GENBANK +Bioedit

8/18/2019 GENBANK +Bioedit

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GENBANK

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

El GenBank es una base de datos con información genética. En ella se pueden

encontrar secuencias de nucleótidos, proteínas etc. de distintos modos.

Búsqueda de información:

Seleccionar Nucleotide en search luego ingresar el nombre de la especie o género

que se busca, o en caso de conocerse el código de acceso, puede ingresarse éste.

!ambién puede accederse a Taxonomy "taxBrowser para un buscador ta#onómico.

$dem%s se pueden &acer búsquedas combinando el nombre de una especie el del

gen que quieren 'e.g. Pseudalopex fulvipes growth factor receptor (.


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)uego de ingresar lo que se desea buscar, se presenta la información e#istente en

forma de listado, con el nombre de la especie, el gen o secuencia de que se trate, la

longitud de la secuencia el código de acceso.

Se selecciona la secuencia, se despliega la información de esta.


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*ara +isualiar la secuencia, seleccionar formato -$S!$/


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En esta pantalla aparece la secuencia que puede ser utiliada en otros programas. Se

selecciona se copia algún programa para editarlas alinearlas. Es importante

guardar la secuencia +inculada a l código de acceso.


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BIOEDIT

http://www.mbio.ncsu.edu/bioedit/bioedit.html

Es un programa de libre acceso que permiten editar alinear las secuencias. 0ebe ser

instalado.

*ara comenar se debe acceder a File seleccionar New ligment , o en el icono

correspondiente.


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*ara cargar la secuencia, seleccionar en el 1enú !e"uence elegir New !e"uence:


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2ngresar el nombre de la secuencia, 'por e3emplo *seudalope#4ful+ipes, sin que &aa

espacios(. En !e"uence Type, se selecciona la secuencia de que se trata 'por e3emplo

05$(. *or último se copia la secuencia adquirida en el genBan# . 6na +e &ec&o esto,

seleccionar pply and $lose.


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Se repite el procedimiento con todas las frecuencias que se desean estudiar.

6na +e cargadas las secuencias:


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0onde cada fila es una especie con sus bases.

El Bioedit tiene muc&as &erramientas mu útiles para alinear editar las secuencias.

!ambién pueden +erse solo los sitios +ariables con respecto a la primera secuencia:


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Estas opciones son mu titiles para alinear a mano las secuencias.

6na +e cargadas todas las secuencias, antes de alinear, guardar el arc&i+o en

formato fasta en File"!ave s. En esta instancia a se est% en condiciones de alinear

la secuencia.

$lineamiento manual:

*ara alinear o editar a mano las secuencias se debe seleccionar %dit en &ode and

insert . *ara insertar un gap en todas las secuencias menos en una, seleccionar el

botón -2/ con una raa arriba otra aba3o apretar con el botón derec&o del 1ouse

sobre el sitio de la secuencia que quieren que introduca un gap en el resto 'sobre la

secuencia que no +a a tener ese gap(. Si se quiere poner un gap en una o 7

secuencias, con el 1ouse poner un -8/ donde corresponda.


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9uando se termina, apretar el botón que es un candado abierto para que cierre los

gaps. 1irando la regla que est% arriba de las bases de cada secuencia se pueden

contar cuantos sitios 'caracteres( tienen las secuencias que se est%n alineando.

$lineamiento múltiple con el programa 9lustal:

*ara lograr un alineamiento con el 9lustal se debe seleccionar ccesory

pplication"$lustal' multiple alignment , (un $lustal' . Se obtiene las secuencias

alineadas. Guardar la nue+a alineación, que podr% ser editada utiliada en distintos

programas para construir filogenias.

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