レポーティング機能を搭載した KNIMEワークフロー

マニュアル

産業技術総合研究所 創薬分子プロファイリング研究センター

2015年 6月 29日

内容

1. KNIME reporting ........................................................................................................... 1

1.1. レポーティング機能を搭載した PhylogeneticTree_SOAPワークフロー .............. 1

1.1.1. レポーティング機能の使い方 ........................................................................... 2

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1. KNIME reporting

KNIMEでは、Eclipse BIRT プロジェクト(http://www.eclipse.org/birt/phoenix/)で開発さ

れているレポーティング機能を搭載しております。レポーティング機能を用いることによ

り、KNIME ワークフローの結果を一括して視覚的に PDF ファイル、Word ファイル等に

出力することが可能です。

AISTでは PhylogeneticTree_SOAP KNIMEワークフローについてレポーティング機能を

搭載しております。

1.1. レポーティング機能を搭載した PhylogeneticTree_SOAP ワークフロー

この KNIMEワークフローは、既に公開されている PhylogeneticTree_SOAP KNIMEワー

クフローにレポーティング機能を搭載したものです。既存の PhylogeneticTree_SOAP

KNIMEワークフローに、以下の KNIMEノードが追加されております。

・ Data to Report：レポーティングを実行する KNIMEノード

・ Phylogenetic Tree PNG：系統樹の PNG画像をレポーティングするためのメタノード

・ Multiple Alignment：マルチプルアラインメントをレポーティングするためのメタノー

ド

1-1 レポーティング機能を搭載した PhylogeneticTree_SOAP KNIME ワークフロー

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1.1.1. レポーティング機能の使い方

以下の処理により、レポーティング機能を使用します。

１） 既に公開されている PhylogeneticTree_SOAPと同様に KNIMEワークフローを実行

します(1-2)。実行方法は PhylogeneticTree_SOAP KNIMEワークフローを参考にし

てください。

*ワークフローの実行ノードが進行すると、最終的には PhylogeneticTreeViewノード

のみが実行中となり、Archaeopteryxが起動し、系統樹が表示された状態となります

(1-3)。PhylogeneticTree_SOAP では Mafft_SOAP、ClustalW_SOAP による 2 つの

ラインが存在するため、2つの PhylogeneticTreeViewが実行中の状態となります(1-2

赤丸)。レポーティング機能を使うためには、実行結果をセーブする必要がありますが、

KNIMEノードが実行中の場合はセーブすることができません。ですので、レポーテ

ィング機能を使用する場合は起動している Archaeopteryx を終了する必要がありま

す。

1-2 実行中の KNIME ワークフロー

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1-3 Archaeopteryxによる系統樹表示

２） 起動している 2つの Archaeopteryxを終了すると、KNIMEワークフローの実行が全

て終了しますので(1-4)、そのままセーブします(1-4赤丸をクリック)。

1-4 実行が終了した KNIMEワークフロー

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３） KNIME reportingを起動します(1-5赤丸をクリック)。

1-5 KNIME reportingの起動

４） KNIME reporting のレイアウト画面が表示されますので、Preview タブをクリック

します(1-6赤丸をクリック)。

このレイアウト画面では、

・ Phylogenetic Tree Workflow Results (タイトル)

・ レポート生成日付 (タイトル右)

・ Mafft Multiple Alignment (Mafftのマルチプルアラインメント)

・ Mafft Phylogenetic Tree (Mafftの結果を基に作成された系統樹)

・ ClustalW Multiple Alignment (ClustalW のマルチプルアラインメント)

・ ClustalW Phylogenetic Tree (ClustalWの結果を基に作成された系統樹)

をレポートとして出力するための設定が行われており、ワークフローの結果はこのフ

ォーマットに基づいてレポートとして出力されます。

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1-6 KNIME reportingレイアウト画面

５） KNIME reporting のプレビュー画面が表示されます(1-7)。ここでワークフローの実

行結果が 1-6のレイアウト画面で設定された項目通りに表示されているかどうかを確

認することができます。確認後、画面上部の Runタグ(1-7赤丸)を選択すると、”View

Report”、”General Document”の 2項目のメニューが表示されますので(1-7青丸)、今

回は”View Report”を選択します。その結果、レポートの表示方式を選択するメニュ

ーが表示されます(1-7緑丸)。ここで、”In Web Viewer”メニューを選択すると、BIRT

Report Viewerが起動し、ワークフローのレポートが表示されます(1-8)。

なお、レポートの表示方式は以下となります。

・ In Web Viewer (BIRT Report Viewerで表示・保存)

・ As DOC (Wordファイル形式で表示・保存)

・ As HTML (BIRT Report Viewerで表示)

・ As ODP (Open Documentファイル形式で表示・保存)

・ As ODS (Open Documentファイル形式で表示・保存)

・ As ODT (Open Documentファイル形式で表示・保存)

・ As PDF (PDFファイル形式で表示・保存)

・ As POSTSCRIPT (PostScriptファイル形式で表示・保存)

・ As PPT (Power Pointファイル形式で表示・保存)

・ As XLS (Excelファイル形式で表示・保存)

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1-7 KNIME reportingプレビュー画面

６） BIRT Report Viewer 上にワークフロー実行結果を格納したレポートが表示されます

(1-8)。画面上部の”Export Report”アイコンをクリックすると(1-8 赤丸)、Export

Report のポップアップ画面が表示されますので(1-8 青丸)、ここで保存するファイル

形式を選択します。今回は PDF形式を選択します。

1-8 BIRT Report Viewer画面

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７） 最後に、保存されたファイルを開いてワークフローの実行結果を確認してください。

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1-9 生成されたワークフロー実行結果レポート

Mafftのマルチプルアラインメント (Mafft Multiple Alignment)、Mafftのマルチプルアラ

インメントに基づいて作成された系統樹 (Mafft Phylogenetic Tree)、ClustalWのマルチプ

ルアラインメント (ClustalW Multiple Alignment)、ClustalWのマルチプルアラインメン

トに基づいて作成された系統樹 (ClustalW Phylogenetic Tree)が表示されます。

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