Génomique semence sexée_eaap2015

Génomique semence sexée : changements dans les choix de

reproduction des troupeaux laitiers en France

Pascale Le Mézec (1) Marion Benoit (2) Sophie Moureaux (1, 4) Clotilde Patry (2, 3)(1) Institut de l’Elevage, 149, rue de Bercy, 75595 PARIS cedex 12

(2) Allice, 149, rue de Bercy, 75595 PARIS cedex 12(3) EuroGenomics, 149, rue de Bercy, 75595 PARIS cedex 12

(4) INRA‐GABI, Domaine de Vilvert, 78352 JOUY‐EN‐JOSAS cedex

De nouveaux outils innovants pour les stratégies de sélection et de reproduction

Génomique :Index génomiques disponibles pour les jeunes ♂ … puis pour les ♀ en 2011

Précision élevée pour tous les caractères

Possibilité d’accroître le progrès génétique surtout pour les caractères fonctionnels

Semence sexée :

Succès : 90% veaux ♀après IA sexée ♀ (réussie)

Possibilité de trier les femelles en élevage

X

Pour les éleveurs : des changements dans le management du troupeau et de la stratégie de renouvellement

Dans les programmes de sélection : des changementsdans les orientations génétiques dans la mise en œuvre de la sélection des mâles et des femelles

2015

2009

Génomique, semence sexée... Institut de l'Elevage, réf 00152030422

La population de bovins laitiers en France : sélection et insémination

• Taureaux sur le marché / an – Programmes de sélection

2014 Nombre d’IA Nombre de taureaux >1000 IA

Nombre de vaches + génisses inséminées

Holstein 4 050 774 527 2 450 032

Montbéliarde 828 105 201 634 263

Normande 523 453 135 340 550

2009 2014

Taureaux de testage

Taureaux de service

Jeunes taureaux évalués en génomique sans descendance

Holstein 600 50 180

Montbéliarde 180 20 130

Normande 150 15 80

• Inséminations (IA) – Principales races laitières


définition utilisation

Évaluation classique

Taureaux testés sur descendance

Peu de taureaux,+ milliers d’IA

Taureaux de testage Nombreux taureaux, 300 IA premières

Évaluation génomique

Jeunes taureaux avecindex génomique, sans filles

Centaines de taureaux, peu d’IA

Taureaux évalués en génomique, confirméspar des filles

Dizaines de taureaux, quelques milliers d’IA

Une révolution dans l’utilisation des taureaux d’IA

2014: 70% IA par des jeunes

taureaux évalués en génomique


Deux phases de taureaux contribuant au progrès génétique

2009 : 1ère évaluation génomique = des index disponibles pour 4 séries de taureaux en attente de résultats de testage. Choix élargis, précision plus élevée surtout pour les caractères fonctionnels

Depuis 2012 : les taureaux indexés sont issus de programmes de sélection basés sur la génomique. Intensité de sélection accrue, précision améliorée

Évolution génétique des IA 1ères en race holstein ‐ Caractères fonctionnels et index de synthèse ISU

2009 : 1ère évaluation génomique

2012: 1ère génération de taureaux sélectionnés / infos génomiques


+ de progrès génétique pour les caractères fonctionnels

Évolution génétique des IA 1ères holstein en France (en unité standard : écart‐type génétique ECT)

En 2012 la composition de l’index de synthèse (ISU) est mise à jour avec + de poids pour les caractères fonctionnels : 37,5% ↗ 50% (Holstein)

2004‐2009 1ère évaluation génomique

2009‐2014 2004‐2014

Caractères fonctionnels ↗ +0,3 ECT ↗↗ +0,8 ECT +1,1

Production :Lait TP

↗ +0,7 ECT↘ ‐0,2 ECT

→ 0 ECT↗ +0,5 ECT

+0,7+0,3

Morphologie ↗ ↗ +1,0 ECT ↗ ↗ +1,3 ECT +2,3

ISU =Index de synthèse ↗ ↗ +1,3 ECT ↗ ↗ +1,5 ECT +2,8


Le génotypage des femelles

2014 : 100 000 ♀génotypées dans

les élevages (cumulé)

Programmes de sélection ,races laitières :• ~ 25 000 génotypages/ an

dont 15 000 femelles Stable =

Élevages commerciaux :• + de 100 000 femelles avec

index génomique• 75 000 nouvelles femelles

génotypées attendues en2015

• 96% ont – de 18 mois• ~ 6 000 éleveurs ont

essayé le génotypage

Croissance ++Génomique, semence sexée... Institut de l'Elevage, réf 00152030427

De nouveaux outils pour mettre l’accentsur les femelles

• Les éleveurs français demandent et paient le génotypage pour leur propre usage

• Possible grâce à :L’arrivée de la puce LD en 2012Le prix en baisse

• Des plans d’accouplements appuyés sur de nouveaux outils avec une information génétique précoce et complète pour les femelles(pour tous les caractères)

→ regard neuf sur la diversité des femelles

Et plus de services :• Tests de parenté• Tests sur haplotypes et mutations

pour identifier des caractéristiquesgénétiques ou des anomalies (+ de 20 tests / 4 races)

• Pour choisir parmi les femelles aux profils génétiques variés


2010‐2014 : essor de la semence sexée

2014 : 91% veaux femelles après une IA sexée femelle réussie en 2013 (/115 000 naissances)

La meilleure fertilité de la race montbéliarde permet plus d’IA en semence sexée sur vaches.


2014 : 35% génisses laitières inséminées avec

la semence sexée ♀

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De multiples raisons pour choisir d’inséminer en semence sexée

Les motivations pour utiliser la semence sexée avec 90% chances d’obtenir un veau femelle :

• Agrandir le troupeau sans achat extérieur • Vendre des femelles en cas de marché favorable • Limiter les difficultés de vêlage chez les génisses • Éviter les veaux mâles, quand il ne sont pas intéressants• Cibler et assurer le renouvellement avec une part de

croisement (lait ou viande)

• Pour choisir parmi un nombre important de femelles


Combiner semence sexée et génotypagepour façonner son troupeau

→ l’éleveur peut sélectionner les femelles dans son troupeauet leur associer les taureaux en suivant ses objectifs

Le génotypage → pour choisir parmi les femelles aux profils génétiques variés = des informations plus fiables

Les IA en semence sexée → pour choisir parmi un nombre important de femelles = une intensité de sélection plus forte


2014 :70% IA par des jeunes taureaux

évalués en génomique

2014 :100 000 ♀génotypéesdans les élevages

2014 : 35% génisses laitières IA

semence sexée ♀

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Perspectives en France

• Les éleveurs sont confiants : ils adoptent massivement les innovations pour adapter leur troupeau à son environment, selon leur objectif propre


• La sélection génomique arrive aussi dans les autres races bovines (régionales et allaitantes) et dans les autresespèces (ovins laitiers et caprins).

• Le progrès génétique pour les caractères fonctionnelsdevient sensible dans les troupeaux dès maintenant (CEL) ou bientôt (REPRO)

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Merci pour votre attention


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