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Proteómica

Genoma -> Transcriptoma ->Proteoma

¿Qué es la Información Biológica?

Tres niveles básicos de información biológica:

Genoma: la información genética común a todas las células del organismo.

Transcriptoma: la parte del genoma que se expresa en una celúla en una etapa específica de su desarrollo.

Proteoma: las proteínas que interactuan para dar a la célula su carácter individual.

Del GENOMA estático, único al PROTEOMA dinámico, múltiple.

¿Qué es la Información Biológica?

Factores decisivos que condicionan la aparición de la proteómica:

1. La secuenciación de genomas a gran escala y el desarrollo de bases de datos de proteínas.

2. El desarrollo de técnicas de espectrometría de masas (MS) para analizar proteínas y péptidos.

3. Los avances realizados para la separación de proteínas mediante electroforesis bidimensional(2D-PAGE) con la introducción de los gradientes de pH inmovilizados (IPGs).

Desarrollo de la proteómica

Desarrollo de la proteómica

• La proteómica requiere la implicación de diversas disciplinas como:

• Biología molecular• Bioquímica• Microbiología• Bioinformática

• La Bioinformática es de gran importancia ya que se necesitan ordenadores de gran capacidad para organizar la gran cantidad de información generada en estas investigaciones.

Proteoma

El proteoma es el conjunto de proteínas codificadas por un genoma, una célula o

un tejido.

Sin embargo, se desconoce la función biológica de la mayoría de las proteínas

codificadas por los genomas.

El siguiente paso en la era post-genómica debe ser el estudio funcional de estos genes.

La proteómica puede ayudar a establecer una conexión entre las secuencias biológicas

y su comportamiento biológico.

La proteómica es el estudio a gran escala de los productos génicos de un genoma, célula o tejido mediante métodos bioquímicos, con

el fin de obtener una visión global e integrada de los procesos celulares.

El proteoma es dinámico

• El proteoma de una célula es reflejo del medio ambiente en que es estudiado.

• Como respuesta a estímulos externos e internos, las proteínas pueden ser modificadas, translocadas, sintetizadas o degradadas.

Proteómica – Áreas de estudio

• El principal objetivo de la proteómica no es sólo identificar todas las proteínas en una célula, sino también crear un mapa tridimensional completo de la célula indicando la localización de las proteínas.

• Obtener el proteoma de una célula es como tomar una fotografía de todas las proteínas en momento determinado.

• Considerando todas las posibilidades un genoma podría dar lugar a un número infinito de proteomas.

Proteómica - Objetivo

• Las proteínas, no los genes, son los responsables de los fenotipos de las células.

• Es imposible determinar los mecanismos de enfermedades, envejecimiento y los efectos del ambiente únicamente estudiando el genoma.

• Sólo mediante el estudio de las proteínas se pueden caracterizar las modificaciones proteicas e identificar dianas de fármacos.

Proteómica - Objetivo

• Proteómica de expresión: estudio cuantitativo de la expresión de proteínas entre muestras que difieren en alguna variable.

• Proteómica estructural o del mapa celular: estudio de la localización subcelular de las proteínas y caracterización de las interacciones proteína-proteína.

• Proteómica funcional: estudio y caracterización de un grupo de proteínas determinado mediante diversas aproximaciones proteómicas.

Proteómica – Tipos de estudios

• El análisis del mRNA no es un reflejo directo del contenido proteico de una célula.

• Comparación de la expresión del proteoma total o de subproteomas entre diferentes muestras.

• La información obtenida puede permitir la identificación de:

• Nuevas proteínas implicadas en transducción de señales

• Proteínas específicas de una enfermedad

Proteómica de expresión

• Se basa en aislamiento de orgánulos subcelulares o complejos proteícos mediante purificación.

• Posteriormente se identifica sus componentes mediante espectrometría de masas.

• La información obtenida puede permitir reconstruir la architectura celular de las células (mapas de interacción) y explicar como la expresión de ciertas proteínas proporciona a una célula sus características únicas.

Proteómica estructural

• En algunos casos, se aislan subproteomas específicos mediante cromatografia de afinidad.

• Esto puede incluir el aislamiento de complejos proteicos o el uso de ligandos proteicos para aislar tipos específicos de proteínas para su posterior estudio y caracterización.

• Puede proporcionar información importante sobre:• Señalización• Mecanismos de la enfermedad• Interacciones proteína-fármaco

Proteómica funcional

Tecnología proteómica

• El desarrollo de la proteómica se debe en parte a los avances importantes realizados en la tecnología de proteínas.

• Sin embargo, la metodología disponible tiene sus limitaciones y actualmente todavía no es posible realizar muchos tipos de proteómica.

• Es necesario mejorar algunas de estas limitaciones y desarrollar nuevas tecnologías para conseguir el máximo partido.

Tecnología proteómica

Separación de proteínas

• La tecnología más utilizada para la separación y aislamiento de proteínas es la electroforesis en geles de poliacrilamida (PAGE).

• Introducida en 1970, es la técnica más eficaz para resolver mezclas complejas de proteínas.

• Dos tipos de electroforesis en geles de poliacrilamida:• Monodimensional (SDS-PAGE)• Bidimensional (2D-PAGE)

Separación de proteínas

• Para muchas aplicaciones proteómicas, la SDS-PAGEes el método de elección para resolver mezclas de proteínas.

• Las proteínas se separan de acuerdo a su masa y como las proteínas son solubilizadas en dodecil sulfato sódico (SDS), no suele haber problemas de solubilización.

• Es una técnica sencilla, reproducible y permite la separación de proteínas de 10-300 kDa.

Separación de proteínas – SDS-PAGE

• Una de las aplicaciones más comunes de la SDS-PAGE es la caracterización de proteínas después de algún tipo de purificación previa.

Separación de proteínas – SDS-PAGE

• Constituye actualmente el método más eficiente para la separación de mezclas muy complejas de proteínas: permite separar miles de proteínas en un único experimento.

• Está basada en una separación de las proteínas en función de la carga neta, seguida de una separación de las proteínas en función de su masa molecular.

• La alta resolución de la técnica se debe a que las dos separaciones se basan en parámetros diferentes.

Separación de proteínas – 2D-PAGE

• La separación de la primera dimensión se realiza mediante isoelectroenfoque.

• En el isoelectroenfoque las proteínas son separadas en un gradiente de pH hasta alcanzar una posición en la que su carga es 0 (punto isoeléctrico).

• En la segunda dimensión, las proteínas son separadas mediante SDS-PAGE.

• Permite separar las 4.000-5.000 proteínas de una célula.


5.5

5.5

7.58

5

8 667

7

5.5

5

7.57.5

6

6

5.5

5.5

5.5

55

77 7.5

7.5

7.5 88

5 pH 8

Campo eléctrico

6

6

5.5

5.5

5.55

5

7

7

7.5

7.5

7.5

8

8

6

6

5.5

5.5

5.5

55

77 7.5

7.5

7.5 88

-M

W

+

Cam

po eléctrico

• La innovación clave ha sido el desarrollo de geles con un gradiente de pH inmovilizado (IPG, immobilized pH gradient).

• En los geles IPG, el gradiente de pH es generado por las inmovilinas, y está co-polimerizado con la matriz de acrilamida.

• Eliminación de los problemas de inestabilidad del gradiente de pH y la baja capacidad de carga asociada a los gradientes de pH preparados con anfolitos carrier.


• Los geles IPG permiten:• Mejorar la resolución• Mejorar la capacidad• Aumentar la cantidad de proteínas cargadas

• La reproducibilidad conseguida con los geles IPG permite la comparación de mapas proteicos entre distintos laboratorios.

• Facilita el intercambio de información.


• Técnicas tradicionales de detección de proteínas:• Marcaje radioactivo• Tinción con Azul de Coomassie• Tinción con plata (mayor sensibilidad)

• Nuevas técnicas:• Tinción de plata superficial• Tinciones y marcajes fluorescentes

(Sypro-Ruby, Cy3, Cy5...)

• Las nuevas técnicas permiten el análisis posterior de las muestras mediante espectrometría de masas.

Separación de proteínas – Detección

• La aplicación principal es la proteómica de expresión.

• La expresión de proteínas de dos muestras se puede comparar de forma cualitativa y cuantitativa.

• La aparición o desaparición de manchas proporciona información sobre la expresión diferencial de proteínas.

• La intensidad de las manchas permite conocer los niveles de expresión.

Separación de proteínas – Aplicaciones 2D-PAGE

• Para realizar estos estudios de proteómica de expresión se pueden utilizar:

• Organismos completos• Líneas celulares• Fluidos biológicos

• Comparación de tejidos normales con tejidos enfermos (cancer, enfermedades cardiacas).

• Comparación de células tratadas con fármacos o diferentes estímulos.



Virus de la leucemia murina de Abelson (AMuLV)


Secretoma de Pseudomonas syringae

• Otra aplicación importante es la realización de mapas de proteínas (proteómica del mapa celular) en:

• Microorganismos• Orgánulos celulares• Complejos de proteínas

• También se puede utilizar para caracterizar proteínas en subproteomas, obtenidos mediante alguna forma de purificación del proteoma.


• Técnica muy laboriosa: requiere mucho tiempo (2 días) y es difícil de automatizar.

• Análisis de una única muestra por gel 2D-PAGE.

• Limitada por el número y tipo de proteínas a resolver:• Proteínas muy grandes o hidrofóbicas no entran

en el gel durante la primera dimensión.• Proteínas muy ácidas (pIs < pH3) o muy básicas

(pIs> pH 10) no se resuelven muy bien.

• Limitada detección de proteínas poco abundantes.

Separación de proteínas – Limitaciones 2D-PAGE

Espectrometría de masas

• La espectrometría de masas (MS, mass spectrometry) es una técnica clave para la identificación y caracterización de proteínas en proyectos proteómicos.

• Otros procedimientos para la identificación y caracterización de proteínas:

• Secuenciación del extremo N-terminal• Detección con anticuerpos específicos• Co-migración con proteínas conocidas• Sobre-expresión y delección de genes


• Estos métodos son generalmente lentos, laboriosos o caros. Por tanto, no resultan apropiados para su utilización a gran escala.

• La MS se ha convertido en el método de elección para la identificación de proteínas a gran escala debido a su rapidez y elevada sensibilidad.

• La identificación de proteínas a gran escala es el primer paso en el estudio del proteoma de distintos organismos.


• Método analítico de alta procesividad para medir el peso molecular (MW) de muestras proteicas mediante medida de las masas de sus iones.

• Sólo requiere concentraciones picomolares.

• Precisión del 0.01% del MW total de la muestra: • para una proteína de 40 kDa,

hay un error de 4 Da.

• Alta capacidad de procesamiento: 100 spots/día.


• La MS también permite la caracterización de sustituciones de aminoácidos y modificaciones post-traduccionales (glicosilación y fosforilación).

• El análisis de proteínas mediante MS ha sido posible gracias al desarrollo de métodos de ionización suave, que permiten la formación de moléculas proteicas con carga eléctrica (iones).

• Los métodos de ionización suave permiten convertir biomoléculas grandes, polares y no volátiles en iones en fase gaseosa.



• La MS permite la obtención de información estructural de las proteínas (masas y secuencias de aminoácidos).

• Esta información se puede utilizar para identificar las proteínas mediante busquedas en las bases de datos de DNA y proteínas.

• La obtención de información de las proteínas mediante MS se puede dividir en 3 etapas:

1. Preparación de la muestra.2. Ionización de la muestra.3. Análisis de masas de la muestra.

• La masa de una proteína no es suficiente para identificarla.

• En el análisis MS, las proteínas deben ser convertidas en péptidos, mediante proteolisis, con una proteasa específica de secuencia, generalmente tripsina.

• Los componentes de un espectrómetro de masa son:• Fuente de ionización• Analizador(es) de masas • Detector que mide la relación masa /carga (m/z)

de los iones en fase gaseosa


• Las muestras proteícas si están ionizadas se pueden manipular facilmente en el espectrómetro de masas.

• La fuente de ionización, el analizador de masas y el detector están en alto vacio para permitir el libre movimiento de los iones.

• Separación en el analizador de masas y detección de iones separados en base a la relación m/z.

• Formateo de las señales obtenidas y generación de un espectro de masas.



Q1

TOF

q2

Fuente de iones

Conversión a ionesen fase gaseosa

Analizador(es) de masas

Separación de losiones por m/z

3 componentes principales

+

Detector

Detección de los iones en

fase gaseosa

Espectrometría de masas – Preparación muestra

• Introducción de la muestra en la fuente de ionización:• Directa• Mediante cromatografía:

• HPLC• Electroforesis capilar

• Las muestras proteicas se cargan positivamente durante la ionización.

Espectrometría de masas – Ionización muestra

• Conversión de los péptidos en iones en fase gaseosa mediante técnicas de ionización suave.

• Tipos de fuente de ionización suave:• Ionización/desorción con láser asistida con matriz

(MALDI, Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization) para muestras en estado sólido.

• Ionización mediante electrospray (ESI, ElectroSpray Ionization) para muestras en solución.

• Estas técnicas permiten la formación de iones sin una perdida significativa de la integridad de la muestra.


• En el MALDI, la muestra sólida se mezcla con una matriz de naturaleza orgánica sobre una placa metálica.

• La matriz está formada por moléculas que absorben una pequeña cantidad de energía.

• Tipos de matrices:• Ácido 2,5-dihidroxido benzoico• Ácido ciano-4-hidroxicinámico

• Cocristalización de la muestra y la matriz al evaporarse el solvente.


• Esta preparación se somete a pulsos cortos de láser en alto vacío que provoca que la absorción de energía por parte de la matriz sea convertida en energía de excitación y en transferencia de protones (H+) a la muestra (ionización).

• El área irradiada se calienta dando lugar a la desorción de los iones de fase sólida a gaseosa.

• Los iones en fase gaseosa son acelerados a través de vacio por un campo eléctrico hacia el detector.


• En el ESI o electronebulización, vaporización de la muestra en solución al pasarla a través de un capilar al que se aplica una alta diferencia de potencial.

• Formación de un aerosol de gotas cargadas que pasan a una zona de potencial más bajo, y son desolvatadas, adquiriendo protones las moléculas de la muestra y dando lugar a iones con carga múltiple.

• Nanoelectrospray: introducción de microcapilares de borosilicato recubiertos de oro para la inyección de la muestra en el espectrómetro.

Espectrometría de masas – Análisis muestra

• Separación de los iones en fase gaseosa según su m/z en alto vacio en un analizador de masas.

• Tipos de analizadores de masas:• Analizador de tiempo de vuelo (TOF,Time Of Flight)• Analizador triple cuadrupolo• Trampa iónica

• Fragmentación opcional de los iones peptídicos seleccionados mediante:

• Descomposición metaestable (PSD)• Disociación inducida por colisión (CID)


• Distintas combinaciones de fuentes de ionización y de analizadores de masas. Las más utilizadas:

• MALDI-TOF: Fuente de MALDI acoplada a un analizador TOF.

• Ionización ESI combinada con un analizador triple cuadrupolo, con una trampa iónica o con un híbrido cuadrupolo tiempo de vuelo (Q-TOF).

• Reciente desarrollado de otras combinaciones:• Fuentes de MALDI acopladas a un analizador Q-TOF• Dos analizadores TOF en tándem (MALDI-TOF-TOF)


• El analizador TOF es el que más frecuentemente se asocia con fuentes de ionización MALDI.

• Aceleración de los iones en un campo eléctrico a la salida de la fuente de ionización.

• La determinación del valor m/z de cada ión en el analizador TOF se realiza mediante una medida muy precisa del tiempo de vuelo en una región de alto vacio desde la aceleración de los iones en la fuente hasta que impactan en el detector.

• Finalmente, medida de las masas en un detector de iones obteniendo un espectro de masas que refleja la abundancia de los iones frente a su valor m/z.



VENTAJAS• Extremadamente sensible.• Precisión de medida de las masas de un átomo.• En principio, la detección de un peptido relativamente corto,

permite la identificación inequívoca de una proteína.

PROBLEMAS• La proteólisis con proteasas de algunas proteínas es difícil.• Algunos peptidos son difíciles de ionizar.• Debido a la alta sensibilidad del método, es difícil evitar las

contaminaciones.

Espectrometría de masas – MALDI-TOF

• Se considera un pilar de la proteómica:• Tecnología robusta• Cara• Posibilidades de automatización

• Tiempo de análisis de cada muestra muy corto: permite realizar análisis a gran escala.

• La principal ventaja reside en la posibilidad de realizar análisis a gran escala de organismos con genomas completamente secuenciados.

Espectrometría de masas – MALDI-TOF

• La MS MALDI-TOF tiene limitaciones:• La ionización de los péptidos es selectiva y no es

cuantitativa.• Si la cantidad de proteína en el gel es pequeña, el

número de péptidos observado puede ser bajo.• Poca utilidad para analizar mezclas de proteínas.

• Requiere información adicional:• Si no se dispone de la secuencia completa del

genoma• Si se tiene poca cantidad de proteína

Espectrometría de masas – Aplicaciones

• Para la identificación de proteínas mediante MS se han desarrollado dos estrategias:

• 1. Identificación mediante huella peptídica (PMF, Peptide Mass Fingerprinting) o mapeo peptídico: utilizando un espectrómetro tipo MALDI-TOF.

• 2. Identificación mediante fragmentación de péptidosobteniendo la secuencia total o parcial de aminoácidos (secuencia peptídica o etiqueta de secuencia): utilizando un espectrómetro de masas en tándem (MS/MS).

Espectrometría de masas – Huella peptídica

• Herramienta para la identificación a gran escala de proteínas presentes en las bases de datos.

• La PMF de una determinada proteína es un conjunto de péptidos generados mediante la digestión con una proteasa específica.

• Normalmente digestión de la proteína con tripsina: rotura específica por lisinas (K) y argininas (R), sino están unidas por prolina.

• Espectro de masas obtenido en un MALDI-TOF de la digestión de una proteína con tripsina



• Las masas peptídicas experimentales de una proteína desconocida son comparadas con las masas peptídicas teóricas de proteínas presentes en bases de datos.

• Diversos algoritmos disponibles en Internet para realizar este análisis: PEPSEA, PROFOUND, MS-FIT....

• La identificación correcta de la proteína requiere que las masas de un gran número de péptidos coincidan con las masas teóricas de los péptidos y que cubran parte de la secuencia de la proteína en la base de datos.


VENTAJAS• Rapidez en el análisis.• Análisis y busqueda en la base de datos pueden

automatizarse completamente.

PROBLEMAS• La secuencia proteíca tiene que estar en la base de datos.• Escasa eficacia en grandes bases de datos de DNA sin

anotar o sin traducir (como el genoma humano).• No funciona bien con mezclas de proteínas.• Sensible a las modificaciones post-traduccionales.

Espectrometría de masas – Secuencia peptídica

• Los espectrómetros de masas en tándem (MS/MS) permiten la determinación de la secuencia de aminoácidos.

• Fragmentación de un péptido específico en péptidos más pequeños que pueden utilizarse para deducir la secuencia proteica.

• Estrategia utilizada para la identificación de:• Proteínas sin anotar en las bases de datos.• Ambiguedades en MS MALDI-TOF.


• La triple cuadrupolo es la MS/MS más utilizada para obtener secuencias proteícas.

• En el primer espectrofotómetro (MS1-modo MS), todos los iones en un rango m/z se transmiten por Q1 y Q2 para el análisis de masas en Q3: Selección de un ión de interés.

• En el segundo espectrofotómetro (MS2-modo MS/MS):• Q1 separa el ión de interés.• Q2 fragmenta el ión de interes en una cámara de

colisión CID con un gas inerte (nitrógeno o argon).• Q3 mide la m/z de los productos de disociación.


• El ión de interés interacciona con el gas de colisión y tiene lugar la fragmentación del esqueleto peptídico.

• Debido a que la ruptura del enlace peptídico puede ocurrir en múltiples sitios se ha creado una nomenclatura para indicar los tipos de iones generados:

• ión b, el ión mantiene el extremo N del péptido.

• ión y, el ión mantiene el extremo C del péptido.


• Los espectros de fragmentación MS/MS proporcionan información de las diferencias de masas entre dos iones consecutivos del mismo tipo (iones de la serie y o b).

• Las diferencias entre dos iones consecutivos del mismo tipo (y o b) corresponderían a la perdida de un residuo de aminoácido en el péptido.

• Estos espectros proporcionan información sobre la identidad y posición del aminoácido en el péptido, permitiendo determinar la secuencia de aminoácidos.


Amino Acid 3 Letter Code Single Letter Code Residue Mass

Monoisotopic Average

Glycine Gly G 57.02147 57.052

Alanine Ala A 71.03712 71.079

Serine Ser S 87.03203 87.078

Proline Pro P 97.05277 97.117

Valine Val V 99.06842 99.133

Threonine Thr T 101.04768 101.105

Cysteine Cys C 103.00919 103.144

Isoleucine Ile I 113.08407 113.160

Leucine Leu L 113.08407 113.160

Asparagine Asn N 114.04293 114.104

Aspartic Acid Asp D 115.02695 115.089

Glutamine Gln Q 128.05858 128.131

Lysine Lys K 128.09497 128.174

Glutamic Acid Glu E 129.04260 129.116

Methionine Met M 131.04049 131.198

Histidine His H 137.05891 137.142

Phenylalanine Phe F 147.06842 147.177

Arginine Arg R 156.10112 156.188

Tyrosine Tyr Y 163.06333 163.170

Tryptophan Try W 186.07932 186.213


• Si la fragmentación es de buena calidad, se puede obtener la secuencia completa del péptido. Otras veces sólo se obtiene una secuenciación parcial del péptido.

• La información sobre la secuencia de aminoácidos parcial, masa del péptido, y la localización exacta de los aminoácidos puede permitir la identificación de la proteína en las bases de datos (etiqueta de secuencia).

• Diversas herramientas bioinformáticas para la interpretación de la fragmentación de un péptido (PEPSEA, SEQUEST, PERFRAG, MS-TAG y MASCOT).


• La secuenciación peptídica de novo es la estrategia de elección para identificación de proteínas en organismos que no están secuenciados.

• El objetivo es obtener múltiples secuencias de los péptidos de una proteína mediante MS/MS, y realizar busquedas de homologías frente a proteínas presentes en bases de datos.

• Aunque la proteína de interés pueda no ser identificada o desconocida, la información de la secuencia proteíca puede ser utilizada para clonar el gen correspondiente.


VENTAJAS• Mayor especificidad para la identificación de proteínas que

la PMF.• Compatible con mezclas de proteínas.

PROBLEMAS• Dificultad en la automatización del proceso.• Falta de flexibilidad en los programas informáticos para la

busqueda de etiquetas de secuencia.

Nuevas tecnologías

Nuevas tecnologías

• Nuevos desarrollos de tecnologías proteómicas sin llevar a cabo la separación en PAGE:

• Cromatografía multidimensional• Etiquetado de péptidos con diferentes reactivos:

técnica ICAT (Isotope-Coded Affinity Tags)• Electroforesis capilar acoplada a MS• Microarrays de Proteínas

• Técnicas complementarias a las descritas previamente.

• También desarrollo de mejoras en la 2D-PAGE.

Nuevas tecnologías – Cromatografía multidimensional

• Aproximación multidimensional utilizando cromatografía líquida bidimensional: • columna de intercambio iónico (separación por carga).• columna de fase reversa (separación por hidrofobicidad).

• Seguida de análisis de los péptidos mediante MS (MudPIT: Multidimensional protein identification technology).

• La conjunción de cromatografía multidimensional y MS es la manera más adecuada para automatizar la investigación del proteoma.

Nuevas tecnologías – Cromatografía multidimensional

• Esto ha originado la técnica LC-MS/MS(Liquid Chromatography Tandem Mass Spectrometry).

• Requiere la digestión previa de las proteínas con una proteasa.

• Este método permite la separación de cientos de proteínasen un solo experimento.

Nuevas tecnologías – Técnica ICAT

• ICAT (Isotope-Coded Affinity Tags): Técnica aplicada al estudio del perfil de expresión diferencial de proteínas entre dos muestras proteicas (proteómica de expresión).

• Las dos muestras son marcadas con el reactivo de ICATligero o pesado (hidrógeno o deuterio): difieren en la masa (8 Da) debido a la composición de isótopos.

• El reactivo ICAT se une a las cisteínas mediante un grupo tiol y contiene biotina para facilitar la purificación mediante cromatografía de afinidad.


• Posteriormente, las dos muestras marcadas se mezclan y se digieren con tripsina.

• Separación de los péptidos marcados con ICAT en una columna de afinidad y análisis mediante MS.

• La intensidad relativa de los péptidos de cada muestra indica la abundancia de la proteína en las muestras.

• La fragmentación del péptido mediante MS/MS permite determinar la secuencia de aminoácidos y conduce a la identificación de la proteína.


VENTAJAS• Permite realizar en el mismo análisis:

• Identificación de las proteínas.• Comparación de los niveles de expresión.

• Eliminación de la 2D-PAGE para cuantificar las proteínas.

PROBLEMAS• Utiliza proteínas conteniendo cisteina (presente en la mayor

parte de proteínas).

• Baja sensibilidad para proteínas poco abundantes.

Microarrays de proteínas


• La determinación de la cantidad de mRNA no proporciona información suficiente sobre las proteínas que se traducen a partir de esta molécula.

• Las proteínas sufren toda una serie de modificaciones post-traduccionales a lo largo de su proceso de síntesis:

• Procesamientos proteolíticos.• Glicosilaciones.• Formación de complejos proteicos.

• Por otra parte, las proteínas han de plegarse correctamente para ser totalmente funcionales.


• Para completar el estudio de las funciones de las proteínas se ha de recurrir a la información contenida en el proteoma.

• Las proteínas de interés en un proteoma pueden ser expresadas masivamente, purificadas, depositadas e inmovilizadas de manera individual, ordenada e independiente sobre un soporte sólido.

• Permiten realizar el análisis a gran escala de:• Perfiles de expresión diferencial de proteínas.• Interacciones proteína-proteína (interactoma).


• Una mezcla compleja (lisado celular o suero) se pasa sobre el microarray para permitir la unión a su correspondiente proteína diana.

• Principal limitación técnica:• Dificultad para detectar e identificar proteínas de

modo específico, en comparación con los microarrays de DNA, que no poseen esta limitación.

DE GENÓMICA A PROTEÓMICA

PROTEOMA es el conjunto de proteínas codificado por el genoma.

El estudio del proteoma es la PROTEÓMICA

• Proteínas de cualquier célula

• Isoformas

• Proteínas modificadas

• Interacciones entre proteínas

• Descripción estructural de las proteínas

• Descripción estructural de los complejos proteicos

• Por extensión: cualquier cosa post-genómica

High-throughput Biochemistry

Proteómica (en la actualidad): Bioquímica de proteínas a gran escala con gran precisión y rendimiento.

Objetivo: Descripción completa de la función celular

Plataformas para la proteómica y genómica funcional

Escalabilidad de la proteómica

Genómica: GRAN escalabilidad PCR, secuenciadores automáticos,etc.

Proteómica: POCA escalabilidad. Motivos:

• Material limitado y variable

• Degradación de la muestra

• Rango dinámico de abundancia muy grande (106)

• Modificaciones post-traduccionales abundantes

• Especificidad temporal y de desarrollo

• Perturbaciones patológicas

• Perturbaciones farmacológicas

Manufactura de chipsDeben retener la función de la proteínaSer compatibles con las tecnologías de fabricaciónDeben permanecer en un ambiente húmedo

Comparación con los chips de DNAChips de DNA:

- No dan información directa de la función génica- Sencillos de hacer

Chips de proteína:- información directa de función- Complejos de hacer, ya que la función proteica es dependiente de estado, como las modificaciones post-traduccionales, interacción con otras proteínas, localización subcelular, modificaciones covalentes reversibles, etc.

Análisis de proteínas a escala proteómica

Si queremos definir la:

- Identidad

- Cantidad

- Estructura

- Función

De todas o un grupo de proteínas

(dentro de un contexto celular)

Debemos de poder:

Generar un conjunto de CLONES que expresen las proteínas individuales

de todo o parte un PROTEOMA

Seguido de:

ANÁLISISProteínas en un formato ÚTIL

TÉCNICAS NECESARIAS

• Genéticas

• Bioquímicas

• Biología celular

• Construcción de chips

• Identificación de interacciones

• Localización de proteínas en compartimentos celulares

1. Expresión y purificación de proteínas

2. Pruebas de actividad a escala proteómica

a) Aproximación genómica bioquímica

b) Microarrays- Analíticos- Funcionales

1. Expresión y purificación de proteínas

Localización de los ORFs

(pautas abiertas de lectura)

Problemas:

- A veces difícil localización

- Señales de “splicing”

- Poliadenilación

Clonación de los ORFs

Problemas:

- Se trata de una simplificación

- Se elige un mRNA y se descartan las isoformas

- Las modificaciones posttraduccionales(fosforilación, glicosilación, metilación, acetilación) pueden no ser consideradas

- No vale para proteínas de membrana

Clonación de los ORFs

Requiere:

- Cebadores (“primers”) para la PCR

- Inserción en vectores

Métodos de síntesis de HT:

- Síntesis automática

- Precio razonable

- Rapidez y precisión

Inserción en vectores

A) Recombinación mediada por la reparación del hueco

B) Clonaje independiente de ligación (T4 polimerasa + dCTP o dGTP)

C) Sistema Gateway de Invitrogen (integración/excisión del fago λ)

Inserción en vectores

ExpresiónSistemas homólogos Es el mejor (modificaciones post traduccionales, interacciones con sus parejas proteicas, etc)

Sistemas heterólogos Son necesarios para muchos organismos. Una alternativa son las células de insecto (modificaciones similares a mamíferos)

Incorporación de marcadoresFusión de péptidos o proteínas a las proteínas de interés

Alta AFINIDAD y SELECTIVIDADConservación de la ACTIVIDAD

- Glutatión-S-transferasa / agarosa de glutatión- Marcador de Hisx6 / agarosa de Ni- Péptido de unión a calmodulina / agarosa de calmodulina- Proteína A / γ-inmunoglobulina- Combinación de anteriores con sitios de corte (trombina, TEV, etc)- Proteína de unión a maltosa- Epítopos: hemaglutinina, Myc y FLAG- Derivados de GFP. Detección mediante FRET

Detección GFP mediante FRET

PROBLEMAS GENERALES:- Cada proteína de fusión requiere un esquema y un protocolo diferente- Hay proteínas que no se dejan purificar- Hay proteínas que se inactivan al fusionarse

2. Actividad proteica a escala proteómicaa) Aproximación Bioquímica genómicab) Microarrays (Chips)

a) Aproximación bioquímica genómicaUso de análisis bioquímico en paralelo de grupos de proteínas provenientes de un proteoma. El objetivo es identificar a una

proteína como responsable de una función.

Clonación GST-ORF Expresión y purificación en grupos de 96

Ensayo bioquímico Grupos Positivos Subgrupos

Ensayo en los subgrupos Positivos (deconvolución)

Ventajas:- Rapidez de asignación de función a ORFs.- Válido para cualquier tipo de ensayo de actividad- Alta sensibilidad- Permite la detección de complejos proteicos

b) Microarrays

Objetivo: análisis de alto rendimiento, a gran escala de la función génica, de forma rápida y barata.

Metodología: las proteínas purificadas individuales se depositan en una superficie, generalmente una lámina de vidrio para analizar su actividad

Microarrays de proteínas – Diseño

• Factores de relevancia en el diseño demicroarrays de proteínas:

1- Naturaleza del soporte sólido.2- Proteínas a inmovilizar.3- Método de inmovilización.4- Formato del microarray.5- Agente de captura (en microarrays de detección).6- Método de detección.


• Desarrollo técnicamente complicado debido a la complejidad y diversidad estructural de las proteínas.

• Las proteínas no tienen una estructura homogénea ni un patrón de unión específico, sino que cada proteína posee unas características bioquímicas particulares.

• No existe una técnica equivalente a la PCR capaz de amplificar la cantidad de proteína en una muestra.

• Dificultades técnicas en la adquisición y unión estable de proteínas a las superficies.

Microarrays de proteínas – Soporte

• Características de un soporte ideal:1- Estabilidad química2- Buena morfología de los puntos o spots.3- Mínimas uniones no específicas.4- Baja señal de fondo.5- Alto ratio superficie/volumen.6- Compatibilidad con los distintos sistemas

de detección.7- Baja autofluorescencia.


• La elección del soporte condicionará el formato final del microarray así como el método de detección preferible.

• La carga de las proteínas es muy variable, lo que ha provocado que se realicen grandes esfuerzos en la estandarización de materiales de soporte adecuados para cada tipo de microarray.

• Los soportes porosos (membranas de nitrocelulosa, nylon o fluoruro de polivinilo) son más adecuados para la inmovilización de proteínas que los soportes lisos.


• Los soportes porosos poseen una mayor superficie y en consecuencia una mayor capacidad de unión.

• Nueva generación de química de superficies de membrana y de vidrio ofrecen una variedad de superficies de soporte:

• No requieren el empleo de agentes bloqueantes(eliminación del ruido de fondo).

• Introducción de elementos funcionales (PEG, polietilenglicol) que previenen el contacto directo de la proteína con la superficie.

Tipos de chips

Idem a 2DIdem a 2DOrientación al azarOrientación al azarOrientación al azarProteinas deben ser biotiniladas o Hisx6

Idem a 2DIdem a 2DChips de alta densidadAlta densidad y resoluciónAcoplado a SPR y MSUnión fuerte, especifca y de alta densidad

Vidrio soloCubierta de poli-L-LysActivación con aldehidoActivación con epoxyCubierta de oroUnión por afinidad:Avidina o resina de Ni2+(adsorción, absorción, entrecruzamiento o unión por afinidad)

Vidrio

Oreintación al azar de las proteínas

Unión fuerte y alta densidad de empaquetamiento

Vidrio recubierto de PDMS(polidimetilsilosano)(entrecruzamiento)

Nano-pocillos

No disponibles comercialmenteNo requiere modificar la proteina. Alta capacidad de retención de proteína

Poliacrilamida yagarosa(difusión)

Estructurassuperficiales

3D

Unión no especifica de la proteína. Orientación al azar.Ruido de fondo. Chips de baja densidad

No requiere modificar la proteina. Alta capacidad de retención de proteína

PoliestirenoMembranas de nitrocelulosaPVDF (fluoruro depolivinilideno)(Adsorción y absorción)

Sustratosblandos 2D

DesventajasVentajasSuperficie

Microarrays de proteínas – Inmovilización

• Moléculas de naturaleza proteica inmovilizadas a gran escala sobre el soporte sólido:

• Enzimas• Péptidos• Anticuerpos • Antígenos• Alérgenos• Pequeñas moléculas sintéticas

• Las proteínas se immovilizan a la superficie utilizando uniones covalentes, linkers o moléculas de afinidad.


• Moléculas adaptadoras de afinidad que favorecen la inmovilización de las proteínas:

• Proteínas:• Biotina, unión a estreptavidina• Proteína G, unión a anticuerpo Fc• Proteína A, unión a anticuerpo Fc• GST, unión a anti-GST• MBP, unión a anti-MBP• TRX, unión a anti-TRX• GFP, unión a anti-GFP

• Poliaminoácidos (poli-histidina, poli-lisina o poli-cisteina)

• Polipéptidos

• Las moléculas de afinidad ancladas en la superficie del microarray mantienen unidas las proteínas por medio de una segunda molécula adaptadora.


• La inmovilización de las proteínas sobre el soporte puede hacerse mediante diversas técnicas:

• Impresión por contacto• Impresión sin contacto• Litografía

• Formatos de microarrays muy variados:• Arrays planos.• CD de centrifugación.• Microcanales.• 3D sobre superficie de silicio.


• El formato de array plano es el más extendido y comercializado por numerosas empresas.

• Formatos alternativos encaminados a disminuir la cantidad de muestra y reactivos necesarios basados en:

• Miniaturización• Tecnologías de microfluídica

• Permiten el procesamiento de alta densidad de proteínas a escala nanométrica.

Microarrays de proteínas – Formatos

• CD de centrifugación: el giro del CD hace que la fuerza centífuga dirija la muestra a través de microcanales.

• Microcanales: plataforma minituarizada para el procesamiento en paralelo de alta densidad de muestras.

• 3D sobre superficie de silicio: permite la orientación de los anticuerpos gracias a su estructura de pilares.

Microarrays de proteínas – Formatos

Sustratos blandosSe usan superficies de poliestireno, nitrocelulosa o PVDF.No permiten alta densidad de empaquetamientoLos puntos de aplicación difunden en la superficieRelación señal ruido muy bajosOrientación al azar

- Se hace una capa fina de polia-crilamida o agarosa sobre el vidrio- Se depositan las proteínas con fotolitografía- Se entrecruzan para inmovilizarlas

Estructuras de superficie 3D

VentajasAlta capacidad de inmovilizaciónAmbiente acuosoProteínas activas

DesventajasDifícil cambiar tamponesDifícil recuperar las moléculasOrientación al azar

Vidrio recubierto de PDMSSe hacen nanopocillos en los cuales se depositan las proteínasLas proteínas se inmovilizan por entrecruzamiento

Nanopocillos

Ventajas- Alta capacidad de inmovilización- Reducen la evaporación- Minimizan las contaminación cruzada- Minimizan ruido de fondo-Son abiertos, con lo que se pueden tratar secuencialmente con tampones, lavados , etc.- Recuperación de las muestras fácil

DesventajasRequiere equipo especializado, sofisticado y caroOrientación al azar

Vidrio

Unión de la proteína directamente en la superficie del vidrio o bien después de aplicar recubrimientos de diferentes tipos: - Poli-L-Lisina (adsorción)- Activación con aldehido (covalente)- Activación con epoxy (covalente)- Recubrimiento de oro (covalente)O bien - Biotina (afinidad)- Hisx6 (afinidad)

Ventajas-Enlace covalente disminuye probabilidad de alteración de la conformación nativa- Afinidad: orientación correcta

DesventajasGrupos –NH2 de cadenas laterales pueden modificar actividad.Afinidad: hay que biotinilar o marcar con Hisx6 todas las proteínas

• Métodos libres de marcaje previo de las proteínas díana, evitando modificar su actividad:

• Espectrometría de masas (MS)• Resonancia de plasmones superficiales

(SPR, Surface Plasmon Resonance)

• Métodos de marcaje empleando sondas marcadas con diferentes técnicas:

• Métodos de detección directa, se utiliza una sonda marcada compatible con el sustrato.

• Métodos de detección indirecta, se marca directamente la proteína de interés.

Microarrays de proteínas – Detección

• Resonancia de plasmones superficiales (SPR): técnica basada en fenómenos ópticos que tiene lugar sobre la superficie de un metal.

• Detecta cambios de concentración de la masa del chip debidos a la unión de un ligando a la proteína inmovilizada.


• En función del método de marcaje, la técnica de detección empleada será diferente:

• Detección cromogénica• Detección por quimioluminiscencia• Detección por fluorescencia• Detección por desintegración radioactiva

• Los cromógenos son sustratos para reacciones enzimáticas que generan productos coloreados. Los más empleados:

• Peroxidasa• Fosfatasa alcalina


• La emisión de luz por quimioluminiscencia se produce por los productos de una reacción química en la que participa la enzima luciferasa.

• Los fluoróforos (fluoresceína, rodamina, focobiliproteínas, acridinas y cianinas) absorben fotones de luz de una fuente externa (láser) provocando la excitación de los electrones de la molécula y la emisión de luz en una longitud de onda mayor a la de la luz incidente.

• La detección por desintegración radioactiva se basa en la incorporación de 32P en proteínas, DNA y RNA.


Microarrays de proteínas – Limitaciones

• Esenciales para la investigación básica y aplicada.

• La disponibilidad o producción masiva de proteínas individuales es la etapa más costosa de esta tecnología.

• Retos tecnológicos pendientes que hagan accesible la utilización de esta herramienta a un gran número de investigadores:

• Problemas de detección de la interacción.• Problemas de estabilidad de las proteínas

inmovilizadas.

Microarrays de proteínas – Aplicaciones

• Alto potencial de aplicaciones en:• Identificación de fármacos• Identificación de dianas potenciales para fármacos• Diagnóstico clínico

• Clasificación en función de la aplicación:1- Microarrays de detección de proteínas2- Microarrays de función o interacción de proteínas3- Microarrays de screening inverso de proteínas

Microarrays de proteínas – Tipos

1- Microarrays de detección de proteínas

• Permiten la identificación y cuantificación de proteínas.

• Herramientas muy útiles de diagnóstico.

• Se basan en la captura de proteínas por medio de moléculas de diversa naturaleza (agentes de captura) que permanecen ancladas a la superficie del microarray.

• Diferentes agentes de captura:• Anticuerpos, Affibodies y Aptámeros


• Anticuerpos: proteínas altamente específicas producidas por el sistema inmune.

• Affibodies: moléculas que mimetizan las funciones de los anticuerpos.

• Aptámeros: moléculas de DNA o RNA capaces de unirse a otra molécula específica (proteína o ligando).

Chips analíticosSe unen diferentes tipos de ligandos, como anticuerpos, antígenos, aptámerosde DNA o RNA, carbohidratos pequeñas moléculas

Determinar niveles de expresión de proteínas.

Perfiles de expresión

Diagnóstico clínico

Muestras de proteína de dos estados biológicos se marcan separadamente con agentes fluorescentes rojos y verdes, se mezclan, e incuban en el chip. Las manchas indican sobreexpresión

Chips analíticos: anticuerpos- Es el más usual- Se depositan los anticuerpos a alta densidad en el chip- Se pasa un extracto celular, suero o incluso células vivas sobre el chip- El antígeno se une- Detección con antígeno (extracto) marcado o con un segundo anticuerpo

Desventajas:- Tener agentes que reconozcan la proteína de interés: anticuerpos- Anticuerpos policlonales poco específicos y caros- Anticuerpos monoclonalesmucho mas caros, más difíciles de producir y tardan más tiempo

Alternativa a producción de anticuerpos o sucedáneos

- Presentación de Ab en fagos- Presentación de ribosomas- SELEX (evolución sistemática de ligandos por enriquecimiento exponencial)- Presentación de mRNA- Affibody display

Construcción de un amplio repertorio de regiones con actividad de unión “potencial”

Chips analíticos: alergenos o antígenos

- Inverso al anterior- Se depositan los antígenos a alta densidad en el chip- Se detectan los anticuerpos (normalmente suero) sobre el chip- Detección de los anticuerpos

Ejemplo 1: Hiller et al.94 alergenos purificados unidos a vidrioPerfiles de reactividad frente a las IgE de pacientes alérgicosPequeñas cantidades de sueroTest de alergia alternativo al de piel

Ejemplo2: Robinson et al.>300 autoantígenos de 8 enfermedades autoinmunes, sobre vidrioPequeñas cantidades de suero

Chips analíticos: péptidos

Objetivo: Detección de epitopos en las proteínas que definan su “actividad básica”

Ejemplo 1: Houseman et al- Inmovilización en vidrio recubierto de oro de >3000 péptidos de 9 aminoácidos de longitud- Localización de sustratos de la c-Src tirosina quinasa- Detección con SPR, fluorescencia e imagen de fósforo

Ventajas:

- Péptidos más cortos- Péptidos más estables que las proteínas- Permiten fabricación de chips de alta densidad- Síntesis del péptido in situ mediante fotolitografía o síntesis dirigida por luz (ahorro económico ya que se necesita muy poco material)

Chips analíticos: carbohidratos

2- Microarrays de función o interacción de proteínas

• Permiten el estudio simultaneo de diferentes interacciones.

• Las aplicaciones comerciales centradas en estudios de interacción proteína–proteína y enzima-sustrato.


Chips funcionalesLas proteínas o los péptidos provenientes del proteoma de un organismo se purifican o se sintetizan individualmente usando métodos de alto rendimiento o capacidad de ejecución (HT)

Permite analizar:

- Actividad de proteínas- Propiedades de unión a ligando- Modificaciones post-traduccionales- Identificación dianas farmacológicas- Construcción de redes biológicas

Muestras de proteína de dos estados biológicos se marcan separadamente con agentes fluorescentes rojos y verdes, se mezclan, e incuban en el chip. Las manchas indican sobreexpresión

Chips funcionales: ejemplos

Ejemplo 1: Zhu et al

Análisis de interacción de familias de proteínas-119 proteinas quinasas y 17 sustratos-Los sustratos son inmovilizados en nanopocillos-Las quinasas se incuban con los sustratos en presencia de ATP*-Se detectan los sustratos marcados con imagen de fósforo

Ejemplo 2: Zhu et al

Análisis de un proteoma completo

- 5800 de 6200 ORFs de levaduras.- Las proteínas se marcaron con GST y con Hisx6 (ambos). Se obtuvo -un rendimiento del 80% de proteínas funcionales - Se unen al chip recubierto de Ni-NTA con la His x6- Chequeo de calmodulina y fosfoinosítidos (PIs)- Se obtuvieron 6 interacciones conocidas junto con 33 nuevas decalmodulina y mas de 150 proteínas que interaccionaban con los PIs

Aplicaciones generales de los chips

3- Microarrays de screening inverso de proteínas

• Inmovilización de lisados celulares que representan todo el repertorio de proteínas celulares en un determinado estadio celular.

• Principal ventaja: las muestras inmovilizadas no requieren un paso previo de desnaturalización ni marcaje.

• Las proteínas capturadas pueden ser identificadas mediante MS o bien mediante anticuerpos específicos.



• Permiten realizar un screening de todos los anticuerpos presentes en el suero de un paciente en busca de una determinada proteína diana.

• Enorme potencial en la identificación de biomarcadoresen análisis proteómicos.

Genómica Bioquímica vs ChipsGenómica bioquímica:- Requiere 64 ensayos para cubrir el genoma de levadura (grupos de 96 proteínas)- Es muy flexible para muchos tipos de ensayos bioquímicos- Particularmente útil para ensayos de actividad enzimática

Desventajas:El uso de los grupos de proteínas (o pools) no asegura la calidad de las proteínasLas otras 95 proteínas pueden interferir con la medidaNo permite medidas fiables de unión con fluorescenciaNo puede maneja múltiples positivos al mismo tiempo

Chips de proteína:Permite chequear la calidad individual de cada proteínaIdentificación inmediata de ORFs responsables de una actividad específicaIdentificación de positivos múltiples en una sola vueltaAnálisis de alto rendimiento de actividades proteicasAutomatización de la construcción, ensayo y lectura de resultados

Desventajas:Se necesitan cultivar 6000 cepas (levadura) y 6000 purificaciones de proteínasSe necesita inmovilizar los sustratos para los ensayos de unión fluorescentes

Conclusiones

• Los chips pueden ser una herramienta poderosísima en la biología a gran escala

• La metodología de fabricación sobre vidrio está validada para análisis de proteína a partir de un proteoma completo

• La metodología de fabricación esta robotizada, así como la de ensayo y lectura de resultados

• La mejora de la producción de anticuerpos como reactivos influirá en la mejora de los chips como herramientas en el análisis del proteoma

Retos de la proteómica


• Todavía no es posible estudiar las proteínas a un nivel similar al de los ácidos nucleicos. En contraste con el estudio del DNA, presenta una serie de retos:

• No hay un equivalente a la PCR para proteínas, así que el análisis de proteínas poco abundantes es complejo.

• En estudios de interacción de proteínas, las conformaciones nativas de las proteínas deben mantenerse para obtener resultados significativos.


• Gran interés en la mejora y desarrollo de estrategias que faciliten el estudio de las proteínas y de los proteomas.

• Enorme potencial de la proteómica en combinación con otras aproximaciones genómicas para comprender mejor como funcionan los sistemas biológicos complejos.

• La posibilidad de estudiar sistemas biológicos complejos en su totalidad proporcionará respuestas que no pueden obtenerse del estudio de proteínas individuales o grupos de proteínas.

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