Mennyire ismerjük a körülöttünk élő mikrobákat?Felföldi TamásELTE Mikrobiológiai Tanszék

Kiket ismerünk?

Hogyan ismerünk?

mintavétel

tenyésztéstörzsek

nukleinsav (DNS) kinyerése16S rDNS génjének specifikus felszaporítása

összehasonlító adatelemzésadatbázisok97% - faj, 95% - nemzetség

nukleinsav (DNS) kinyerése16S rDNS génjének specifikus felszaporítása

közösségi „génkeverék” szétválasztásapl. klónozás

-„great plate count anomaly”

Staley JT, Konopka A. 1985. Measurement of in situ activities of nonphotosyntheticmicroorganisms in aquatic and terrestrial habitats. Ann. Rev. Microbiol. 9: 321-346.

- a teljes közösség kb. 0,1-10%-a tenyészthető Handelsman J, Smalla K. 2003. Conversations with the silent majority Curr. Op. Microbiol. 6: 271–273.

Kiket ismerünk?

a tenyésztés szelektivitásának okai: nem megfelelő környezeti feltételek hőmérséklet, pH stb. nem megfelelő tápanyagok inhibíció antibiotikumok termelése

türelmetlenség stb.

Felföldi T, Székely AJ, Gorál R, Barkács K, Scheirich G, András J, Rácz A, Márialigeti K. 2010. Polyphasic bacterial community analysis of an aerobic activated sludge removing phenols and thiocyanate from coke plant effluent. Bioresour. Technol. 101: 3406-3414.

A szerencse szerepéről…1 a 112-ből (0,9%)

Felföldi T, Heéger Z, Vargha M, Márialigeti K. 2010. Detection of potentially pathogenic bacteria in the drinking water distribution system of a hospital in Hungary. Clin. Microbiol. Infect. 16: 89-92.

110/159 (69%) - nem azonosítható

Tenyésztés nélkül?…mert a tenyésztés szelektív

Fajleírásbaktériumok esetében

- tiszta tenyészet elhelyezése törzsgyűjteményben törzsszám, hozzáférhetőség biztosítása- morfológiai jellemzők sejt és kolónia: alak, méret, struktúráltság stb.- fiziológiai jellemzők, aktivitás vizsgálatok hőmérséklet, pH optimum, szénforrás hasznosítás stb.- kemotaxonómiai bélyegek (sejtek kémiai összetétele) zsírsavösszetétel, kinonösszetétel stb.- filogenetikai vizsgálatok 16S riboszómális DNS összehasonlító vizsgálata- összehasonlítás közeli rokon csoportokkal- új taxon jellemzése, elkülönítő bélyegek megadása- névadás- szakcikk publikálása, megjelenés validációs listában International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology

Néhány „hungaricum”baktériumok

- Pannonibacter phragmitetus Borsodi AK, Micsinai A, Kovács G, Tóth E, Schumann P, Kovács AL, Böddi B, Márialigeti K. 2003. Pannonibacter phragmitetus gen. nov., sp. nov., a novel alkalitolerant bacterium isolated from decomposing reed rhizomes in a Hungarian soda lake. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 53: 555-561.

- Chryseobacterium hungaricum Szoboszlay S, Atzél B, Kukolya J, Tóth EM, Márialigeti K, Schumann P, Kriszt B. 2008. Chryseobacterium hungaricum sp. nov., isolated from hydrocarbon-contaminated soil. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 58: 2748-2754.

- Nocardioides hungaricus Tóth E, Kéki Z, Makk J, Homonnay ZG, Márialigeti K, Schumann P. 2010. Nocardioides hungaricus sp. nov., isolated from the drinking water supply system of Budapest (Hungary). Int. J. Syst. Evol. Microbiol. (in press)

- Ottowia pentelensisFelföldi T, Kéki Z, Sipos R, Márialigeti K, Tindall BJ, Schumann P, Tóth EM. 2010. Ottowia pentelensis sp. nov., a novel floc-forming betaproteobacterium isolated from an activated sludge system treating coke plant effluent. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. (revízió alatt)

algák

- Chloroparva pannonicaSomogyi B, Felföldi T, Solymosi K, Makk J, Homonnay ZG, Horváth G, Turcsi, E, Böddi B, Mária-ligeti K, Vörös L. 2010. Chloroparva pannonica gen. et sp. nov. (Trebouxiophyceae, Chlorophyta) - a new picoplanktonic green alga from a turbid, shallow soda pan. Phycologia (in press)

Pannonibacter phragmitetus

Chloroparva pannonica

Néhány „hungaricum”

gombák

- Udeniomyces pannonicus Niwata Y, Takashima M, Tornai-Lehoczki J, Deák T, Nakase T. 2002. Udeniomyces pannonicus sp. nov., a ballistoconidium-forming yeast isolated from leaves of plants in Hungary. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 52: 1887-1892.

- Dioszegia hungaricaZsolt J. 1957. Egy új élesztö: Dioszegia hungarica nov. gen. et sp. Bot. Közl. 47: 63-66.

Takashima M, Deak T, Nakase T. 2001. Emendation of Dioszegia with redescription of Dioszegia hungarica and two new combinations, Dioszegia aurantiaca and Dioszegia crocea. J. Gen. Appl. Microbiol. 47: 75-84.

- Dioszegia zsoltiiBai FY, Takashima M, Jia JH, Nakase T. 2002. Dioszegia zsoltii sp. nov., a new ballistoconidium-forming yeast species with two varieties. J. Gen. Appl. Microbiol. 48:17-23.

- Candida novakiiPéter G, Tornai-Lehoczki J, Deák T. 1997. Candida novakii, sp. nov. a new anamorphic yeast species of ascomycetous affinity. Antonie van Leeuwenhoek 71: 375–378.

paraziták

- Myxobolus hungaricus Molnár K, Baska F. 1999. Redescription of Myxobolus hungaricus Jaczó, 1940 (Myxosporea: Myxobolidae), a parasite of bream (Abramis brama L.). Acta Vet. Hung. 47: 341-349.

Dioszegia zsoltii

Myxobolus hungaricus

Diószegi Sámuel (1761-1813)

Novák Ervin Károly (1932-2009)

-Desemzia gen. nov.

DSMZ (Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen), Braunschweig, NémetországStackebrandt E, Schumann P, Swiderski J, Weiss N. 1999. Reclassification of Brevibacterium incertum (Breed 1953) as Desemzia incerta gen. nov., comb. nov. Int. J. Syst. Bacteriol. 49: 185-188.

-Emticicia gen. nov.

MTCC (Microbial Type Culture Collection and Gene Bank), Chandigarh, India Saha P, Chakrabarti T. 2006. Emticicia oligotrophica gen. nov., sp. nov., a new member of the family 'Flexibacteraceae', phylum Bacteroidetes. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 56: 991-995.

- Basfia gen. nov.

BASF, Ludwigshafen, NémetországKuhnert P, Scholten E, Haefner S, Mayor D, Frey J. 2010. Basfia succiniciproducens gen. nov., sp. nov., a new member of the family Pasteurellaceae isolated from bovine rumen. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 60: 44-50.

emberek, helyek…

betűszavak

Tovább…

Science fiction?

Star Wars - Ep. I. - Baljós árnyak (1999)midikloriánok

Science fiction?

- candidatus Midichloria mitochondrii- olasz-ausztrál-cseh koprodukció (2006)- kullancs endoszimbionta baktérium

Sassera D, Beninati T, Bandi C, Bouman EAP, Sacchi L, Fabbi M, Lo N. 2006. ‘Candidatus Midichloria mitochondrii’,an endosymbiont of the tick Ixodes ricinus with a unique intramitochondrial lifestyle. Int. J. Syst. Evol. Microbiol.56: 2535–2540.