Hálózati Biológia
description
Transcript of Hálózati Biológia
Hálózati Biológia
A sejt funkcionális működésének
megértése
A Kezdet…
• Jelenleg ismert modellek :
- Szociális (A társas lény) - Technikai (Internet) - Biológiai (Gének közötti,fehérjék közötti,metabolikus,transzkripciós,
transzlációs)
Ezek különbözőségei jelentősek, de a hasonlóságok még fontosabbak !!!
VágyakVágyak & Kihívások
• Alapvető törvényszerűségek megállapítása
• Az evolúció és itteni megjelenése• „Quo vadis homo ?” – Térbeliség• Mérhető paraméterek felderítése• Nagy kapacitású és gyors módszerek• Kreativitás és megfontoltság
Alapfogalmak
1. Elvonatkoztatva gráfokról beszélhetünk
2. Csomópontok és kapcsolatok változatosak (egy molekula lehet mindkettő)
3. Egy pont kapcsoltsági foka
4. Írányitottság az összeköttetésekben
5. Legrövidebb út , átlagos úthossz
6. Csoportosulási együttható és átlaga
7. Eloszlások jellegzetességei
Csomópont kapcsoltsági foka
• Megmutatja hány kapcsolata van a pontnak• Lehet irányított , ilyenkor a ki- és bemenőket külön
számoljuk• Irányítatlan hálózatnál az átlagos kapcsoltsági fok :
<k>=2L/N
L = kapcsolatok száma (links)
N = pontok száma (nodes)
k = kapcsoltsági fok
<> = átlagolás
Kapcsoltsági fok - eloszlás
• Megadja annak a valószínűségét , hogy egy pontnak pontosan k kapcsolata van
• Jelölése : P(k)• Számítása : Összeadjuk a k számú kapcsolattal
rendelkező pontot és elosztjuk az össz-csomópontok számával
• Grafikusan ábrázolva , így különbséget tehetünk más-más Hálózati Architektúrák között.
Legrövidebb út , átlagos úthossz
• Két pont közötti legkevesebb kapcsolatok száma• Jele : l , indexként honnan-hova
• Irányított hálózatoknál lab és lba gyakran különbözik
• Az átlagos úthossz pedig a legrövidebb utak átlaga minden pontra , mely a navigálhatóságról tájékoztat minket
• Jele : <l>
Csoportosulási együttható
• Háromszög alkotás „kényszere”• Jelölése : C• Számítása : Ci = 2ni/k(k-1)
i = adott pont n = az i szomszédait párokká összekötő vonalak
száma k = i nodus kapcsoltsági foka
Ezen értéknek is van k szerinti eloszlása , mely egy rendszer hierarchikusságára utal
Öööösszegzésként
• A <k> , <l> , <C> nagyon is függ a csomópontok ,kapcsolatok számától (N és L)
• Ám a P(k) és C(k) nem , így alkalmas különböző rendszerek rendezésére
Nem irányított Irányított
CA = 2/20
CF = 0
lAB = 3
lBA = 1
Hálózati Architektúrák
Véletlenszerű Hálózatok
Tulajdonságok • Kapcsolatok véletlen elhelyezkedése• A P(k) Poisson-eloszlást követ• A pont-párok p valószínűséggel kapcsolódnak• Ez N pontnál pN(N-1) random kapcsolatot ad• Két pont között kevés számú „vonal”
• Nincs asszortativitás (direkt kapcsolhatóság) a sok kapcsolattal rendelkező pontok (hub-ok) között,mert utobbiak nincsenek is
• Megfigyelhető , hogy l ~ logN
(l)
„Kis-világ”
P(k)
k
C(k)
k
Képekben
Mérték-szabad Hálózatok
Tulajdonságok 1.• Biológiában és technológiában ez gyakori• Hub-ok léteznek• „Ultra-kicsi világ”• Diszasszortativitás : hub-ok pár „vonal” távolságra
Szociális Hálózatok
„Connecting People”
A logP(k) erősen csökkenő eloszlást mutat
Tulajdonságok 2.• P(k) ~ k-g ahol g a kapcsoltsági kitevő (2<g<3)• M számú összeköttetéssel rendelkező hub csak bizonyos szabályok szerint lehet a rendszer
alkotóeleme
• Már létező T ponthoz való csatlakózásának a valószínűsége :
• Belsőleg fakadó modularitás nincs , így C(k) független
k-tól
EVOLÚCIÓEVOLÚCIÓ
kJ = összes pont kapcsolata
Lásd :”Quo vadis homo ?”Lásd :”Quo vadis homo ?”
i
P(k)
k k
= Kimenő kapcsolatok
= Bemenő kapcsolatok
a b
a. Archeoglobus fulgidus
b. E.coli
Kitekintés(Evolúció)
Alapvető mechanizmusok
• Növekedés - Új csomópontok belépése adott idő alatt
• Kedvező kapcsolódás - Mentül több „vesszőcske” annál jobb a „köröcske”
• Génduplikáció eredet
• Ősök hagyatéka - RNS világ : koenzim-A , NAD , GTP
Hálózati Architektúrák(A végső megoldás)
Hierarchikus Hálózatok
„Quo vadis homo ?”• Ha a térbeliséget nézzük:
Funkcionális modulok Algráfok
Dinamikus
Lehet ideiglenes is
Protein-RNS
Sejtciklus fehérjéi
Alakzatok melyek,poligonok is
lehetnek
absztr
Tulajdonságok 1.• Modul már a mérték-szabad hálózatnál is előfordul• Ez relative izolált lehet• Összeegyeztethetetlen a hubok magas kapcsoltsági
fokával• Megoldás erre a hierarchikus elrendezés ! C(k) ~ k-1
- alacsony a köttetések száma egy pontnál : modulbeli
- magas a köttetések száma egy pontnál : modulok közötti
Tulajdonságok 2.• Hálózati robosztusság : - Csomópontok eltávolítása funkcionális
dezintegrációhoz vezet ?!?
- Nem , a random károsodás kis k-s pontokat érint
- De s hub-ok megbízhatósága sebezhetőséget jelent
S.cerevisiae : 10% protein esszenciális (k<5)
60% protein esszenciális (k>15)
(Deléciós analízis által)
- Fehérje deléciós fenotípusától is függ (csomópontok !)
- Külső körülmények nagy tolerálása
E.coli chemotaxis receptora
Áramlás-egyensúlyi megközelítés
A kapcsolatok erőssége mérhető reakciósebességgel
Következtetések és Tervek
A molekuláris állomány hálózati elemek kapcsolataként is megvitatható
Fontosabbá válik , és mérhetővé a
viselkedés , struktúra , funkció közötti szerepjáték
A tulajdonságok rendeződnek , hogy lássuk egy sejt életét
Molekuláris medicina modul-szinten
„A piros,vagy a kék tablettát kéred ?”
Vége…