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Evolution des méthodes en virologie Marie-Edith Lafon Laboratoire de Virologie du CHU de Bordeaux

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Evolution des méthodes en virologie

Marie-Edith Lafon

Laboratoire de Virologie du CHU de Bordeaux

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Pratiques actuelles,

évolutions récentes

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Sérologies virales ELISA chimiluminescence

Biologie moléculaire : PCR, séquençage

Détection d’antigènes Culture

Transport à 5°C

(Remic 2015)

ELISA : Ac IgG et IgM / 2 Ag = HIV-1 p24, HBV AgHBs

PCR quantitatives : HIV, HCV, HBV, CMV, EBV, HHV6, BKV, AdV

PCR qualitatives : HSV, VZV, rougeole, B19, arboviroses …

PCR multiplex : respiratoire, digestive, HPV

Séquençage Sanger : HIV, HCV, HBV (génotypage et mutations de résistance )

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Automatisation

- Sérologies virales :

chaînes de production pour

tri, centrifugation, immuno-analyse

- Amplification génique :

organisation des locaux simplifiée

GHP Plateau Automatisé de Biologie Médicale PABIM

- Secteur pré-amplification

secteur propre

secteur « contaminé »

- Secteur intermédiaire

- Secteur post-amplification GHP Plateau Technique de Biologie Moléculaire PTBM

Revir, 2007

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Accréditation

• Validation de méthode avant installation :

logiciel d’aide à la validation

• Méthodes accréditables :

traçabilité

seuils de détection / quantification bien définis

contrôles internes

évaluations externes de la qualité

Cible

Contrôle interne

% échantillons conformes % techniques avec EEQ

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PCR temps réel « traditionnelle » :

risques de contaminations

Surveillance systématique :

écouvillonnage des surfaces (Virocult) :

paillasses, poignées, hottes, automate…

puis PCR

Indicateur qualité

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Extraction-PCR automatisée en tests unitaires : Laboratoire d’Urgence

GeneXpert Cepheid

Durée de l’analyse ≥ 20 minutes

Diagnostic moléculaire des prélèvements multi-organes

… Prix …

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Perspectives

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De la PCR ciblée à l’étude du virome

PCR HSV point final

PCR HSV + VZV temps réel

PCR neuroviroses multiplex

Virome :

Séquençage Nouvelle Génération

- bioinformatique

- coût

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Diagnostics syndromiques

PCR multiplex agents microbiens

responsables de méningo-encéphalites

FilmArray™ (BioFire Diagnostics)

durée de l’analyse = 1h (extraction + PCR)

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De « vieilles » techniques ont de l’avenir :

Ac neutralisants

Solis M et al, J Am Soc Nephrol 29: ccc–ccc, 2018. doi: https://doi.org/10.1681/ASN.2017050532

• Diagnostic : Zika et grossesse

• Pronostic : BKV en transplantation rénale

titrage chez le receveur

des anticorps neutralisants

dirigés contre la souche de BKV

du donneur

(Ac spécifiques de génotype viral)

= marqueur prédictif du risque

de néphropathie à BKV

Virurie Virémie

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Merci pour votre attention