Gimenez Presentation06

1

Présentation du PFE:

“Documentation et extension d'une librairie de traitement

d'images médicales 3D et 4D”

María Cristina GIMENEZ

2

Présentation du PFE:“Documentation et extension d'une librairie de

traitement d'images médicales 3D et 4D”

Mon projet:Mon projet:

Mise en place d’une Mise en place d’une Politique de QualitéPolitique de Qualité : :

- Analyse et documentation de l’existant- Analyse et documentation de l’existant- Amélioration de l’existant - Amélioration de l’existant

tout en applicant cette Politique de Qualitétout en applicant cette Politique de Qualité

afinafin d’optimiser le travail développé d’optimiser le travail développé

3

Sommaire

1. Introduction

2. Présentation de l’entreprise

3. Objectifs généraux du stage

4. Phases de la Gestion du Projet

5. La Gestion Qualité

6. La Gestion du Temps

7. Conclusions

4

Introduction

• Lieu: Service de Radiothérapie du Centre Léon Bérard

• Durée: 4 mois (mai - sept 2006)

• Encadrants: – INSA: Vasile Marian SCUTURICI– CLB: David SARRUT et Simon RIT

5

Présentation de l’entreprise(1)

1. Le Centre Léon Bérard Spécialisé dans la cancérologie Centre régional Privé, d'intérêt public 3 missions:

• les soins, • la recherche,• et l'enseignement.

6

Présentation de l’entreprise (2)

2. Le Service de Radiothérapie Qu’est-ce que la Radiothérapie?

Équipe pluridisciplinaire de recherche:• Physiciens• Médecins• Informaticiens

Mission

7

Objectifs généraux du stage

Mise en place d'une Politique de QualitéPolitique de Qualité:

1. Analyse de l'existant

2. Documentation orientée utilisateur et développeur

3. Amélioration de l’existant

8

La Gestion du ProjetPhases:

1. Étude de l'existant: Architecture technique Outils de visualisation des images La librairie de traitement d'images ILR Le partage des fichiers source La documentation

2. Analyse de besoins Le partage des fichiers source La documentation La librairie ILR

3. Choix de solutions Pour le partage des fichiers source Pour la documentation Pour l'évolution de la librairie ILR

9

Étude de l'existant (1/5)Architecture technique

• 8 postes • Architecture X86• Système d’exploitation Suse• Logiciels libres• Système de fichiers NFS

10

Étude de l'existant (2/5)L'outil de visualisation des images: ViewVox

Quelques notions sur les images numériques:

Dimension: 2D, 3D, 4D (3D+temps)….. nD Type de pixel: (unsigned) int, (unsigned) char, double, float Image: matrice

Développé au sein du CLB

Visualisation des formats .vox, .ppm, .pgm

11

Étude de l'existant (3/5)La librairie ILR

2 classes principales: - GridBase, purement virtuelle- Grid<PixelType> hérite de GridBase

Dimension établie selon le constructeur:

Plusieurs fonctions pour les mêmes algorithmes:

Grid(const int x, const int y, const bool allocate); Grid(const int x, const int y, const int z, const bool allocate);

template<typename GridType> void gridMax(const GridType & input1, const GridType & input2, GridType & output););

template<typename GridType> void gridMax(const GridType & input1, const double & val, GridType & output);

12

Étude de l'existant (4/5)Le partage des fichiers source

CVS installé sur la machine de Simon(CVS: Concurrent Versions System)

Non accessible depuis l’extérieur

Seulement utilisé par Simon et David

13

Étude de l'existant (5/5)La documentation

Presque inexistente au début du stage

http://www.creatis.insa-lyon.fr/~dsarrut/ilr/



14

Analyse de besoins

1. Le partage des fichiers Accès sécurisé Accessible depuis l’extérieur Outil utilisé par tous

2. La documentation Disponible en ligne Syntaxe facile Partie “privée” et “publique”

3. La librairie ILR Généricité

15

Choix de solutions (1/8)Le partage des fichiers: CVS

Existant: celui installé sur la machine de Simon

Nouveau: celui de CREATIS

Accessible depuis l’extérieur du CLB Accès sécurisé grâce à une clé cryptée Manuel d’utilisation intégré dans la documentation Faisant partie des outils de développement courants

pour tous les développeurs du Service de Radiothérapie

16

Choix de solutions (2/8)La documentation: le Wiki

http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio

Avantages

Sécurité

Contenu

MAJ continue

http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio

17

Choix de solutions (3/8)L'évolution d'ILR: CLITK

a) Command Line: (pareil que dans ILR)

b) Une autre librairie: ITK Traitement d’images avec C++ (comme ILR) Beaucoup plus large qu’ILR Open-source software système, large doc Possibilité de lire de nouveaux formats de fichier (i.e: .vox !)

./clitkImageResample -i toto.vox -o titi.vox --size 128,-1,-1 --iso_spacing 1 -v

18


Image<PixelType, Dimension>

Filtres

typedef unsigned char PixelType;const unsigned int Dimension = 3;

typedef itk::Image< PixelType, Dimension > ImageType;

typedef itk::ImageFileReader< ImageType > ReaderType; ReaderType::Pointer reader = ReaderType::New(); const char * filename = argv[1]; reader->SetFileName( filename ); reader->Update(); ImageType::Pointer image = reader->GetOutput();

Quelques aspects importants d’ITK:

19


Comparative entre ILR, ITK et CLITK:

ILR ITK CLITKGrid<PT> Image<PT,Dim> GenericImage <PT,Dim>

3D ok, 2D avec bugs Toutes les dimensions Toutes les dimensions

Fonctions Filtres Filtres

.vox, .pgm, .ppm Tous (.vox rajoutable!) Tous (.vox inclus!)

Ligne de commandes Rien Ligne de commandes

20


D’autres caractéristiques de CLITK:

Côté utilisateur: Images génériques (pixel type et dimension inconnus)

À l’intérieur: Images non-géneriques et librairies d’ITK Mêmes outils que dans ILR mais plus de fonctionnalités Structure assez standardisée (développement rapide et

facile à reprendre pour le reste des développeurs)

21


Structure des fichiers d’un outil de CLITK:

22


Phases du développement de CLITK:

David (tuteur du PFE):• Lecture des fichiers .vox

Moi • Algorithmes non génériques de CLITK• Class pour gérer les images génériques• Reader et Writer pour lire/écrire des images génériques• Filtres génériques (en particulier,

cliktImageResample et clitkImageArithm)

23

La Gestion Qualité (I)

4 axes:

1. Le Code: Standard de code (intégré dans la doc) Partage des fichiers: CVS Plan de tests

2. La Documentation: Pour le code : faite par le développeur Sur le Wiki : même structure ILR et CLITK Pour les comptes rendus

24

La Gestion Qualité (II)

3. La Sécurité Code (CVS) Wiki (gestion des permissions faite par l’admin)

4. La Gestion du Temps Respect des délais Planning Prévisionnel VS Planning Réel

25

La Gestion du TempsLe planning prévisionnel VS le plannig réel:

Révision de la présentation. Soutenance2Semaine 2

Révision de la présentation.1Semaine 1

Tâche(s)Nb de joursSEPTEMBRE

Doc soutenance PFE4Semaine 5

Doc soutenance PFE5Semaine 4

CLITK, générateur de code. Doc partie CLITK4Semaine 3



Tâche(s)Nb de joursAOÛT

CLITK, algorithms génériques. Doc partie CLITK1Semaine 5





Tâche(s)Nb de joursJUILLET

CLITK, premiers algorithms. Doc partie CLITK4Semaine 5



Renseignement ITK4Semaine 2

Renseignement ITK2Semaine 1

Tâche(s)Nb de joursJUIN

Doc partie IRL3Semaine 5

Doc partie IRL4Semaine 4

Renseignment Wiki. Doc partie IRL5Semaine 3

Installation ILR, renseignement ILR4Semaine 2

Installation ILR, renseignement ILR3Semaine 1

Tâche(s)Nb de joursMAI

26

Conclusions

1. Intérêt du projet Côté CLB (Wiki, ILR, CLITK..) Mon côté (1er stage, CNRS..)

2. Axes d’amélioration Générateur de code Gestion du Temps

3. Remerciements

27

Questions …

Gimenez Presentation06

Documents

Transcript of Gimenez Presentation06