セルイノベーションデータ解析拠点 - Illumina, Inc....1 国立遺伝学研究所...
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国立遺伝学研究所 生命情報研究センター 藤井 信之
セルイノベーションデータ解析拠点
NGS解析システムのご紹介
国立遺伝学研究所 生命情報研究センター
藤井 信之, 門間 則和, 山本 圭介, 吉武 和敏, 池尾 一穂 ご連絡はこちらまで [email protected]
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国立遺伝学研究所 生命情報研究センター 藤井 信之
解析の学習障壁を下げる取り組み
コースパイプラインで詳しい ことを調べなくとも結果参照
メニューwikiでツールの違い、 結果の見方やポイント紹介
単品パイプラインで カスタマイズ
インストールログ 実行ログで自身の 環境での再現
http://cell-innovation.nig.ac.jp/wiki2/
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国立遺伝学研究所 生命情報研究センター 藤井 信之
ゲノムへの マッピング
ゲノムビューワに展開 発現量計算
複数サンプルマージと 発現量マトリクス作成
群間比較検定と 絞り込み用テーブル化
セルイノベーションのサイトに登録して 配列ファイル(x3)とアノテーション
(既知遺伝子情報)を投入
Pipeline history view In our pipeline execution system Maser
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国立遺伝学研究所 生命情報研究センター 藤井 信之
ChIP-seq
RNA-seq / CAGE 多型解析
Bisulfite-Seq Bismark-pileup-FET検定 CG/CHG/CHHを区別したメチル化の可視化。 全ゲノムレベル対応。領域ごとのサンプル比較。
MACS他各種ピークコール 新規モチーフ検出と既知モチーフDBへの検索
BWA-GATKによるSNV、ショートInDel検出 SnpEffによる多型の影響度アノテーション付加 1000ゲノム情報からの既知/未知SNV判別。 Long InDel、CNV検出
Trinityによるde novo転写物予測と比較。 TopHat-Cufflinksによる新規転写物検出。 DESeq群内のばらつきを考慮した群間比較 。 GO解析、発現パターンクラスタリング。
Fig by REVIGO http://revigo.irb.hr/revigo.jsp MAplot
k-means by Trinity
Motif search by MotIV Read level view of GenomeExplorer
Reformated SNV list annotated by SnpEff
GenomeExplorer
ご興味ある方は http://cell-innovation.nig.ac.jp/wiki2/ までアクセスください。