FonksiyonelÇizgeÇekirdekleriile …...Multi-Omics Entegrasyonu iCluster (Shen et al. 2009,...
Transcript of FonksiyonelÇizgeÇekirdekleriile …...Multi-Omics Entegrasyonu iCluster (Shen et al. 2009,...
![Page 1: FonksiyonelÇizgeÇekirdekleriile …...Multi-Omics Entegrasyonu iCluster (Shen et al. 2009, Bioinformatics) LRACluster (Wu et al. 2015, BMC Genomic) MCCA (Witten et al. 2009, Stat](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022071421/611a56d9f418d26db350c795/html5/thumbnails/1.jpg)
Fonksiyonel Çizge Çekirdekleri ileKanser Hastalarının Gruplanması
Öznur Taş[email protected]
Bilim Akademisi - Bilkent Üniversitesi BYYO 20202 Temmuz 2020
Mühendislik ve Doğa Bilimleri FakültesiBilgisayar Bilimi ve Mühendisliği
&Moleküler Biyoloji, Genetik ve Biyomühendislik
![Page 2: FonksiyonelÇizgeÇekirdekleriile …...Multi-Omics Entegrasyonu iCluster (Shen et al. 2009, Bioinformatics) LRACluster (Wu et al. 2015, BMC Genomic) MCCA (Witten et al. 2009, Stat](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022071421/611a56d9f418d26db350c795/html5/thumbnails/2.jpg)
Ana Hat• Kanser hastalarını öbekleme
• Çoklu-omik verileri
• Çok bakış açılı öğrenme
• Çekirdeklerle öğrenme
• Çizge çekirdekleri
• PAMOGK – Yolak Bazlı Çizge Çekirdeğinedayalı Çoklu-Omik Öbekleme Algoritması
Bioinformatics Algorithms: An Active Learning Approach. © 2018 Compeau and Pevzner.
![Page 3: FonksiyonelÇizgeÇekirdekleriile …...Multi-Omics Entegrasyonu iCluster (Shen et al. 2009, Bioinformatics) LRACluster (Wu et al. 2015, BMC Genomic) MCCA (Witten et al. 2009, Stat](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022071421/611a56d9f418d26db350c795/html5/thumbnails/3.jpg)
Kanser Hala bir Küresel bir Sağlık Problemi
![Page 4: FonksiyonelÇizgeÇekirdekleriile …...Multi-Omics Entegrasyonu iCluster (Shen et al. 2009, Bioinformatics) LRACluster (Wu et al. 2015, BMC Genomic) MCCA (Witten et al. 2009, Stat](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022071421/611a56d9f418d26db350c795/html5/thumbnails/4.jpg)
Kanser gibi Karmaşık Hastalıklarla Müceadele
• Hücre biyolojisini anlamak
• Veri toplayacak deney ve ölçüm enstrümanlarında teknolojik ve bilimsel ilerleme
• Veriyi anlamlandıracak hesapsal yöntemlerde ilerleme
![Page 5: FonksiyonelÇizgeÇekirdekleriile …...Multi-Omics Entegrasyonu iCluster (Shen et al. 2009, Bioinformatics) LRACluster (Wu et al. 2015, BMC Genomic) MCCA (Witten et al. 2009, Stat](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022071421/611a56d9f418d26db350c795/html5/thumbnails/5.jpg)
Omiks Cağı
5
Ritchie ve ark. Nature Reviews Genetics. 16, 85–97, 2015.
![Page 6: FonksiyonelÇizgeÇekirdekleriile …...Multi-Omics Entegrasyonu iCluster (Shen et al. 2009, Bioinformatics) LRACluster (Wu et al. 2015, BMC Genomic) MCCA (Witten et al. 2009, Stat](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022071421/611a56d9f418d26db350c795/html5/thumbnails/6.jpg)
Kanser Genom ProjesiTümör örnekleri Deneyler
Hastaların molekülerdeğişim kataloglarıVeri Analizi
Figure kaynağı: Weinstein et al., Nature Genetics, 2013.
![Page 7: FonksiyonelÇizgeÇekirdekleriile …...Multi-Omics Entegrasyonu iCluster (Shen et al. 2009, Bioinformatics) LRACluster (Wu et al. 2015, BMC Genomic) MCCA (Witten et al. 2009, Stat](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022071421/611a56d9f418d26db350c795/html5/thumbnails/7.jpg)
Kişiselleştirilmiş Tıp
Figur kaynagi: https://healthmatters.nyp.org/precision-medicine/
![Page 8: FonksiyonelÇizgeÇekirdekleriile …...Multi-Omics Entegrasyonu iCluster (Shen et al. 2009, Bioinformatics) LRACluster (Wu et al. 2015, BMC Genomic) MCCA (Witten et al. 2009, Stat](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022071421/611a56d9f418d26db350c795/html5/thumbnails/8.jpg)
Farklı Ölçekte Tedavi Yaklaşımları
Figüre kaynağı: https://www.linguamatics.com/solutions/precision-medicine
![Page 9: FonksiyonelÇizgeÇekirdekleriile …...Multi-Omics Entegrasyonu iCluster (Shen et al. 2009, Bioinformatics) LRACluster (Wu et al. 2015, BMC Genomic) MCCA (Witten et al. 2009, Stat](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022071421/611a56d9f418d26db350c795/html5/thumbnails/9.jpg)
Aynı Kanser Tipi Farklı Kilinik Özellikler
• Aynı kanser, farklı klinik yörüngeler• Benzer moleküler değişim örüntüleri olan hasta alt
gruplarının bulunması hedefli tedavilerin geliştirilmesine yardımcı olur
9
Figure kaynağı: Weinstein et al., Nature Genetics, 2013. Figure kaynağıhttp://www.pancreaticcancer.net.au/ground-breaking-nature/
![Page 10: FonksiyonelÇizgeÇekirdekleriile …...Multi-Omics Entegrasyonu iCluster (Shen et al. 2009, Bioinformatics) LRACluster (Wu et al. 2015, BMC Genomic) MCCA (Witten et al. 2009, Stat](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022071421/611a56d9f418d26db350c795/html5/thumbnails/10.jpg)
Çoklu Bakış Açılı Öbekleme
Figür kaynağı: Weinstein et al., Nature Genetics, 2013. Figür kaynağı: https://towardsdatascience.com
![Page 11: FonksiyonelÇizgeÇekirdekleriile …...Multi-Omics Entegrasyonu iCluster (Shen et al. 2009, Bioinformatics) LRACluster (Wu et al. 2015, BMC Genomic) MCCA (Witten et al. 2009, Stat](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022071421/611a56d9f418d26db350c795/html5/thumbnails/11.jpg)
Çoklu Bakış Açılı Öbekleme
• Uzlaşma prensibi• Tamamlayıcılık prensibi
Figür: Yang and Wang, Big Data Mining and Analytics, 2018.
![Page 12: FonksiyonelÇizgeÇekirdekleriile …...Multi-Omics Entegrasyonu iCluster (Shen et al. 2009, Bioinformatics) LRACluster (Wu et al. 2015, BMC Genomic) MCCA (Witten et al. 2009, Stat](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022071421/611a56d9f418d26db350c795/html5/thumbnails/12.jpg)
![Page 13: FonksiyonelÇizgeÇekirdekleriile …...Multi-Omics Entegrasyonu iCluster (Shen et al. 2009, Bioinformatics) LRACluster (Wu et al. 2015, BMC Genomic) MCCA (Witten et al. 2009, Stat](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022071421/611a56d9f418d26db350c795/html5/thumbnails/13.jpg)
Multi-Omics Entegrasyonu
iCluster(Shen et al. 2009, Bioinformatics)
LRACluster(Wu et al. 2015, BMC Genomic)
MCCA (Witten et al. 2009, Stat Appl Genet Mol Biol.)
SNF (Wang et al. 2014, Nature)
rMKL-LPP (Speicher et al. 2015, Bioinformatics)
Consensus (Strehl et al. 2002, Journal of Machine Learning Research)
PINS (Nguyen et al. 2017, Genome Res)
Figür kaynağıZitnik et al. 2019, Information Fusion
Early Integration Intermediate Integration Late Integration
4Review article: Rappaport, Shamir. 2018, Nucleic Acid Research
![Page 14: FonksiyonelÇizgeÇekirdekleriile …...Multi-Omics Entegrasyonu iCluster (Shen et al. 2009, Bioinformatics) LRACluster (Wu et al. 2015, BMC Genomic) MCCA (Witten et al. 2009, Stat](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022071421/611a56d9f418d26db350c795/html5/thumbnails/14.jpg)
Çoklu Bakış Açılı KümelemeÇok bakış açılı altuzay kümeleme
Figür kaynağı: Yang and Wang, Big Data Mining and Analytics, 2018.
![Page 15: FonksiyonelÇizgeÇekirdekleriile …...Multi-Omics Entegrasyonu iCluster (Shen et al. 2009, Bioinformatics) LRACluster (Wu et al. 2015, BMC Genomic) MCCA (Witten et al. 2009, Stat](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022071421/611a56d9f418d26db350c795/html5/thumbnails/15.jpg)
Çoklu Bakış Açılı KümelemeÇok bakış açılı altuzay kümeleme
Çok bakış açılı füzyontabanlı kümeleme
Figür kaynağı: Yang and Wang, Big Data Mining and Analytics, 2018.
![Page 16: FonksiyonelÇizgeÇekirdekleriile …...Multi-Omics Entegrasyonu iCluster (Shen et al. 2009, Bioinformatics) LRACluster (Wu et al. 2015, BMC Genomic) MCCA (Witten et al. 2009, Stat](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022071421/611a56d9f418d26db350c795/html5/thumbnails/16.jpg)
SNF (Benzerlik Ağı Füzyon Algoritması)
Wang et al. Nature Methods, 2014.
![Page 17: FonksiyonelÇizgeÇekirdekleriile …...Multi-Omics Entegrasyonu iCluster (Shen et al. 2009, Bioinformatics) LRACluster (Wu et al. 2015, BMC Genomic) MCCA (Witten et al. 2009, Stat](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022071421/611a56d9f418d26db350c795/html5/thumbnails/17.jpg)
SNF (Benzerlik Ağı Füzyon Algoritması)
Wang et al. Nature Methods, 2014.
![Page 18: FonksiyonelÇizgeÇekirdekleriile …...Multi-Omics Entegrasyonu iCluster (Shen et al. 2009, Bioinformatics) LRACluster (Wu et al. 2015, BMC Genomic) MCCA (Witten et al. 2009, Stat](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022071421/611a56d9f418d26db350c795/html5/thumbnails/18.jpg)
Çok Çekirdekli Öğrenme
Figür kaynağı: Yang and Wang, Big Data Mining and Analytics, 2018.
![Page 19: FonksiyonelÇizgeÇekirdekleriile …...Multi-Omics Entegrasyonu iCluster (Shen et al. 2009, Bioinformatics) LRACluster (Wu et al. 2015, BMC Genomic) MCCA (Witten et al. 2009, Stat](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022071421/611a56d9f418d26db350c795/html5/thumbnails/19.jpg)
Öznitelik Uzayı Transformasyonu
![Page 20: FonksiyonelÇizgeÇekirdekleriile …...Multi-Omics Entegrasyonu iCluster (Shen et al. 2009, Bioinformatics) LRACluster (Wu et al. 2015, BMC Genomic) MCCA (Witten et al. 2009, Stat](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022071421/611a56d9f418d26db350c795/html5/thumbnails/20.jpg)
Çekirdekler ve öznitelik uzayı
Figür kaynağı: Aurthur Gretton
![Page 21: FonksiyonelÇizgeÇekirdekleriile …...Multi-Omics Entegrasyonu iCluster (Shen et al. 2009, Bioinformatics) LRACluster (Wu et al. 2015, BMC Genomic) MCCA (Witten et al. 2009, Stat](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022071421/611a56d9f418d26db350c795/html5/thumbnails/21.jpg)
Çekirdek Fonksiyonları
Doğrusal çekirdek fonksiyonu:
Gauss çekirdek fonksiyonu:
Polinom çekirdek fonksiyonu:
![Page 22: FonksiyonelÇizgeÇekirdekleriile …...Multi-Omics Entegrasyonu iCluster (Shen et al. 2009, Bioinformatics) LRACluster (Wu et al. 2015, BMC Genomic) MCCA (Witten et al. 2009, Stat](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022071421/611a56d9f418d26db350c795/html5/thumbnails/22.jpg)
Çekirdek Dizeyi
Has
tala
r
HastalarÖznitelikler
Has
tala
r
Çekirdek dizeyiÖznitelik dizeyi
Çekirdek fonksiyonu
![Page 23: FonksiyonelÇizgeÇekirdekleriile …...Multi-Omics Entegrasyonu iCluster (Shen et al. 2009, Bioinformatics) LRACluster (Wu et al. 2015, BMC Genomic) MCCA (Witten et al. 2009, Stat](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022071421/611a56d9f418d26db350c795/html5/thumbnails/23.jpg)
Çok Çekirdekli Öğrenme
Figür kaynağı: Yang and Wang, Big Data Mining and Analytics, 2018.
![Page 24: FonksiyonelÇizgeÇekirdekleriile …...Multi-Omics Entegrasyonu iCluster (Shen et al. 2009, Bioinformatics) LRACluster (Wu et al. 2015, BMC Genomic) MCCA (Witten et al. 2009, Stat](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022071421/611a56d9f418d26db350c795/html5/thumbnails/24.jpg)
Amaç fonksiyonu:
Type equation here.
Çoklu bakış açılı çekirdek k ortalama metodu
v. bakış açısının ağırlığı
v. bakış açısı üzerinde hesaplanmışçekirdek dizeyi
Öbekleme sonucunu içeren indikatör dizeyi
![Page 25: FonksiyonelÇizgeÇekirdekleriile …...Multi-Omics Entegrasyonu iCluster (Shen et al. 2009, Bioinformatics) LRACluster (Wu et al. 2015, BMC Genomic) MCCA (Witten et al. 2009, Stat](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022071421/611a56d9f418d26db350c795/html5/thumbnails/25.jpg)
Aynı Kanser Tipi Farklı Kilinik Özellikler
• Aynı kanser, farklı klinik yörüngeler• Benzer moleküler değişim örüntüleri olan hasta alt
gruplarının bulunması hedefli tedavilerin geliştirilmesine yardımcı olur
25
Figure kaynağı: Weinstein et al., Nature Genetics, 2013. Figure kaynağıhttp://www.pancreaticcancer.net.au/ground-breaking-nature/
![Page 26: FonksiyonelÇizgeÇekirdekleriile …...Multi-Omics Entegrasyonu iCluster (Shen et al. 2009, Bioinformatics) LRACluster (Wu et al. 2015, BMC Genomic) MCCA (Witten et al. 2009, Stat](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022071421/611a56d9f418d26db350c795/html5/thumbnails/26.jpg)
Ortak Değişimler Az
Figür kaynağı https://www.icr.ac.uk/
Genler
![Page 27: FonksiyonelÇizgeÇekirdekleriile …...Multi-Omics Entegrasyonu iCluster (Shen et al. 2009, Bioinformatics) LRACluster (Wu et al. 2015, BMC Genomic) MCCA (Witten et al. 2009, Stat](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022071421/611a56d9f418d26db350c795/html5/thumbnails/27.jpg)
Biyolojik Yolaklar• Molekül etkileşim ağları
• Çeşitli hücresel mekanizmalar hakkında biyolojik bilgileri özetler
KEGG -- HIF-1 Sinyal Yolağı
![Page 28: FonksiyonelÇizgeÇekirdekleriile …...Multi-Omics Entegrasyonu iCluster (Shen et al. 2009, Bioinformatics) LRACluster (Wu et al. 2015, BMC Genomic) MCCA (Witten et al. 2009, Stat](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022071421/611a56d9f418d26db350c795/html5/thumbnails/28.jpg)
Yolaklar• Moleküler değişimlere hücresel ağlar bağlamında
bakmak hasta benzerliklerini ortaya çıkarabilir.
Aynı Yolak, Farklı HastalarHasta 1 Hasta 2 Hasta 3
![Page 29: FonksiyonelÇizgeÇekirdekleriile …...Multi-Omics Entegrasyonu iCluster (Shen et al. 2009, Bioinformatics) LRACluster (Wu et al. 2015, BMC Genomic) MCCA (Witten et al. 2009, Stat](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022071421/611a56d9f418d26db350c795/html5/thumbnails/29.jpg)
Çizge Çekirdekleri
İki çizge birbirine ne kadar benzerdir?• Çizgeleri kümeleme ya da sınıflandırma gibi çizgeler
üzerinde yapay öğrenme problemleri için temel birsorudur.
● Çizge üzerindeki yolların benzerliği○ Shortest Path Graph Kernel
(Borgwardt et al. 2005, ICDM)○ Graph Hopper Kernel
(Feragen et al. 2013, NIPS)
● Düğüm etiket dağılım benzerliği:○ Propagation Graph Kernel
(Neumann et al. 2015, Machine Learning)
○ Wasserstein Weisfeiler Lehman Graph Kernel(Togninalli et al. 2019, NeurIPS)
![Page 30: FonksiyonelÇizgeÇekirdekleriile …...Multi-Omics Entegrasyonu iCluster (Shen et al. 2009, Bioinformatics) LRACluster (Wu et al. 2015, BMC Genomic) MCCA (Witten et al. 2009, Stat](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022071421/611a56d9f418d26db350c795/html5/thumbnails/30.jpg)
PAMOGK Ana Fikir• Hem farklı omik verilerinden hem farklı yolaklardan gelen bakış açılarını
entegre ederek hasta alt gruplarını bulmak
GenomicData
TranscriptomicData
ProteinData
& 1
2 4
3
5 12
4 5
3 6
Pathway 1 Pathway 2
![Page 31: FonksiyonelÇizgeÇekirdekleriile …...Multi-Omics Entegrasyonu iCluster (Shen et al. 2009, Bioinformatics) LRACluster (Wu et al. 2015, BMC Genomic) MCCA (Witten et al. 2009, Stat](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022071421/611a56d9f418d26db350c795/html5/thumbnails/31.jpg)
![Page 32: FonksiyonelÇizgeÇekirdekleriile …...Multi-Omics Entegrasyonu iCluster (Shen et al. 2009, Bioinformatics) LRACluster (Wu et al. 2015, BMC Genomic) MCCA (Witten et al. 2009, Stat](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022071421/611a56d9f418d26db350c795/html5/thumbnails/32.jpg)
![Page 33: FonksiyonelÇizgeÇekirdekleriile …...Multi-Omics Entegrasyonu iCluster (Shen et al. 2009, Bioinformatics) LRACluster (Wu et al. 2015, BMC Genomic) MCCA (Witten et al. 2009, Stat](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022071421/611a56d9f418d26db350c795/html5/thumbnails/33.jpg)
![Page 34: FonksiyonelÇizgeÇekirdekleriile …...Multi-Omics Entegrasyonu iCluster (Shen et al. 2009, Bioinformatics) LRACluster (Wu et al. 2015, BMC Genomic) MCCA (Witten et al. 2009, Stat](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022071421/611a56d9f418d26db350c795/html5/thumbnails/34.jpg)
![Page 35: FonksiyonelÇizgeÇekirdekleriile …...Multi-Omics Entegrasyonu iCluster (Shen et al. 2009, Bioinformatics) LRACluster (Wu et al. 2015, BMC Genomic) MCCA (Witten et al. 2009, Stat](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022071421/611a56d9f418d26db350c795/html5/thumbnails/35.jpg)
![Page 36: FonksiyonelÇizgeÇekirdekleriile …...Multi-Omics Entegrasyonu iCluster (Shen et al. 2009, Bioinformatics) LRACluster (Wu et al. 2015, BMC Genomic) MCCA (Witten et al. 2009, Stat](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022071421/611a56d9f418d26db350c795/html5/thumbnails/36.jpg)
Düzgünleştirilmiş Kısa Yol Çizge Çekirdeği:Etiketleri Yayma Adımı
Network Propagation(Cowen et al. 2017, Nature Reviews Genetics)
Etiketleri yolak çizgeleriüzerinde komşularadağıt
15
![Page 37: FonksiyonelÇizgeÇekirdekleriile …...Multi-Omics Entegrasyonu iCluster (Shen et al. 2009, Bioinformatics) LRACluster (Wu et al. 2015, BMC Genomic) MCCA (Witten et al. 2009, Stat](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022071421/611a56d9f418d26db350c795/html5/thumbnails/37.jpg)
, , , , ,
Düzgünleştirilmiş Çizge ÇekirdeğiHesaplaması
,
All pairs of shortest paths
![Page 38: FonksiyonelÇizgeÇekirdekleriile …...Multi-Omics Entegrasyonu iCluster (Shen et al. 2009, Bioinformatics) LRACluster (Wu et al. 2015, BMC Genomic) MCCA (Witten et al. 2009, Stat](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022071421/611a56d9f418d26db350c795/html5/thumbnails/38.jpg)
Yeni bir Çizge Çekirdeğine İhtiyaç Var mı?
![Page 39: FonksiyonelÇizgeÇekirdekleriile …...Multi-Omics Entegrasyonu iCluster (Shen et al. 2009, Bioinformatics) LRACluster (Wu et al. 2015, BMC Genomic) MCCA (Witten et al. 2009, Stat](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022071421/611a56d9f418d26db350c795/html5/thumbnails/39.jpg)
Yeni bir Çizge Çekirdeğine İhtiyaç Var mı?
Diğer çizge çekirdekleri çizge yapısındaki benzerliklere odaklandıkları içinhastları hep benzer hesaplıyor.
![Page 40: FonksiyonelÇizgeÇekirdekleriile …...Multi-Omics Entegrasyonu iCluster (Shen et al. 2009, Bioinformatics) LRACluster (Wu et al. 2015, BMC Genomic) MCCA (Witten et al. 2009, Stat](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022071421/611a56d9f418d26db350c795/html5/thumbnails/40.jpg)
Çalışma bitişi
Ölüm
| | || ||
2011 2012 2013 2014 2015 2016
Sağ kalım süresi
Çalışmaya katılış
Çalışmadan ayrılma/ Başka bir sebeple ölüm
Sağdan sansürlü veri
40
Çalışma başlangıcı Takvim
Öbeklemeyi DeğerlendirmeSağkalım Verisi
![Page 41: FonksiyonelÇizgeÇekirdekleriile …...Multi-Omics Entegrasyonu iCluster (Shen et al. 2009, Bioinformatics) LRACluster (Wu et al. 2015, BMC Genomic) MCCA (Witten et al. 2009, Stat](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022071421/611a56d9f418d26db350c795/html5/thumbnails/41.jpg)
Öbeklemeyi Değerlendirme
Farkı gruplardaki hastaların sağkalım dağılımlarının biribirinden ne kadarayrıldığını için log-rank testinin döndürdüğü p değeri.
![Page 42: FonksiyonelÇizgeÇekirdekleriile …...Multi-Omics Entegrasyonu iCluster (Shen et al. 2009, Bioinformatics) LRACluster (Wu et al. 2015, BMC Genomic) MCCA (Witten et al. 2009, Stat](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022071421/611a56d9f418d26db350c795/html5/thumbnails/42.jpg)
Çoklu Bakış Açılı Kümele Adımı içinAlternatif Metotlar
17
○ Average Kernel K-Means (AKKM)
○ Multiple Kernel K-Means with Matrix Induced Regularization (MKKM-MR) (Liu et al. 2016, AAAI’16)
○ Localized Multiple Kernel K-Means (LMKKM)(Gönen et al. 2016, AAAI’16)
○ Spectral Clustering (SNF K-Means) (Wang et al. 2014, Nature Methods)
○ Kernel K-Means (SNF Spectral) (Wang et al. 2014, Nature Methods)
![Page 43: FonksiyonelÇizgeÇekirdekleriile …...Multi-Omics Entegrasyonu iCluster (Shen et al. 2009, Bioinformatics) LRACluster (Wu et al. 2015, BMC Genomic) MCCA (Witten et al. 2009, Stat](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022071421/611a56d9f418d26db350c795/html5/thumbnails/43.jpg)
Farklı Çoklu-Bakış Açılı Metotlardan Hangisini Kullanmalıyız
Bu problemde MKKM-MR en iyi gruplamayı yapan çoklu bakış açılı, çekirdeklialgoritma oldu.
![Page 44: FonksiyonelÇizgeÇekirdekleriile …...Multi-Omics Entegrasyonu iCluster (Shen et al. 2009, Bioinformatics) LRACluster (Wu et al. 2015, BMC Genomic) MCCA (Witten et al. 2009, Stat](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022071421/611a56d9f418d26db350c795/html5/thumbnails/44.jpg)
Diğer Metotlarla Karşılaştırma
Benchmark from: Rappaport, Shamir. 2018, Nucleic Acid Research
![Page 45: FonksiyonelÇizgeÇekirdekleriile …...Multi-Omics Entegrasyonu iCluster (Shen et al. 2009, Bioinformatics) LRACluster (Wu et al. 2015, BMC Genomic) MCCA (Witten et al. 2009, Stat](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022071421/611a56d9f418d26db350c795/html5/thumbnails/45.jpg)
Etiketleri Yaymanin Etkisi
Moleküler değişikliklikleri çizge üzerinde yaymak işe yarıyor, özelliklemutasyon verilerinden yararlanmada.
![Page 46: FonksiyonelÇizgeÇekirdekleriile …...Multi-Omics Entegrasyonu iCluster (Shen et al. 2009, Bioinformatics) LRACluster (Wu et al. 2015, BMC Genomic) MCCA (Witten et al. 2009, Stat](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022071421/611a56d9f418d26db350c795/html5/thumbnails/46.jpg)
Bulunan KIRC Hasta Grupları
![Page 47: FonksiyonelÇizgeÇekirdekleriile …...Multi-Omics Entegrasyonu iCluster (Shen et al. 2009, Bioinformatics) LRACluster (Wu et al. 2015, BMC Genomic) MCCA (Witten et al. 2009, Stat](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022071421/611a56d9f418d26db350c795/html5/thumbnails/47.jpg)
Bulunan KIRC Hasta GruplarıClinical Parameter Test p-value
Age One-Way ANOVA 2.200e-01
Gender χ2 4.080e-01
Tumor Stage χ2 3.476e-08
Primary Tumor Pathological Spread
χ2 1.349e-07
Distant Metastasis Pathological Spread
χ2 3.766e-04
Neoplasm Histologic Grade χ2 2.104e-09
![Page 48: FonksiyonelÇizgeÇekirdekleriile …...Multi-Omics Entegrasyonu iCluster (Shen et al. 2009, Bioinformatics) LRACluster (Wu et al. 2015, BMC Genomic) MCCA (Witten et al. 2009, Stat](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022071421/611a56d9f418d26db350c795/html5/thumbnails/48.jpg)
Bulunan KIRC Hasta GruplarıClinical Parameter Test p-value
Age One-Way ANOVA 2.200e-01
Gender χ2 4.080e-01
Tumor Stage χ2 3.476e-08
Primary Tumor Pathological Spread
χ2 1.349e-07
Distant Metastasis Pathological Spread
χ2 3.766e-04
Neoplasm Histologic Grade χ2 2.104e-09
![Page 49: FonksiyonelÇizgeÇekirdekleriile …...Multi-Omics Entegrasyonu iCluster (Shen et al. 2009, Bioinformatics) LRACluster (Wu et al. 2015, BMC Genomic) MCCA (Witten et al. 2009, Stat](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022071421/611a56d9f418d26db350c795/html5/thumbnails/49.jpg)
Sonuç
• Çizge çekirdekleri çoklu omik verilerine biyolojik ağları entegre etmede fayda getirir
• Farklı ağlar kullanılabilir• Etkileşimlerin yönleri ve tipleri entegre
edilebilir
![Page 50: FonksiyonelÇizgeÇekirdekleriile …...Multi-Omics Entegrasyonu iCluster (Shen et al. 2009, Bioinformatics) LRACluster (Wu et al. 2015, BMC Genomic) MCCA (Witten et al. 2009, Stat](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022071421/611a56d9f418d26db350c795/html5/thumbnails/50.jpg)
Teşekkürler
M. Furkan AkdemirBilkent Üniversitesi
Ali Burak ÜnalÖnceden : Bilkent ÜniversitesiŞimdi Tübingen Universitesi
Yasin İ. TepeliSabancı UniversitesiTUBITAK) 3501 Career Award - Grant
#117E140
TUBITAK-BIDEB 2210 Fellowship Program
Bütün TastanLab Üyeleri