Evaluation des stocks et étude de la structure génétique des ...
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Evaluation des stocks et étude de la structure génétique des populations de Paracentrotus
lividus (Oursin violet) en Corse
Sophie Duchaud UMS3514StellaMare–UMR-CNRS6134SPE
EricDurieux.VaninaPasqualini.SoniaTernengoUMS3514StellaMare–UMR-CNRS6134SPE–UniversitédeCorse
StéphaneCoupé.SandrineGaillardEquipeEB2M-LaboratoirePROTEE–UniversitédeToulon
SéminairesurlemilieuMarinSTARESO11mai2016
Etude génétique
Conclusions Etude de la démographie
Contexte
Présentation de l’espèce Paracentrotus lividus
PrésentenMéditerranéeetAtlanQqueEst Oursinleplusappréciédanslagastronomieméditerranéenne Gonadesappréciées:captureentreenconcurrenceaveclapériodedereproducQon
Depuislesannées70:diminuQondesstocks Plusieursfacteursresponsables:
Pêche PolluQondeseaux DestrucQondeshabitats
Espècemenacée(ConvenQondeBerne–1979) Capturerèglementée(Barcelone–1987)
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En Corse ?
DiminuQondesstocksconstatée LégislaQonconcernantlescapturesencoreplusdraconienne DemandesenaugmentaQon
Nécessiterdemaintenirlesac/vitésdepêcheenpréservantlespopula/onsnaturelles
Quelles données ?
DonnéesdisponiblessurlespopulaQonssurdessitesprécis(Bonifacio,Calvi,Galéria,l’étangd’Urbinu) Absenced’étudesurlagénéQquedespopulaQonsàl’échelledelaCorse Absenced’étudecomparaQvedespopulaQonsàl’échelledel’île
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Etude génétique
Etude de la démographie
Contexte Conclusions
Objectifs de l’étude
Réaliserun1erétatdeslieuxdespopulaQonsàl’échelledelaCorse EtudierlesfacteursinfluençantlesabondancesenP.lividus RéaliseruneanalysegénéQqueautourdelaCorse
Cadre de l’étude
Réaliséeparl’UniversitédeCorseauseinduprogramme«Oursins»UMS3514StellaMare Danslecadred’unethèse(UMR6134SPE)sousladirecQonduPrVaninaPasqualinietduDrSoniaTernengo
ParQe1:Etudedeladémographie
ParQe2:EtudegénéQque
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Etude génétique
Etude de la démographie
Contexte Conclusions
Objectifs de l’axe
Contexte Etude de la démographie
Réaliserle1erétatdeslieuxàl’échelledelaCorse Observers’ilexistedesvariaQonsspaQalesettemporellesdesabondances Etudierdesparamètrespouvantinfluencerlesdensités
Macinaggio
AlboNonza
Vallidone
Etang de Diana
Etang d’Urbino
SanguinairesIsolella
Tonnara
Punta di u catu
Méthodologie
Etuderéaliséeauxprintempsetautomnes2013et2014 RéalisaQondecomptagesvisuelsviatransects(3,6,9m) Analysesdessubstrats+recouvrementvégétal Inventairedespoissonsprésents
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Etude génétique
Conclusions
Existe-t-ildesvariabilitésspa/aleettemporelle?: RéalisaQond’unePermanova(designà4facteurs)sousPrimer
Résultats
VariabilitéssignificaQves(P<0,05)observéespourlesfacteurs: Année Saison(Année) Site(Prud’homie) 6
Contexte Etude de la démographie Etude
génétique Conclusions
Zonessignifica/vementdifférentesentermededensités? RéalisaQond’untestdeKruskalWallis
Résultats
GroupesAetB:significaQvementdifférentsdugroupeD(densitéslesplusimportantes) GroupeC:intermédiaire GroupeA:comprendlesétangsetMacinaggio
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Contexte Etude de la démographie Etude
génétique Conclusions
Paramètresinfluençantladensité? RéalisaQond’untestdeSpearman
Résultats
ParacentrotuslividusetArbacialixulanégaQvementcorrélésà: laprofondeur(moinsd’individusobservéà9m) aurecouvrementvégétal
ParacentrotuslividusposiQvementcorréléàArbacialixula
*:valeurssignificaQvespourα=0,05**:valeurssignificaQvespourα=0,01***:valeurssignificaQvespourα=0,001
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Contexte Etude de la démographie Etude
génétique Conclusions
Influencedurecouvrementvégétaletd’A.lixulasurlesabondancesdesdifférentesclassesdetailledeP.lividus?
RéalisaQond’uneACP
Résultats
Recouvrementvégétal
Traduc/on Détermina/on
EncrusQng Encroûtant Espècescalcaires
Turfy Rasant Hauteur<1cm
Shrubby ArbusQf 1cm≤Hauteur<10cm
Arborescent Hauteur≥10cm
Posidoniaoceanica
PeQtsindividussemblentpréférerlesvégétauxrasantsetarbusQfs
Lesindividusdetaillessupérieuresontdespréférencespourlesalguesencroûtantes
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Contexte Etude de la démographie Etude
génétique Conclusions
Influencedurecouvrementvégétaletd’A.lixulasurlesabondancesdesdifférentesclassesdetailledeP.lividus?
RéalisaQond’uneACP
Résultats
Recouvrementvégétal
Traduc/on Détermina/on
EncrusQng Encroûtant Espècescalcaires
Turfy Rasant Hauteur<1cm
Shrubby ArbusQf 1cm≤Hauteur<10cm
Arborescent Hauteur≥10cm
Posidoniaoceanica
ArbacialixulaposiQvementcorréléavectouteslesclassesdetaille
PosidoniaoceanicanégaQvementcorréléavecP.lividusetA.lixula VégétauxarborescentsnégaQvementcorrélésavecP.lividus
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Contexte Etude de la démographie Etude
génétique Conclusions
Objectifs de l’axe
EtudierladiversitégénéQqueetlastructuraQongénéQqueenCorse ConnexionsentrelesdifférentespopulaQons? LienentrelespopulaQonsd’étangsetdemer?
Contexte Etude génétique
Méthodologie
EchanQllonnageréaliséauxPrintemps2013et2014 Prélèvementsur
50juvéniles(<5cm):3piquants/individu 50adultes(≥5cm):5piquants/individu
Macinaggio
Albo
Vallidone
Etang de Diana
Etang d’Urbino
SanguinairesIsolella
Punta di u catu
Urbino Ext.
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Etude de la démographie
Conclusions
Méthodologie (suite)
TraitementdeséchanQllonsparlelaboratoirePROTEE(Univ.Toulon)
ExtracQon,amplificaQon(PCR),génotypage 6microsatelliteschoisispourl’analyse:28,Hist,T,L,BetC StructuregénéQque(indicesFST,RST) RéparQQongénéQque(AMOVA)
Résultats
Diversitéallélique:étudielesdifférentesversionsdesallèlesd’ungène,leurgammedetaille,etc.
Nombred’allèlessimilairesàceuxtrouvésenPACApourlesloci28,HistetT. ≠observéespourleslociL,BetCà2hypothèses:
Spécificitélocale? Dûaunombred’individuséchanQllonnéplusgrandenCorse?
DifférenciaQonentrepopulaQons(MarkovChains)
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Contexte Etude génétique
Etude de la démographie
Conclusions
Résultats (suite)
Richesseallélique:permetdedéterminerlenombred’allèlesprésentspourunlocusdonné
SimilaireentrelescohortestemporellesetlessitesàdiversitégénéQquehomogènepourlaCorseàl’échelledel’aired’échanQllonnage L’apportdenouvellesrecruessemblesuffisantpourmaintenirleniveaudediversitégénéQqueobservédanslapopulaQonadultepourchaquesite
Structuregéné/que:existe-t-ildessouspopulaQonsauseindelapopulaQonCorsed’oursins?Siouiexiste-t-ildesfluxdegènes?UQlisaQond’indicateursFSTetRST
FST:prendencomptelafréquenceallélique: PopulaQonglobalerelaQvementhomogène.PasdedifférenciaQonstaQsQqueobservéeentrelesgroupes.
RST:étudielesressemblancesentreallèlesbaséessurlataille: Mêmeconclusionquepourl’indiceFST 13
Contexte Etude génétique
Etude de la démographie
Conclusions
Résultats (suite)
Testdedifférencia/ongéné/que:permetd’analyserlarépar//ondeladiversitégéné/queentrelesdifférentssites,cohortestemporelles,etc.
PasdedifférenciaQonsignificaQveentrecohortetemporelleobservéeàdiversitégénéQquedesrecrueshomogèned’unegénéraQonàl’autre
TendanceàladifférenciaQondecertaineszones:Diana,Isolella,Sanguinaires,ValidoneàNécessitéd’affinerlesrésultatspourtesterl’hypothèsed’unestructuraQonetpourquoi?Zonestropexploitées?BaissedeseffecQfsdûàdescausesenvironnementales?DébutdedifférenciaQonpourlesindividusd’étang?
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Contexte Etude génétique
Etude de la démographie
Conclusions
Etude de la démographie
Contexte Conclusions
FortediversitégénéQquereparQedemanièrehomogèneàl’échelledelaCorse PasdestructuraQonspaQalesignificaQveobservéeàl’échelledelapopulaQonCorsecomptetenudesmarqueursuQlisés DiversitégénéQquedesrecrueshomogèned’unegénéraQonàl’autre Pasdemiseenévidenced’uneffondrementdémographiquelocalsurlessitesétudiés.
Etude génétique
VariabilitésspaQaleettemporellemisesenévidence CorrélaQonsobservéespourlaprofondeur,lerecouvrementvégétaletlesabondancesenA.lixula TendancesobservéesenfoncQondelaclassedetailledeP.lividus
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Etude génétique
Etude de la démographie
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Merci de votre attention