Ignat vita artur
-
Upload
katya-cherniak -
Category
Documents
-
view
126 -
download
0
Transcript of Ignat vita artur
![Page 1: Ignat vita artur](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022042701/55b1576dbb61eb65028b45cd/html5/thumbnails/1.jpg)
Определение генетической близости современных и
древних людей
![Page 2: Ignat vita artur](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022042701/55b1576dbb61eb65028b45cd/html5/thumbnails/2.jpg)
Генотипы и SNPХромосома Позиция Аллель1Аллель2
![Page 3: Ignat vita artur](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022042701/55b1576dbb61eb65028b45cd/html5/thumbnails/3.jpg)
Дано:
• Генотип шимпанзе• Генотипы неандертальца/денисовца• Генотип африканца• Генотипы европейцев
![Page 4: Ignat vita artur](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022042701/55b1576dbb61eb65028b45cd/html5/thumbnails/4.jpg)
Задача
Определить близость выбранных европейских геномов к геномам древнего человека
Критерии оценкиОценка «отлично» ставится за имплементирование программы по оценки генетической близости и успешное использование её для генома неандертальца и денисовца
![Page 5: Ignat vita artur](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022042701/55b1576dbb61eb65028b45cd/html5/thumbnails/5.jpg)
Кластеризация раковых транскриптов
![Page 6: Ignat vita artur](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022042701/55b1576dbb61eb65028b45cd/html5/thumbnails/6.jpg)
Экспрессия генов
Ген А
Ген B
Ген C
Ген А
Ген B
Ген C
Здоровая клетка Раковая клетка
![Page 7: Ignat vita artur](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022042701/55b1576dbb61eb65028b45cd/html5/thumbnails/7.jpg)
Классификация раковых заболеваний
• по локализации• по степени тяжести• по степени локализации метастазирования
• по молекулярным маркёрам• и др.
![Page 8: Ignat vita artur](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022042701/55b1576dbb61eb65028b45cd/html5/thumbnails/8.jpg)
Дано
GSM44162GSM44162GSM44162GSM44162GSM44162GSM44162HNRNPKANAPC5RPS3ADDR1RFC2
HSPA6PAX8GAS6
MMP14
10.9269 11.4756 11.2247 11.4789 11.1394 11.557217.0298 17.8693 17.6399 19.3888 16.6877 18.416412.1243 12.0265 12.8042 12.8837 12.5081 12.835911.8174 13.2261 13.6278 12.3521 13.2185 13.335811.643 12.8227 12.2618 12.5588 11.5318 12.1442
39.9012 45.917 47.4637 45.7842 39.3191 42.805414.7839 16.8521 16.6496 14.3344 16.0318 14.98311.0479 13.093 12.7751 12.4258 11.8884 12.756523.4894 28.2594 26.2418 30.8113 24.0696 29.9898
Раковые линии
Гены
Уровень транскрипции
![Page 9: Ignat vita artur](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022042701/55b1576dbb61eb65028b45cd/html5/thumbnails/9.jpg)
Задача
Разбить раковые линии на кластеры и сравнить с биологическим разбиением
Критерии оценкиОценка «отлично» ставится за имплементирование программы по разбиению раковых линий на приближенные к биологическим кластеры
![Page 10: Ignat vita artur](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022042701/55b1576dbb61eb65028b45cd/html5/thumbnails/10.jpg)
Симулятор прочтений генома
![Page 11: Ignat vita artur](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022042701/55b1576dbb61eb65028b45cd/html5/thumbnails/11.jpg)
Секвенирование – процесс чтения генома из биологического материала (слюна, кровь, ткань). На выходе много коротких (30-1000) последовательностей (ридов) взятых из случайных мест генома
Выравнивание – определение того, где эти риды встречаются в эталонном геноме
Чтение генома
![Page 12: Ignat vita artur](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022042701/55b1576dbb61eb65028b45cd/html5/thumbnails/12.jpg)
Измерение качества
~10 различных секвенаторов
~100 различных алгоритмов выравнивания
Нужен инструмент сравнения и измерения качества
![Page 13: Ignat vita artur](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022042701/55b1576dbb61eb65028b45cd/html5/thumbnails/13.jpg)
Научиться генерировать риды из заранее известных мест, вносить в них ошибки, подобные тем, что получаются в ходе работы секвенатора
Сравнить на полученных данных различные алгоритмы выравнивания
Задача
Критерии оценкиОценка “отлично” ставится за построение правдоподобного генератора и успешно проведенное сравнение нескольких алгоритом выравнивания
![Page 14: Ignat vita artur](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022042701/55b1576dbb61eb65028b45cd/html5/thumbnails/14.jpg)
Моделирование пространственной структуры РНК
![Page 15: Ignat vita artur](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022042701/55b1576dbb61eb65028b45cd/html5/thumbnails/15.jpg)
Исходный код
>ThrombinGCGTGAGCCACTGCGCCCTGACCACATATAATTTTTATTAATTATAATGTTGAAAGTCCCTTTATTCCAC
<...>
TGGTGCACGCTGGTAGTCCGAGCACTCGGGAGGCTGAGGTGGGAGGAT
>15TBAGGTTGGTGTGGTTGG
>tmRNAGGGGCTGATTCTGGATTCGACGGGATTTGCGAAACCCAAGGTGCATGCCGAGGGGCGGTTGGCCTCGTAA
AAAGCCGCAAAAAATAGTCGCAAACGACGAAAACTACGCTTTAGCAGCTTAATAACCTGCTTAGAGCCCT
CTCTCCCTAGCCTCCGCTCTTAGGACGGGGATCAAGAGAGGTCAAACCCAAAAGAGATCGCGTGGAAGCC
CTGCCTGGGGTTGAAGCGTTAAAACTTAATCAGGCTAGTTTGTTAGTGGCGTGTCCGTCCGCAGCTGGCA
AGCGAATGTAAAGACTGACTAAGCATGTAGTACCGAGGATGTAGGAATTTCGGACGCGGGTTCAACTCCC
GCCAGCTCCACCA
![Page 16: Ignat vita artur](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022042701/55b1576dbb61eb65028b45cd/html5/thumbnails/16.jpg)
Скомпилированные бинарники
Тромбин
15TBA
tRNA tmRNA
![Page 17: Ignat vita artur](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022042701/55b1576dbb61eb65028b45cd/html5/thumbnails/17.jpg)
Веб-сервис
http://dualopt1.cmm.msu.ru
![Page 18: Ignat vita artur](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022042701/55b1576dbb61eb65028b45cd/html5/thumbnails/18.jpg)
Задачи
● Front-end:
* Сайт
* Очередь задач
* Почтовые уведомления
● Back-end:
* Чтение входных файлов (*.pdb, *.ct)
* Создание крупно-зернистой модели
* Подготовка входных файлов для GROMACS
* Чтение *.pdb и восстановление полноатомной модели (немного линейной алгебры)