiaques étaient élevées avec un tracé ECG perturbé permettant d'affirmer le diagnostic d'infarctus postérieur du myocarde. Cette patiente, obèse (120KG), est porteuse d'un diabète équilibré dont nous n'avons pas modifié le traitement insulinique. Elle présente également une hypercholestérolémie à 3,2 g/l. Malgré nos recommandations, elle continue à fumer environ 2 paquets de cigarettes par jour. Au niveau gynécologique, elle a un syndrome préménopausique assez bien toléré pour lequel aucun traitement n'a été envisagé. Dans les antécédents, on ne note pas d'IVG, mais une HTA en 86. Le bilan habituel et le traitement par angioplastie endoluminale de cet infarctus ont permis de laisser sortir la patiente au bout de 15 jours.

On peut faire mieux

• Hiérarchisation et synthèseMadame X née le 10/03/1935 est hospitalisée du 10/03/09 au 25/03/09 en provenance de son domicile et quittant l'entité pour un autre établissement de soins de suite et de réadaptationProblème actuel ayant motivé le plus les soins

Infarctus postérieur aigu du myocarde avec Angor ancien, tracé ECG perturbé caractéristique Enzymes cardiaques élevéessans Œdème aigu du poumon ni insuffisance cardiaque

Autres problèmes actuelsDiabète insulinodépendant sans complicationsHypercholestérolémieTabagisme - Obésité par excès caloriqueSyndrome préménopausique avec ménorragies

Problème passé pouvant avoir des conséquencesHystérectomie totale par voie abdominale en 1986

Actes diagnostiques et thérapeutiques en Y:CoronarographieAngioplastie coronaire endoluminale

Et après ?

• Il faut coder – Dictionnaire

• Dictionnaire des termes médicaux

– Classification • CIM

– Nomenclature • NGAP

– Thésaurus • MeSH

Dictionnaire• Recueil des mots d'une langue, des termes d'une science, d'un art,

rangés par ordre alphabétique, avec leur signification.• Un dictionnaire de la langue, indique la définition, l'orthographe,

les sens et les emplois des mots d'une langue.• Autres : dictionnaire de synonymes, un dictionnaire d'orthographe,

un dictionnaire de conjugaisons, un dictionnaire d'homonymes, un dictionnaire de rimes, dictionnaires bilingues, voire multilingues.

• Ouvrages de type encyclopédique qui contiennent, classé par ordre alphabétique ou thématique, tout ce qui concerne une science, un art, des faits ou des noms :– Un dictionnaire de mathématiques, un dictionnaire de médecine, un

dictionnaire d'économie, un dictionnaire d'informatique, un dictionnaire de noms propres.

Classification• Système organisé et hiérarchisé de classification d' « objets ». *

– Suivant les objets considérés (les espèces vivantes, les maladies, les produits ou services, les étoiles, les documents dans une bibliothèque...), se sont développés différents systèmes de classification.

• Les classifications sont utilisées dans tous domaines d'activités humaines. Les classifications portant sur un domaine limité sont généralement bien admises par les spécialistes du domaine.

• Les classifications à vocation universelle ne peuvent faire abstraction d'un point de vue et sont, de ce fait, l'objet de nombreuses critiques. Elles apportent cependant un éclairage sur la nature de la connaissance.

– Dewey• Les classifications sont très importantes pour organiser les connaissances et le

travail de chacun au sein de l'ensemble. Classer les objets ou les connaissances, c'est dire comment ils/elles se situent les un(e)s par rapport aux autres. Plusieurs points de vue complémentaires peuvent être considérés.

• Les classifications se distinguent en fonction du formalisme apporté soit aux classes soit aux relations entre ces classes et à l'arborescence qui en résulte.

Nomenclatures

• Désigne une instance de classification (tableau, liste, règles d'attribution d'identité...) faisant autorité et servant de référence à une discipline donnée.

• Le mot et l'idée viennent directement du latin nomenclatura (1559). Le nomenclator était un esclave qui clamait les noms des plats d'un dîner, annonçait les personnes qui entraient.

• « inventaire des termes propres à un domaine défini ».

Thésaurus

• Type particulier de langage documentaire. • Constitué d'un ensemble structuré de concepts représentés

par des termes, pouvant être utilisés pour l'indexation de documents dans une banque de données bibliographiques ou dans un catalogue de centre de documentation, à des fins de recherche documentaire.

• Deux types de termes composent un thésaurus :– les descripteurs utilisés pour indexer un document ;– les non-descripteurs qui ne peuvent pas être employés pour

indexer un document, et qui renvoient au descripteur à utiliser. Ils sont utilisés à la recherche.

• MeSH

MeSH

Conditions d’un bon codage :

• Codage bi-univoque :– Un seul terme ne désigne qu’un objet– Un objet n’est désigné que par un seul terme

• Pas d'ambiguité– ni par polysémie– ni par homonymie

Classification Mono-Axiale Classification Mono-Axiale

Ensemble d'objets à classer

Classes Principales

ClassesFilles

1er niveau

ClassesFilles

2ème niveauDans une classe, le critère donné s’applique

à tous les éléments de la classe.

Les critère se succèdent dans un ordre

d’importance décroissante

MultiaxialMultiaxial

Axe 1(Nosologique)

Axe 2(Topographique)

3

Combine des termes appartenant à des classes différentes

Connections des termes de catégories différentes par un langage ( type : est un ,a , traite, est causé par …)

• Fonction d’adjectifs de la langue naturelle

– Degré de certitude– Intensité , évolution– Assertion– …

ModificateursModificateurs

Classification statistique internationale des maladies et des problèmes de santé connexe (CIM)

• W. Farr (1839)– First annual report. London, Registrar General of England and Wales

• "Les avantages d'une nomenclature statistique uniforme, même imparfaite, sont si évidents qu'il est surprenant qu'aucune attention n'ait été accordée à sa mise en vigueur dans les tables mortuaires. En de nombreuses circonstances, chaque maladie a été désignée par trois ou quatre termes, et chaque terme a été appliqué à de nombreuses maladies différentes : des noms vagues et impropres ont été employés, ou bien des complications ont été enregistrées à la place des maladies primitives. Dans ce domaine de la recherche, la nomenclature est d'une importance aussi grande que les poids et mesures dans les sciences physiques, et elle doit être établie sans délai."

Historique

==> proposition en 1855 d'une nomenclature divisée en 5 groupes

1. maladies épidémiques,2. maladies constitutionnelles (générales),3. maladies locales selon leur localisation

anatomique4. maladies du développement5. maladies conséquences directes d'un

traumatisme

Classification statistique internationale des maladies et des problèmes de santé connexe

(CIM 10ième révision)

• Historique– 1893 Jaques Bertillon. Nomenclature

internationale des causes de décès– Élargissement progressif du domaine au-delà des

maladies et des traumatismes– CIM 9 : 1975– CIM 10 : Version actuelle utilisée en France– CIM 11 : Travaux préparatoires en cours

Présentation de la CIM 10– CIM 10 Mise en application 1/1/1993 version anglaise et

1/1/94 version française– 3 volumes

• Volume 1 : Table analytique– Classification elle même– Classification de la morphologie des tumeurs (anatomopathologie)– Listes pour les mises en tableaux– Définitions, règlement

• Volume 2 : Mode d'utilisation– Indications et instructions pour l'utilisation du volume 1– Historique de la classification

• Volume 3 : Index alphabétique– Index des chapitres I à XIX et XXI– Index des causes de mortalité et de morbidité (Chapitre XX)– Index des médicaments et produits chimiques

– Enrichissement nationaux (France : extension ATIH)

CIM 10 : Volume 1 – Analytique

• Mono-axiale :– étiologie (maladies infectieuses, tumeurs)– système (maladies cardio-vasculaires)

• 21 Chapitres :– 19 chapitres pour coder la pathologie– Plus :

• 1 chapitre : Causes externes de morbidité et de mortalité• 1 chapitre : Facteurs influant sur l'état de santé et motif de

recours aux service de santé

• Une classification supplémentaire : M "Morphologie" des tumeurs

CIM 10 : Volume 1 – Analytique

• Code alphanumérique– 1 lettre 3 Chiffres– Lettre U réservée à des adjonctions, modifications, classifications provisoires

• Parois double code : Code † (étiologique) * (manifestation)• Présentation

– Titre du chapitre avec limite des codes– Comprend (inclusion)– A l'exclusion de– Liste des groupes– Puis sous titre des groupes et limites des codes– Rubrique à 3 caractères – Subdivisions

CIM 10 : Volume 1 – Analytique

• Les 21 chapitres– 1 : certaines maladies infectieuses et parasitaires (A00-B99)– 2 : Tumeurs (C00-D48)– 3 : Maladies du sang et des organes hématopoïétique et certains troubles immunitaires (D50-D89)– 4 : Maladies endocriniennes, nutritionnelles et métaboliques (E00-E90)– 5 : Troubles mentaux et du comportement (F00-F99)– 6 : Maladies du système nerveux (G00-G99)– 7 : Maladies de l'œil et de ses annexes (H00-H59)– 8 : Maladies de l'oreille et de l'apophyse mastoïde (H60-H95)– 9 : Maladies de l'appareil circulatoire (I00-I99)– 10 : Maladies de l'appareil respiratoire (J00-J99)– 11 : Maladies de l'appareil digestif (K00-K93)– 12 : Maladies de la peau et du tissu cellulaire sous-cutané (L00-L99)– 13 : Maladies du système ostéo-articulaire, des muscles et du tissu conjonctif (M00-M99)– 14 : Maladies de l'appareil génito-urinaire (N00-N99)– 15 : Grossesses, accouchement et puerpéralité (Ooo-O99)– 16 : Certaines affections dont l'origine se situe dans la période périnatale (P00-P96)– 17 : Malformations congénitales et anomalies chromosomiques (Q00-Q99)– 18 : Symptômes, signes et résultats anormaux d'examens cliniques et de laboratoire, non classés ailleurs (R00-R99)– 19 : Lésions traumatiques, empoisonnements et certaines autres conséquences de causes externes (S00-T98)– 20 : Causes externes de morbidité et de mortalité (V01-Y98)– 21 : Facteurs influant sur l'état de santé et motif de recours aux service de santé

CIM 10 : Volume 1 – Analytique

• Une classification hiérarchique

CIM 10

Chapitre 1(Bornes des codes)

Chapitre 21

Catégorie 1Catégorie 2

Catégorie n

•••

•••

3 caractères1 lettre2 chiffres

•••

Notion de groupe(Bornes des codes)

•••

ExtensionsOMSATIH

• Titre et bornes du chapitre

• Contexte : exclusions / inclusions avec bornes des groupes

Exemple

• Double codage (dague astérisque)

• Classification

Exemple• Mme X, passagère

d'un autobus est blessée lors d'un accident entre le bus et une mobylette, présente à l'entrée à l'hôpital une fracture ouverte de la malléole externe ( S82 .6 .1)

.0 Fermée

.1 ouverte

Occupant d'un autobus blessé dans un accident de transport (V70-V79)

A l'exclusion de: minibus (V40-V49)

Les subdivisions suivantes à quatre caractères s'appliquent aux catégories V70-V78:.0 Conducteur blessé dans un accident en dehors de la circulation.1 Passager blessé dans un accident en dehors de la circulation.2 Personne à l'extérieur du véhicule blessée dans un accident en dehors de la circulation.3 Occupant, sans précision, d'un autobus, blessé dans un accident en dehors de la circulation.4 Personne blessée en montant ou en descendant du véhicule.5 Conducteur blessé dans un accident de la circulation.6 Passager blessé dans un accident de la circulation.7 Personne à l'extérieur du véhicule blessée dans un accident de la circulation.9 Occupant, sans précision, d'un autobus, blessé dans un accident de la circulation

V70 Occupant d'un autobus blessé dans une collision avec un piéton ou un animal

A l'exclusion de: collision avec un véhicule à traction animaleou un animal monté (V76.-)

V71 Occupant d'un autobus blessé dans une collision avec un cycleV72 Occupant d'un autobus blessé dans une collision avec un véhicule à moteur à deux ou trois rouesV73 Occupant d'un autobus blessé dans une collision avec une automobile ou une camionnette

Chapitre 21 : Facteurs influant sur l'état de santé et motifs de recours aux services de santé (Z00-Z99)

– Contacts avec service de santé pour examens divers (Z00-Z13)• exemple : Z00.6 Examen de comparaison et de contrôle dans le cadre d'un programme de

recherche clinique– Risques liés à des maladies transmissibles (Z20-Z29)

• exemple : Z20.6 Sujet en contact avec et exposé au virus de l'immuno déficience humaine [VIH]

– Motifs liés à la reproduction (Z30-Z39)• exemple : Z30.0 Conseils et avis généraux concernant la contraception

– Recours pour actes médicaux et soins spécifiques (Z40-Z54)• exemple : Z41.2 circoncision rituelle

– Santé menacée par conditions socio-économiques et psycho-sociales (Z55-Z65)• exemple : Z59.5 Pauvreté extrême

– Autres motifs de recours aux serv. de santé (Z70-Z76)• exemple : Z71.1 Sujet inquiet de son état de santé (sans diagnostic) "Bien portant inquiet"

– Antécédents personnels et familiaux et de certaines affections (Z80-Z99)• exemple : Z85.0 Antécédents personnel de tumeur malignes des organes digestifs

Mise en tableau

• Liste pour la mise en tableau en vue de statistique de morbidité et de mortalité

• Statistiques descriptives de mortalité et de morbidité

• Suivi de la mortalité et de la morbidité mondiale par l’OMS

Principe du codage

• Toujours utiliser les volumes alphabétique et analytiques

• Ne pas interpréter• Toujours vérifier dans l'analytique• Toujours lire "Exclusion" et "Inclusion"• Connaître les bornes de codes des chapitres• Formation au codage

Utilisation de la CIM 10

• Statistiques internationales et nationales de mortalité et de morbidité– Certificat de décès– Maladies à déclaration obligatoire– Bilan d’activité des établissements de santé

• Programme de médicalisation des systèmes d’information (PMSI)– Court séjour : RUM et RSS– SSR : RHS– Psychiatrie : RIS

La description des actes

• La nomenclature générale des actes professionnels (NGAP)

• La classification commune des actes médicaux (CCAM)

• Le catalogue des actes de rééducation réadaptation (CdARR)

• …

La NGAP

• Objectif : Tarification– Repérer les actes réalisés par sages femmes et auxiliaires

médicaux et les actes intellectuels des médecins, chirurgiens dentistes pour leur attribuer une notation en lettre clé

– La valeur de chaque lettre clé est fixée lors de la négociation de la convention

• Commission de la nomenclature– Etat : Ministère de la santé– Assurance maladie– Profession : syndicats médicaux et paramédicaux

Les Lettres clé

• Exemples

• Coefficients : nombre indiquant la valeur relative de chaque acte

Codes descriptifs de l’acte codes supplémentaires

1 2 3 4 5 6 7 8

1 code de l’acte

2 code activité 3 code extension documentaire

4 code phase de traitement

5 et 6 Modificateurs 7 Association non prévue 8 Remboursement exceptionnel

CCAM : Codage, tarification et PMSI

Le système de codification : un code semi-structuré de 7 caractères

calé sur la structuration des libellés • AA AA NNN

actionAccès et/ou

technique

topographie compteur

Evacuation de collection de la cavité pleurale, par thoracotomie sans résection costale :

GGJA002

Catalogue des actes de rééducation réadaptation : CdARR

• Activités de rééducation-réadaptation (CdARR – BO N° 97/6 bis)

• Les actes sont classés dans 12 catégories– Un acte appartient à une et une seule activité

• Structure du catalogue : code, libellé et définition• Utilisation : PMSI champs SSR dans le recueil des activités

de rééducation, réadaptation :– Chaque acteur recueille pour chaque patient les actes qu’il

réalise.– Chaque semaine, par patient, il fait le cumul des temps des

actes qu’il a réalisé dans chacune des 12 activités

Typologie des aides au codage

• Recherche de mots dans les libellés• Parcours d’arbre et hypertexte• Systèmes documentaires• Systèmes multiaxiaux• Réseaux sémantiques

Recherche de mots dans les libellés

• Principe– Recherche d’un texte littéral dans un libellé

• Application– Codage dans le cadre d’un catalogue simple

• Limites– Le libellé doit comporter l’ensemble de l’information utile

• Pas de tolérance orthographique• Pas de possibilité de prendre en compte différentes

expressions d’un même concept• Pas de possibilité de prendre en compte des

inclusions ou exclusions

Exemple des limites

• Comment coder un protéinurie orthostatique avec anomalies glomérulaires mineures ?– Recherche “Protéinurie orthostatique”– Réponse N39.2 Protéinurie orthostatique, sans précision : Codage

imprécis => Conséquence sur la tarification• Impossibilité de trouver

– N06- Protéinurie isolée avec lésions morphologiques précisée et le 5ième caractère .0 : N06.0 Codage qui doit être utilisé

• Conclusions– Intérêt limité dans le cadre de la CIM et de la CCAM– CIM 10 et CCAM sur internet

Parcours d’arbre et hypertexte

• Principe– Organisation hiérarchique avec présentation à chaque niveau des sous

niveaux– Possibilité d’étendre l’arbre à des “liens” pour constituer un réseau de

type hypertexte• Application

– Consultation en ligne de la CIM ou de la CCAM• Limites

– Nécessité de connaître les principes d’organisation des classifications et catalogue utilisés

– Pas de prise en compte des informations de l’index alphabétique pour la CIM

• Exemple– CIM 10 sur internet

Systèmes documentaires

• Principe– Chaque code est indexé à l’aide des mots d’un thesaurus

comprenant non seulement les concepts du libellé mais également ceux des inclusions et de l’index alphabétique

– Dans le thesaurus possibilité de définir des synonymes (frères), des relations d’appartenance (fils)

– Possibilité suivant le langage d’interrogation de prendre en compte les exclusions

• Application– Toutes nomenclatures, classifications...– Documentation scientifique

Systèmes documentaires

• Limites– Liées à l’indexation des codes par les analystes de la

nomenclature• Indexation manuelle / full texte

– Liées au thesaurus employé et aux relations existantes en son sein

• Thesaurus personnel / MESH– Liées au langage d’interrogation

• Interface en langage formel type ESAQuest / Interface en langage naturel

– Exemple• Aide au codage de certains logiciel commerciaux

Conclusions

• Nomenclatures et classifications imposées dans le cadre réglementaire :– CIM 10, CdARR, CCAM, NGAP

• Difficultés pour les nomenclatures et classifications imposées de :– Rendre compte des hyperspécialités– Tenir compte des évolutions rapides des

connaissances et techniques (actes)• Apport de l’informatique dans l’aide au codage