INCT –Herbário Virtual da Flora e dos Fungos · importância dos dados de herbário • Dia 2:...
Transcript of INCT –Herbário Virtual da Flora e dos Fungos · importância dos dados de herbário • Dia 2:...
![Page 1: INCT –Herbário Virtual da Flora e dos Fungos · importância dos dados de herbário • Dia 2: Interface de busca do Herbário Virtual: apresentação e oficina • Dia 3: Qualidade](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081404/5f050da67e708231d4110680/html5/thumbnails/1.jpg)
INCT – Herbário Virtual da Flora e dos Fungos
Minicurso:
Dados de ocorrência de espécies de plantas e fungos:
da coleta ao uso para e-ciência
Palestrantes: Ingrid Koch (Unicamp) e Dora Ann Lange Canhos (CRIA)
![Page 2: INCT –Herbário Virtual da Flora e dos Fungos · importância dos dados de herbário • Dia 2: Interface de busca do Herbário Virtual: apresentação e oficina • Dia 3: Qualidade](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081404/5f050da67e708231d4110680/html5/thumbnails/2.jpg)
Tópicos do Programa
• Dia 1: Apresentação do INCT – Herbário Virtual e a importância dos dados de herbário
• Dia 2: Interface de busca do Herbário Virtual: apresentação e oficina
• Dia 3: Qualidade dos dados e Lacunas de Conhecimento da Flora e dos Fungos do Brasil
• Dia 4: BioGeo: apresentação e oficina
• Dia 5: Agenda aberta a ser formulada com a participação dos alunos
![Page 3: INCT –Herbário Virtual da Flora e dos Fungos · importância dos dados de herbário • Dia 2: Interface de busca do Herbário Virtual: apresentação e oficina • Dia 3: Qualidade](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081404/5f050da67e708231d4110680/html5/thumbnails/3.jpg)
Programa
21 de agosto de 2017
• Apresentação dos participantes
• Importância dos dados de herbários
• Breve apresentação do INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos
• O projeto
• A rede de herbários e outros provedores de dados
• indicadores
• Herbário Virtual on-line: apresentação sucinta dos componentes do sistema on-line
![Page 4: INCT –Herbário Virtual da Flora e dos Fungos · importância dos dados de herbário • Dia 2: Interface de busca do Herbário Virtual: apresentação e oficina • Dia 3: Qualidade](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081404/5f050da67e708231d4110680/html5/thumbnails/4.jpg)
Programa (Cont.)
22 de agosto de 2017
• Apresentação da interface de busca on-line:
• formulário de busca
• análise dos resultados: inventários; gráficos, mapas, imagens, resumo, download
• Oficina dos participantes: prática utilizando a interface de busca
• Discussão: o que funciona, o que não funciona ou pode melhorar, o que não existe e seria importante implementar
![Page 5: INCT –Herbário Virtual da Flora e dos Fungos · importância dos dados de herbário • Dia 2: Interface de busca do Herbário Virtual: apresentação e oficina • Dia 3: Qualidade](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081404/5f050da67e708231d4110680/html5/thumbnails/5.jpg)
Programa (Cont.)
23 de agosto de 2017 - Qualidade dos dados
Apresentação• A coleta de espécimes: erros e omissões
• A digitação dos dados: erros e omissões
• Ferramentas para completar informações geográficas: geoLoc, infoXY, conversor
• Aplicativos para detectar possíveis erros: Data Cleaning
• Ferramenta para informar erros ao curador (comentários ou anotações)
• Oficina: análise dos dados de herbários
• Discussão: o que funciona, o que não funciona ou pode melhorar, o que não existe e seria importante implementar
![Page 6: INCT –Herbário Virtual da Flora e dos Fungos · importância dos dados de herbário • Dia 2: Interface de busca do Herbário Virtual: apresentação e oficina • Dia 3: Qualidade](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081404/5f050da67e708231d4110680/html5/thumbnails/6.jpg)
Programa (Cont.)
24 de agosto de 2017
• Apresentação das ferramentas• Lacunas (http://lacunas.inct.florabrasil.net)
Ferramenta que apresenta o status dos dados do Herbário Virtual na rede speciesLink para cada espécie da Flora do Brasil 2020
• BioGeo (http://biogeo.inct.florabrasil.net)Sistema que usa técnicas de modelagem de nicho ecológico para expandir o conhecimento sobre a biogeografia de plantas e fungos do Brasil. Mapas de distribuição potencial podem ser gerados, buscados, visualizados e baixados para cada espécie.
• Discussão sobre as ferramentas
25 de agosto de 2017
• Agenda aberta
![Page 7: INCT –Herbário Virtual da Flora e dos Fungos · importância dos dados de herbário • Dia 2: Interface de busca do Herbário Virtual: apresentação e oficina • Dia 3: Qualidade](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081404/5f050da67e708231d4110680/html5/thumbnails/7.jpg)
INCT – Herbário Virtual da Flora e dos Fungos
O projeto
![Page 8: INCT –Herbário Virtual da Flora e dos Fungos · importância dos dados de herbário • Dia 2: Interface de busca do Herbário Virtual: apresentação e oficina • Dia 3: Qualidade](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081404/5f050da67e708231d4110680/html5/thumbnails/8.jpg)
Dados de herbário
O que, onde,
quem, quando
![Page 9: INCT –Herbário Virtual da Flora e dos Fungos · importância dos dados de herbário • Dia 2: Interface de busca do Herbário Virtual: apresentação e oficina • Dia 3: Qualidade](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081404/5f050da67e708231d4110680/html5/thumbnails/9.jpg)
A base ...
SBB Sociedade Botânica do Brasil
• Políticas Para Coleções Botânicas
• Congresso Nacional de Botânica
• Rede Brasileira de Herbários
• Pós-Graduação
• Pesquisa
• Parcerias Internacionais
Parcerias Internacionais
Tecnologia da Informação BotânicaTecnologia da
Comunicação
![Page 10: INCT –Herbário Virtual da Flora e dos Fungos · importância dos dados de herbário • Dia 2: Interface de busca do Herbário Virtual: apresentação e oficina • Dia 3: Qualidade](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081404/5f050da67e708231d4110680/html5/thumbnails/10.jpg)
Banco de
dados da
coleção
Expedição
N° catálogo
Armário
Família
Espécie
Gênero
País
Localidade
Habitat
Observação
Ma
pe
am
en
to d
os
cam
po
s
Mo
de
lo d
e d
ad
os
Da
rwin
Co
re catalog number
genus
family
species
country
notes
Registros
on-line
(Todos de
acesso
público)
Filtro para dados sensíveis
Acesso livre e aberto a dados
não sensíveis
locality
spLinker: mapeamento dos campos
BLOQUEADOLat/long
Registro
Computador do Herbário Servidor Regional
![Page 11: INCT –Herbário Virtual da Flora e dos Fungos · importância dos dados de herbário • Dia 2: Interface de busca do Herbário Virtual: apresentação e oficina • Dia 3: Qualidade](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081404/5f050da67e708231d4110680/html5/thumbnails/11.jpg)
Metadados
dataCleaning
network manager
Interface de buscaInterface de busca
indicadoresindicadores
gráficosgráficos
imagensimagens
mapasmapas
dadosdados
metadadosmetadados
Relatóriodata cleaning
Relatóriodata cleaning
ferramentasferramentas
Análise dos dados Serviços Web
mapCRIA
Provedor TAPIR/IPT
Exsiccatae
Requisições
externas
Mobot
Indexador
…MNHN iDigBio
Servidores Regionais
Repositório Central
Coleções com
provedores
Coleções com
provedores
Coleções sem
provedores
Coleções sem
provedores
IPT/TAPIR/DiGIR
spLinker
TAPIR
NYBG Smithsonian
modelagem
Indicadores
Lacunas
BioGeo
abelhas
Flora 2020
iDigBio
GBIF
SIBBr
Componentes do Sistema on-line
Uso dos dados
![Page 12: INCT –Herbário Virtual da Flora e dos Fungos · importância dos dados de herbário • Dia 2: Interface de busca do Herbário Virtual: apresentação e oficina • Dia 3: Qualidade](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081404/5f050da67e708231d4110680/html5/thumbnails/12.jpg)
speciesLinkbanco de dados
imagensmetadados
SPRBAH BOTU BHCBUFG CESJ E
serv
iço
s w
eb
servidor de imagens
SP RNYP BHCBUFGCESJE
INCT-HVFF serviço exsiccatæ
![Page 13: INCT –Herbário Virtual da Flora e dos Fungos · importância dos dados de herbário • Dia 2: Interface de busca do Herbário Virtual: apresentação e oficina • Dia 3: Qualidade](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081404/5f050da67e708231d4110680/html5/thumbnails/13.jpg)
FIREWALL
(Brasília)
RNP / IDC
INTERNET
CRIA – RNP/IDC (Topologia do CRIA em Brasília)
Túnel VPN
FIREWALL CRIA
(Brasília)
FIREWALL CRIA
(Campinas)
Switch CRIA no IDC
Rede privada
Rede IDC
![Page 14: INCT –Herbário Virtual da Flora e dos Fungos · importância dos dados de herbário • Dia 2: Interface de busca do Herbário Virtual: apresentação e oficina • Dia 3: Qualidade](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081404/5f050da67e708231d4110680/html5/thumbnails/14.jpg)
Evolução do número de registros on-line
Projeto INCT-HVFF (CNPq)
http://splink.cria.org.br/indicators
![Page 15: INCT –Herbário Virtual da Flora e dos Fungos · importância dos dados de herbário • Dia 2: Interface de busca do Herbário Virtual: apresentação e oficina • Dia 3: Qualidade](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081404/5f050da67e708231d4110680/html5/thumbnails/15.jpg)
Evolução do No. de conjuntos de dados on-line
http://www.splink.org.br/showNetwork
![Page 16: INCT –Herbário Virtual da Flora e dos Fungos · importância dos dados de herbário • Dia 2: Interface de busca do Herbário Virtual: apresentação e oficina • Dia 3: Qualidade](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081404/5f050da67e708231d4110680/html5/thumbnails/16.jpg)
Uso dos dados
http://inct.splink.org.br/showUsage
![Page 17: INCT –Herbário Virtual da Flora e dos Fungos · importância dos dados de herbário • Dia 2: Interface de busca do Herbário Virtual: apresentação e oficina • Dia 3: Qualidade](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081404/5f050da67e708231d4110680/html5/thumbnails/17.jpg)
Pesquisa sobre o uso dos dados (rede speciesLink)
http://www.splink.org.br/dataUse
![Page 18: INCT –Herbário Virtual da Flora e dos Fungos · importância dos dados de herbário • Dia 2: Interface de busca do Herbário Virtual: apresentação e oficina • Dia 3: Qualidade](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081404/5f050da67e708231d4110680/html5/thumbnails/18.jpg)
Perfil dos usuários (625 respostas)
http://www.splink.org.br/dataUse
![Page 19: INCT –Herbário Virtual da Flora e dos Fungos · importância dos dados de herbário • Dia 2: Interface de busca do Herbário Virtual: apresentação e oficina • Dia 3: Qualidade](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081404/5f050da67e708231d4110680/html5/thumbnails/19.jpg)
Origem dos Usuários
Brasil: 95%
Outros países: Estados Unidos, Reino Unido, Alemanha, Argentina, Portugal, Itália,
México, Holanda, Colômbia
![Page 20: INCT –Herbário Virtual da Flora e dos Fungos · importância dos dados de herbário • Dia 2: Interface de busca do Herbário Virtual: apresentação e oficina • Dia 3: Qualidade](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081404/5f050da67e708231d4110680/html5/thumbnails/20.jpg)
Infraestrutura de pesquisa e uso dos dados
Canhos DAL, Sousa-Baena MS, de Souza S, Maia LC, Stehmann JR, et al. (2015) The Importance
of Biodiversity E-infrastructures for Megadiverse Countries. PLoS Biol 13(7): e1002204.
doi:10.1371/journal.pbio.1002204
http://journals.plos.org/plosbiology/article?id=info:doi/10.1371/journal.pbio.1002204
1,6 milhão registros/dia
![Page 21: INCT –Herbário Virtual da Flora e dos Fungos · importância dos dados de herbário • Dia 2: Interface de busca do Herbário Virtual: apresentação e oficina • Dia 3: Qualidade](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081404/5f050da67e708231d4110680/html5/thumbnails/21.jpg)
Evolução de dados primários da flora do Brasil on-line e no. de espécies descritas por especialistas brasileiros e do exterior
Canhos DAL, Sousa-Baena MS, de Souza S, Maia LC, Stehmann JR, et al. (2015) The Importance
of Biodiversity E-infrastructures for Megadiverse Countries. PLoS Biol 13(7): e1002204.
doi:10.1371/journal.pbio.1002204
http://journals.plos.org/plosbiology/article?id=info:doi/10.1371/journal.pbio.1002204
![Page 22: INCT –Herbário Virtual da Flora e dos Fungos · importância dos dados de herbário • Dia 2: Interface de busca do Herbário Virtual: apresentação e oficina • Dia 3: Qualidade](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081404/5f050da67e708231d4110680/html5/thumbnails/22.jpg)
Banco de dados centralizado
Interface de busca
Bancos de dados dos herbários
O que é uma e-Infraestrutura?
![Page 23: INCT –Herbário Virtual da Flora e dos Fungos · importância dos dados de herbário • Dia 2: Interface de busca do Herbário Virtual: apresentação e oficina • Dia 3: Qualidade](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081404/5f050da67e708231d4110680/html5/thumbnails/23.jpg)
INCT Herbário Virtual da Flora e dos Fungos
• dados de ocorrência de espécies
• imagens (vouchers, planta viva, pólen)
• mapas, gráficos, sínteses, catalogos (dinâmico)
• dados de ocorrência de espécies
• imagens
Ferramentas
• data cleaning
• georreferenciamento
automático
• indicadores
Serviços web
• dados
• imagens
• mapas
• ferramentas
Interface de busca
• Cibertaxonomia
• Sistema de anotação
• Lacunas
• BioGeo
![Page 24: INCT –Herbário Virtual da Flora e dos Fungos · importância dos dados de herbário • Dia 2: Interface de busca do Herbário Virtual: apresentação e oficina • Dia 3: Qualidade](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081404/5f050da67e708231d4110680/html5/thumbnails/24.jpg)
Dados de herbário
O que, onde, quem, quando
interação com outros grupos
taxonômicos, filogenia, DNA,
… , uso por outros públicos …
![Page 25: INCT –Herbário Virtual da Flora e dos Fungos · importância dos dados de herbário • Dia 2: Interface de busca do Herbário Virtual: apresentação e oficina • Dia 3: Qualidade](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081404/5f050da67e708231d4110680/html5/thumbnails/25.jpg)
http://abelha.cria.org.br
![Page 26: INCT –Herbário Virtual da Flora e dos Fungos · importância dos dados de herbário • Dia 2: Interface de busca do Herbário Virtual: apresentação e oficina • Dia 3: Qualidade](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081404/5f050da67e708231d4110680/html5/thumbnails/26.jpg)
… preparando o caminho parao futuro
![Page 27: INCT –Herbário Virtual da Flora e dos Fungos · importância dos dados de herbário • Dia 2: Interface de busca do Herbário Virtual: apresentação e oficina • Dia 3: Qualidade](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081404/5f050da67e708231d4110680/html5/thumbnails/27.jpg)
22/08/2017
• Apresentação da interface de busca on-line: • formulário de busca• análise dos resultados: inventários; gráficos, mapas, imagens,
resumo, download
• Oficina dos participantes: prática utilizando a interface de busca
• Discussão: o que funciona, o que não funciona ou pode melhorar, o que não existe e seria importante implementar
• Para quem tiver um tempinho veja: • SpeciesLink - Interface de busca e dicas de uso
(www.youtube.com/watch?v=I-4ftIWrKUA&feature=youtu.be)• Veja “dicas de uso” na barra superior da interface de busca
(http://inct.splink.org.br)