HERBIER NUMERIQUE COLLABORATIF DE MAURICE · 2014. 10. 2. · Un herbier numérique collaboratif?...

HERBIER NUMERIQUECOLLABORATIF DE MAURICE

par et pour les élèves et lespar et pour les élèves et lesenseignants des établissements àprogramme français de Maurice

Une banque de données photographiques et informativessur les espèces végétales poussant à Maurice.

Construite en commun par les enseignants et les élèvesdes établissements français à Maurice.

Un herbier numérique collaboratif?

des établissements français à Maurice.

En collaboration avec des équipes de recherche,notamment l’équipe CIRAD du projet Pl@ntnet : Création et hébergement de la base de données.

Hébergement du site dédié à l’herbier.

Expertise scientifique.

Pl@ntNet est une initiative portée par trois équipes aux compétencescomplémentaires : l'Unité Mixte de Recherche CIRAD-CNRS-INRA-IRD-Université Montpellier 2 "botAnique et bioinforMatique de l'Architecturedes Plantes" (AMAP), l'Equipe-projet Imedia de l'INRIA Rocquencourt, etl'Association Tela Botanica.

Objectifs

Développer la démarche d’investigation naturaliste.

Sensibiliser les élèves au patrimoine naturel unique queconstitue la biodiversité mauricienne.

Rendre les élèves acteurs de la création d’un véritable outilscientifique.scientifique.

Les familiariser avec les outils du web, à travers laparticipation à la construction et l’utilisation d’une base dedonnées collaborative.

Construire une collection de référence utilisable etconsultable librement en ligne.

La démarcheCollecter des données

. sur le terrain→ photographies, description morphologique

. dans la biblio→ noms scientifiques, noms communs, usages,écologie…

Construire la base :

. sur le web (Bdd en ligne),→Données taxonomiques→ Observations botaniques→ Lieux d’observations→Auteurs

Site Web dédié

Un espace de diffusion. autonome,

. libre d’accès. pour consulter et rendreécologie… →Auteurs

visible le travail réalisé

validation

:Seuil : 50 espèces illustréespar 500 à 600 images

Une base de donnéescollaborative

Construite et consultable par les enseignants et leursélèves.

Selon un schéma simple de gestion des données.

Chaque établissement bénéficie d’un accès et contribuecomme il le souhaite et quand il le souhaite.comme il le souhaite et quand il le souhaite.

Etablissements et auteurs des images sont clairementidentifiés.

Un site Web dédié à l’herbiercollaboratif

Libre d’accès : consultation par tout internaute des donnéesagrégées par les élèves et les enseignants , et validées par lespartenaires.

Les auteurs et les établissements sont identifiés et restentpropriétaires de leurs images.

Un espace qui continuera à s’enrichir en fonction des contribution,

Une collection de référence, support de diffusion des connaissancessur les espèces traitées

Exemples de sites Pl@ntnet

• http://publish.plantnet-project.org/project/vanuaflora

• http://publish.plantnet-project.org/project/planttreerun

Quand et comment participer?

Dans le cadre des enseignements, de clubs, desorties…

A titre individuel.

La participation à l’Herbier peut être un projet en soi ouune composante de n’importe quel projet ou activitéintégrant ou pouvant intégrer l’observation de plantes.intégrant ou pouvant intégrer l’observation de plantes.

Thème : n’importe quel thème impliquant les végétauxvasculaires : l’arbre de la cour, les plantes del’établissement, plantes médicinales, ornementales,alimentaires, du Parc National ou d’une réservenaturelle, de la plage, du bord de route, de lamangrove…

Quand et comment participer? Sur le terrain :

Observations

Collecte des données photographiques

Collecte des données géographiques

Recueil d’informations (écoute d’animateurs nature par exemple)

En classe : En classe :

Détermination des espèces

Description

Estimation de la qualité des images

Collecte de données bibliographiques

Rédaction puis saisie en ligne :

• des observations

• des fiches taxonomiques.

Géolocalisation

La collecte des donnéesphotographiques

Données récoltées utilisables et exploitables parles scientifiques.

Selon le protocole de prise d'images développédans le cadre du projet scientifique Pl@ntnet:dans le cadre du projet scientifique Pl@ntnet: Acquisition de plusieurs images pour chaque individu végétal

observé, prises par un seul observateur.

Images capturées selon des critères précis.

Données complémentaires pour chaque individuobservé : date, heure, auteur (= photographe),nombre et détail des photos, lieu, localisationgéographique (longitude, latitude, altitude).


Objectif : permettre la meilleure identification possible.

Méthode :

Choisir une espèce à étudier (le choix d'un arbre en bonne santé,bien positionner dans l’espace, au bon stade de développement, doits'avérer judicieux)

Réaliser plusieurs photographies de la même plante : le mêmejour, avec le même appareil photographique (ou smartphone) avecjour, avec le même appareil photographique (ou smartphone) avecles mêmes conditions d'observations (lumière, éclairage...). Une

définition moyenne peut suffire, toutefois une haute définition peut permettre deretoucher ultérieurement l’image pour recentrer le sujet ou sélectionner une zoneseulement.

Photographier le plus grand nombre d’éléments possibles :Port, Feuille, Fleur, Fruit, Ecorce ou Tige, Branche, Disposition desfeuilles.

Si possible, faire des photographies de plusieurs individus demême espèce pour prendre en compte les variétés de forme et decouleur. (même photographe ou photographes différents)


Dans cet exemple, 6 images du même arbre sont prises

par un même observateur le même jour : 1 port général, 2feuilles, 3 fleurs.

Source : http://www.imageclef.org/2014/lifeclef/plant

La récolte de quelques feuilles pour un scannage hautedéfinition peut parfois être un complément approprié.La récolte de fleurs peut permettre l’observationmicroscopique et la capture d’image des grains de pollen.

La qualité des images

Source : http://www.imageclef.org/2014/lifeclef/plant

Qualité et catalogage des images

Visionner les images et éliminer les images nonexploitables…avec mesure.

Renommer les images, par exemple selon leurauteur :auteur :

deux première lettres du prénom+deuxpremières lettres du nom+numéro d’ordre.

Exemple : Laurence Comte: laco1, laco2,laco3…

IMPORTANT: 2 images de la base ne doivent en aucuncas avoir le même nom.

Réunir des copies des images dans un seulrépertoire.

Construire les donnéesassociées (métadonnées)

Pour chaque observation, noter :

le nom scientifique (s’aider de livres et du soutien de partenairesadaptés)

le nom commun

le nom de la Famille de la plante, le nom de la Famille de la plante,

la localité, + idéalement : longitude, latitude, altitude de la prise de vue

la date de la prise de vue

le nom et le prénom du photographe ainsi que sa classe et le nom deson école.

l'organe photographié

La description de la plante

l'usage qu'en font les gens (médicinal, cuisine...)

d’autres renseignements selon votre choix…

Construire les donnéesassociées

Ressources bibliographiques :

A guide to the plants in Mauritius – Mauritian WildlifeFoundation – R. Atkinson &J.-C.Sevathian.

Guide illustré de la flore de Maurice et des Iles deGuide illustré de la flore de Maurice et des Iles del’Océan Indien – Ameenah Gurib Fakim .

Les plantes à leur histoire à l’Ile Maurice – G.Rouillard & J. Guého.

Flore des Mascareignes; La Réunion. Maurice.Rodrigues – IRD; MSIRI;RBG Kew

Ressources humaines : contacts scientifiques à mobiliser ou développer

http://balade-en-maraispoitevin.chez-alice.fr/htm/frameflor.htm

Construire lesdonnées

associées

http://infobenplante.blogspot.com/2014/02/notions-essentielles-de-botanique.html

Consulter et construire la basede données

Une base de données collaborative

Url générique: http://data.plantnet-project.org

Accès en mode Ecriture Accès en mode Ecriture Login : XXXXXX de type LLBherbiermaurice

Mdp : xxxxx

Un accès par établissement (à créer)

Une fois enregistrer sélectionner la base:

« herbier_coll_maurice_1 »

Créer l’accès à la base

Se connecter à : http://data.plantnet-project.org

Cliquer sur l’icône en haut à droite.

CompléterCompléter

la fenêtre.

Me transmettre le

LOGIN pour obtenir

les droits d’accès à

la base.

Consulter la base de données

Cliquez sur pni_observation, pour visualiserl’ensemble des observations de plantes enregistrées

Consulter la base de donnéesVisualiser le détail d’une observation

Double-cliquer sur le titre de l’observation


Accéder aux images

Renseignements

Cliquer sur une image pourvisualiser les images en grand

Un applet Java permetd’accéder aux

originaux réunis sur unserveur

Accéder aux images

Consulter la base de donnéesVisualiser le lieu d’une l’observation

Cocher puis cliquer sur Show themap for the selected entry


Voir les espèces référencées

Cliquer sur l’onglet orange etchoisir Taxonomie


Cliquer, pour avoir les genrespuis les espèces référencées

dans une famille


Cliquer pour visualiserl’ensemble des taxons

référencés


Cocher ou double cliquer pouraccéder à la fiche d’une

espèce


Cocher puis cliquer sur « Show linked docs forselected docs » pour visualiser les observations

enregistrées pour l’espèce considérée

Construire la base de données

Une observation =

Une fiche Observation à compléter

Des images à joindre.Des images à joindre.

Il faudra indiquer :

Un auteur

Le lieu d’observation

Le taxon = l’espèce

Il est pratique mais pasindispensable d’avoir saisices éléments avant Utilisation de la fonctionauto-completion

Construire la base de donnéesEnregistrer une nouvelle observation de plante

Cliquer sur « + » pourenregistrer une nouvelle

observation de plante

Construire la base de donnéesEnregistrer une nouvelle observation de plante

Compléterles champs


Cliquer pour valider

Si auteur, lieu et taxonexistent déjà, ils serontcomplétésautomatiquement .

Construire la base de donnéesUtilisation de la fonction autocompletion

Construire la base de donnéesUtilisation de la fonction autocompletion

Fonctionnalitéindispensablepour créer le

Cliquer pour valider

pour créer lelien entre lesobservations etla taxonomie.

Ne pasl’utiliser sil’identificationest incertaine.

Editer la fiche

2


Pour modifier la saisie

Visualiser les informations relatives à votre nouvelle observation

1

Rajouter les images


2

1

3

Rajouter les images


Rajouter les images


Glisser l’imageOuUtiliser la recherchede chemin

Rajouter les images


Rajouter les images


Pour créer successivementles différentes catégories dedonnées avant d’intégrerles images

Visualiser la nouvelle observation


Une observation

=

un individu observé

plusieurs images


plusieurs images

par un observateur

à une date donnée

à un endroit donné

1

Créer une localisation


2Créer une localisation


1

3

Créer une localisation


compléter

Ou positionner directement

Visualiser la nouvelle localisation


Il est toujours possible d’éditer lafiche pour modifier la saisie

Cocher

Construire la base de donnéesEnregistrer une nouvelle fiche « espèce » (fiche taxonomique)


Vérifier que l’espèce, le genre et la famille auxquels elle appartient ne sont pasdéjà référencés.

Selon le cas, cocher (ou cliquersur) root ou famille ou genrepour commencer la nouvellesaisie pour créer une-Une nouvelle famille-Un nouveau genre dans unefamille-Une nouvelle espèce dans ungenre


1

2

3


Compléter le champpar un nouveau nomde famille


Sélectionner la nouvelle familleque vous venez de créer

2

3


Compléter le champpar un nouveau nomde genre


Sélectionner le nouveau genre

2

3


Compléter le champpar un nouveau nomd’espèce.

Compléter les autreschamps.Cette saisie peut sefaire ultérieurement.

Construire la base de donnéesVisualiser une fiche « espèce » (fiche taxonomique) et la modifier

Cliquer sur Edit pour afficherla fiche et pouvoir la modifier,la compléter.

Sélectionner

Construire la base de données :les observateurs

Sélectionner pourenregistrer une nouvelleclasse ou un nouvel élèveindépendamment d’uneclasse.


Compléter le champpar le nom de la classe


Pour enregistrer les élèvesd’une classe, cocher laclasse puis +.


Compléter le champpar le nom d’un élève

Pour saisir les nomsd’autres élèves

Quand tous les noms des élèvesde la classe ont été saisis


Sélectionner pourenregistrer un nouvelenseignant.


Compléter le champpar le nom del’enseignant

Herbier numériquecollaboratif de Maurice

• Si vous souhaitez davantage d’explications,

• Si vous souhaitez échanger au sujet d’un projet,

• Si vous souhaitez participer,

Contact : [email protected]

Tutoriels extraits du diaporama disponibles sur le site :

www.svt-aaoi.com

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