Febrero, 2009 Sistemas de informacion para la Red Latinpapa: Avances y perspectivas R. Simon.,...
-
Upload
gil-de-dios -
Category
Documents
-
view
6 -
download
0
Transcript of Febrero, 2009 Sistemas de informacion para la Red Latinpapa: Avances y perspectivas R. Simon.,...
![Page 1: Febrero, 2009 Sistemas de informacion para la Red Latinpapa: Avances y perspectivas R. Simon., C.Aliaga.,L.Rojas.,V.Hualla y E.Salas Mejoramieto de germoplasma.](https://reader033.fdocuments.net/reader033/viewer/2022061216/54b20073497959490f8b4c39/html5/thumbnails/1.jpg)
Fe
bre
ro,
20
09
Sistemas de informacion para la Red Latinpapa: Avances y perspectivas
R. Simon., C.Aliaga.,L.Rojas.,V.Hualla y E.Salas
Mejoramieto de germoplasma y de cultivos (GECI) y Unidad Informática para la Investigación (RIU)
![Page 2: Febrero, 2009 Sistemas de informacion para la Red Latinpapa: Avances y perspectivas R. Simon., C.Aliaga.,L.Rojas.,V.Hualla y E.Salas Mejoramieto de germoplasma.](https://reader033.fdocuments.net/reader033/viewer/2022061216/54b20073497959490f8b4c39/html5/thumbnails/2.jpg)
Colaboradores
GECI RIU E.Mihovilovich R.Simon W.Amoros V. Hualla M.Gastelo C.Aliaga G.Burgos L. RojasM. Orrillo S. Trebejo B. Ordoñez
Training A. Puccini M. Miky
![Page 3: Febrero, 2009 Sistemas de informacion para la Red Latinpapa: Avances y perspectivas R. Simon., C.Aliaga.,L.Rojas.,V.Hualla y E.Salas Mejoramieto de germoplasma.](https://reader033.fdocuments.net/reader033/viewer/2022061216/54b20073497959490f8b4c39/html5/thumbnails/3.jpg)
Plataforma Información
- Avances 2008
- Sitio web
- Catalog web y CD
- Manejador de tareas
- Migracion a nuevo hardware y upgrade de software
- Revision de herramientas para manejo de datasets y analisis de datos (CIPPEX/CIPSTAT)
- Planes 2009
- Arquitectura de plataforma CIPPEX/CIPSTAT revisada
- Elementos
![Page 4: Febrero, 2009 Sistemas de informacion para la Red Latinpapa: Avances y perspectivas R. Simon., C.Aliaga.,L.Rojas.,V.Hualla y E.Salas Mejoramieto de germoplasma.](https://reader033.fdocuments.net/reader033/viewer/2022061216/54b20073497959490f8b4c39/html5/thumbnails/4.jpg)
Página Web RedLatinpapa
FASE 1
- Se diagramó la web usando la Herramienta Wiki Confluence.
- Se clasificó la información según área de interes y se colocó en la web.
Ventajas
- No se necesita de un programador para aumentar o actualizar contenidoen la web.
FASE 2 Se construyó el catálogo de clonesusando PHP y MySQL (opensource) - Se recopiló información de SETs y de CIPPEX.
-Se programó el motor de búsquedaspara variables cuantitativas y cualitativas
![Page 5: Febrero, 2009 Sistemas de informacion para la Red Latinpapa: Avances y perspectivas R. Simon., C.Aliaga.,L.Rojas.,V.Hualla y E.Salas Mejoramieto de germoplasma.](https://reader033.fdocuments.net/reader033/viewer/2022061216/54b20073497959490f8b4c39/html5/thumbnails/5.jpg)
Objetivo Primer año:
•Actualización de la información de Sets y Harvest Plust en CIPPEX: Libros de campo, datos de lab de procesamiento, lab de calidad y fotos.
•La información de 101 Clones avanzados de GECI han sido migrados al Catálogo digital de la RED.
Base de Datos
![Page 6: Febrero, 2009 Sistemas de informacion para la Red Latinpapa: Avances y perspectivas R. Simon., C.Aliaga.,L.Rojas.,V.Hualla y E.Salas Mejoramieto de germoplasma.](https://reader033.fdocuments.net/reader033/viewer/2022061216/54b20073497959490f8b4c39/html5/thumbnails/6.jpg)
http://research.cip.cgiar.org/redlatinpapa/pages/home.php
Productos Primer año: 101 clones avanzados en Catálogo digital
![Page 7: Febrero, 2009 Sistemas de informacion para la Red Latinpapa: Avances y perspectivas R. Simon., C.Aliaga.,L.Rojas.,V.Hualla y E.Salas Mejoramieto de germoplasma.](https://reader033.fdocuments.net/reader033/viewer/2022061216/54b20073497959490f8b4c39/html5/thumbnails/7.jpg)
JIRA: herramienta para manejo de tareas
“Features”:
-Disenado para tareas cumplidas
-Posibilidades de monitoreo de avances
-Alertas
-Reportes
-Integracion con Sitio web
![Page 8: Febrero, 2009 Sistemas de informacion para la Red Latinpapa: Avances y perspectivas R. Simon., C.Aliaga.,L.Rojas.,V.Hualla y E.Salas Mejoramieto de germoplasma.](https://reader033.fdocuments.net/reader033/viewer/2022061216/54b20073497959490f8b4c39/html5/thumbnails/8.jpg)
Entrenamiento en JIRA: herramienta para manejo de tareas
Hacemos click en “Create New Issue” para crear una nueva tarea
![Page 9: Febrero, 2009 Sistemas de informacion para la Red Latinpapa: Avances y perspectivas R. Simon., C.Aliaga.,L.Rojas.,V.Hualla y E.Salas Mejoramieto de germoplasma.](https://reader033.fdocuments.net/reader033/viewer/2022061216/54b20073497959490f8b4c39/html5/thumbnails/9.jpg)
Pre breeding and Citogenic
Objetivo Segundo Año:
* Actualizar la información de Virus, Tizón Tardio y Pre mejoramiento en CIPPEX : Libros de campo, datos de lab de procesamiento, lab de calidad y fotos.
•La información de 200 Clones avanzados de GECI estarían a dispocisión de los socios a través del Catálogo digital de la RED.
•Herramientas CIPPEX/CIPSTAT a disposicion de socios
![Page 10: Febrero, 2009 Sistemas de informacion para la Red Latinpapa: Avances y perspectivas R. Simon., C.Aliaga.,L.Rojas.,V.Hualla y E.Salas Mejoramieto de germoplasma.](https://reader033.fdocuments.net/reader033/viewer/2022061216/54b20073497959490f8b4c39/html5/thumbnails/10.jpg)
Contribucion CIP
-Nuevo servidor
-Ultimas versiones de software
-Finalizar: Marzo 2009
Beneficios:
-Mas rapido
-Nuevas posibilidades: p.e.
-Edicion de paginas web del sitio de Red desde Word
Migracion a nuevo hardware y software
![Page 11: Febrero, 2009 Sistemas de informacion para la Red Latinpapa: Avances y perspectivas R. Simon., C.Aliaga.,L.Rojas.,V.Hualla y E.Salas Mejoramieto de germoplasma.](https://reader033.fdocuments.net/reader033/viewer/2022061216/54b20073497959490f8b4c39/html5/thumbnails/11.jpg)
Principio: facilitar generacion de nueva informacion (sinergia)!
Criterios:
-Balance entre centralizacion y manejo local
-Compartir datos y protocolos (de ensayos y analisis)
-… pero no depender ‘demasiado’ de connexion a la internet
-Objetivos:
-Herramientas para cada un socio
-Herramientas para la red de socios
-Transparencia para datos y analisis
Revision de herramientas CIPPEX/CIPSTAT
![Page 12: Febrero, 2009 Sistemas de informacion para la Red Latinpapa: Avances y perspectivas R. Simon., C.Aliaga.,L.Rojas.,V.Hualla y E.Salas Mejoramieto de germoplasma.](https://reader033.fdocuments.net/reader033/viewer/2022061216/54b20073497959490f8b4c39/html5/thumbnails/12.jpg)
Planes 2009: vision de arquitectura
“Kits” para uso local
Herramientas compartidos
Manejo de datos
Control de calidad de
datos
Analisis
Catalogos
Repositorio de datasets
Integracion de datos
Reportes estandarizados de datos
Capacitacion:Buenas practicas compartidas
![Page 13: Febrero, 2009 Sistemas de informacion para la Red Latinpapa: Avances y perspectivas R. Simon., C.Aliaga.,L.Rojas.,V.Hualla y E.Salas Mejoramieto de germoplasma.](https://reader033.fdocuments.net/reader033/viewer/2022061216/54b20073497959490f8b4c39/html5/thumbnails/13.jpg)
Planes 2009: implementacion de arquitectura
“Kits” para uso local
Herramientas compartidos
Manejo de datos
Control de calidad de
datos
Analisis
Catalogos
Repositorio de datasets
Integracion de datos
Reportes estandarizados de datos
Capacitacion:Buenas practicas compartidas
Formspe.e ICG
Uso demetadatos
yotros
Programasestadist.
Kit de 2008
CIPPEX 2.0:un dataset = publicacion
Data marts: p.e. biomart
R y ‘reportes reproducibles’(con ‘Sweave’)
DocumentacionEventos de capacitacion
![Page 14: Febrero, 2009 Sistemas de informacion para la Red Latinpapa: Avances y perspectivas R. Simon., C.Aliaga.,L.Rojas.,V.Hualla y E.Salas Mejoramieto de germoplasma.](https://reader033.fdocuments.net/reader033/viewer/2022061216/54b20073497959490f8b4c39/html5/thumbnails/14.jpg)
Planes 2009: Repositorio CIPPEX 2.0
Ejemplo: pagina web en el mismo ‘Confluence’
Features:
-Atribucion de origen
-Facilitar citacion formal
-Historial de cambios
-Alertas de ‘updates’
-Control de acceso
-Facilitar integridad de datos
-Control de calidad
![Page 15: Febrero, 2009 Sistemas de informacion para la Red Latinpapa: Avances y perspectivas R. Simon., C.Aliaga.,L.Rojas.,V.Hualla y E.Salas Mejoramieto de germoplasma.](https://reader033.fdocuments.net/reader033/viewer/2022061216/54b20073497959490f8b4c39/html5/thumbnails/15.jpg)
Planes 2009: Integracion de datasets optimizado para consultas
biomart (e otros…)
Demo: video
![Page 16: Febrero, 2009 Sistemas de informacion para la Red Latinpapa: Avances y perspectivas R. Simon., C.Aliaga.,L.Rojas.,V.Hualla y E.Salas Mejoramieto de germoplasma.](https://reader033.fdocuments.net/reader033/viewer/2022061216/54b20073497959490f8b4c39/html5/thumbnails/16.jpg)
Planes 2009: Reportes reproducibles
Demo: video