Essential)Cell)Biology,FourthEdition REFERENCES · PDF fileLehninger!AL(1971)...

31
Essential Cell Biology, Fourth Edition REFERENCES Chapter 1 The Unity and Diversity of Life Andersson SGE (2006) The bacterial world gets smaller. Science 314:259–260. Brenner S, Jacob F & Meselson M (1961) An unstable intermediate carrying information from genes to ribosomes for protein synthesis. Nature 190:576– 581. Fraser CM, Gocayne JD, White O et al (1995) The minimal gene complement of Mycoplasma genitalium. Science 270:397–403. Harris JK, Kelley ST, Spiegelman et al (2003) The genetic core of the universal ancestor. Genome Res 13:407–413. Koonin EV (2005) Orthologs, paralogs, and evolutionary genomics. Annu Rev Genet 39:309–338. Watson JD & Crick FHC (1953) Molecular structure of nucleic acids. A structure for deoxyribose nucleic acid. Nature 171:737–738. Yusupov MM,Yusupova GZ, Baucom A et al (2001) Crystal structure of the ribosome at 5.5 Å resolution. Science 292:883–896. Rhinn M et al. (2009) Zebrafish gbx1 refines the midbrainhindbrain boundary border and mediates the Wnt8 posteriorization signal. Neural Dev 4:12. Looking at Cells in the Light Microscope Adams MC, Salmon WC, Gupton SL et al (2003) A high speed multispectral spinningdisk confocal microscope system for fluorescent speckle microscopy of living cells. Methods 29:29–41. Agard DA, Hiraoka Y, Shaw P & Sedat JW (1989) Fluorescence microscopy in three dimensions. In Methods in Cell Biology, vol 30: Fluorescence Microscopy of Living Cells in Culture, part B (DL Taylor, YL Wang eds). San Diego: Academic Press. Centonze VE (2002) Introduction to multiphoton excitation imaging for the biological sciences. Methods Cell Biol 70:129–48. Chalfie M, Tu Y, Euskirchen G et al (1994) Green fluorescent protein as a marker for gene expression. Science 263:802–805. Egner A et al. (2002) Fast 100nm resolution three dimensinoal microscope reveals structural plasticity of mitochondria in live yeast. Proc Natl Acad Sci USA 99(6): 33705. Giepmans BN, Adams SR, Ellisman MH & Tsien RY (2006) The fluorescent toolbox for assessing protein location and function. Science 312:217–224. Harlow E & Lane D (1988) Antibodies. A Laboratory Manual. Cold Spring Harbor, NY: Cold Spring Harbor Laboratory Press. Haugland RP (ed) (1996) Handbook of Fluorescent Probes and Research Chemicals, 8th ed. Eugene, OR: Molecular Probes, Inc. (Available online at http://www.probes.com/) Jaiswai JK & Simon SM (2004) Potentials and pitfalls of fluorescent quantum dots for biological imaging. Trends Cell Biol 14:497–504. JaresErijman EA & Jovin TM (2003) FRET imaging. Nature Biotech 21:1387–1395. LippincottShwartz J, AltanBonnet N & Patterson G (2003) Photobleaching and photoactivation: following protein dynamics in living cells. Nature Cell Biol 5:S7–S14. Michalet X et al. (2003) The power and prospects of fluorescence microscopies and spectroscopies. Annu Rev Biophys Biomol Struct 32:16182. Minsky M (1988) Memoir on inventing the confocal scanning microscope. Scanning 10:128–138. Miyawaki A, Sawano A & Kogure T (2003) Lighting up cells: labeling proteins with fluorophores. Nature Cell Biol 5:S1–S7. Parton RM & Read ND (1999) Calcium and pH imaging in living cells. In Light Microscopy in Biology. A Practical Approach, 2nd ed. (Lacey AJ ed) Oxford: Oxford University Press. Sako Y & Yanagida T (2003) Singlemolecule visualization in cell biology. Nature Rev Mol Cell Biol 4:SS1–SS5. Sekar RB & Periasamy A (2003) Fluorescence resonance energy transfer (FRET) microscopy imaging of live cell protein localizations. J Cell Biol 160:629–633. Shaner NC, Steinbach PA & Tsien RY (2005) A guide to choosing fluorescent proteins. Nature Methods 2:905–909. Sheetz MP (ed) (1997) Laser Tweezers in Cell Biology. Methods Cell Biol 55. Sluder G & Wolf DE (2007) Video Microscopy 3rd ed. Methods Cell Biol 81. Stevens DJ & Allan (2003) Light Microscopy Techniques for Live Cell Imaging. Science 300:82–86. Tsien RY (2003) Imagining imaging’s future. Nature Rev Mol Cell Rev 4:SS16–SS21. van Teeffelen S, Shaevitz JW, Gitai Z (2012) Image analysis in fluorescence microscopy: bacterial dynamics as a case study. Bioessays 34(5): 42736 Weiss DG, Maile W, Wick RA & Steffen W (1999) Video microscopy. In Light Microscopy in Biology: A Practical Approach, 2nd ed. (AJ Lacey ed) Oxford: Oxford University Press.

Transcript of Essential)Cell)Biology,FourthEdition REFERENCES · PDF fileLehninger!AL(1971)...

Page 1: Essential)Cell)Biology,FourthEdition REFERENCES · PDF fileLehninger!AL(1971) !TheMolecular!Basis ... 23:9318–9326.!! InternationalHumanGenomeSequencingConsortium! ... Essential)Cell)Biology,Fourth"Edition"

 Essential  Cell  Biology,  Fourth  Edition  

REFERENCES  

Chapter  1    The  Unity  and  Diversity  of  Life  Andersson  SGE  (2006)  The  bacterial  world  gets  smaller.  Science  314:259–260.    

Brenner  S,  Jacob  F  &  Meselson  M  (1961)  An  unstable  intermediate  carrying  information  from  genes  to  ribosomes  for  protein  synthesis.  Nature  190:576–581.    

Fraser  CM,  Gocayne  JD,  White  O  et  al  (1995)  The  minimal  gene  complement  of  Mycoplasma  genitalium.  Science  270:397–403.    

Harris  JK,  Kelley  ST,  Spiegelman  et  al  (2003)  The  genetic  core  of  the  universal  ancestor.  Genome  Res  13:407–413.    

Koonin  EV  (2005)  Orthologs,  paralogs,  and  evolutionary  genomics.  Annu  Rev  Genet  39:309–338.    

Watson  JD  &  Crick  FHC  (1953)  Molecular  structure  of  nucleic  acids.  A  structure  for  deoxyribose  nucleic  acid.  Nature  171:737–738.    

Yusupov  MM,Yusupova  GZ,  Baucom  A  et  al  (2001)  Crystal  structure  of  the  ribosome  at  5.5  Å  resolution.  Science  292:883–896.  

 Rhinn  M  et  al.  (2009)  Zebrafish  gbx1  refines  the  midbrain-­‐hindbrain  boundary  border  and  mediates  the  Wnt8  posteriorization  signal.  Neural  Dev  4:12.  

 Looking  at  Cells  in  the  Light  Microscope    Adams  MC,  Salmon  WC,  Gupton  SL  et  al  (2003)  A  high-­‐speed  multispectral  spinning-­‐disk  confocal  microscope  system  for  fluorescent  speckle  microscopy  of  living  cells.  Methods  29:29–41.    

Agard  DA,  Hiraoka  Y,  Shaw  P  &  Sedat  JW  (1989)  Fluorescence  microscopy  in  three  dimensions.  In  Methods  in  Cell  Biology,  vol  30:  Fluorescence  Microscopy  of  Living  Cells  in  Culture,  part  B  (DL  Taylor,  Y-­‐L  Wang  eds).  San  Diego:  Academic  Press.    

Centonze  VE  (2002)  Introduction  to  multiphoton  excitation  imaging  for  the  biological  sciences.  Methods  Cell  Biol  70:129–48.    

Chalfie  M,  Tu  Y,  Euskirchen  G  et  al  (1994)  Green  fluorescent  protein  as  a  marker  for  gene  expression.  Science  263:802–805.    

Egner  A  et  al.  (2002)  Fast  100-­‐nm  resolution  three-­‐dimensinoal  microscope  reveals  structural  plasticity  of  mitochondria  in  live  yeast.  Proc  Natl  Acad  Sci  USA  99(6):  3370-­‐5.    

Giepmans  BN,  Adams  SR,  Ellisman  MH  &  Tsien  RY  (2006)  The  fluorescent  toolbox  for  assessing  protein  location  and  function.  Science  312:217–224.    

Harlow  E  &  Lane  D  (1988)  Antibodies.  A  Laboratory  Manual.  Cold  Spring  Harbor,  NY:  Cold  Spring  Harbor  Laboratory  Press.    

Haugland  RP  (ed)  (1996)  Handbook  of  Fluorescent  Probes  and  Research  Chemicals,  8th  ed.  Eugene,  OR:  Molecular  Probes,  Inc.  (Available  online  at  http://www.probes.com/)    

Jaiswai  JK  &  Simon  SM  (2004)  Potentials  and  pitfalls  of  fluorescent  quantum  dots  for  biological  imaging.  Trends  Cell  Biol  14:497–504.    

Jares-­‐Erijman  EA  &  Jovin  TM  (2003)  FRET  imaging.  Nature  Biotech  21:1387–1395.    

Lippincott-­‐Shwartz  J,  Altan-­‐Bonnet  N  &  Patterson  G  (2003)  Photobleaching  and  photoactivation:  following  protein  dynamics  in  living  cells.  Nature  Cell  Biol  5:S7–S14.    

Michalet  X  et  al.  (2003)  The  power  and  prospects  of  fluorescence  microscopies  and  spectroscopies.  Annu  Rev  Biophys  Biomol  Struct  32:161-­‐82.    

Minsky  M  (1988)  Memoir  on  inventing  the  confocal  scanning  microscope.  Scanning  10:128–138.    

Miyawaki  A,  Sawano  A  &  Kogure  T  (2003)  Lighting  up  cells:  labeling  proteins  with  fluorophores.  Nature  Cell  Biol  5:S1–S7.    

Parton  RM  &  Read  ND  (1999)  Calcium  and  pH  imaging  in  living  cells.  In  Light  Microscopy  in  Biology.  A  Practical  Approach,  2nd  ed.  (Lacey  AJ  ed)  Oxford:  Oxford  University  Press.    

Sako  Y  &  Yanagida  T  (2003)  Single-­‐molecule  visualization  in  cell  biology.  Nature  Rev  Mol  Cell  Biol  4:SS1–SS5.    

Sekar  RB  &  Periasamy  A  (2003)  Fluorescence  resonance  energy  transfer  (FRET)  microscopy  imaging  of  live  cell  protein  localizations.  J  Cell  Biol  160:629–633.    

Shaner  NC,  Steinbach  PA  &  Tsien  RY  (2005)  A  guide  to  choosing  fluorescent  proteins.  Nature  Methods  2:905–909.    

Sheetz  MP  (ed)  (1997)  Laser  Tweezers  in  Cell  Biology.  Methods  Cell  Biol  55.    

Sluder  G  &  Wolf  DE  (2007)  Video  Microscopy  3rd  ed.  Methods  Cell  Biol  81.    

Stevens  DJ  &  Allan  (2003)  Light  Microscopy  Techniques  for  Live  Cell  Imaging.  Science  300:82–86.    

Tsien  RY  (2003)  Imagining  imaging’s  future.  Nature  Rev  Mol  Cell  Rev  4:SS16–SS21.    

van  Teeffelen  S,  Shaevitz  JW,  Gitai  Z  (2012)  Image  analysis  in  fluorescence  microscopy:  bacterial  dynamics  as  a  case  study.  Bioessays  34(5):  427-­‐36  

Weiss  DG,  Maile  W,  Wick  RA  &  Steffen  W  (1999)  Video  microscopy.  In  Light  Microscopy  in  Biology:  A  Practical  Approach,  2nd  ed.  (AJ  Lacey  ed)  Oxford:  Oxford  University  Press.    

Page 2: Essential)Cell)Biology,FourthEdition REFERENCES · PDF fileLehninger!AL(1971) !TheMolecular!Basis ... 23:9318–9326.!! InternationalHumanGenomeSequencingConsortium! ... Essential)Cell)Biology,Fourth"Edition"

 Essential  Cell  Biology,  Fourth  Edition  

REFERENCES  

White  JG,  Amos  WB  &  Fordham  M  (1987)  An  evaluation  of  confocal  versus  conventional  imaging  of  biological  structures  by  fluorescence  light  microscopy.  J  Cell  Biol  105:41–48.    

Zernike  F  (1955)  How  I  discovered  phase  contrast.  Science  121:345–349.    

 Looking  at  Cells  and  Molecules  in  the  Electron  Microscope    

Allen  TD  &  Goldberg  MW  (1993)  High  resolution  SEM  in  cell  biology.  Trends  Cell  Biol  3:203–208.    

Baumeister  W  (2002)  Electron  tomography:  towards  visualizing  the  molecular  organization  of  the  cytoplasm.  Curr  Opin  Struct  Biol  12:679–684.    

Böttcher  B,  Wynne  SA  &  Crowther  RA  (1997)  Determination  of  the  fold  of  the  core  protein  of  hepatits  B  virus  by  electron  cryomicroscopy.  Nature  386:88–91.    

Dubochet  J,  Adrian  M,  Chang  J-­‐J  et  al  (1988)  Cryoelectron  microscopy  of  vitrified  specimens.  Q  Rev  Biophys  21:129–228.    

Frank  J  (2003)  Electron  microscopy  of  functional  ribosome  complexes.  Biopolymers  68:223–233.    

Hayat  MA  (2000)  Principles  and  Techniques  of  Electron  Microscopy,  4th  ed.  Cambridge:  Cambridge  University  Press.    

Heuser  J  (1981)  Quick-­‐freeze,  deep-­‐etch  preparation  of  samples  for  3D  electron  microscopy.  Trends  Biochem  Sci  6:64–68.    

Lippincott-­‐Schwartz  J  &  Patterson  GH  (2003)  Development  and  use  of  fluorescent  protein  markers  in  living  cells.  Science  300:87–91.    

McIntosh  R,  Nicastro  D  &  Mastronarde  D  (2005)  New  views  of  cells  in  3D:  an  introduction  to  electron  tomography.  Trends  Cell  Biol  15:43–51.    

McDonald  KL  &  Auer  M  (2006)  High  pressure  freezing,  cellular  tomography,  and  structural  cell  biology.  Biotechniques  41:137–139.    

Pease  DC  &  Porter  KR  (1981)  Electron  microscopy  and  ultramicrotomy.  J  Cell  Biol  91:287s–292s.    

Unwin  PNT  &  Henderson  R  (1975)  Molecular  structure  determination  by  electron  microscopy  of  unstained  crystal  specimens.  J  Mol  Biol  94:425–440.    

 

Chapter  2    The  Chemical  Components  of  a  Cell    Abeles  RH,  Frey  PA  &  Jencks  WP  (1992)  Biochemistry.  Boston:  Jones  &  Bartlett.    

Atkins  PW  (1996)  Molecules.  New  York:  WH  Freeman.    Branden  C  &  Tooze  J  (1999)  Introduction  to  Protein  Structure,  2nd  ed.  New  York:  Garland  Science.    

Bretscher  MS  (1985)  The  molecules  of  the  cell  membrane.  Sci  Am  253:100–109.    

Burley  SK  &  Petsko  GA  (1988)  Weakly  polar  interactions  in  proteins.  Adv  Protein  Chem  39:125–189.    

De  Duve  C  (2005)  Singularities:  Landmarks  on  the  Pathways  of  Life.  Cambridge:  Cambridge  University  Press.    

Dowhan  W  (1997)  Molecular  basis  for  membrane  phospholipid  diversity:  Why  are  there  so  many  lipids?  Annu  Rev  Biochem  66:199–232.    

Eisenberg  D  &  Kauzman  W  (1969)  The  Structure  and  Properties  of  Water.  Oxford:  Oxford  University  Press.    

Fersht  AR  (1987)  The  hydrogen  bond  in  molecular  recognition.  Trends  Biochem  Sci  12:301–304.    

Franks  F  (1993)  Water.  Cambridge:  Royal  Society  of  Chemistry.    

Henderson  LJ  (1927)  The  Fitness  of  the  Environment,  1958  ed.  Boston:  Beacon.    

Neidhardt  FC,  Ingraham  JL  &  Schaechter  M  (1990)  Physiology  of  the  Bacterial  Cell:  A  Molecular  Approach.  Sunderland,  MA:  Sinauer.    

Pauling  L  (1960)  The  Nature  of  the  Chemical  Bond,  3rd  ed.  Ithaca,  NY:  Cornell  University  Press.    

Saenger  W  (1984)  Principles  of  Nucleic  Acid  Structure.  New  York:  Springer.    

Sharon  N  (1980)  Carbohydrates.  Sci  Am  243:90–116.    Stillinger  FH  (1980)  Water  revisited.  Science  209:451–457.    

Tanford  C  (1978)  The  hydrophobic  effect  and  the  organization  of  living  matter.  Science  200:1012–1018.    

Tanford  C  (1980)  The  Hydrophobic  Effect.  Formation  of  Micelles  and  Biological  Membranes,  2nd  ed.  New  York:  John  Wiley.    

White  SH  (2005)  How  hydrogen  bonds  shape  membrane  protein  structure.  Adv  Protein  Chem  72:157-­‐72.  

 

Chapter  3    Catalysis  and  the  Use  of  Energy  by  Cells    Atkins  PW  (1994)  The  Second  Law:  Energy,  Chaos  and  Form.  New  York:  Scientific  American  Books.    

Atkins  PW  &  De  Paula  JD  (2006)  Physical  Chemistry  for  the  Life  Sciences.  Oxford:  Oxford  University  Press.    

Baldwin  JE  &  Krebs  H  (1981)  The  Evolution  of  Metabolic  Cycles.  Nature  291:381–382.    

Berg  HC  (1983)  Random  Walks  in  Biology.  Princeton,  NJ:  Princeton  University  Press.    

Dickerson  RE  (1969)  Molecular  Thermodynamics.  Menlo  Park,  CA:  Benjamin  Cummings.    

Page 3: Essential)Cell)Biology,FourthEdition REFERENCES · PDF fileLehninger!AL(1971) !TheMolecular!Basis ... 23:9318–9326.!! InternationalHumanGenomeSequencingConsortium! ... Essential)Cell)Biology,Fourth"Edition"

 Essential  Cell  Biology,  Fourth  Edition  

REFERENCES  

Dill  KA  &  Bromberg  S  (2003)  Molecular  Driving  Forces:  Statistical  Thermodynamics  in  Chemistry  and  Biology.  New  York:  Garland  Science.    

Dressler  D  &  Potter  H  (1991)  Discovering  Enzymes.  New  York:  Scientific  American  Library.    

Einstein  A  (1956)  Investigations  on  the  Theory  of  Brownian  Movement.  New  York:  Dover.    

Fruton  JS  (1999)  Proteins,  Enzymes,  Genes:  The  Interplay  of  Chemistry  and  Biology.  New  Haven:  Yale  University  Press.    

Goodsell  DS  (1991)  Inside  a  living  cell.  Trends  Biochem  Sci  16:203–206.    

Karplus  M  &  McCammon  JA  (1986)  The  dynamics  of  proteins.  Sci  Am  254:42–51.    

Karplus  M  &  Petsko  GA  (1990)  Molecular  dynamics  simulations  in  biology.  Nature  347:631–639.    

Kauzmann  W  (1967)  Thermodynamics  and  Statistics:  with  Applications  to  Gases.  In  Thermal  Properties  of  Matter  Vol  2.  New  York:  WA  Benjamin,  Inc.    

Kornberg  A  (1989)  For  the  Love  of  Enzymes.  Cambridge,  MA:  Harvard  University  Press.    

Lavenda  BH  (1985)  Brownian  Motion.  Sci  Am  252:70–85.    

Lawlor  DW  (2001)  Photosynthesis,  3rd  ed.  Oxford:  BIOS.    

Lehninger  AL  (1971)  The  Molecular  Basis  of  Biological  Energy  Transformations,  2nd  ed.  Menlo  Park,  CA:  Benjamin  Cummings.    

Lipmann  F  (1941)  Metabolic  generation  and  utilization  of  phosphate  bond  energy.  Adv  Enzymol  1:99–162.    

Lipmann  F  (1971)  Wanderings  of  a  Biochemist.  New  York:  Wiley.    

Nisbet  EE  &  Sleep  NH  (2001)  The  habitat  and  nature  of  early  life.  Nature  409:1083–1091.    

Racker  E  (1980)  From  Pasteur  to  Mitchell:  a  hundred  years  of  bioenergetics.  Fed  Proc  39:210–215.    

Schrödinger  E  (1944  &  1958)  What  is  Life?:  The  Physical  Aspect  of  the  Living  Cell  and  Mind  and  Matter,  1992  combined  ed.  Cambridge:  Cambridge  University  Press.    

Shi  Y  (2013)  Common  folds  and  transport  mechanisms  of  secondary  active  transporters.  Ann  Rev  Biophys  42:  51-­‐72.    

van  Holde  KE,  Johnson  WC  &  Ho  PS  (2005)  Principles  of  Physical  Biochemistry,  2nd  ed.  Upper  Saddle  River,  NJ:  Prentice  Hall.    

Walsh  C  (2001)  Enabling  the  chemistry  of  life.  Nature  409:226–231.    

Westheimer  FH  (1987)  Why  nature  chose  phosphates.  Science  235:1173–1178.    

Youvan  DC  &  Marrs  BL  (1987)  Molecular  mechanisms  of  photosynthesis.  Sci  Am  256:42–49.    

 

Chapter  4    The  Shape  and  Structure  of  Proteins    Anfinsen  CB  (1973)  Principles  that  govern  the  folding  of  protein  chains.  Science  181:223–230.    

Bray  D  (2005)  Flexible  peptides  and  cytoplasmic  gels.  Genome  Biol  6:106–109.    

Burkhard  P,  Stetefeld  J  &  Strelkov  SV  (2001)  Coiled  coils:  a  highly  versatile  protein  folding  motif.  Trends  Cell  Biol  11:82–88.    

Caspar  DLD  &  Klug  A  (1962)  Physical  principles  in  the  construction  of  regular  viruses.  Cold  Spring  Harb  Symp  Quant  Biol  27:1–24.    

Doolittle  RF  (1995)  The  multiplicity  of  domains  in  proteins.  Annu  Rev  Biochem  64:287–314.    

Eisenberg  D  (2003)  The  discovery  of  the  alpha-­‐helix  and  beta-­‐sheet,  the  principle    structural  features  of  proteins.  Proc  Natl  Acad  Sci  USA  100:11207–11210.    

Fraenkel-­‐Conrat  H  &  Williams  RC  (1955)  Reconstitution  of  active  tobacco  mosaic  virus  from  its  inactive  protein  and  nucleic  acid  components.  Proc  Natl  Acad  Sci  USA  41:690–698.    

Goodsell  DS  &  Olson  AJ    (2000)  Structural  symmetry  and  protein  function.  Annu  Rev  Biophys  Biomol  Struct  29:105–153.    

Harrison  SC  (1992)  Viruses.  Curr  Opin  Struct  Biol  2:293–299.    

Harrison  SC  (2004)  Whither  structural  biology?  Nature  Struct  Mol  Biol  11:12–15.    

Hudder  A,  Nathanson  L  &  Deutscher  MP  (2003)  Organization  of  mammalian  cytoplasm.  Mol  Cell  Biol  23:9318–9326.    

International  Human  Genome  Sequencing  Consortium  (2001)  Initial  sequencing  and  analysis  of  the  human  genome.  Nature  409:860–921.    

Meiler  J  &  Baker  D  (2003)  Coupled  prediction  of  protein  secondary  and  tertiary  structure.  Proc  Natl  Acad  Sci  USA  100:12105–12110.    

Nomura  M  (1973)  Assembly  of  bacterial  ribosomes.  Science  179:  864–873.    

Orengo  CA  &  Thornton  JM  (2005)  Protein  families  and  their  evolution—  a  structural  perspective.  Annu  Rev  Biochem  74:867–900.    

Pauling  L  &  Corey  RB  (1951)  Configurations  of  polypeptide  chains  with  favored  orientations  around  single  bonds:  two  new  pleated  sheets.  Proc  Natl  Acad  Sci  USA  37:729–740.    

Pauling  L,  Corey  RB  &  Branson  HR  (1951)  The  structure  of  proteins:  two  hydrogen-­‐bonded  helical  configurations  of  the  polypeptide  chain.  Proc  Natl  Acad  Sci  USA  37:205–211.    

Page 4: Essential)Cell)Biology,FourthEdition REFERENCES · PDF fileLehninger!AL(1971) !TheMolecular!Basis ... 23:9318–9326.!! InternationalHumanGenomeSequencingConsortium! ... Essential)Cell)Biology,Fourth"Edition"

 Essential  Cell  Biology,  Fourth  Edition  

REFERENCES  

Ponting  CP,  Schultz  J,  Copley  RR  et  al.  (2000)  Evolution  of  domain  families.  Adv  Protein  Chem  54:185–244.    

Reynolds  KA,  Mc  Laughlin  RN,  Ranganathan  R  (2011)  Hot  spots  for  allosteric  regulation  on  protein  surfaces.  Cell  147(7):  1564-­‐75.  

Trinick  J  (1992)  Understanding  the  functions  of  titin  and  nebulin.  FEBS  Lett  307:44–48.    

Vogel  C,  Bashton  M,  Kerrison  ND  et  al  (2004)    Structure,  function  and  evolution  of  multidomain  proteins.  Curr  Opin  Struct  Biol  14:208–216.    

Zhang  C  &  Kim  SH  (2003)  Overview  of  structural  genomics:  from  structure  to  function.  Curr  Opin  Chem  Biol  7:28–32.    

 Protein  Function    Alberts  B  (1998)  The  cell  as  a  collection  of  protein  machines:  preparing  the  next  generation  of  molecular  biologists.  Cell  92:291–294.    

Benkovic  SJ  (1992)  Catalytic  antibodies.  Annu  Rev  Biochem  61:29–54.    

Berg  OG  &  von  Hippel  PH  (1985)  Diffusion-­‐controlled  macromolecular  interactions.  Annu  Rev  Biophys  Biophys  Chem  14:131–160.    

Bhattacharyya  RP,  Remenyi  A,  Yeh  BJ  &  Lim  WA  (2006)  Domains,  motifs,  and  scaffolds:  The  role  of  modular  interactions  in  the  evolution  and  wiring  of  cell  signaling  circuits.  Annu  Rev  Biochem  75:655–680.    

Bourne  HR  (1995)  GTPases:  a  family  of  molecular  switches  and  clocks.  Philos  Trans  R  Soc  Lond  B  349:283–289.    

Braden  BC  &  Poljak  RJ  (1995)  Structural  features  of  the  reactions  between  antibodies  and  protein  antigens.  FASEB  J  9:9–16.    

Dickerson  RE  &  Geis  I  (1983)  Hemoglobin:  Structure,  Function,  Evolution  and  Pathology.  Menlo  Park,  CA:  Benjamin  Cummings.    

Dressler  D  &  Potter  H  (1991)  Discovering  Enzymes.  New  York:  Scientific  American  Library.    

Eisenberg  D,  Marcotte,  EM,  Xenarios,  I  &  Yeates  TO  (2000)  Protein  function  in  the  post-­‐genomic  era.  Nature  405:823–826.    

Fersht  AR  (1999)  Structure  and  Mechanisms  in  Protein  Science:  A  Guide  to  Enzyme  Catalysis.  New  York:  WH  Freeman.    

Johnson,  LN  &  Lewis  RJ  (2001)  Structural  basis  for  control  by  phosphorylation.  Chem  Rev  101:2209–2242.    

Kantrowitz  ER  &  Lipscomb  WN  (1988)  Escherichia  coli  aspartate  transcarbamoylase:  the  relation  between  structure  and  function.  Science  241:669–674.    

Khosla  C  &  Harbury  PB  (2001)  Modular  enzymes.  Nature  409:247–252.    

Kim  E  &  Sheng  M  (2004)  PDZ  domain  proteins  of  synapses.  Nature  Rev  Neurosci  5:771–781.    

Koshland  DE,  Jr  (1984)  Control  of  enzyme  activity  and  metabolic  pathways.  Trends  Biochem  Sci  9:155–159.    

Kraut  DA,  Carroll  KS  &  Herschlag  D  (2003)  Challenges  in  enzyme  mechanism  and  energetics.  Annu  Rev  Biochem  72:517–571.    

Krogan  NJ,  Cagney  G,  Yu  H  et  al  (2006)  Global  landscape  of  protein  complexes  in  the  yeast  Saccharomyces  cerevisisae.  Nature  440:637–643.    

Lichtarge  O,  Bourne  HR  &  Cohen  FE  (1996)  An  evolutionary  trace  method  defines  binding  surfaces  common  to  protein  families.  J  Mol  Biol  257:342–358.    

Marcotte  EM,  Pellegrini  M,  Ng  HL  et  al  (1999)  Detecting  protein  function  and  protein–protein  interactions  from  genome  sequences.  Science  285:751–753.    

Monod  J,  Changeux  JP  &  Jacob  F  (1963)  Allosteric  proteins  and  cellular  control  systems.  J  Mol  Biol  6:306–329.    

Pawson  T  &  Nash  P  (2003)  Assembly  of  regulatory  systems  through  protein  interaction  domains.  Science  300:445–452.    

Pavletich  NP  (1999)  Mechanisms  of  cyclin-­‐dependent  kinase  regulation:  structures  of  Cdks,  their  cyclin  activators,  and  Cip  and  INK4  inhibitors.  J  Mol  Biol  287:821–828.    

Pellicena  P  &  Kuriyan  J  (2006)  Protein-­‐protein  interactions  in  the  allosteric  regulation  of  protein  kinases.  Curr  Opin  Struct  Biol  16:702–709.    

Perutz  M  (1990)  Mechanisms  of  Cooperativity  and  Allosteric  Regulation  in  Proteins.  Cambridge:  Cambridge  University  Press.    

Raushel  F,  Thoden,  JB  &  Holden  HM  (2003)  Enzymes  with  molecular  tunnels.  Acc  Chem  Res  36:539–548.    

Radzicka  A  &  Wolfenden  R  (1995)  A  proficient  enzyme.  Science  267:90–93.    

Sato  TK,  Overduin  M  &  Emr  S  (2001)  Location,  location,  location:  Membrane  targeting  directed  by  PX  domains.  Science  294:1881–1885.    

Schramm  VL  (1998)  Enzymatic  transition  states  and  transition  state  analog  design.  Annu  Rev  Biochem  67:693–720.    

Schultz  PG  &  Lerner  RA  (1995)  From  molecular  diversity  to  catalysis:  lessons  from  the  immune  system.  Science  269:1835–1842.    

Vale  RD  &  Milligan  RA  (2000)  The  way  things  move:  looking  under  the  hood  of  molecular  motor  proteins.  Science  288:88–95.    

Vocadlo  DJ,  Davies  GJ,  Laine  R  &  Withers  SG  (2001)  Catalysis  by  hen  egg-­‐white  lysozyme  proceeds  via  a  covalent  intermediate.  Nature  412:835–838.    

Page 5: Essential)Cell)Biology,FourthEdition REFERENCES · PDF fileLehninger!AL(1971) !TheMolecular!Basis ... 23:9318–9326.!! InternationalHumanGenomeSequencingConsortium! ... Essential)Cell)Biology,Fourth"Edition"

 Essential  Cell  Biology,  Fourth  Edition  

REFERENCES  

Walsh  C  (2001)  Enabling  the  chemistry  of  life.  Nature  409:226–231.    

Yang  XJ  (2005)  Multisite  protein  modification  and  intramolecular  signaling.  Oncogene  24:1653–1662.    

Zhu  H,  Bilgin  M  &  Snyder  M  (2003)  Proteomics.  Annu  Rev  Biochem  72:783–812.    

 Purifying  Proteins    de  Duve  C  &  Beaufay  H  (1981)  A  short  history  of  tissue  fractionation.  J  Cell  Biol  91:293s–299s.    

Krogan  NJ,  Cagney  G,  Yu  H  et  al  (2006)  Global  landscape  of  protein  complexes  in  the  yeast  Saccharomyces  cerevisiae.  Nature  440:637–43.    

Laemmli  UK  (1970)  Cleavage  of  structural  proteins  during  the  assembly  of  the  head  of  bacteriophage  T4.  Nature  227:680–685.    

Nirenberg  MW  &  Matthaei  JH  (1961)  The  dependence  of  cell-­‐free  protein  synthesis  in  E.  coli  on  naturally  occurring  or  synthetic  polyribonucleotides.  Proc  Natl  Acad  Sci.  USA  47:1588–1602.    

O’Farrell  PH  (1975)  High-­‐resolution  two-­‐dimensional  electrophoresis  of  proteins.  J  Biol  Chem  250:4007–4021.    

Palade  G  (1975)  Intracellular  aspects  of  the  process  of  protein  synthesis.  Science  189:347–358.    

Scopes  RK  &  Cantor  CR  (1994)  Protein  Purification:  Principles  and  Practice,  3rd  ed.  New  York:  Springer-­‐Verlag.    

Strucutral  Genomics  Consortium  et  al  (2008)  Protein  production  and  purification.  Nat  Methods  5(2):  135-­‐46.  

 Analyzing  Proteins    Branden  C  &  Tooze  J  (1999)  Introduction  to  Protein  Structure,  2nd  ed.  New  York:  Garland  Science.    

Fields  S  &  Song  O  (1989)  A  novel  genetic  system  to  detect  protein–protein  interactions.  Nature  340:245–246.    

Giepmans  BN,  Adams  SR  et  al  (2006)  The  fluorescent  toolbox  for  assessing  protein  location  and  function.  Science  312:217–24.    

Kendrew  JC  (1961)  The  three-­‐dimensional  structure  of  a  protein  molecule.  Sci  Am  205:96–111.    

Knight  ZA  &  Shokat  KM  (2007)  Chemical  genetics:  Where  genetics  and  pharmacology  meet.  Cell  128:425–30.    

Rigaut  G,  Shevchenko  A,  Rutz  B  et  al  (1999)  A  generic  protein  purification  method  for  protein  complex  characterization  and  proteome  exploration.  Nature  Biotechnol  17:1030–1032.    

Washburn  MP,  Wolters  D  and  Yates  JR  (2001)  Large-­‐scale  analysis  of  the  yeast  proteome  by  

multidimensional  protein  identification  technology.  Nature  Biotechnol  19:242–7.    

Wuthrich  K  (1989)  Protein  structure  determination  in  solution  by  nuclear  magnetic  resonance  spectroscopy.  Science  243:45–50.    

 

Chapter  5    The  Structure  and  Function  of  DNA    Avery  OT,  MacLeod  CM  &  McCarty  M  (1944)  Studies  on  the  chemical  nature  of  the  substance  inducing  transformation  of  pneumococcal  types.  J  Exp  Med  79:137–158.    

Meselson  M  &  Stahl  FW  (1958)  The  replication  of  DNA  in  E.  coli.  Proc  Natl  Acad  Sci  USA  44:671–682.    

Watson  JD  &  Crick  FHC  (1953)  Molecular  structure  of  nucleic  acids.  A  structure  for  deoxyribose  nucleic  acids.  Nature  171:737–738.    

 Chromosomal  DNA  and  Its  Packaging  in  the  Chromatin  Fiber    

Jin  J,  Cai  Y,  Li  B  et  al  (2005)  In  and  out:  histone  variant  exchange  in  chromatin.  Trends  Biochem  Sci  30:680–687.    

Kornberg  RD  &  Lorch  Y  (1999)  Twenty-­‐five  years  of  the  nucleosome,  fundamental  particle  of  the  eukaryote  chromosome.  Cell  98:285–294.    

Li  G,  Levitus  M,  Bustamante  C  &  Widom  J  (2005)  Rapid  spontaneous  accessibility  of  nucleosomal  DNA.  Nature  Struct  Mol  Biol  12:46–53.    

Lorch  Y,  Maier-­‐Davis  B  &  Kornberg  RD  (2006)  Chromatin  remodeling  by  nucleosome  disassembly  in  vitro.  Proc  Natl  Acad  Sci  USA  103:3090–3093.    

Luger  K,  Mader  AW,  Richmond  RK  et  al  (1997)  Crystal  structure  of  the  nucleosome  core  particle  at  2.8  Å  resolution.  Nature  389:251–260.    

Luger  K  &  Richmond  TJ  (1998)  The  histone  tails  of  the  nucleosome.  Curr  Opin  Genet  Dev  8:140–146.    

Malik  H  S  &  Henikoff  S  (2003)  Phylogenomics  of  the  nucleosome  Nature  Struct  Biol  10:882-­‐891.    

Ried  T,  Schrock  E,  Ning  Y  &  Wienberg  J  (1998)  Chromosome  painting:  a  useful  art.  Hum  Mol  Genet  7:1619–1626.    

Robinson  PJ  &  Rhodes  R  (2006)  Structure  of  the  30  nm  chromatin  fibre:  A  key  role  for  the  linker  histone.  Curr  Opin  Struct  Biol  16:1–8.    

Saha  A,  Wittmeyer  J  &  Cairns  BR  (2006)  Chromatin  remodeling:  the  industrial  revolution  of  DNA  around  histones.  Nature  Rev  Mol  Cell  Biol  7:437–446.    

Woodcock  CL  (2006)  Chromatin  architecture.  Curr  Opin  Struct  Biol  16:213–220.    

 

Page 6: Essential)Cell)Biology,FourthEdition REFERENCES · PDF fileLehninger!AL(1971) !TheMolecular!Basis ... 23:9318–9326.!! InternationalHumanGenomeSequencingConsortium! ... Essential)Cell)Biology,Fourth"Edition"

 Essential  Cell  Biology,  Fourth  Edition  

REFERENCES  

The  Regulation  of  Chromatin  Structure    Burgess  RJ,  Zhang  Z  (2010)  Histones,  histone  chaperone  and  nucleosome  assembly.  Protein  Cell  1(7):  607-­‐12.    

Egger  G,  Liang,  G,  Aparicio  A  &  Jones  PA  (2004)  Epigenetics  in  human  disease  and  prospects  for  epigenetic  therapy.  Nature  429:457–463.    

Henikoff  S  (1990)  Position-­‐effect  variegation  after  60  years.  Trends  Genet  6:422–426.    

Henikoff  S  &  Ahmad  K  (2005)  Assembly  of  variant  histones  into  chromatiin.  Annu  Rev  Cell  Dev  Biol  21:133–153.    

Gaszner  M  &  Felsenfeld  G  (2006)  Insulators:  exploiting  transcriptional  and  epigenetic  mechanisms.  Nature  Rev  Genet  7:703–713.    

Hake  SB  &  Allis  CD  (2006)  Histone  H3  variants  and  their  potential  role  in  indexing  mammalian  genomes:  the  “H3  barcode  hypothesis.”  Proc  Natl  Acad  Sci  USA  103:6428–6435.    

Jenuwein  T  (2006)  The  epigenetic  magic  of  histone  lysine  methylation.  FEBS  J  273:3121–3135.    

Martin  C  &  Zhang  Y  (2005)  The  diverse  functions  of  histone  lysine  methylation.  Nature  Rev  Mol  Cell  Biol  6:838–849.    

Mellone  B,  Erhardt  S  &  Karpen  GH  (2006)  The  ABCs  of  centromeres.  Nature  Cell  Biol  8:427–429.    

Peterson  CL  &  Laniel  MA  (2004)  Histones  and  histone  modifications.  Curr  Biol  14:R546–R551.    

Ruthenburg  AJ,  Allis  CD  &  Wysocka  J  (2007)  Methylation  of  lysine  4  on  histone  H3:  intricacy  of  writing  and  reading  a  single  epigenetic  mark.  Mol  Cell  25:15–30.    

Shahbazian  MD  &  Grunstein  M  (2007)  Functions  of  site-­‐specific  histone  acetylation  and  deacetylation.  Annu  Rev  Biochem  76:75–100.  

Zentner  GE,  Henikoff  S  (2013)  Regulation  of  nucleosome  dynamics  by  histone  modifications.  Nat  Struct  Mol  Biol  20(3):  259-­‐66.    

 The  Global  Structure  of  Chromosomes    Akhtar  A  &  Gasser  SM  (2007)  The  nuclear  envelope  and  transcriptional  control.  Nature  Rev  Genet  8:507–517.    

Callan  HG  (1982)  Lampbrush  chromosomes.  Proc  Roy  Soc  Lond  Ser  B  21:417–448.    

Chakalova  L,  Debrand  E,    Mitchel  JA  et  al  (2005)  Replication  and  transcription:  shaping  the  landscape  of  the  genome.  Nature  Rev  Genet  6:669–678.    

Cremer  T,  Cremer  M,  Dietzel  S  et  al  (2006)  Chromosome  territories—a  functional  nuclear  landscape.  Curr  Opin  Cell  Biol  18:307–316.    

Ebert  A,  Lein  S,  Schotta  G  &  Reuter  G  (2006)  Histone  modification  and  the  control  of  heterochromatic  

gene  silencing  in  Drosophila.  Chromosome  Res  14:377–392.    

Fraser  P  &  Bickmore  W  (2007)  Nuclear  organization  of  the  genome  and  the  potential  for  gene  regulation.  Nature  447:413–417.    

Handwerger  KE  &  Gall  JG  (2006)  Subnuclear  organelles:  new  insights  into  form  and  function.  Trends  Cell  Biol  16:19–26.    

Hirano  T  (2006)  At  the  heart  of  the  chromosome:  SMC  proteins  in  action.  Nature  Rev  Mol  Cell  Biol  7:311–322.    

Lamond  AI  &  Spector  DL  (2003)  Nuclear  speckles:  a  model  for  nuclear  organelles.  Nature  Rev  Mol  Cell  Biol  4:605–612.    

Maeshima  K  &  Laemmli  UK  (2003)  A  two-­‐step  scaffolding  model  for  mitotic  chromosome  assembly.  Dev  Cell  4:467–480.    

Sims  JK,  Houston  SI,  Magazinnik  T  &  Rice  JC  (2006)  A  trans-­‐tail  histone  code  defined  by  monomethylated  H4  Lys-­‐20  and  H3  Lys-­‐9  demarcates  distinct  regions  of  silent  chromatin.  J  Biol  Chem  281:12760–12766.    

Speicher  MR  &  Carter  NP  (2005)  The  new  cytogenetics:  blurring  the  boundaries  with  molecular  biology.  Nature  Rev  Genet  6:782–792.    

Zhimulev  IF  (1998)  Morphology  and  structure  of  polytene  chromosomes.  Adv  Genet  37:1–566.    

 

Chapter  6    The  Maintenance  of  DNA  Sequences    Cooper  GM,  Brudno  M,  Stone  ES  et  al  (2004)  Characterization  of  evolutionary  rates  and  constraints  in  three  mammalian  genomes.  Genome  Res  14:539–548.    

Crow  JF  (2000)  The  origins,  patterns  and  implications  of  human  spontaneous  mutation.  Nature  Rev  Genet  1:40–47.    

Hedges  SB  (2002)  The  origin  and  evolution  of  model  organisms.  Nature  Rev  Genet  3:838–849.    

King  MC,  Wilson  AC  (1965)  Evolution  at  two  levels  in  humans  and  chimpanzees.  Science  188:107–16.    

 DNA  Replication  Mechanisms    Alberts  B  (1998)  The  cell  as  a  collection  of  protein  machines:    preparing  the  next  generation  of  molecular  biologists.  Cell  92:291–294.    

Dillingham  MS  (2006)  Replicative  helicases:  a  staircase  with  a  twist.  Curr  Biol  16:R844–R847.    

Indiani  C  &  O’Donnell  M  (2006)  The  replication  clamp-­‐loading  machine  at  work  in  the  three  domains  of  life.  Nature  Rev  Mol  Cell  Biol  7:751–761.    

Page 7: Essential)Cell)Biology,FourthEdition REFERENCES · PDF fileLehninger!AL(1971) !TheMolecular!Basis ... 23:9318–9326.!! InternationalHumanGenomeSequencingConsortium! ... Essential)Cell)Biology,Fourth"Edition"

 Essential  Cell  Biology,  Fourth  Edition  

REFERENCES  

Kornberg  A  (1960)  Biological  synthesis  of  DNA.  Science  131:1503–1508.    

Li  JJ  &  Kelly  TJ  (1984)  SV40  DNA  replication  in  vitro.  Proc  Natl  Acad  Sci  USA  81:6973.    

Meselson  M  &  Stahl  FW  (1958)  The  replication  of  DNA  in  E.  coli.  Proc  Natl  Acad  Sci  USA  44:671–682.    

Modrich  P  &  Lahue  R  (1996)  Mismatch  repair  in  replication  fidelity,  genetic  recombination,  and  cancer  biology.  Annu  Rev  Biochem  65:101–133.    

Mott  ML  &  Berger  JM  (2007)  DNA  replication  initiation:  mechanisms  and  regulation  in  bacteria.  Nature  Rev  Microbiol  5:343–354.    

O’Donnell  M  (2006)  Replisome  architecture  and  dynamics  in  E.  coli.  J  Biol  Chem  281:10653–10656.    

Okazaki  R,  Okazaki  T,  Sakabe  K  et  al.  (1968)  Mechanism  of  DNA  chain  growth.  I.  Possible  discontinuity  and  unusual  secondary  structure  of  newly  synthesized  chains.  Proc  Natl  Acad  Sci  USA  59:598–605.    

Raghuraman  MK,  Winzeler  EA,  Collingwood  D  et  al  (2001)  Replication  dynamics  of  the  yeast  genome.  Science  294:115–121.    

Rao  PN  &  Johnson  RT  (1970)  Mammalian  cell  fusion:  studies  on  the  regulation  of  DNA  synthesis  and  mitosis.  Nature  225:159.    

Wang  JC  (2002)  Cellular  roles  of  DNA  topoisomerases:  a  molecular  perspective.  Nature  Rev  Mol  Cell  Biol  3:430–440.    

 The  Initiation  and  Completion  of  DNA  Replication  in  Chromosomes    

Aves  SJ  (2009)  DNA  replication  initiation.  Methods  Mol  Biol  521:3-­‐17  

Chan  SR  &  Blackburn  EH  (2004)  Telomeres  and  telomerase.  Philos  Trans  R  Soc  Lond  B  Bio  Sci  359:109–121.    

Costa  S  &  Blow  JJ  (2007)  The  elusive  determinants  of  replication  origins.  EMBO  Rep  8:332–334.    

Groth  A,  Rocha  W  &  Almouzni  G  (2007)  Chromatin  challenges  during  DNA  replication  and  repair.  Cell  128:721–733.    

Machida  YJ,  Hamlin  JL  &  Dutta  A  (2005)  Right  place,  right  time,  and  only  once:  replication  initiation  in  metazoans.  Cell  123:13–24.    

O’Donnell  M  &  Kuriyan  J  (2005)  Clamp  loaders  and  replication  initiation.  Curr  Opin  Struct  Biol  16:35–41.    

O’Sullivant  RJ  and  KArlseder  J  (2010)  Telomeres:  protecting  chromosomes  against  genome  instability.  Nat  Rev  Mol  Cell  Biol  11(3):  171-­‐81.  

Murnane  JP  (2012)  Telomere  dysfunction  and  chromosome  instability.  Mutat  Res  730(1-­‐2):  28-­‐36.  

Robinson  NP  &  Bell  SD  (2005)  Origins  of  DNA  replication  in  the  three  domains  of  life.  FEBS  J  272:3757–3766.    

Smogorzewska  A  &  de  Lange  T  (2004)  Regulation  of  telomerase  by  telomeric  proteins.  Annu  Rev  Biochem  73:177–208.    

 DNA  Repair    Barnes  DE,  &  Lindahl  T  (2004)  Repair  and  genetic  consequences  of  endogenous  DNA  base  damage  in  mammalian  cells.  Annu  Rev  Genet  38:445–476.    

Harrison  JC  &  Haber  JE  (2006)  Surviving  the  breakup:  the  DNA  damage  checkpoint.  Annu  Rev  Genet  40:209–235.    

Heller  RC  &  Marians  KJ  (2006)  Replisome  assembly  and  the  direct  restart  of  stalled  replication.  Nature  Rev  Mol  Cell  Biol  7:932–43.    

Lieber  M,  Ma  Y  et  al  (2003)  Mechanism  and  regulation  of  human  nonhomologous  DNA  end-­‐joining.  Nature  Rev  Mol  Cell  Biol  4:712–720.    

Lindahl  T  (1993)  Instability  and  decay  of  the  primary  structure  of  DNA.  Nature  362:709–715.    

Prakash  S  &  Prakash  L  (2002)  Translesion  DNA  synthesis  in  eukaryotes:  a  one-­‐  or  two-­‐polymerase  affair.  Genes  Dev  16:1872–1883.    

Sancar  A,  Lindsey-­‐Boltz  LA  et  al.  (2004)  Molecular  mechanisms  of  mammalian  DNA  repair  and  the  DNA  damage  checkpoints.  Annu  Rev  Biochem  73:39–85.    

Svejstrup  JQ  (2002)  Mechanisms  of  transcription-­‐coupled  DNA  repair.  Nature  Rev  Mol  Cell  Biol  3:21–29.    

Wyman  C  &  Kanaar  R  (2006)  DNA  double-­‐strand  break  repair:  all’s  well  that  ends  well.  Annu  Rev  Genet  40:363–383.    

 Homologous  Recombination    Adams  MD,  McVey  M  &  Sekelsky  JJ  (2003)  Drosophila  BLM  in  double-­‐strand  break  repair  by  synthesis-­‐dependent  strand  annealing.  Science  299:265–267.    

Cox  MM  (2001)  Historical  overview:  searching  for  replication  help  in  all  of  the  rec  places.  Proc  Natl  Acad  Sci  USA  98:8173–8180.    

Holliday  R  (1990)  The  history  of  the  DNA  heteroduplex.  BioEssays  12:133–142.    

Lisby  M,  Bartow  JH  et  al  (2004)  Choreography  of  the  DNA  damage  response:  spatiotemporal  relationships  among  checkpoint  and  repair  proteins.  Cell  118:699–713.    

Li  X,  Heyer  WD  (2008)  Homologous  recombination  in  DNA  repair  and  DNa  damage  tolerance.  Cell  Res  18(1):  99-­‐113.    

McEachern  MJ  &  Haber  JE  (2006)  Break-­‐induced  replication  and  recombinational  telomere  elongation  in  yeast.  Annu  Rev  Biochem  75:111–135.    

Page 8: Essential)Cell)Biology,FourthEdition REFERENCES · PDF fileLehninger!AL(1971) !TheMolecular!Basis ... 23:9318–9326.!! InternationalHumanGenomeSequencingConsortium! ... Essential)Cell)Biology,Fourth"Edition"

 Essential  Cell  Biology,  Fourth  Edition  

REFERENCES  

Michel  B,  Gromponee  G  et  al  (2004)  Multiple  pathways  process  stalled  replication  forks.  Proc  Natl  Acad  Sci  USA  101:12783–12788.    

Szostak  JW,  Orr-­‐Weaver  TK,  Rothstein  RJ  et  al  (1983)  The  double-­‐strand  break  repair  model  for  recombination.  Cell  33:25–35.    

West  SC  (2003)  Molecular  views  of  recombination  proteins  and  their  control.  Nature  Rev  Mol  Cell  Biol  4:435–445.    

 

Chapter  7    From  DNA  to  RNA    Adams  RL,  Wente  SR  (2013)  Uncovering  nuclear  pore  complexity  with  innovation.  Cell  152(6):  1218-­‐21.      

Bentley  DL  (2005)  Rules  of  engagement:  co-­‐transcriptional  recruitment  of  pre-­‐mRNA  processing  factors.  Curr  Opin  Cell  Biol  17:251–256.    

Berget  SM,  Moore  C  &  Sharp  PA  (1977)  Spliced  segments  at  the  5¢  terminus  of  adenovirus  2  late  mRNA.  Proc  Natl  Acad  Sci  USA  74:3171–3175.    

Black  DL  (2003).  Mechanisms  of  alternative  pre-­‐messenger  RNA  splicing.  Annu  Rev  Biochem  72:291–336.    

Brenner  S,  Jacob  F  &  Meselson  M  (1961)  An  unstable  intermediate  carrying  information  from  genes  to  ribosomes  for  protein  synthesis.  Nature  190:576–581.    

Cate  JH,  Gooding  AR,  Podell  E  et  al.  (1996)  Crystal  structure  of  a  group  I  ribozyme  domain:  principles  of  RNA  packing.  Science  273:1678–1685.    

Chow  LT,  Gelinas  RE,  Broker  TR  et  al  (1977)  An  amazing  sequence  arrangement  at  the  5¢  ends  of  adenovirus  2  messenger  RNA.  Cell  12:1–8.    

Cramer  P  (2002)  Multisubunit  RNA  polymerases.  Curr  Opin  Struct  Biol  12:89–97.    

Daneholt  B  (1997)  A  look  at  messenger  RNP  moving  through  the  nuclear  pore.  Cell  88:585–588.    

Dreyfuss  G,  Kim  VN,  &  Kataoka  N  (2002)  Messenger-­‐RNA-­‐binding  proteins  and  the  messages  they  carry.  Nature  Rev  Mol  Cell  Biol  3:195–205.    

Houseley  J,  LaCava  J  &  Tollervey  D  (2006)  RNA-­‐quality  control  by  the  exosome.  Nature  Rev  Mol  Cell  Biol  7:529–539.    

Izquierdo  JM,  &  Valcárcel  J  (2006)  A  simple  principle  to  explain  the  evolution  of  pre-­‐mRNA  splicing.  Genes  Dev  20:1679–1684.    

Kornberg  RD  (2005)  Mediator  and  the  mechanism  of  transcriptional  activation.  Trends  Biochem  Sci  30:235–239.    

Malik  S  &  Roeder  RG  (2005)  Dynamic  regulation  of  pol  II  transcription  by  the  mammalian  Mediator  complex.  Trends  Biochem  Sci  30:256–263.    

Matsui  T,  Segall  J,  Weil  PA  &  Roeder  RG  (1980)  Multiple  factors  required  for  accurate  initiation  of  transcription  by  purified  RNA  polymerase  II.  J  Biol  Chem  255:11992–11996.    

Patel  AA  &  Steitz  JA  (2003)  Splicing  double:  insights  from  the  second  spliceosome.  Nature  Rev  Mol  Cell  Biol  4|:960–970.    

Phatnani  HP  &  Greenleaf  AL  (2006)  Phosphorylation  and  functions  of  the  RNA  polymerase  II  CTD.  Genes  Dev  20:2922–2936.    

Query  CC  &  Konarska  MM  (2006)  Splicing  fidelity  revisited.  Nature  Struct  Mol  Biol  13:472–474.    

Ruskin  B,  Krainer  AR,  Maniatis  T  et  al  (1984)  Excision  of  an  intact  intron  as  a  novel  lariat  structure  during  pre-­‐mRNA  splicing  in  vitro.  Cell  38:317–331.    

Spector  DL  (2003)  The  dynamics  of  chromosome  organization  and  gene  regulation.  Annu  Rev  Biochem  72:573–608.    

Staley  JP  &  Guthrie  C  (1998)  Mechanical  devices  of  the  spliceosome:  motors,  clocks,  springs,  and  things.  Cell  92:315–326.    

Thomas  MC  &  Chiang  CM  (2006)  The  general  transcription  machinery  and  general  cofactors.  Critical  Rev  Biochem  Mol  Biol  41:105–178.    

Wang  D,  Bushnell  DA,  Westover  KD  et  al  (2006)  Structural  basis  of  transcription:  role  of  the  trigger  loop  in  substrate  specificity  and  catalysis.  Cell  127:941–954.    

 From  RNA  to  Protein    Allen  GS  &  Frank  J  (2007)  Structural  insights  on  the  translation  initiation  complex:  ghosts  of  a  universal  initiation  complex.  Mol  Microbiol  63:941–950.    

Anfinsen  CB  (1973)  Principles  that  govern  the  folding  of  protein  chains.  Science  181:223–230.    

Brunelle  JL,  Youngman  EM,  Sharma  D  et  al  (2006)  The  interaction  between  C75  of  tRNA  and  the  A  loop  of  the  ribosome  stimulates  peptidyl  transferase  activity.  RNA  12:33–39.    

Chien  P,  Weissman  JS,  &  DePace  AH  (2004).  Emerging  principles  of  conformation-­‐based  prion  inheritance.  Annu  Rev  Biochem  73:617–656.    

Crick  FHC  (1966)  The  genetic  code:  III.  Sci  Am  215:55–62.    

Da  Fonseca  PC,  He  J,  Morriss  EP  (2012)  Molecular  model  of  the  human  26S  proteasome.  Mol  Cell  46:54-­‐66.  

Fabian  MR,  Sonenberg  N,  Filipowicz  W  (2010)  Regulation  of  mRNA  translation  and  stability  by  microRNAs.  Annu  Rev  Biochem  79:351-­‐79.  

Page 9: Essential)Cell)Biology,FourthEdition REFERENCES · PDF fileLehninger!AL(1971) !TheMolecular!Basis ... 23:9318–9326.!! InternationalHumanGenomeSequencingConsortium! ... Essential)Cell)Biology,Fourth"Edition"

 Essential  Cell  Biology,  Fourth  Edition  

REFERENCES  

Hershko  A,  Ciechanover  A  &  Varshavsky  A  (2000)  The  ubiquitin  system.  Nature  Med  6:1073–1081.    

Ibba  M  &  Soll  D  (2000)  Aminoacyl-­‐tRNA  synthesis.  Annu  Rev  Biochem  69:617–650.    

Kornblihtt  AR  et  al.  (2013)  Alternative  splicing:  a  pivitorl  step  between  eukaryotic  transcription  and  translation.  Nat  Rev  Mol  Cell  Biol  14(3):  153-­‐165.    

Kozak  M  (1992)  Regulation  of  translation  in  eukaryotic  systems.  Annu  Rev  Cell  Biol  8:197–225.    

Kuzmiak  HA,  &  Maquat  LE  (2006)  Applying  nonsense-­‐mediated  mRNA  decay  research  to  the  clinic:  progress  and  challenges.  Trends  Mol  Med  12:306–316.    

Moore  PB  &  Steitz  TA  (2005)  The  ribosome  revealed.  Trends  Biochem  Sci  30:281–283.    

Noller  HF  (2005)  RNA  structure:  reading  the  ribosome.  Science  309:1508–1514.    

Ogle  JM,  Carter  AP  &  Ramakrishnan  V  (2003)  Insights  into  the  decoding  mechanism  from  recent  ribosome  structures.  Trends  Biochem  Sci  28:259–266.    

Prusiner  SB  (1998)  Nobel  lecture.  Prions.  Proc  Natl  Acad  Sci  USA  95:13363–13383.    

Rehwinkel  J,  Raes  J  &  Izaurralde  E  (2006)  Nonsense-­‐mediated  mRNA  decay:  Target  genes  and  functional  diversification  of  effectors.  Trends  Biochem  Sci  31:639–646.    

Sauer  RT,  Bolon  DN,  Burton  BM  et  al  (2004)  Sculpting  the  proteome  with  AAA(+)  proteases  and  disassembly  machines.  Cell  119:9–18.    

Shorter  J  &  Lindquist  S  (2005)  Prions  as  adaptive  conduits  of  memory  and  inheritance.  Nature  Rev  Genet  6:435–450.    

Varshavsky  A  (2005)  Regulated  protein  degradation.  Trends  in  Biochem  Sci  30:283–286.    

Voges  D,  Zwickl  P  &  Baumeister  W  (1999)  The  26S  proteasome:  a  molecular  machine  designed  for  controlled  proteolysis.  Annu  Rev  Biochem  68:1015–1068.    

Weissmann  C  (2005)  Birth  of  a  prion:  spontaneous  generation  revisited.  Cell  122:165–168.    

Young  JC,  Agashe  VR,  Siegers  K  et  al  (2004)  Pathways  of  chaperone-­‐mediated  protein  folding  in  the  cytosol.  Nature  Rev  Mol  Cell  Biol  5:781–791.    

 The  RNA  World  and  the  Origins  of  Life    Joyce  GF  (1992)  Directed  molecular  evolution.  Sci  Am  267:90–97.    

Orgel  L  (2000)  Origin  of  life.  A  simpler  nucleic  acid.  Science  290:1306–1307.    

Kruger  K,  Grabowski  P,  Zaug  P  et  al  (1982)  Self-­‐splicing  RNA:  Autoexcision  and  autocyclization  of  the  ribosomal  RNA  intervening  seuence  of  Tetrahymena.  Cell  31:147–157.    

Silverman  SK  (2003)  Rube  Goldberg  goes  (ribo)nuclear?  Molecular  switches  and  sensors  made  from  RNA.  RNA  9:377–383.    

Szostak  JW,  Bartel  DP  &  Luisi  PL  (2001)  Synthesizing  life.  Nature  409:387–390.    

 

Chapter  8    An  Overview  of  Gene  Control    Campbell  KH,  McWhir  J,  Ritchie  WA  &  Wilmut  I  (1996)  Sheep  cloned  by  nuclear  transfer  from  a  cultured  cell  line.  Nature  380:64–66.    

Davidson  EH  (2006)  The  Regulatory  Genome:  Gene  Regulatory  Networks  in  Development  and  Evolution.  Burlington,  MA:  Elsevier.    

Gurdon  JB  (1992)  The  generation  of  diversity  and  pattern  in  animal  development.  Cell  68:185–199.    

Levine  M  &  Tjian  R  (2003)  Transcription  regulation  and  animal  diversity.  Nature  424:147–151.    

Roberts  TC,  Morris  KV,  Weinberg  MS  (2013)  Perspectives  on  the  mechanism  of  transcriptional  regulation  by  long  non-­‐coding  RNAs.  Epigenetics  (9)1.    

Ross  DT,  Scherf  U,  Eisen  MB  et  al  (2000)  Systematic  variation  in  gene  expression  patterns  in  human  cancer  cell  lines.  Nature  Genet  24:227–235.    

Marro  S  et  al.  (2011)  Direct  lineage  conversion  of  terminally  differentiated  hepatocytes  to  functional  neurons.  Cell  Stem  Cell  9:374-­‐378.    

 DNA-­‐binding  Motifs  in  Gene  Regulatory  Proteins    Gehring  WJ,  Affolter  M  &  Burglin  T  (1994)  Homeodomain  proteins.  Annu  Rev  Biochem  63:487–526.    

Harbison  CT,  Gordon  DB,  Lee  TI  et  al  (2004)  Transcriptional  regulatory  code  of  a  eukaryotic  genome.  Nature  431:99–104.    

Luscombe  NM,  Austin  SE,  Berman  HM,  et  al  (2000)  An  overview  of  the  structures  of  protein–DNA  complexes.  Gen  Biol  1:reviews  001.1–001.37.    

McKnight  SL  (1991)  Molecular  zippers  in  gene  regulation.  Sci  Am  264:54–64.    

Pabo  CO  &  Sauer  RT  (1992)  Transcription  factors:  structural  families  and  principles  of  DNA  recognition.  Annu  Rev  Biochem  61:1053–1095.    

Rhodes  D  &  Klug  A  (1993)  Zinc  fingers.  Sci  Am  268:56–65.    

Seeman  NC,  Rosenberg  JM  &  Rich  A  (1976)  Sequence-­‐specific  recognition  of  double  helical  nucleic  acids  by  proteins.  Proc  Natl  Acad  Sci  USA  73:804–808.    

   

Page 10: Essential)Cell)Biology,FourthEdition REFERENCES · PDF fileLehninger!AL(1971) !TheMolecular!Basis ... 23:9318–9326.!! InternationalHumanGenomeSequencingConsortium! ... Essential)Cell)Biology,Fourth"Edition"

 Essential  Cell  Biology,  Fourth  Edition  

REFERENCES  

How  Genetic  Switches  Work    Becker  PB  &  Hörz  W  (2002)  ATP-­‐dependent  nucleosome  remodeling.  Annu  Rev  Biochem  71:247–273.    

Beckwith  J  (1987)  The  operon:  an  historical  account.  In  Escherichia  coli  and  Salmonella  typhimurium:  Cellular  and  Molecular  Biology  (Neidhart  FC,  Ingraham  JL,  Low  KB  et  al  eds),  vol  2,  pp  1439–1443.  Washington,  DC:  ASM  Press.    

Gaszner  M  &  Felsenfeld  G  (2006)  Insulators:  exploiting  transcriptional  and  epigenetic  mechanisms.  Nature  Rev  Genet  7:703–713.    

Gilbert  W  and  Müller-­‐Hill  B  (1967)  The  lac  operator  is  DNA.  Proc  Natl  Acad  Sci  USA  58:2415.    

Green  MR  (2005)  Eukaryotic  transcription  activation:  right  on  target.  Mol  Cell  18:399–402.    

Jacob  F  &  Monod  J  (1961)  Genetic  regulatory  mechanisms  in  the  synthesis  of  proteins.  J  Mol  Biol  3:318–356.    

Lawson  CL,  Swigon  D,  Murakami  KS  et  al  (2004)  Catabolite  activator  protein:  DNA  binding  and  transcription  activation.  Curr  Opin  Struct  Biol  14:10–20.    

Millar  CB,  &  Grunstein  M  (2006)  Genome-­‐wide  patterns  of  histone  modifications  in  yeast.  Nature  Rev  Mol  Cell  Biol  7:657–666.    

Narlikar  GJ,  Fan  HY  &  Kingston  RE  (2002)  Cooperation  between  complexes  that  regulate  chromatin  structure  and  transcription.  Cell  108:475–487.    

Oehler  S,  Eismann  ER,  Krämer  H  et  al  (1990)  The  three  operators  of  the  lac  operon  cooperate  in  repression.  EMBO  J  9:973–979.    

Ptashne  M  (2004)  A  Genetic  Switch:    Phage  and  Lambda  Revisited,  3rd  ed.  Cold  Spring  Harbor,  NY:    Cold  Spring  Harbor  Laboratory  Press.    

Ptashne  M  (1967)  Specific  binding  of  the  lambda  phage  repressor  to  lambda  DNA.  Nature  214:232–234.    

St  Johnston  D  &  Nusslein-­‐Volhard  C  (1992)  The  origin  of  pattern  and  polarity  in  the  Drosophila  embryo.  Cell  68:201–219.    

Strahl  BD  &  Allis  CD  (2000)  The  language  of  covalent  histone  modifications.  Nature  403:41–45.    

 The  Molecular  Genetic  Mechanisms  that  Create  Specialized  Cell  Types    

Alon,  U  (2006)  An  Introduction  to  Systems  Biology:  Design  Principles  of  Biological  Circuits  (Chapman  &  Hall/Crc  Mathematical  and  Computational  Biology  Series)  TF  Chapman.    

Bell-­‐Pedersen  D,  Cassone  VM,  Earnest  DJ  et  al  (2005)  Circadian  rhythms  from  multiple  oscillators:  lessons  from  diverse  organisms.  Nature  Rev  Genet  6:544–556.    

Bernstein  BE,  Meissner  A  &  Lander  ES  (2007)  The  mammalian  epigenome.  Cell  128:669–681.    

Herskowitz  I  (1989)  A  regulatory  hierarchy  for  cell  specialization  in  yeast.    Nature  342:749–757.    

Klose  RJ  &  Bird  AP  (2006)  Genomic  DNA  methylation:  the  mark  and  its  mediators.  Trends  Biochem  Sci  31:89–97.    

Meyer  BJ  (2000)  Sex  in  the  worm:  counting  and  compensating  X-­‐chromosome  dose.  Trends  Genet  16:247–253.    

Surani  MA  (2001)  Reprogramming  of  genome  function  through  epigenetic  inheritance.  Nature  414:122–128.    

Tapscott  SJ  (2005)  The  circuitry  of  a  master  switch:  MyoD  and  the  regulation  of  skeletal  muscle  gene  transcription.  Development  132:2685–2695.    

 Post-­‐transcriptional  Controls    Bass  BL  (2002)  RNA  editing  by  adenosine  deaminases  that  act  on  RNA.  Annu  Rev  Biochem  71:817–846.    

Blencowe  BJ  (2006)  Alternative  splicing:  new  insights  from  global  analyses.  Cell  126:37–47.    

Brennecke  J,  Stark  A,  Russell  RB  et  al  (2005)  Principles  of  microRNAtarget  recognition.  PLoS  Biology  3.    

Fire  A,  Xu  S,  Montgomery  MK  et  al  (1998)  Potent  and  specific  genetic  interference  by  double-­‐stranded  RNA  in  Caenorhabditis  elegans.  Nature  391:806–811.    

Frankel  AD  &  Young  JAT  (1998)  HIV-­‐1:  fifteen  proteins  and  an  RNA.  Annu  Rev  Biochem  67:1–25.    

Gottesman  S  (2004)  The  small  RNA  regulators  of  Escherichia  coli:  roles  and  mechanisms.  Annu  Rev  Microbiol  58:303–328.    

Khavari  DA,  Sen  GL,  Rinn  JK  (2010)  DNA  methylation  and  epigenetic  control  of  cellular  differentiation  Cell  Cycle  9(19):  3880-­‐3.    

Mello  CC  &  Conte  D  (2004)  Revealing  the  world  of  RNA  interference.  Nature  431:338–342.    

Parker  R  &  Sheth  U  (2007)  P  bodies  and  the  control  of  mRNA  translation  and  degradation.  Mol  Cell  25:635–646.  

 Serganov  A,  Nudler  E  (2013)  A  decade  of  riboswitches.  Cell  152(1-­‐2):17-­‐24.  

Stuart  KD,  Schnaufer  A,  Ernst  NL  et  al  (2005)  Complex  management:  RNA  editing  in  trypanosomes.  Trends  Biochem  Sci  30:97–105.    

Tolia  NH  &  Joshua-­‐Tor  L  (2007)  Slicer  and  the  argonautes.  Nature  Chem  Biol  3:36–43.    

Tomari  Y  &  Zamore  PD  (2005)  Perspective:  machines  for  RNAi.  Genes  Dev  19:517–529.    

Valencia-­‐Sanchez  MA,  Liu  J,  Hannon  GJ  et  al  (2006)  Control  of  translation  and  mRNA  degradation  by  miRNAs  and  siRNAs.  Genes  Dev  20:515–524.    

Page 11: Essential)Cell)Biology,FourthEdition REFERENCES · PDF fileLehninger!AL(1971) !TheMolecular!Basis ... 23:9318–9326.!! InternationalHumanGenomeSequencingConsortium! ... Essential)Cell)Biology,Fourth"Edition"

 Essential  Cell  Biology,  Fourth  Edition  

REFERENCES  

Verdel  A  &  Moazed  D  (2005)  RNAi-­‐directed  assembly  of  heterochromatin  in  fission  yeast.  FEBS  Letters  579:5872–5878.    

Wilhelm  JE  &  Smibert,  CA  (2005)  Mechanisms  of  translational  regulation  in  Drosophila.  Biol  Cell  97:235–252.    

Winkler  WC  &  Breaker  RR  (2005)  Regulation  of  bacterial  gene  expression  by  riboswitches.  Annu  Rev  Microbiol  59:487–517.    

Yates  LA,  Norbury  CJ,  Gilbert  RJ  (2013)  The  long  and  short  of  microRNA.  Cell  153(3):  516-­‐9.  

 

Chapter  9    How  Genomes  Evolve    Alfodi  J,  Lindblad-­‐Toh  K,  (2013)  Comparative  genomics  as  a  tool  to  understand  evolution  and  disease.  Genome  Res  23(7):  1063-­‐8.  

Batzer  MA  &  Deininger  PL  (2002)  ALU  repeats  and  human  genomic  diversity.  Nature  Rev  Genet  3:370–379.    

Blanchette  M,  Green  ED,  Miller  W,    &  Haussler  D  (2004)  Reconstructing  large  regions  of  an  ancestral  mammalian  genome  in  silico.  Genome  Res  14:2412–2423.    

Cheng  Z,  Ventura  M,  She  X  et  al  (2005)  A  genome-­‐wide  comparison  of  recent  chimpanzee  and  human  segmental  duplications.  Nature  437:88–93.    

Feuk  L,  Carson  AR  &  Scherer  S  (2006)  Structural  variation  in  the  human  genome.  Nature  Rev  Genet  7:85–97.    

International  Human  Genome  Sequencing  Consortium  (2001)  Initial  sequencing  and  analysis  of  the  human  genome.  Nature  409:860–921.    

International  Human  Genome  Consortium  (2004)  Finishing  the  euchromatic  sequence  of  the  human  genome.  Nature  431:931–945.    

Koszul  R,  Caburet  S,  Dujon  B  &  Fischer  G  (2004)  Eucaryotic  genome  evolution  through  the  spontaneous  duplication  of  large  chromosomal  segments.  EMBO  J  23:234–243.    

Margulies  EH,  NISC  Comparative  Sequencing  Program  &  Green  ED  (2003)  Detecting  highly  conserved  regions  of  the  human  genome  by  multispecies  sequence  comparisons.  Cold  Spring  Harbor  Symp  Quant  Biol  68:255–263.    

Mouse  Genome  Sequencing  Consortium  (2002)  Initial  sequencing  and  comparative  analysis  of  the  mouse  genome.  Nature  420:520–562.    

Pollard  KS,  Salama  SR,  Lambert  N  et  al  (2006)  An  RNA  gene  expressed  during  cortical  development  evolved  rapidly  in  humans.  Nature  443:167–172.    

Sharp  AJ,  Cheng  Z  &  Eichler  EE  (2007)  Structural  variation  of  the  human  genome.  Annu  Rev  Genomics  Hum  Genet  7:407–442.    

Siepel  A,  Bejerano  G,  Pedersen  JS  et  al  (2005)  Evolutionarily  conserved  elements  in  vertebrate,  insect,  worm,  and  yeast  genomes.  Genome  Res  15:1034–1050.    

The  International  HapMap  Consortium  (2005)  A  haplotype  map  of  the  human  genome.  Nature  437:1299–1320.    

The  ENCODE  Project  Consortium  (2007)  Identification  and  analysis  of  functional  elements  in  1%  of  the  human  genome  by  the  ENCODE  pilot  project.  Nature  447:799–816.    

 The  Diversity  of  Genomes  and  the  Tree  of  Life    Blattner  FR,  Plunkett  G,  Bloch  CA  et  al  (1997)  The  complete  genome  sequence  of  Escherichia  coli  K-­‐12.  Science  277:1453–1474.    

Boucher  Y,  Douady  CJ,  Papke  RT  et  al  (2003)  Lateral  gene  transfer  and  the  origins  of  prokaryotic  groups.  Annu  Rev  Genet  37:283–328.    

Cole  ST,  Brosch  R,  Parkhill  J  et  al  (1998)  Deciphering  the  biology  of  Mycobacterium  tuberculosis  from  the  complete  genome  sequence.  Nature  393:537–544.    

Dixon  B  (1994)  Power  Unseen:  How  Microbes  Rule  the  World.  Oxford:  Freeman.    

Kerr  RA  (1997)  Life  goes  to  extremes  in  the  deep  earth—and  elsewhere?  Science  276:703–704.    

Lee  TI,  Rinaldi  NJ,  Robert  F  et  al  (2002)  Transcriptional  regulatory  networks  in  Saccharomyces  cerevisiae.  Science  298:799–804.    

Olsen  GJ  &  Woese  CR  (1997)  Archaeal  genomics:  an  overview.  Cell  89:991–994.    

Pace  NR  (1997)  A  molecular  view  of  microbial  diversity  and  the  biosphere.  Science  276:734–740.    

Woese  C  (1998)  The  universal  ancestor.  Proc  Natl  Acad  Sci  USA  95:6854–6859.    

 Genetic  Information  in  Eukaryotes    Adams  MD,  Celniker  SE,  Holt  RA  et  al  (2000)  The  genome  sequence  of  Drosophila  melanogaster.  Science  287:2185–2195.    

Andersson  SG,  Zomorodipour  A,  Andersson  JO  et  al  (1998)  The  genome  sequence  of  Rickettsia  prowazekii  and  the  origin  of  mitochondria.  Nature  396:133–140.    

The  Arabidopsis  Initiative  (2000)  Analysis  of  the  genome  sequence  of  the  flowering  plant  Arabidopsis  thaliana.  Nature  408:796–815.    

Carroll  SB,  Grenier  JK  &  Weatherbee  SD  (2005)  From  DNA  to  Diversity:  Molecular  Genetics  and  the  

Page 12: Essential)Cell)Biology,FourthEdition REFERENCES · PDF fileLehninger!AL(1971) !TheMolecular!Basis ... 23:9318–9326.!! InternationalHumanGenomeSequencingConsortium! ... Essential)Cell)Biology,Fourth"Edition"

 Essential  Cell  Biology,  Fourth  Edition  

REFERENCES  

Evolution  of  Animal  Design,  2nd  ed.  Maldon,  MA:  Blackwell  Science.    

de  Duve  C  (2007)  The  origin  of  eukaryotes:  a  reappraisal.  Nature  Rev  Genet  8:395-­‐403.    

Delsuc  F,  Brinkmann  H  &  Philippe  H  (2005)  Phylogenomics  and  the  reconstruction  of  the  tree  of  life.  Nature  Rev  Genet  6:361–375.    

DeRisi  JL,  Iyer  VR  &  Brown  PO  (1997)  Exploring  the  metabolic  and  genetic  control  of  gene  expression  on  a  genomic  scale.  Science  278:680–686.    

Gabriel  SB,  Schaffner  SF,  Nguyen  H  et  al  (2002)  The  structure  of  haplotype  blocks  in  the  human  genome.  Science  296:2225–2229.    

Goffeau  A,  Barrell  BG,  Bussey  H  et  al  (1996)  Life  with  6000  genes.  Science  274:546–567.    

International  Human  Genome  Sequencing  Consortium  (2001)  Initial  sequencing  and  analysis  of  the  human  genome.  Nature  409:860–921.    

Kellis  M,  Birren  BW  &  Lander  ES  (2004)  Proof  and  evolutionary  analysis  of  ancient  genome  duplication  in  the  yeast  Saccharomyces  cerevisiae.  Nature  428:617–624.    

Lynch  M  &  Conery  JS  (2000)  The  evolutionary  fate  and  consequences  of  duplicate  genes.  Science  290:1151–1155.    

Mulley  J  &  Holland  P  (2004)  Comparative  genomics:    Small  genome,  big  insights.  Nature  431:916–917.  

National  Center  for  Biotechnology  Information.  http://www.ncbi.nlm.nih.gov/  Owens  K  &  King  MC  (1999)  Genomic  views  of  human  history.  Science  286:451–453.    

Palmer  JD  &  Delwiche  CF  (1996)  Second-­‐hand  chloroplasts  and  the  case  of  the  disappearing  nucleus.  Proc  Natl  Acad  Sci  USA  93:7432–7435.    

Pennisi  E  (2004)  The  birth  of  the  nucleus.  Science  305:766–768.    

Plasterk  RH  (1999)  The  year  of  the  worm.  BioEssays  21:105–109.    

Reed  FA  &  Tishkoff  SA  (2006)  African  human  diversity,  origins  and  migrations.  Curr  Opin  Genet  Dev  16:597–605.    

Rubin  GM,  Yandell  MD,  Wortman  JR  et  al  (2000)  Comparative  genomics  of  the  eukaryotes.  Science  287:2204–2215.    

Stillman  B  &  Stewart  D  (2003)  The  genome  of  Homo  sapiens.  (Cold  Spring  Harbor  Symp.  Quant.  Biol.  LXVIII).  Cold  Spring  Harbor,  NY:  Cold  Spring  Harbor  Laboratory  Press.    

The  C.  elegans  Sequencing  Consortium  (1998)  Genome  sequence  of  the  nematode  C.  elegans:  a  platform  for  investigating  biology.  Science  282:2012–2018.    

Tinsley  RC  &  Kobel  HR  (eds)  (1996)  The  Biology  of  Xenopus.  Oxford:  Clarendon  Press.    

Tyson  JJ,  Chen  KC  &  Novak  B  (2003)  Sniffers,  buzzers,  toggles  and  blinkers:  dynamics  of  regulatory  and  signaling  pathways  in  the  cell.  Curr  Opin  Cell  Biol  15:221–231.    

Venter  JC,  Adams  MD,  Myers  EW  et  al  (2001)  The  sequence  of  the  human  genome.  Science  291:1304–1351.    

 Transposition  and  Site-­‐Specific  Recombination    Ade  C,  Roy-­‐Engel  AM,  Deininger  PL  (2013)  Alu  elements:  an  intrinsic  source  of  human  genome  instability.  Curr  Opin  Virol  pii:  S1879-­‐6257(13)00153-­‐3.    

Botstein  D,  White  RL,  Skolnick  M  &  Davis  RW  (1980)  Construction  of  a  genetic  linkage  map  in  man  using  restriction  fragment  length  polymorphisms.  Am  J  Hum  Genet  32:314–331.    

Campbell  AM  (1993)  Thirty  years  ago  in  genetics:  prophage  insertion  into  bacterial  chromosomes.  Genetics  133:433–438.    

Comfort  NC  (2001)  From  controlling  elements  to  transposons:  Barbara  McClintock  and  the  Nobel  Prize.  Trends  Biochem  Sci  26:454–457.    

Craig  NL  (1996)  Transposition,  in  Escherichia  coli  and  Salmonella,  pp  2339–2362.  Washington,  DC:  ASM  Press.    

Frost,  LS  (2005)  Mobile  genetic  elemnts:  the  agents  of  open  source  evolution.  Nat  Rev  Microbiol  3(9):  722-­‐32.    

Gottesman  M  (1999)  Bacteriophage  lambda:  the  untold  story.  J  Mol  Biol  293:177–180.    

Grindley  ND,  Whiteson  KL  &  Rice  PA  (2006)  Mechanisms  of  site-­‐specific  recombination.  Annu  Rev  Biochem  75:567–605.    

International  HapMap  Consortium  (2005)  A  haplotype  map  of  the  human  genome.  Nature  437:1299–320.  

Malachowa  N,  DeLeo  FR  (2010)  Mobile  genetic  elements  of  Staphylococcus  aureas.  Cell  Mol  Life  Sci  67(18):  3057-­‐71    

Rebollo  R,  Romanish  MT,  Mager  DL  (2012)  Transposable  elemnts:  an  abundant  and  natural  source  of  regulatory  sequences  for  host  genes.  Annu  Rev  Genet  46:  21-­‐26.  

Rubin  GM  &  Sprading  AC  (1982)  Genetic  transformation  of  Drosophila  with  transposable  element  vectors.  Science  218:348–353.    

Sabeti  PC,  Schaffner  SF,  Fry  B  et  al  (2006)  Positive  natural  selection  in  the  human  lineage.  Science  312:1614–1620.    

Varmus  H  (1988)  Retroviruses.  Science  240:1427–1435.    Zickler  D  &  Kleckner  N  (1999)  Meiotic  chromosomes:  integrating  structure  and  function.  Annu  Rev  Genet  33:603–754.    

Page 13: Essential)Cell)Biology,FourthEdition REFERENCES · PDF fileLehninger!AL(1971) !TheMolecular!Basis ... 23:9318–9326.!! InternationalHumanGenomeSequencingConsortium! ... Essential)Cell)Biology,Fourth"Edition"

 Essential  Cell  Biology,  Fourth  Edition  

REFERENCES  

 

Chapter  10    Isolating  Cells  and  Growing  Them  in  Culture    Emmert-­‐Buck  MR,  Bonner  RF,  Smith  PD  et  al  (1996)  Laser  capture  microdissection.  Science  274:998–1001.    

Ham  RG  (1965)  Clonal  growth  of  mammalian  cells  in  a  chemically  defined,  synthetic  medium.  Proc  Natl  Acad  Sci  USA  53:288–293.    

Harlow  E  &  Lane  D  (1999)  Using  Antibodies:  A  Laboratory  Manual.  Cold  Spring  Harbor,  NY:  Cold  Spring  Harbor  Laboratory  Press.    

Herzenberg  LA,  Sweet  RG  &  Herzenberg  LA  (1976)  Fluorescence-­‐activated  cell  sorting.  Sci  Am  234:108–116.    

Levi-­‐Montalcini  R  (1987)  The  nerve  growth  factor  thirty-­‐five  years  later.  Science  237:1154–1162.    

Lerou  PH  &  Daley  GQ  (2005)  Therapeutic  potential  of  embryonic  stem  cells.  Blood  Rev  19:321–31.    

Milstein  C  (1980)  Monoclonal  antibodies.  Sci  Am  243:66–74.    

 Isolating,  Cloning,  and  Sequencing  DNA    Adams  MD,  Celniker  SE,  Holt  RA  et  al  (2000)  The  genome  sequence  of  Drosophila  melanogaster.  Science  287:2185–2195.    

Alwine  JC,  Kemp  DJ  &  Stark  GR  (1977)  Method  for  detection  of  specific  RNAs  in  agarose  gels  by  transfer  to  diabenzyloxymethyl  

paper  and  hybridization  with  DNA  probes.  Proc  Natl  Acad  Sci  USA  74:5350–5354.    

Blattner  FR,  Plunkett  G,  Bloch  CA  et  al  (1997)  The  complete  genome  sequence  of  Escherichia  coli  K-­‐12.  Science  277:1453–1474.    

Cohen  S,  Chang  A,  Boyer  H  &  Helling  R  (1973)  Construction  of  biologically  functional  bacterial  plasmids  in  vitro.  Proc  Natl  Acad  Sci  USA  70:3240–3244.    

Hert  DG,  Fredlake  CP,  Barron  AE  (2008)  Advantages  and  limitations  of  next-­‐generation  sequencing  technologies:  a  comparison  of  electrophoresis  and  non-­‐electrophoresis  methods.  Electrophoresis  29(23):4618-­‐26.  

International  Human  Genome  Sequencing  Consortium  (2000)  Initial  sequencing  and  analysis  of  the  human  genome.  Nature  409:860–921.    

International  Human  Genome  Sequencing  Consortium  (2006)  The  DNA  sequence,  annotation  and  analysis  of  human  chromosome  3.  Nature  440:1194–1198.    

Jackson  D,  Symons  R  &  Berg  P  (1972)  Biochemical  method  for  inserting  new  genetic  information  into  

DNA  of  simian  virus  40:  circular  SV40  DNA  molecules  containing  lambda  phage  genes  and  the  galactose  operon  of  Escherichia  coli.  Proc  Natl  Acad  Sci  USA  69:2904–2909.    

Maniatis  T  et  al  (1978)  The  isolation  of  structural  genes  from  libraries  of  eukaryotic  DNA.  Cell  15:687–701.  

Mardis  ER  (2013)  Next-­‐generation  sequencing  platofrms.  Annu  Rev  Anal  Chem  (Palo  Alto  Calif)  6:287-­‐303.    

Mullis  KB  (1990).  The  unusual  origin  of  the  polymerase  chain  reaction.  Sci  Am  262:56–61.    

Nathans  D  &  Smith  HO  (1975)  Restriction  endonucleases  in  the  analysis  and  restructuring  of  dna  molecules.  Annu  Rev  Biochem  44:273–93.    

Saiki  RK,  Gelfand  DH,  Stoffel  S  et  al  (1988)  Primer-­‐directed  enzymatic  amplification  of  DNA  with  a  thermostable  DNA  polymerase.  Science  239:487–491.    

Sambrook  J,  Russell  D  (2001)  Molecular  Cloning:  A  Laboratory  Manual,  3rd  ed.  Cold  Spring  Harbor,  NY:  Cold  Spring  Harbor  Laboratory  Press.    

Sanger  F,  Nicklen  S  &  Coulson  AR  (1977)  DNA  sequencing  with  chain-­‐terminating  inhibitors.  Proc  Natl  Acad  Sci  USA  74:5463–5467.    

Smith  M  (1994)  Nobel  lecture.  Synthetic  DNA  and  biology.  Biosci  Rep  14:51–66.    

Southern  EM  (1975)  Detection  of  specific  sequences  among  DNA  fragments  separated  by  gel  electrophoresis.  J  Mol  Biol  98:503–517.    

The  Arabidopsis  Genome  Initiative  (2000)  Analysis  of  the  genome  sequence  of  the  flowering  plant  Arabidopsis  thaliana.  Nature  408:796–815.    

The  C.  elegans  Sequencing  Consortium  (1998)  Genome  sequence  of  the  nematode  C.  elegans:  a  platform  for  investigating  biology.  Science  282:2012–2018.    

Venter  JC,  Adams  MA,  Myers  EW  et  al  (2000)  The  sequence  of  the  human  genome.  Science  291:1304–1351.    

 Studying  Gene  Expression  and  Function    Boone  C,  Bussey  H  &  Andrews  BJ  (2007)  Exploring  genetic  interactions  and  networks  with  yeast.  Nature  Rev  Genet  8:437–449.    

DeRisi  JL,  Iyer  VR  &  Brown  PO  (1997)  Exploring  the  metabolic  and  genetic  control  of  gene  expression  on  a  genomic  scale.  Science  278:680–686.  

Hawrylycz  M  et  al.  (2011)  Digital  atlasing  and  standardization  in  the  mouse  brain.  PLoS  Comput  Biol  7:e1001065.    

Jinek  M,  Doudna  JA  (2009)  A  three-­‐dimensional  view  of  the  molecular  machinery  of  RNA  interference.  Nature  (7228):  405-­‐12.    

Page 14: Essential)Cell)Biology,FourthEdition REFERENCES · PDF fileLehninger!AL(1971) !TheMolecular!Basis ... 23:9318–9326.!! InternationalHumanGenomeSequencingConsortium! ... Essential)Cell)Biology,Fourth"Edition"

 Essential  Cell  Biology,  Fourth  Edition  

REFERENCES  

Livet  J  et  al.  (2007)  Transgenic  strategies  for  combinatorial  expression  of  fluorescent  proteins  in  the  nervous  system.  Nature    450:  56-­‐62.    

Lockhart  DJ  &  Winzeler  EA  (2000)  Genomics,  gene  expression  and  DNA  arrays.  Nature  405:827–836.  

Mello  CC  &  Conte  D  (2004)  Revealing  the  world  of  RNA  interference.  Nature  431:338–342.    

Nusslein-­‐Volhard  C  &  Weischaus  E  (1980)  Mutations  affecting  segment  number  and  polarity  in  Drosophila.  Nature  287:795–801.    

Palmiter  RD  &  Brinster  RL  (1985)  Transgenic  mice.  Cell  41:343–345.    

Weigel  D  &  Glazebrook  J  (2001)  Arabidopsis:  A  Laboratory  Manual.  Cold  Spring  Harbor,  NY:  Cold  Spring  Harbor  Laboratory  Press.    

Wilson  RC,  Doudna  JA  (2013)  Molecular  mechanisms  of  RNA  interference.  Annu  Rev  Biophys  42:  217-­‐39.  

 

Chapter  11    The  Lipid  Bilayer    Bevers  EM,  Comfurius  P  &  Zwaal  RF  (1999)  Lipid  translocation  across  the  plasma  membrane  of  mammalian  cells.  Biochim  Biophys  Acta  1439:317–330.    

Devaux  PF  (1993)  Lipid  transmembrane  asymmetry  and  flip-­‐flop  in  biological  membranes  and  in  lipid  bilayers.  Curr  Opin  Struct  Biol  3:489–494.    

Dowhan  W  (1997)  Molecular  basis  for  membrane  phospholipid  diversity:why  are  there  so  many  lipids?  Annu  Rev  Biochem  66:199–232.    

Hakomori  Si  SI  (2002)  Inaugural  Article:The  glycosynapse.  Proc  Natl  Acad  Sci  USA  99:225–232.    

Harder  T  &  Simons  K  (1997)  Caveolae,  DIGs,  and  the  dynamics  of  sphingolipid-­‐cholesterol  microdomains.  Curr  Opin  Cell  Biol  9:534–542.    

Hazel  JR  (1995)  Thermal  adaptation  in  biological  membranes:is  homeoviscous  adaptation  the  explanation?  Annu  Rev  Physiol  57:19–42.    

Ichikawa  S  &  Hirabayashi  Y  (1998)  Glucosylceramide  synthase  and  glycosphingolipid  synthesis.  Trends  Cell  Biol  8:198–202.    

Kornberg  RD  &  McConnell  HM  (1971)  Lateral  diffusion  of  phospholipids  in  a  vesicle  membrane.  Proc  Natl  Acad  Sci  USA  68:2564–2568.    

Mansilla  MC,  Cybulski  LE  &  de  Mendoza  D  (2004)  Control  of  membrane  lipid  fluidity  by  molecular  thermosensors.  J  Bacteriol  186:6681–6688.    

McConnell  HM  &  Radhakrishnan  A  (2003)  Condensed  complexes  of  cholesterol  and  phospholipids.  Biochim  Biophys  Acta  1610:159–73.    

Pomorski  T  &  Menon  AK  (2006)  Lipid  flippases  and  their  biological  functions.  Cell  Mol  Life  Sci  63:2908–2921.    

Rothman  JE  &  Lenard  J  (1977)  Membrane  asymmetry.  Science  195:743–53.    

Scott  HL  (2002)  Modeling  the  lipid  component  of  membranes.  Curr  Opin  Struct  Biol  12:499.  

Simons  K  &  Vaz  WL  (2004)  Model  systems,  lipid  rafts,  and  cell  membranes.  Annu  Rev  Biophys  Biomol  Struct  33:269–95.    

Sonnino  S,  Prinetti  A  (2013)  Membraine  domains  and  the  “lipid  raft”  concept.  Curr  Med  Chem  20(1):4-­‐21.  

Tanford  C  (1980)  The  Hydrophobic  Effect:  Formation  of  Micelles  and  Biological  Membranes.  New  York:  Wiley.    

van  Meer  G  (2005)  Cellular  lipidomics.  EMBO  J  24:3159–3165.    

 Membrane  Proteins    Bennett  V  &  Baines  AJ  (2001)  Spectrin  and  ankyrin-­‐based  pathways:  metazoan  inventions  for  integrating  cells  into  tissues.  Physiol  Rev  81:1353–1392.    

Bijlmakers  MJ  &  Marsh  M  (2003)  The  on-­‐off  story  of  protein  palmitoylation.  Trends  Cell  Biol  13:32–42.    

Branden  C  &  Tooze  J  (1999)  Introduction  to  Protein  Structure,  2nd  ed.  New  York:  Garland  Science.    

Bretscher  MS  &  Raff  MC  (1975)  Mammalian  plasma  membranes.  Nature  258:43–49.    

Buchanan  SK  (1999)  Beta-­‐barrel  proteins  from  bacterial  outer  membranes:structure,  function  and  refolding.  Curr  Opin  Struct  Biol  9:455–461.    

Chen  Y,  Lagerholm  BC  &  Jacobson  K  (2006)  Methods  to  measure  the  lateral  diffusion  of  membrane  lipids  and  proteins.  Methods  39:147–153.    

Curranb  AR  &  Engelman  DM  (2003)  Sequence  motifs,  polar  interactions  and  conformational  changes  in  helical  membrane  proteins.  Curr  Opin  Struct  Biol  13:412    

Deisenhofer  J  &  Michel  H  (1991)  Structures  of  bacterial  photosynthetic  reaction  centers.  Annu  Rev  Cell  Biol  7:1–23.    

Drickamer  K  &  Taylor  ME  (1993)  Biology  of  animal  lectins.  Annu  Rev  Cell  Biol  9:237–64.    

Drickamer  K  &  Taylor  ME  (1998)  Evolving  views  of  protein  glycosylation.  Trends  Biochem  Sci  23:321–324.    

Fiedler  S,  Broecker  J,  Keller  S  (2010)  Protein  folding  in  membranes.  Cell  Mol  Life  Sci  67(11):  1179-­‐98.  

Frye  LD  &  Edidin  M  (1970)  The  rapid  intermixing  of  cell  surface  antigens  after  formation  of  mouse-­‐human  heterokaryons.  J  Cell  Sci  7:319–335.    

Page 15: Essential)Cell)Biology,FourthEdition REFERENCES · PDF fileLehninger!AL(1971) !TheMolecular!Basis ... 23:9318–9326.!! InternationalHumanGenomeSequencingConsortium! ... Essential)Cell)Biology,Fourth"Edition"

 Essential  Cell  Biology,  Fourth  Edition  

REFERENCES  

Helenius  A  and  Simons  K  (1975)  Solubilization  of  membranes  by  detergents.  Biochim  Biophys  Acta  415:29–79.    

Henderson  R  &  Unwin  PN  (1975)  Three-­‐dimensional  model  of  purple  membrane  obtained  by  electron  microscopy.  Nature  257:28–32.    

Kyte  J  &  Doolittle  RF  (1982)  A  simple  method  for  displaying  the  hydropathic  character  of  a  protein.  J  Mol  Biol  157:105–132.    

le  Maire  M,  Champeil  P  et  al  (2000)  Interaction  of  membrane  proteins  and  lipids  with  solubilizing  detergents.  Biochim  Biophys  Acta  1508:86–111.    

Lee  AG  (2003)  Lipid-­‐protein  interactions  in  biological  membranes:a  structural  perspective.  Biochim  Biophys  Acta  1612:1–40.    

Marchesi  VT,  Furthmayr  H  et  al  (1976)  The  red  cell  membrane.  Annu  Rev  Biochem  45:667–698.    

Nakada  C,  Ritchie  K  &  Kusumi  A  (2003)  Accumulation  of  anchored  proteins  forms  membrane  diffusion  barriers  during  neuronal  polarization.  Nat  Cell  Biol  5:626–632.    

Oesterhelt  D  (1998)  The  structure  and  mechanism  of  the  family  of  retinal  proteins  from  halophilic  archaea.  Curr  Opin  Struct  Biol  8:489–500.    

Rath  A,  Deber  CM  (2012)  Protein  structure  in  membrane  domains.  Annu  Rev  Biophys  41:135-­‐55  

Reig  N  &  van  der  Goot  FG  (2006)  About  lipids  and  toxins.  FEBS  Lett  580:5572–5579.    

Reithmeier  RAF  (1993)  The  erythrocyte  anion  transporter  (band  3)  Curr  Opin  Cell  Biol  7:707–714.    

Rodgers  W  &  Glaser  M  (1993)  Distributions  of  proteins  and  lipids  in  the  erythrocyte  membrane.  Biochemistry  32:12591–12598.    

Sharon  N  &  Lis  H  (2004)  History  of  lectins:from  hemagglutinins  to  biological  recognition  molecules.  Glycobiology  14:53R–62R.    

Sheetz  MP  (2001)  Cell  control  by  membrane-­‐cytoskeleton  adhesion.  Nat  Rev  Mol  Cell  Biol  2:392–396.    

Silvius  JR  (1992)  Solubilization  and  functional  reconstitution  of  biomembrane  components.  Annu  Rev  Biophys  Biomol  Struct  21:323–348.    

Steck  TL  (1974)  The  organization  of  proteins  in  the  human  red  blood  cell  membrane.  A  review.  J  Cell  Biol  62:1–19.    

Subramaniam  S  (1999)  The  structure  of  bacteriorhodopsin:an  emerging  consensus.  Curr  Opin  Struct  Biol  9:462–468.    

Viel  A  &  Branton  D  (1996)  Spectrin:on  the  path  from  structure  to  function.  Curr  Opin  Cell  Biol  8:49–55.    

Wallin  E  &  von  Heijne  G  (1998)  Genome-­‐wide  analysis  of  integral  membrane  proteins  from  eubacterial,  

archaean,  and  eukaryotic  organisms.  Protein  Sci  7:1029–1038.    

White  SH  &  Wimley  WC  (1999)  Membrane  protein  folding  and  stability:physical  principles.  Annu  Rev  Biophys  Biomol  Struct  28:319–365.    

 

Chapter  12    Principles  of  Membrane  Transport    Al-­‐Awqati  Q  (1999)  One  hundred  years  of  membrane  permeability:  does  Overton  still  rule?  Nature  Cell  Biol  1:  E201–E202.    

Cajal  SR,  Histologie  du  System  Nerveux  de  l’Homme  et  de  Vertebres,  1909-­‐1911.  Paris:  Maloine;  reprinted,  Madrid:  CSIC,  1972.  

De  Groot  BL  &  Grubmuller  H  (2001)  Water  permeation  across  biological  membranes:  mechanism  and  dynamics  of  aquaporin-­‐1  and  GlpF.  Nature  294:2353-­‐7.    

Forrest  LR  &  Sansom  MS  (2000)  Membrane  simulations:  bigger  and  better?  Curr  Opin  Struct  Biol  10:174–181.    

Gouaux  E  and  MacKinnon  R  (2005)  Principles  of  selective  ion  transport  in  channels  and  pumps.  Science  310:1461–1465.    

Mitchell  P  (1977)  Vectorial  chemiosmotic  processes.  Annu  Rev  Biochem  46:996–1005.    

Tanford  C  (1983)  Mechanism  of  free  energy  coupling  in  active  transport.  Annu  Rev  Biochem  52:379–409.    

 Carrier  Proteins  and  Active  Membrane  Transport    Almers  W  &  Stirling  C  (1984)  Distribution  of  transport  proteins  over  animal  cell  membranes.  J  Membr  Biol  77:169–186.    

Baldwin  SA  &  Henderson  PJ  (1989)  Homologies  between  sugar  transporters  from  eukaryotes  and  prokaryotes.  Annu  Rev  Physiol  51:459–471.    

Borst  P  &  Elferink  RO  (2002)  Mammalian  ABC  transporters  in  health  and  disease.  Annu  Rev  Biochem  71:537–592.    

Carafoli  E  &  Brini  M  (2000)  Calcium  pumps:  structural  basis  for  and  mechanism  of  calcium  transmembrane  transport.  Curr  Opin  Chem  Biol  4:152–161.    

Dean  M,  Rzhetsky  A  et  al  (2001)  The  human  ATP-­‐binding  cassette  (ABC)  transporter  superfamily.  Genome  Res  11:1156–1166.    

Doige  CA  &  Ames  GF  (1993)  ATP-­‐dependent  transport  systems  in  bacteria  and  humans:  relevance  to  cystic  fibrosis  and  multidrug  resistance.  Annu  Rev  Microbiol  47:291–319.    

Page 16: Essential)Cell)Biology,FourthEdition REFERENCES · PDF fileLehninger!AL(1971) !TheMolecular!Basis ... 23:9318–9326.!! InternationalHumanGenomeSequencingConsortium! ... Essential)Cell)Biology,Fourth"Edition"

 Essential  Cell  Biology,  Fourth  Edition  

REFERENCES  

Gadsby  DC,  Vergani  P  &  Csanady  L  (2006)  The  ABC  protein  turned  chloride  channel  whose  failure  causes  cystic  fibrosis.  Nature  440:477–83.    

Higgins  CF  (2007)  Multiple  molecular  mechanisms  for  multidrug  resistance  transporters.  Nature  446:749–57.    

Kaback  HR,  Sahin-­‐Toth  M  et  al  (2001)  The  kamikaze  approach  to  membrane  transport.  Nature  Rev  Mol  Cell  Biol  2:610–620.    

Kühlbrandt  W  (2004)  Biology,  structure  and  mechanism  of  P-­‐type  ATPases.  Nature  Rev  Mol  Cell  Biol  5:282–295.    

Lodish  HF  (1986)  Anion-­‐exchange  and  glucose  transport  proteins:  structure,  function,  and  distribution.  Harvey  Lect  82:19–46.    

Pedersen  PL  &  Carafoli  E  (1987)  Ion  motive  ATPases.  1.  Ubiquity,  properties,  and  significance  to  cell  function.  Trends  Biochem  Sci  12:146–150.    

Romero  MF  &  Boron  WF  (1999)  Electrogenic  Na+/HCO3  cotransporters:  cloning  and  physiology.  Annu  Rev  Physiol  61:699–723.    

Saier  MH,  Jr  (2000)  Vectorial  metabolism  and  the  evolution  of  transport  systems.  J  Bacteriol  182:5029–5035.    

Scarborough  GA  (2003)  Rethinking  the  P-­‐type  ATPase  problem.  Trends  Biochem  Sci  28:581–584.    

Stein  WD  (2002)  Cell  volume  homeostasis:  ionic  and  nonionic  mechanisms.  The  sodium  pump  in  the  emergence  of  animal  cells.  Int  Rev  Cytol  215:231–258.    

 Ion  Channels,  Nerve  Signaling,  and  the  Electrical  Properties  of  Membranes    

Armstrong  C  (1998)  The  vision  of  the  pore.  Science  280:56–57.    

Choe  S  (2002)  Potassium  channel  structures.  Nature  Rev  Neurosci  3:115–21.    

Choe  S,  Kreusch  A  &  Pfaffinger  PJ  (1999)  Towards  the  three-­‐dimensional  structure  of  voltage-­‐gated  potassium  channels.  Trends  Biochem  Sci  24:345–349.  

Dugue  GP,  Akemann  W,  Knopfel  T  (2012)  A  comprehensive  concept  of  optogenetics.  Prog  Brain  Res  196:1-­‐28.    

Franks  NP  &  Lieb  WR  (1994)  Molecular  and  cellular  mechanisms  of  general  anaesthesia.  Nature  367:607–614.    

Greengard  P  (2001)  The  neurobiology  of  slow  synaptic  transmission.  Science  294:1024–30.    

Hille  B  (2001)  Ionic  Channels  of  Excitable  Membranes,  3rd  ed.  Sunderland,  MA:  Sinauer.    

Hucho  F,  Tsetlin  VI  &  Machold  J  (1996)  The  emerging  three-­‐dimensional  structure  of  a  receptor.  The  

nicotinic  acetylcholine  receptor.  Eur  J  Biochem  239:539–557.    

Hodgkin  AL  &  Huxley  AF  (1952)  A  quantitative  description  of  membrane  current  and  its  application  to  conduction  and  excitation  in  nerve.  J  Physiol  117:500–544.    

Hodgkin  AL  &  Huxley  AF  (1952)  Currents  carried  by  sodium  and  potassium  ions  through  the  membrane  of  the  giant  axon  of  Loligo.  J  Physiol  116:449–472.    

Husson  SJ,  Gottschalk  A,  Leifer  AM  (2013)  Optogenetic  manipulation  of  neuroal  acticity  in  C.  elegans:  from  synapse  to  circuits  and  behavior.  Biol  Cell  105(6):  235-­‐50    

Jessell  TM  &  Kandel  ER  (1993)  Synaptic  transmission:  a  bidirectional  and  self-­‐modifiable  form  of  cell–cell  communication.  Cell  72[Suppl]:1–30.    

Kandel  ER,  Schwartz  JH  &  Jessell  TM  (2000)  Principles  of  Neural  Science,  4th  ed.  New  York:  McGraw-­‐Hill.    

Karlin  A  (2002)  Emerging  structure  of  the  nicotinic  acetylcholine  receptors.  Nature  Rev  Neurosci  3:102–114.    

Katz  B  (1966)  Nerve,  Muscle  and  Synapse.  New  York:  McGraw-­‐Hill.    

King  LS,  Kozono  D  &  Agre  P  (2004)  From  structure  to  disease:  the  evolving  tale  of  aquaporin  biology.  Nature  Rev  Mol  Cell  Biol  5:687–698.    

La  Lumiere  RT  (2011)  A  new  techniwue  for  controlling  the  brain:  optogenetics  and  its  potential  for  use  in  research  and  the  clinic.  Brain  Stimul  4(1):  1-­‐6.    

Lin  D  et  al.  (2011)  Functional  identification  of  an  aggression  locus  in  the  mouse  hypothalamus.  Nature  470:221-­‐226.    

MacKinnon  R  (2003)  Potassium  channels.  FEBS  Lett  555:62–65.    

Malenka  RC  &  Nicoll  RA  (1999)  Long-­‐term  potentiation—a  decade  of  progress?  Science  285:1870–1874.    

Moss  SJ  &  Smart  TG  (2001)  Constructing  inhibitory  synapses.  Nature  Rev  Neurosci  2:240–250.    

Neher  E  and  Sakmann  B  (1992)  The  patch  clamp  technique.  Sci  Am  266:44–51.    

Nicholls  JG,  Fuchs  PA,  Martin  AR  &  Wallace  BG  (2000)  From  Neuron  to  Brain,  4th  ed.  Sunderland,  MA:  Sinauer.    

Numa  S  (1987)  A  molecular  view  of  neurotransmitter  receptors  and  ionic  channels.  Harvey  Lect  83:121–165.    

Scannevin  RH  &  Huganir  RL  (2000)  Postsynaptic  organization  and  regulation  of  excitatory  synapses.  Nature  Rev  Neurosci  1:133–141.    

Seeburg  PH  (1993)  The  molecular  biology  of  mammalian  glutamate  receptor  channels.  Trends  Neurosci  16:359–365.    

Page 17: Essential)Cell)Biology,FourthEdition REFERENCES · PDF fileLehninger!AL(1971) !TheMolecular!Basis ... 23:9318–9326.!! InternationalHumanGenomeSequencingConsortium! ... Essential)Cell)Biology,Fourth"Edition"

 Essential  Cell  Biology,  Fourth  Edition  

REFERENCES  

Snyder  SH  (1996)  Drugs  and  the  Brain.  New  York:  WH  Freeman/  Scientific  American  Books.    

Stevens  CF  (2004)  Presynaptic  function.  Curr  Opin  Neurobiol  14:341–345.    

Tsien  RW,  Lipscombe  D,  Madison  DV  et  al  (1988)  Multiple  types  of  neuronal  calcium  channels  and  their  selective  modulation.  Trends  Neurosci  11:431–438.    

Unwin  N  (2003)  Structure  and  action  of  the  nicotinic  acetylcholine  receptor  explored  by  electron  microscopy.  FEBS  Lett  555:91–95.    

 

Chapter  13    How  Cells  Obtain  Energy  from  Food    Akram  M  (2013)  Mini-­‐review  on  glycolysis  and  cancer.  J  Cancer  Educ  28(3):  454-­‐7.  

Cramer  WA  &  Knaff  DB  (1990)  Energy  Transduction  in  Biological  Membranes.  New  York:  Springer-­‐Verlag.    

Dismukes  GC,  Klimov  VV,  Baranov  SV  et  al  (2001)  The  origin  of  atmospheric  oxygen  on  Earth:  The  innovation  of  oxygenic  photosyntheis.  Proc  Nat  Acad  Sci  USA  98:2170–2175.    

Fell  D  (1997)  Understanding  the  Control  of  Metabolism.  London:  Portland  Press.    

Flatt  JP  (1995)  Use  and  storage  of  carbohydrate  and  fat.  Am  J  Clin  Nutr  61,  952S–959S.    

Friedmann  HC  (2004)  From  Butybacterium  to  E.  coli:  An  essay  on  unity  in  biochemistry.  Perspect  Biol  Med  47:47–66.    

Fothergill-­‐Gilmore  LA  (1986)  The  evolution  of  the  glycolytic  pathway.  Trends  Biochem  Sci  11:47–51.    

Heinrich  R,  Melendez-­‐Hevia  E,  Montero  F  et  al  (1999)  The  structural  design  of  glycolysis:  An  evolutionary  approach.  Biochem  Soc  Trans  27:294–298.    

Huynen  MA,  Dandekar  T  &  Bork  P  (1999)  Variation  and  evolution  of  the  citric-­‐acid  cycle:  a  genomic  perspective.  Trends  Microbiol  7:281–291.    

Kornberg  HL  (2000)  Krebs  and  his  trinity  of  cycles.  Nature  Rev  Mol  Cell  Biol  1:225–228.    

Krebs  HA  &  Martin  A  (1981)  Reminiscences  and  Reflections.  Oxford/New  York:  Clarendon  Press/Oxford  University  Press.    

Krebs  HA  (1970)  The  history  of  the  tricarboxylic  acid  cycle.  Perspect  Biol  Med  14:154–170.    

Martin  BR  (1987)  Metabolic  Regulation:  A  Molecular  Approach.  Oxford:  Blackwell  Scientific.    

McGilvery  RW  (1983)  Biochemistry:  A  Functional  Approach,  3rd  ed.  Philadelphia:  Saunders.    

Morowitz  HJ  (1993)  Beginnings  of  Cellular  Life:  Metabolism  Recapitulates  Biogenesis.  New  Haven:  Yale  University  Press    

Newsholme  EA  &  Stark  C  (1973)  Regulation  of  Metabolism.  New  York:  Wiley.    

 

Chapter  14    The  Mitochondrion    Abrahams  JP,  Leslie  AG,  Lutter  R  &  Walker  JE  (1994)  Structure  at  2.8Å  resolution  of  F1-­‐ATPase  from  bovine  heart  mitochondria.  Nature  370:621–628.    

Berg  HC  (2003)  The  rotary  motor  of  bacterial  flagella.  Annu  Rev  Biochem  72:19-­‐54.    

Boyer  PD  (1997)  The  ATP  synthase—a  splendid  molecular  machine.  Annu  Rev  Biochem  66:717–749.    

Ernster  L  &  Schatz  G  (1981)  Mitochondria:  a  historical  review.  J  Cell  Biol  91:227s–255s.    

Frey  TG,  Renken  CW  &  Perkins  GA  (2002)    Insight  into  mitochondrial  structure  and  function  from  electron  tomography.  Biochim  Biophys  Acta  1555:196–203.    

Pebay-­‐Peyroula  E  &  Brandolin  G  (2004)  Nucleotide  exchange  in  mitochondria:  insight  at  a  molecular  level.  Curr  Opin  Struct  Biol  14:420–425.    

Madeira  VM  (2012)  Overview  of  mitochondrial  bioenergetics.  Methods  Mol  Biol  810:  1-­‐6.  

Meier  T,  Polzer  P,  Diederichs  K  et  al  (2005)  Structure  of  the  rotor  ring  of  F-­‐type  Na+-­‐ATPase  from  Ilyobacter  tartaricus.  Science  308:659–662.    

Mitchell  P  (1961)  Coupling  of  phosphorylation  to  electron  and  hydrogen  transfer  by  a  chemi-­‐osmotic  type  of  mechanism.  Nature  191:144–148.    

Nicholls  DG  (2006)  The  physiological  regulation  of  uncoupling  proteins.  Biochim  Biophys  Acta  1757:459–466.    

Nunnari  J  et  al.  (1997)  Mitochondrial  transmission  during  mating  in  Saccharomyces  cerevisiae  is  determined  by  mitochondrial  fusion  and  fission  and  the  intramitochondrial  segregation  of  mitochondrial  DNA.  Mol  Biol  Cell  8:1233-­‐1242.  

Racker  E  &  Stoeckenius  W  (1974)  Reconstitution  of  purple  membrane  vesicles  catalyzing  light-­‐driven  proton  uptake  and  adenosine  triphosphate  formation.  J  Biol  Chem  249:662–663.    

Saraste  M  (1999)  Oxidative  phosphorylation  at  the  fin  de  siecle.  Science  283:1488–1493.    

Scheffler  IE  (1999)  Mitochondria.  New  York/Chichester:  Wiley-­‐Liss.    

Stock  D,  Gibbons  C,  Arechaga  I  et  al.  (2000)  The  rotary  mechanism  of  ATP  synthase.  Curr  Opin  Struct  Biol  10:672–679.    

Weber  J  (2007)  ATP  synthase—the  structure  of  the  stator  stalk.  Trends  Biochem  Sci  32:53–56.    

   

Page 18: Essential)Cell)Biology,FourthEdition REFERENCES · PDF fileLehninger!AL(1971) !TheMolecular!Basis ... 23:9318–9326.!! InternationalHumanGenomeSequencingConsortium! ... Essential)Cell)Biology,Fourth"Edition"

 Essential  Cell  Biology,  Fourth  Edition  

REFERENCES  

Electron-­‐Transport  Chains  and  Their  Proton  Pumps    Beinert  H,  Holm  RH  &  Munck  E  (1997)  Iron-­‐sulfur  clusters:  nature’s  modular,  multipurpose  structures.  Science  277:653–659.    

Berry  EA,  Guergova-­‐Kuras  M,  Huang  LS  &  Crofts  AR  (2000)  Structure  and  function  of  cytochrome  bc  complexes.  Annu  Rev  Biochem  69:1005–1075.    

Brand  MD  (2005)  The  efficiency  and  plasticity  of  mitochondrial  energy  transduction.  Biochem  Soc  Trans  33:897–904.    

Brandt  U  (2006)  Energy  converting  NADH:quinone  oxidoreductase  (complex  I).  Annu  Rev  Biochem  75:69–92.    

Chance  B  &  Williams  GR  (1955)  A  method  for  the  localization  of  sites  for  oxidative  phosphorylation.  Nature  176:250–254.    

Gottschalk  G  (1997)  Bacterial  Metabolism,  2nd  ed.  New  York:  Springer.    

Gray  HB  &  Winkler  JR  (1996)  Electron  transfer  in  proteins.  Annu  Rev  Biochem  65:537–556.    

Keilin  D  (1966)  The  History  of  Cell  Respiration  and  Cytochromes.  Cambridge:  Cambridge  University  Press.    

Sazanov  LA  (2007)  Respiratory  complex  I:  mechanistic  and  structural  insights  provided  by  the  crystal  structure  of  the  hydrophilic  domain.  Biochemistry  46:2275–2288.    

Subramaniam  S  &  Henderson  R  (2000)  Molecular  mechanism  of  vectorial  proton  translocation  by  bacteriorhodopsin.  Nature  406:653–657.    

Tsukihara  T,  Aoyama  H,  Yamashita  E  et  al  (1996)  The  whole  structure  of  the  13-­‐subunit  oxidized  cytochrome  c  oxidase  at  2.8Å.  Science  272:1136–1144.    

Wikstrom  M  &  Verkhovsky  MI  (2006)  Towards  the  mechanism  of  proton  pumping  by  the  haem-­‐copper  oxidases.  Biochim  Biophys  Acta  1757:1047–1051.    

 Chloroplasts  and  Photosynthesis    Blankenship  RE  (2002)  Molecular  Mechanisms  of  Photosynthesis.  Oxford,  UK:Blackwell  Scientific.    

Bassham  JA  (1962)  The  path  of  carbon  in  photosynthesis.  Sci  Am  206:88–100.    

Deisenhofer  J  &  Michel  H  (1989)  Nobel  lecture.  The  photosynthetic  reaction  centre  from  the  purple  bacterium  Rhodopseudomonas  viridis.  EMBO  J  8:2149–2170.    

Edwards  GE,  Furbank  RT,  Hatch  MD  &  Osmond  CB  (2001)  What  does  it  take  to  be  c(4)?—lessons  from  the  evolution  of  c(4)  photosynthesis.  Plant  Physiol  125:46–49.    

Ferreira  KN,  Iverson  TM,  Maghlaoui  K  et  al  (2004)  Architecture  of  the  photosynthetic  oxygen-­‐evolving  center.  Science  303:1831–1838.    

Iwata  S  &  Barber  J  (2004)  Structure  of  photosystem  II  and  molecular  architecture  of  the  oxygen-­‐evolving  centre.  Curr  Opin  Struct  Biol  14:447–453.    

Jordan  P,  Fromme  P,  Witt  HT  et  al  (2001)  Three-­‐dimensional  structure  of  cyanobacterial  photosystem  I  at  2.5Å  resolution.  Nature  411:909–917.    

Ling  Q  et  al.  (2012)  Chloroplast  biogeneisis  is  regulated  by  direct  action  of  the  ubiquitin-­‐proteasome  system.  Science  338(6107):  655-­‐9.    

Merchant  S  &  Sawaya  MR  (2005)  The  light  reactions:  A  guide  to  recent  acquisitions  for  the  picture  gallery.  The  Plant  Cell  17:648–663.    

Munekage  Y  et  al.  (2004)  Cyclic  electron  flow  around  photosystem  I  is  essential  for  photosynthesis.  Nature  429(6991):  579-­‐82.  

Nelson  N  &  Ben-­‐Shem  A  (2004)  The  complex  architecture  of  oxygenic  photosynthesis.  Nature  Rev  Mol  Cell  Biol  5:971–982.    

Nevo  R  et  al.  (2012)  Composition,  architecture,  and  dynamics  of  the  photosynthetic  apparatus  in  higher  plants.  Plant  K  70(1):  157-­‐76.  

 The  Evolution  of  Energy-­‐Generating  Systems    Blankenship  RE  &  Bauer  CE  (eds)  (1995)  Anoxygenic  Photosynthetic  Bacteria.  Dordrecht:  Kluwer.    

de  Las  Rivas  J,  Balsera  M  &  Barber  J  (2004)  Evolution  of  oxygenic  photosynthesis:  genome-­‐wide  analysis  of  the  OEC  extrinsic  proteins.  Trends  Plant  Sci  9:18–25.    

Hohmann-­‐Marriott  MF,  Blankenship  RE  (2011)  Evolution  of  photosynthesis.  Annu  Rev  Plant  Biol  62:515-­‐48.    

Olson  JM,  Blankenship  RE  (2004)  Thinking  about  the  evolution  of  photosynthesis.  Photosynth  Res  70(1-­‐3):  373-­‐86.    

Orgel  LE  (1998)  The  origin  of  life—a  review  of  facts  and  speculations.  Trends  Biochem  Sci.  23:491–495.    

Pierron  D  et  al.  (2012)  Evolution  of  the  couple  cytochrome  c  and  cytochrome  c  oxidase  in  primates.  Adv  Exp  Med  Biol  748:  185-­‐213.  

Schafer  G,  Purschke  W  &  Schmidt  CL  (1996)  On  the  origin  of  respiration:  electron  transport  proteins  from  archaea  to  man.  FEMS  Microbiol  Rev  18:173–188.    

Skulachev  VP  (1994)  Bioenergetics:  the  evolution  of  molecular  mechanisms  and  the  development  of  bioenergetic  concepts.  Antonie  Van  Leeuwenhoek  65:271–284.    

 

Page 19: Essential)Cell)Biology,FourthEdition REFERENCES · PDF fileLehninger!AL(1971) !TheMolecular!Basis ... 23:9318–9326.!! InternationalHumanGenomeSequencingConsortium! ... Essential)Cell)Biology,Fourth"Edition"

 Essential  Cell  Biology,  Fourth  Edition  

REFERENCES  

Chapter  15    The  Compartmentalization  of  Cells    Blobel  G  (1980)  Intracellular  protein  topogenesis.  Proc  Natl  Acad  Sci  USA  77:1496–1500.    

De  Duve  C  (2007)  The  origin  of  eukaryotes:  a  reappraisal.  Nature  Rev  Genet  8:395–403.    

Schatz  G  &  Dobberstein  B  (1996)  Common  principles  of  protein  translocation  across  membranes.  Science  271:1519–1526.    

Sharma  SK,  Christen  P,  Goloubinoff  P  (2009)  Disaggregating  chaperones:  an  unfolding  story.  Curr  Protein  Pept  Sci  10(5):432-­‐46.  

Warren  G  &  Wickner  W  (1996)  Organelle  inheritance.  Cell  84:395–400.    

 The  Transport  of  Molecules  Between  the  Nucleus  and  the  Cytosol    

Adam  SA  &  Gerace  L  (1991)  Cytosolic  proteins  that  specifically  bind  nuclear  location  signals  are  receptors  for  nuclear  import.  Cell  66:837–847.    

Adams  RL,  Wente  SR  (2013)  Uncovering  nuclear  pore  complexity  with  innovation.  Cell  152(6):  1218-­‐21.    

Bednenko  J,  Cingolani  G  &  Gerace  L  (2003)  Nucleocytoplasmic  transport:  navigating  the  channel.  Traffic  4:127–135.    

Chook  YM  &  Blobel  G  (2001)  Karyopherins  and  nuclear  import.  Curr  Opin  Struct  Biol  11:703–715.    

Cole  CN  &  Scarcelli  JJ  (2006)  Transport  of  messenger  RNA  from  the  nucleus  to  the  cytoplasm.  Curr  Opin  Cell  Biol  18:299–306.    

Fahrenkrog  B,  Koser  J  &  Aebi  U  (2004)  The  nuclear  pore  complex:  a  jack  of  all  trades?  Trends  Biochem  Sci  29:175–182.    

Görlich  D  &  Kutay  U  (1999)  Transport  between  the  cell  nucleus  and  the  cytoplasm.  Annu  Rev  Cell  Dev  Biol  15:607–660.    

Hetzer  MW,  Walther  TC  &  Mattaj  IW  (2005)  Pushing  the  envelope:  structure,  function,  and  dynamics  of  the  nuclear  periphery.  Annu  Rev  Cell  Dev  Biol  21:347–380.    

Komeili  A  &  O’Shea  EK  (2000)  Nuclear  transport  and  transcription.  Curr  Opin  Cell  Biol  12:355–360.    

Kuersten  S,  Ohno  M  &  Mattaj  IW  (2001)  Nucleocytoplasmic  transport:  Ran,  beta  and  beyond.  Trends  Cell  Biol  11:497–503.    

Tran  EJ  &  Wente  SR  (2006)  Dynamic  nuclear  pore  complexes:  life  on  the  edge.  Cell  125:1041–1053.    

Weis  K  (2002)  Nucleocytoplasmic  transport:  cargo  trafficking  across  the  border.  Curr  Opin  Cell  Biol  14:328–335.    

 

The  Transport  of  Proteins  Into  Mitochondria  and  Chloroplasts    

Jarvis  P  &  Robinson  C  (2004)  Mechanisms  of  protein  import  and  routing  in  chloroplasts.  Curr  Biol  14:R1064–R1077.    

Kessler  F  &  Schnell  DJ  (2004)  Chloroplast  protein  import:  solve  the  GTPase  riddle  for  entry.  Trends  Cell  Biol  14:334–338.    

Koehler  CM,  Merchant  S  &  Schatz  G  (1999)  How  membrane  proteins  travel  across  the  mitochondrial  intermembrane  space.  Trends  Biochem  Sci  24:428–432.    

Mokranjac  D  &  Neupert  W  (2005)  Protein  import  into  mitochondria.  Biochem  Soc  Trans  33:1019–1023.    

Prakash  S  &  Matouschek  A  (2004)  Protein  unfolding  in  the  cell.  Trends  Biochem  Sci  29:593–600.    

Soll  J  &  Schleiff  E  (2004)  Protein  import  into  chloroplasts.  Nature  Rev  Mol  Cell  Biol  5:198–208.    

Truscott  KN,  Brandner  K  &  Pfanner  N  (2003)  Mechanisms  of  protein  import  into  mitochondria.  Curr  Biol  13:R326–R337.    

 The  Endoplasmic  Reticulum    Adelman  MR,  Sabatini  DD  et  al  (1973)  Ribosome-­‐membrane  interaction.  Nondestructive  disassembly  of  rat  liver  rough  microsomes  into  ribosomal  and  membranous  components.  J  Cell  Biol  56:206–229.    

Bernales  S,  Papa  FR  &  Walter  P  (2006)  Intracellular  signaling  by  the  unfolded  protein  response.  Annu  Rev  Cell  Dev  Biol  22:487–508.    

Bishop  WR  &  Bell  RM  (1988)  Assembly  of  phospholipids  into  cellular  membranes:  biosynthesis,  transmembrane  movement  and  intracellular  translocation.  Annu  Rev  Cell  Biol  4:579–610.    

Blobel  G  &  Dobberstein  B  (1975)  Transfer  of  proteins  across  membranes.  I.  Presence  of  proteolytically  processed  and  unprocessed  nascent  immunoglobulin  light  chains  on  membrane-­‐bound  ribosomes  of  murine  myeloma.  J  Cell  Biol  67:835–851.    

Borgese  N,  Mok  W  &  Sabatini  DD  (1974)  Ribosomal-­‐membrane  ineraction:  in  vitro  binding  of  ribosomes  to  microsomal  membranes.    

Chen  S,  Novick  P,  Ferro-­‐Novick  S  (2013):  ER  structure  and  function.  Curr  Opin  Cell  Biol  25(4)428-­‐33.  

Daleke  DL  (2003)  Regulation  of  transbilayer  plasma  membrane  phospholipid  asymmetry.  J  Lipid  Res  44:233–242.    

Deshaies  RJ,  Sanders  SL  &  Schekman  R  (1991)  Assembly  of  yeast  Sec  proteins  involved  in  translocation  into  the  endoplasmic  reticulum  into  a  membrane-­‐bound  multisubunit  complex.  Nature  349:806–808.    

Page 20: Essential)Cell)Biology,FourthEdition REFERENCES · PDF fileLehninger!AL(1971) !TheMolecular!Basis ... 23:9318–9326.!! InternationalHumanGenomeSequencingConsortium! ... Essential)Cell)Biology,Fourth"Edition"

 Essential  Cell  Biology,  Fourth  Edition  

REFERENCES  

Dobson  CM  (2003)  Protein  folding  and  misfolding,  Nature  426(6968):  884-­‐90.    

Ellgaard  L  &  Helenius  A  (2003)  Quality  control  in  the  endoplasmic  reticulum.  Nature  Rev  Mol  Cell  Biol  4:181–191.    

Ferguson  MA  (1999)  The  structure,  biosynthesis  and  functions  of  glycosylphosphatidylinositol  anchors,  and  the  contributions  of  trypanosome  research.  J  Cell  Sci  112:2799–2809.    

Gething  MJ  (1999)  Role  and  regulation  of  the  ER  chaperone  BiP.  Semin  Cell  Dev  Biol  10:465–472.    

Görlich  D,  Prehn  S  et  al  (1992)  A  mammalian  homolog  of  SEC61p  and  SECYp  is  associated  with  ribosomes  and  nascent  polypeptides  during  translocation.  Cell  71:489–503.    

Helenius  J  &  Aebi  M  (2002)  Transmembrane  movement  of  dolichol  linked  carbohydrates  during  N-­‐glycoprotein  biosynthesis  in  the  endoplasmic  reticulum.  Semin  Cell  Dev  Biol  13:171–178.    

Johnson  AE  &  van  Waes  MA  (1999)  The  translocon:  a  dynamic  gateway  at  the  ER  membrane.  Annu  Rev  Cell  Dev  Biol  15:799–842.    

Keenan  RJ,  Freymann  DM  &  Walter  P  (2001)  The  signal  recognition  particle.  Annu  Rev  Biochem  70:755–775.    

Kostova  Z  &  Wolf  DH  (2003)  For  whom  the  bell  tolls:  protein  quality  control  of  the  endoplasmic  reticulum  and  the  ubiquitin-­‐proteasome  connection.  EMBO  J  22:2309–2317.    

Levine  T  &  Loewen  C  (2006)  Inter-­‐organelle  membrane  contact  sites:  through  a  glass,  darkly.  Curr  Opin  Cell  Biol  18:371–378.    

Marciniak  SJ  &  Ron  D  (2006)  Endoplasmic  reticulum  stress  signaling  in  disease.  Physiol  Rev  86:1133–1149.    

Milstein  C,  Brownlee  GG  et  al  (1972)  A  possible  precursor  of  immunoglobulin  light  chains.  Nature  New  Biol  239:117–120.    

Römisch  K  (2005)  Endoplasmic  reticulum-­‐associated  degradation.  Annu  Rev  Cell  Dev  Biol  21:435–456.    

Simon  SM  &  Blobel  G  (1991)  A  protein-­‐conducting  channel  in  the  endoplasmic  reticulum.  Cell  65:371–380.    

Staehelin  LA  (1997)  The  plant  ER:  a  dynamic  organelle  composed  of  a  large  number  of  discrete  functional  domains.  Plant  J  11:1151–1165.    

Trombetta  ES  &  Parodi  AJ  (2003)  Quality  control  and  protein  folding  in  the  secretory  pathway.  Annu  Rev  Cell  Dev  Biol  19:649–676.    

Tsai  B,  Ye  Y  &  Rapoport  TA  (2002)  Retro-­‐translocation  of  proteins  from  the  endoplasmic  reticulum  into  the  cytosol.  Nature  Rev  Mol  Cell  Biol  3:246–255.    

Shibata  Y,  Voeltz  GK  &  Rapoport  TA  (2006)  Rough  sheets  and  smooth  tubules.  Cell  126:435–439    

White  SH  &  von  Heijne  G  (2004)  The  machinery  of  membrane  protein  assembly.  Curr  Opin  Struct  Biol  14:397–404.    

Yan  A  &  Lennarz  WJ  (2005)  Unraveling  the  mechanism  of  protein  N-­‐glycosylation.  J  Biol  Chem  280:3121–3124.    

 

Chapter  16    General  Principles  of  Cell  Communication    Ben-­‐Shlomo  I,  Yu  Hsu  S,  Rauch  R  et  al  (2003)  Signaling  receptome:  a  genomic  and  evolutionary  perspective  of  plasma  membrane  receptors  involved  in  signal  transduction.  Sci  STKE  187:RE9.    

Bourne  HR  (1995)  GTPases:  a  family  of  molecular  switches  and  clocks.  Philos  Trans  R  Soc  Lond  B  Biol  Sci  349:283–289.    

Ferrell  JE  Jr  (2002)  Self-­‐perpetuating  states  in  signal  transduction:  positive  feedback,  double-­‐negative  feedback  and  bistability.  Curr  Opin  Cell  Biol  14:140–148.    

Mangelsdorf  DJ,  Thummel  C,  Beato  M  et  al  (1995)  The  nuclear  receptor  superfamily:  the  second  decade.  Cell  83:835–839.    

Murad  F  (2006)  Shattuck  Lecture.  Nitric  oxide  and  cyclic  GMP  in  cell  signaling  and  drug  development.  N  Engl  J  Med  355:2003–2011.    

Papin  JA,  Hunter  T,  Palsson  BO  &  Subramaniam  S  (2005)  Reconstruction  of  cellular  signalling  networks  and  analysis  of  their  properties.  Nature  Rev  Mol  Cell  Biol  6:99–111.    

Pawson  T  &  Scott  JD  (2005)  Protein  phosphorylation  in  signaling—50  years  and  counting.  Trends  Biochem  Sci  30:286–290.    

Pires-­‐daSilva  A  &  Sommer  RJ  (2003)  The  evolution  of  signalling  pathways  in  animal  development.  Nature  Rev  Genet  4:39–49.    

Robinson-­‐Rechavi  M,  Escriva  Garcia  H  &  Laudet  V  (2003)  The  nuclear  receptor  superfamily.  J  Cell  Sci  116:585–586.    

Seet  BT,  Dikic  I,  Zhou  MM  &  Pawson  T  (2006)  Reading  protein  modifications  with  interaction  domains.  Nature  Rev  Mol  Cell  Biol  7:473–483.    

Singla  V  &  Reiter  JF  (2006)  The  primary  cilium  as  the  cell’s  antenna:  signaling  at  a  sensory  organelle.  Science  313:629–633.    

 Signaling  Through  G-­‐protein-­‐coupled  Cell-­‐surface  Receptors    

Audet  M,  Bouvier  M  (2012)  Restructuring  G-­‐protein  coupled  receptor  activation.  Cell  151(1):  14-­‐23.    

Page 21: Essential)Cell)Biology,FourthEdition REFERENCES · PDF fileLehninger!AL(1971) !TheMolecular!Basis ... 23:9318–9326.!! InternationalHumanGenomeSequencingConsortium! ... Essential)Cell)Biology,Fourth"Edition"

 Essential  Cell  Biology,  Fourth  Edition  

REFERENCES  

Berridge  MJ  (2005)  Unlocking  the  secrets  of  cell  signaling.  Annu  Rev  Physiol  67:1–21.    

Berridge  MJ,  Bootman  MD  &  Roderick  HL  (2003)  Calcium  signalling:  dynamics,  homeostasis  and  remodelling.  Nature  Rev  Mol  Cell  Biol  4:517–529.    

Breer  H  (2003)  Sense  of  smell:  recognition  and  transduction  of  olfactory  signals.  Biochem  Soc  Trans  31:113–116.    

Burns  ME  &  Baylor  DA  (2001)  Activation,  deactivation,  and  adaptation  in  vertebrate  photoreceptor  cells.  Annu  Rev  Neurosci  24:779–805.    

Cooper  DM  (2005)  Compartmentalization  of  adenylate  cyclase  and  cAMP  signalling.  Biochem  Soc  Trans  33:1319–1322.    

Hoeflich  KP  &  Ikura  M  (2002)  Calmodulin  in  action:  diversity  in  target  recognition  and  activation  mechanisms.  Cell  108:739–742.    

Hudmon  A  &  Schulman  H  (2002)  Structure-­‐function  of  the  multifunctional  Ca2+/calmodulin-­‐dependent  protein  kinase  II.  Biochem  J  364:593–611.  

 Katritch  V,  Cherezov  V,  Stevens  RC  (2013)  Structure-­‐function  of  the  G-­‐protein  coupled  receptor  superfamily.  Annu  Rev  Pharmacol  Toxicol  53:  531-­‐56    

Kamenetsky  M,  Middelhaufe  S,  Bank  EM  et  al  (2006)  Molecular  details  of  cAMP  generation  in  mammalian  cells:  a  tale  of  two  systems.  J  Mol  Biol  362:623–639.  

Latek  D  et  al.  (2012)  G  protein-­‐coupled  receptors—recent  advances.  Acta  Biochim  Pol  59(4):  515-­‐29    

Luttrell  LM  (2006)  Transmembrane  signaling  by  G  protein-­‐coupled  receptors.  Methods  Mol  Biol  332:3–49.    

McConnachie  G,  Langeberg  LK  &  Scott  JD  (2006)  AKAP  signaling  complexes:  getting  to  the  heart  of  the  matter.  Trends  Mol  Med  12:317–323.    

Parker  PJ  (2004)  The  ubiquitous  phosphoinositides.  Biochem  Soc  Trans  32:893–898.    

Pierce  KL,  Premont  RT  &  Lefkowitz  RJ  (2002)  Seven-­‐transmembrane  receptors.  Nature  Rev  Mol  Cell  Biol  3:639–650.    

Preininger  AM,  Meiler  J,  Hamm  HE  (2013)  Conformational  flexibility  and  structural  dynamics  in  GPCR-­‐mediated  G  protein  activation:  a  perspective.  J  Mol  Biol  425(13):  2288-­‐98.    

Reiter  E  &  Lefkowitz  RJ  (2006)  GRKs  and  beta-­‐arrestins:  roles  in  receptor  silencing,  trafficking  and  signaling.  Trends  Endocrinol  Metab  17:159–165.    

Rhee  SG  (2001)  Regulation  of  phosphoinositide-­‐specific  phospholipase    

C.  Annu  Rev  Biochem  70:281–312.  Robishaw  JD  &  Berlot  CH  (2004)  Translating  G  protein  subunit  diversity  into  functional  specificity.  Curr  Opin  Cell  Biol  16:206–209.    

Shaywitz  AJ  &  Greenberg  ME  (1999)  CREB:  a  stimulus-­‐induced  transcription  factor  activated  by  a  diverse  array  of  extracellular  signals.  Annu  Rev  Biochem  68:821–861.    

Venkatakrishnan  AJ  et  al.  (2013)  Molecular  signatures  of  G-­‐protein  coupled  receptors.  Nature  494(7436):185-­‐94  

 Signaling  Through  Enzyme-­‐coupled  Cell-­‐surface  Receptors    

Baker  MD,  Wolanin  PM  &  Stock  JB  (2006)  Signal  transduction  in  bacterial  chemotaxis.  BioEssays  28:9–22.    

Dard  N  &  Peter  M  (2006)  Scaffold  proteins  in  MAP  kinase  signaling:  more  than  simple  passive  activating  platforms.  BioEssays  28:146–156.    

Darnell  JE  Jr,  Kerr  IM  &  Stark  GR  (1994)  Jak-­‐STAT  pathways  and  transcriptional  activation  in  response  to  IFNs  and  other  extracellular  signaling  proteins.  Science  264:1415–1421.    

Downward  J  (2004)  PI  3-­‐kinase,  Akt  and  cell  survival.  Semin  Cell  Dev  Biol  15:177–182.    

Jaffe  AB  &  Hall  A  (2005)  Rho  GTPases:  biochemistry  and  biology.  Annu  Rev  Cell  Dev  Biol  21:247–269.    

Massague  J  &  Gomis  RR  (2006)  The  logic  of  TGFb  signaling.  FEBS  Lett  580:2811–2820.    

Mitin  N,  Rossman  KL  &  Der  CJ  (2005)  Signaling  interplay  in  Ras  superfamily  function.  Curr  Biol  15:R563–574.    

Murai  KK  &  Pasquale  EB  (2003)  Eph’ective  signaling:  forward,  reverse  and  crosstalk.  J  Cell  Sci  116:2823–2832.    

Pawson  T  (2004)  Specificity  in  signal  transduction:  from  phosphotyrosine-­‐SH2  domain  interactions  to  complex  cellular  systems.  Cell  116:191–203.    

Qi  M  &  Elion  EA  (2005)  MAP  kinase  pathways.  J  Cell  Sci  118:3569–3572.    

Rawlings  JS,  Rosler  KM  &  Harrison  DA  (2004)  The  JAK/STAT  signaling  pathway.  J  Cell  Sci  117:1281–1283.    

Roskoski  R  Jr  (2004)  Src  protein-­‐tyrosine  kinase  structure  and  regulation.  Biochem  Biophys  Res  Commun  324:1155–1164.    

Schlessinger  J  (2000)  Cell  signaling  by  receptor  tyrosine  kinases.  Cell  103:211–225.    

Sahin  M,  Greer  PL,  Lin  MZ  et  al  (2005)  Eph-­‐dependent  tyrosine  phosphorylation  of  ephexin1  modulates  growth  cone  collapse.  Neuron  46:191–204.    

Schwartz  MA  &  Madhani  HD  (2004)  Principles  of  MAP  kinase  signaling  specificity  in  Saccharomyces  cerevisiae.  Annu  Rev  Genet  38:725–748.    

Page 22: Essential)Cell)Biology,FourthEdition REFERENCES · PDF fileLehninger!AL(1971) !TheMolecular!Basis ... 23:9318–9326.!! InternationalHumanGenomeSequencingConsortium! ... Essential)Cell)Biology,Fourth"Edition"

 Essential  Cell  Biology,  Fourth  Edition  

REFERENCES  

Shaw  RJ  &  Cantley  LC  (2006)  Ras,  PI(3)K  and  mTOR  signalling  controls  tumour  cell  growth.  Nature  44:424–430.    

Wassarman  DA,  Therrien  M  &  Rubin  GM  (1995)  The  Ras  signaling  pathway  in  Drosophila.  Curr  Opin  Genet  Dev  5:44–50.    

Wullschleger  S,  Loewith  R  &  Hall  MN  (2006)  TOR  signaling  in  growth  and  metabolism.  Cell  124:471–484.    

 

Chapter  17    The  Self-­‐Assembly  and  Dynamic  Structure  of  Cytoskeletal  Filaments    

Coulombe  PA  et  al.  (1991)  A  function  for  keratins  and  a  common  thread  among  different  types  of  epidermolysis  bullosa  simplex  diseases.  J  Cell  Biol  115:  1661-­‐74.      

Dogterom  M  &  Yurke  B  (1997)  Measurement  of  the  force-­‐velocity  relation  for  growing  microtubules.  Science  278:856–860.    

Garner  EC,  Campbell  CS  &  Mullins  RD  (2004)  Dynamic  instability  in  a  DNA-­‐segregating  prokaryotic  actin  homolog.  Science  306:1021–1025.    

Helfand  BT,  Chang  L  &  Goldman  RD  (2003)  The  dynamic  and  motile  properties  of  intermediate  filaments.  Annu  Rev  Cell  Dev  Biol  19:445–467.    

Hill  TL  &  Kirschner  MW  (1982)  Bioenergetics  and  kinetics  of  microtubule  and  actin  filament  assembly-­‐disassembly.  Int  Rev  Cytol  78:1–125.    

Hotani  H  &  Horio  T  (1988)  Dynamics  of  microtubules  visualized  by  darkfield  microscopy:  treadmilling  and  dynamic  instability.  Cell  Motil  Cytoskeleton  10:229–236.    

Jones  LJ,  Carballido-­‐Lopez  R  &  Errington  J  (2001)  Control  of  cell  shape  in  bacteria:  helical,  actin-­‐like  filaments  in  Bacillus  subtilis.  Cell  104:913–922.    

Kerssemakers  JW,  Munteanu  EL,  Laan  L  et  al  (2006)  Assembly  dynamics  of  microtubules  at  molecular  resolution.  Nature  442:709–712.    

Luby-­‐Phelps  K  (2000)  Cytoarchitecture  and  physical  properties  of  cytoplasm:  volume,  viscosity,  diffusion,  intracellular  surface  area.  Int  Rev  Cytol  192:189–221.    

Mitchison  T  &  Kirschner  M  (1984)  Dynamic  instability  of  microtubule  growth.  Nature  312:237–242.    

Mitchison  TJ  (1995)  Evolution  of  a  dynamic  cytoskeleton.  Philos  Trans  R  Soc  Lond  B  Biol  Sci  349:299–304.    

Mukherjee  A  &  Lutkenhaus  J  (1994)  Guanine  nucleotide-­‐dependent  assembly  of  FtsZ  into  filaments.  J  Bacteriol  176:2754–2758.    

Oosawa  F  &  Asakura  S  (1975)  Thermodynamics  of  the  polymerization  of  protein.  New  York:  Academic  Press,    pp  41–55,  pp  90–108.    

Pauling  L  (1953)  Aggregation  of  Globular  Proteins.  Discuss  Faraday  Soc  13:170–176    

Rodionov  VI  &  Borisy  GG  (1997)  Microtubule  treadmilling  in  vivo.  Science.  275:215–218.    

Shih  YL  &  Rothfield  L  (2006)  The  bacterial  cytoskeleton.  Microbiol  Mol  Biol  Rev  70:729–754.    

Theriot  JA  (2000)  The  polymerization  motor.  Traffic  1:19–28.    

 How  Cells  Regulate  Their  Cytoskeletal  Filaments    Aldaz  H,  Rice  LM,  Stearns  T  &  Agard  DA  (2005)  Insights  into  microtubule  nucleation  from  the  crystal  structure  of  human  gamma-­‐tubulin.  Nature  435:523–527    

Bretscher  A,  Chambers  D,  Nguyen  R  &  Reczek  D  (2000)  ERM-­‐Merlin  and  EBP50  protein  families  in  plasma  membrane  organization  and  function.  Annu  Rev  Cell  Dev  Biol  16:113–143.    

Doxsey  S,  McCollum  D  &  Theurkauf  W  (2005)  Centrosomes  in  cellular  regulation.  Annu  Rev  Cell  Dev  Biol  21:411–434.    

Garcia  ML  &  Cleveland  DW  (2001)  Going  new  places  using  an  old  MAP:  tau,  microtubules  and  human  neurodegenerative  disease.  Curr  Opin  Cell  Biol  13:41–48.    

Holy  TE,  Dogterom  M,  Yurke  B  &  Leibler  S  (1997)  Assembly  and  positioning  of  microtubule  asters  in  microfabricated  chambers.  Proc  Natl  Acad  Sci  USA  94:6228–6231.    

Mullins  RD,  Heuser  JA  &  Pollard  TD  (1998)  The  interaction  of  Arp2/3  complex  with  actin:  nucleation,  high  affinity  pointed  end  capping,  and  formation  of  branching  networks  of  filaments.  Proc  Natl  Acad  Sci  USA  95:6181–6186.    

Robinson  RC,  Turbedsky  K,  Kaiser  DA  et  al  (2001)  Crystal  structure  of  Arp2/3  complex.  Science  294:1679–1684.    

Quarmby  L  (2000)  Cellular  Samurai:  katanin  and  the  severing  of  microtubules.  J  Cell  Sci  113:2821–2827.    

Stearns  T  &  Kirschner  M  (1994)  In  vitro  reconstitution  of  centrosome  assembly  and  function:  the  central  role  of  gamma-­‐tubulin.  Cell  76:623–637.    

Wiese  C  &  Zheng  Y  (2006)  Microtubule  nucleation:  gamma-­‐tubulin  and  beyond.  J  Cell  Sci  119:4143–4153.    

Zheng  Y,  Wong  ML,  Alberts  B  &  Mitchison  T  (1995)  Nucleation  of  microtubule  assembly  by  a  gamma-­‐tubulin-­‐containing  ring  complex.  Nature  378:578–583.    

Page 23: Essential)Cell)Biology,FourthEdition REFERENCES · PDF fileLehninger!AL(1971) !TheMolecular!Basis ... 23:9318–9326.!! InternationalHumanGenomeSequencingConsortium! ... Essential)Cell)Biology,Fourth"Edition"

 Essential  Cell  Biology,  Fourth  Edition  

REFERENCES  

Zigmond  SH  (2004)  Formin-­‐induced  nucleation  of  actin  filaments.  Curr  Opin  Cell  Biol  16:99–105.    

 Molecular  Motors    Burgess  SA,  Walker  ML,  Sakakibara  H  et  al  (2003)  Dynein  structure  and  power  stroke.  Nature  421:715–718.    

Hirokawa  N  (1998)  Kinesin  and  dynein  superfamily  proteins  and  the  mechanism  of  organelle  transport.  Science  279:519–526.    

Howard  J,  Hudspeth  AJ  &  Vale  RD  (1989)  Movement  of  microtubules  by  single  kinesin  molecules.  Nature  342:154–158.    

Howard  J  (1997)  Molecular  motors:  structural  adaptations  to  cellular  functions.  Nature  389:561–567.    

Kikkawa  M  (2013)  Big  steps  toward  understanding  dynein.  J  Cell  Biol  202(1):  15-­‐23.  

Rayment  I,  Rypniewski  WR,  Schmidt-­‐Base  K  et  al  (1993)  Three-­‐dimensional  structure  of  myosin  subfragment-­‐1:  a  molecular  motor.  Science  261:50–58.    

Reck-­‐Peterson  SL,  Yildiz  A,  Carter  AP  et  al  (2006)  Single-­‐molecule  analysis  of  dynein  processivity  and  stepping  behavior.  Cell  126:335–348.    

Rice  S,  Lin  AW,  Safer  D  et  al  (1999)  A  structural  change  in  the  kinesin  motor  protein  that  drives  motility.  Nature  402:778–784.    

Richards  TA  &  Cavalier-­‐Smith  T  (2005)  Myosin  domain  evolution  and  the  primary  divergence  of  eukaryotes.  Nature  436:1113–1118.    

Svoboda  K,  Schmidt  CF,  Schnapp  BJ  &  Block  SM  (1993)  Direct  observation  of  kinesin  stepping  by  optical  trapping  interferometry.  Nature  365:721–727.    

Vikstrom  KL  &  Leinwand  LA  (1996)  Contractile  protein  mutations  and  heart  disease.  Curr  Opin  Cell  Biol  8:97–105.    

Wells  AL,  Lin  AW,  Chen  LQ  et  al  (1999)  Myosin  VI  is  an  actin-­‐based  motor  that  moves  backwards.  Nature  401:505–508.    

Yildiz  A,  Forkey  JN,  McKinney  SA  et  al  (2003)  Myosin  V  walks  hand-­‐overhand:  single  fluorophore  imaging  with  1.5-­‐nm  localization.  Science  300:2061–2065.    

Yildiz  A  &  Selvin  PR  (2005)  Kinesin:  walking,  crawling  or  sliding  along?  Trends  Cell  Biol  15:112–120.    

 The  Cytoskeleton  and  Cell  Behavior    Abercrombie  M  (1980)  The  crawling  movement  of  metazoan  cells.  Proc  Roy  Soc  B  207:129–147.    

Cooke  R  (2004)  The  sliding  filament  model:  1972–2004.  J  Gen  Physiol  123:643–656.    

Cooper  JA  (2013)  Cell  biology  in  neuroscience:  mechanisms  of  cell  migration  in  the  nervous  system.  Cell  Biol  202(5):  725-­‐34.    

Dent  EW  &  Gertler  FB  (2003)  Cytoskeletal  dynamics  and  transport  in  growth  cone  motility  and  axon  guidance.  Neuron  40:209–227.    

Kikkawa  M  (2013)  Big  steps  toward  understanding  dynein.  J  Cell  Biol  202(1)  15-­‐23.    

Lauffenburger  DA  &  Horwitz  AF  (1996)  Cell  migration:  a  physically  integrated  molecular  process.  Cell  84:359–369.    

Lo  CM,  Wang  HB,  Dembo  M  &  Wang  YL  (2000)  Cell  movement  is  guided  by  the  rigidity  of  the  substrate.  Biophys  J  79:144–152.    

Madden  K  &  Snyder  M  (1998)  Cell  polarity  and  morphogenesis  in  budding  yeast.  Annu  Rev  Microbiol  52:687–744.    

Ridley  AJ,  Schwartz  MA,  Burridge  K  et  al  (2003)  Cell  migration:  integrating  signals  from  front  to  back.  Science  302:1704–1709.    

Rafelski  SM  &  Theriot  JA  (2004)  Crawling  toward  a  unified  model  of  cell  motility:  spatial  and  temporal  regulation  of  actin  dynamics.  Annu  Rev  Biochem  73:209–239.    

Parent  CA  &  Devreotes  PN  (1999)  A  cell’s  sense  of  direction.  Science  284:765–770.    

Pollard  TD  &  Borisy  GG  (2003)  Cellular  motility  driven  by  assembly  and  disassembly  of  actin  filaments.  Cell  112:453–465.    

Purcell  EM  (1977)  Life  at  low  Reynolds’  number.  Am  J  Phys  45:3–11.    

Shirao  T,  Gonzalez-­‐Billaut  C  (2013)  Actin  filaments  and  microtubules  in  dendritic  spines.  J  Neurochem  126(2):  155-­‐64.  

Wittmann  T,  Hyman  A  &  Desai  A  (2001)  The  spindle:  a  dynamic  assembly  of  microtubules  and  motors.  Nature  Cell  Biol  3:E28–E34.  

 

Chapter  18    Overview  of  the  Cell  Cycle    Forsburg  SL  &  Nurse  P  (1991)  Cell  cycle  regulation  in  the  yeasts  Saccharomyces  cerevisiae  and  Schizosaccharomyces  pombe.  Annu  Rev  Cell  Biol  7:227–256.    

Hartwell  LH,  Culotti  J,  Pringle  JR  et  al  (1974)  Genetic  control  of  the  cell  division  cycle  in  yeast.  Science  183:46–51.      

Kirschner  M,  Newport  J  &  Gerhart  J  (1985)  The  timing  of  early  developmental  events  in  Xenopus.  Trends  Genet  1:41–47.  

Nurse  P,  Thuriaux  P  &  Nasmyth  K  (1976)  Genetic  control  of  the  cell  division  cycle  in  the  fission  yeast  Schizosaccharomyces  pombe.  Mol  Gen  Genet  146:167–178.    

Page 24: Essential)Cell)Biology,FourthEdition REFERENCES · PDF fileLehninger!AL(1971) !TheMolecular!Basis ... 23:9318–9326.!! InternationalHumanGenomeSequencingConsortium! ... Essential)Cell)Biology,Fourth"Edition"

 Essential  Cell  Biology,  Fourth  Edition  

REFERENCES  

 The  Cell-­‐Cycle  Control  System    Evans  T,  Rosenthal  ET,  Youngblom  J  et  al  (1983)  Cyclin:    a  protein  specified  by  maternal  mRNA  in  sea  urchin  eggs  that  is  destroyed  at  each  cleavage  division.  Cell  33:389–396.    

Lohka  MJ,  Hayes  MK  &  Maller  JL  (1988)  Purification  of  maturation-­‐promoting  factor,  an  intracellular  regulator  of  early  mitotic  events.  Proc  Natl  Acad  Sci  USA  85:3009–3013.    

Masui  Y  and  Markert  CL  (1971)  Cytoplasmic  control  of  nuclear  behavior  during  meiotic  maturation  of  frog  oocytes.  J  Exp  Zool  177:129–146.    

Morgan  DO  (1997)  Cyclin-­‐dependent  kinases:  engines,  clocks,  and  microprocessors.  Annu  Rev  Cell  Dev  Biol  13:261–291.    

Murray  AW  &  Kirschner  MW  (1989)  Cyclin  synthesis  drives  the  early  embryonic  cell  cycle.  Nature  339:275–280.    

Pavletich  NP  (1999)  Mechanisms  of  cyclin-­‐dependent  kinase  regulation:  structures  of  Cdks,  their  cyclin  activators,  and  CIP  and  Ink4  inhibitors.  J  Mol  Biol  287:821–828.    

Peters  JM  (2006)  The  anaphase  promoting  complex/cyclosome:  a  machine  designed  to  destroy.  Nature  Rev  Mol  Cell  Biol  7:644–656.    

Petroski  MD  &  Deshaies  RJ  (2005)  Function  and  regulation  of  cullin-­‐RING  ubiquitin  ligases.  Nature  Rev  Mol  Cell  Biol  6:9–20.    

Wittenberg  C  &  Reed  SI  (2005)  Cell  cycle-­‐dependent  transcription  in  yeast:  promoters,  transcription  factors,  and  transcriptomes.  Oncogene  24:2746–2755.    

 S  Phase    Arias  EE  &  Walter  JC  (2007)  Strength  in  numbers:  preventing  rereplication  via  multiple  mechanisms  in  eukaryotic  cells.  Genes  Dev  21:497–518.    

Bell  SP  &  Dutta  A  (2002)  DNA  replication  in  eukaryotic  cells.  Annu  Rev  Biochem  71:333–374.    

Bell  SP  &  Stillman  B  (1992)  ATP-­‐dependent  recognition  of  eukaryotic  origins  of  DNA  replication  by  a  multiprotein  complex.  Nature  357:128–134.    

Diffley  JF  (2004)  Regulation  of  early  events  in  chromosome  replication.  Curr  Biol  14:R778–R786.    

Groth  A,  Rocha  W,  Verreault  A  et  al  (2007)  Chromatin  challenges  during  DNA  replication  and  repair.  Cell  128:721–733.    

Tanaka  S,  Umemori  T,  Hirai  K  et  al  (2007)  CDK-­‐dependent  phosphorylation  of  Sld2  and  Sld3  initiates  DNA  replication  in  budding  yeast.  Nature  445:328–332.    

Zegerman  P  &  Diffley  JF  (2007)  Phosphorylation  of  Sld2  and  Sld3  by  cyclin-­‐dependent  kinases  promotes  DNA  replication  in  budding  yeast.  Nature  445:281–285.    

 Mitosis    Cheeseman  IM,  Chappie  JS,  Wilson-­‐Kubalek  EM  et  al  (2006)  The  conserved  KMN  network  constitutes  the  core  microtubule-­‐binding  site  of  the  kinetochore.  Cell  127:983–997.    

Dong  Y,  Vanden  Beldt  KJ,  Meng  X  et  al  (2007)  The  outer  plate  in  vertebrate  kinetochores  is  a  flexible  network  with  multiple  microtubule  interactions.  Nature  Cell  Biol  9:516–522.    

Heald  R,  Tournebize  R,  Blank  T  et  al  (1996)  Self-­‐organization  of  microtubules  into  bipolar  spindles  around  artificial  chromosomes  in  Xenopus  egg  extracts.  Nature  382:420–425.    

Hirano  T  (2005)  Condensins:  organizing  and  segregating  the  genome.  Curr  Biol  15:R265–R275.    

Kapoor  TM,  Lampson  MA,  Hergert  P  et  al  (2006)  Chromosomes  can  congress  to  the  metaphase  plate  before  biorientation.  Science  311:388–391.    

Mitchison  T  &  Kirschner  M  (1984)  Dynamic  instability  of  microtubule  growth.  Nature  312:237–242.    

Mitchison  TJ  (1989)  Polewards  microtubule  flux  in  the  mitotic  spindle:  evidence  from  photoactivation  of  fluorescence.  J  Cell  Biol  109:637–652.    

Mitchison  TJ  &  Salmon  ED  (2001)  Mitosis:  a  history  of  division.  Nature  Cell  Biol  3:E17–E21.    

Musacchio  A  &  Salmon  ED  (2007)  The  spindle-­‐assembly  checkpoint  in  space  and  time.  Nature  Rev  Mol  Cell  Biol  8:379–393.    

Nasmyth  K  (2002)  Segregating  sister  genomes:  the  molecular  biology  of  chromosome  separation.  Science  297:559–565.    

Nigg  EA  (2007)  Centrosome  duplication:  of  rules  and  licenses.  Trends  Cell  Biol  17:215–221.    

Nurse  P  (1990)  Universal  control  mechanism  regulating  onset  of  M-­‐phase.  Nature  344:503–508.    

Page  SL  &  Hawley  RS  (2003)  Chromosome  choreography:  the  meiotic  ballet.  Science  301:785–789.    

Petronczki  M,  Siomos  MF  &  Nasmyth  K  (2003)  Un  ménage  à  quatre:  the  molecular  biology  of  chromosome  segregation  in  meiosis.  Cell  112:423–440.    

Salmon  ED  (2005)  Microtubules:  a  ring  for  the  depolymerization  motor.  Curr  Biol  15:R299–R302.  Tanaka  TU,  Stark  MJ  &  Tanaka  K  (2005)  Kinetochore  capture  and  biorientation  on  the  mitotic  spindle.  Nature  Rev  Mol  Cell  Biol  6:929–942.    

Uhlmann  F,  Lottspeich  F  &  Nasmyth  K  (1999)  Sister-­‐chromatid  separation  at  anaphase  onset  is  promoted  

Page 25: Essential)Cell)Biology,FourthEdition REFERENCES · PDF fileLehninger!AL(1971) !TheMolecular!Basis ... 23:9318–9326.!! InternationalHumanGenomeSequencingConsortium! ... Essential)Cell)Biology,Fourth"Edition"

 Essential  Cell  Biology,  Fourth  Edition  

REFERENCES  

by  cleavage  of  the  cohesin  subunit  Scc1.  Nature  400:37–42.    

Wadsworth  P  &  Khodjakov  A  (2004)  E  pluribus  unum:  towards  a  universal  mechanism  for  spindle  assembly.  Trends  Cell  Biol  14:413–419.    

 Cytokinesis    Albertson  R,  Riggs  B  &  Sullivan  W  (2005)  Membrane  traffic:  a  driving  force  in  cytokinesis.  Trends  Cell  Biol  15:92–101.    

Burgess  DR  &  Chang  F  (2005)  Site  selection  for  the  cleavage  furrow  at  cytokinesis.  Trends  Cell  Biol.  15:156–162.    

Dechant  R  &  Glotzer  M  (2003)  Centrosome  separation  and  central  spindle  assembly  act  in  redundant  pathways  that  regulate  microtubule  density  and  trigger  cleavage  furrow  formation.  Dev  Cell  4:333–344.    

Eggert  US,  Mitchison  TJ  &  Field  CM  (2006)  Animal  cytokinesis:  from  parts  list  to  mechanisms.  Annu  Rev  Biochem  75:543–566.    

Glotzer  M  (2005)  The  molecular  requirements  for  cytokinesis.  Science  307:1735–1739.    

Grill  SW,  Gonczy  P,  Stelzer  EH  et  al  (2001)  Polarity  controls  forces  governing  asymmetric  spindle  positioning  in  the  Caenorhabditis  elegans  embryo.  Nature  409:630–633.    

Jurgens  G  (2005)  Plant  cytokinesis:  fission  by  fusion.  Trends  Cell  Biol  15:277–283.    

Rappaport  R  (1986)  Establishment  of  the  mechanism  of  cytokinesis  in  animal  cells.  Int  Rev  Cytol  105:245–281.    

 Control  of  Cell  Division  and  Cell  Growth    Adhikary  S  &  Eilers  M  (2005)  Transcriptional  regulation  and  transformation  by  Myc  proteins.  Nature  Rev  Mol  Cell  Biol  6:635–645.    

Campisi  J  (2005)  Senescent  cells,  tumor  suppression,  and  organismal  aging:  good  citizens,  bad  neighbors.  Cell  120:513–522.    

Conlon  I  &  Raff  M  (1999)  Size  control  in  animal  development.  Cell  96:235–244.    

Frolov  MV,  Huen  DS,  Stevaux  O  et  al  (2001)  Functional  antagonism  between  E2F  family  members.  Genes  Dev  15:2146–2160.    

Harrison  JC  &  Haber  JE  (2006)  Surviving  the  breakup:  the  DNA  damage  checkpoint.  Annu  Rev  Genet  40:209–235.    

Jorgensen  P  &  Tyers  M  (2004)  How  cells  coordinate  growth  and  division.  Curr  Biol  14:R1014–R1027.    

Levine  AJ  (1997)  p53,  the  cellular  gatekeeper  for  growth  and  division.  Cell  88:323–331.    

Lee  SJ  (2007)  Quadrupling  muscle  mass  in  mice  by  targeting  TGF-­‐beta  signaling  pathways.  PLoS  One  2:e789.  

Raff  MC  (1992)  Social  controls  on  cell  survival  and  cell  death.  Nature  356:397–400.    

Sherr  CJ  &  DePinho  RA  (2000)  Cellular  senescence:  mitotic  clock  or  culture  shock?  Cell  102:407–410.    

Sherr  CJ  &  Roberts  JM  (1999)  CDK  inhibitors:  positive  and  negative  regulators  of  G1-­‐phase  progression.  Genes  Dev  13:1501–1512.    

Trimarchi  JM  &  Lees  JA  (2002)  Sibling  rivalry  in  the  E2F  family.  Nature  Rev  Mol  Cell  Biol  3:11–20.    

Vousden  KH  &  Lu  X  (2002)  Live  or  let  die:  the  cell’s  response  to  p53.  Nature  Rev  Cancer  2:594–604.    

Zetterberg  A  &  Larsson  O  (1985)  Kinetic  analysis  of  regulatory  events  in  G1  leading  to  proliferation  or  quiescence  of  Swiss  3T3  cells.  Proc  Natl  Acad  Sci  USA  82:5365–5369.    

 Apoptosis  Adams  JM,  Huang  DC,  Strasser  A  et  al  (2005)  Subversion  of  the  Bcl-­‐2  life/death  switch  in  cancer  development  and  therapy.  Cold  Spring  Harb  Symp  Quant  Biol  70:469–77.    

Boatright  KM  &  Salvesen  GS  (2003)  Mechanisms  of  caspase  activation.  Curr  Opin  Cell  Biol  15:725–731.    

Danial  NN  &  Korsmeyer  SJ  (2004)  Cell  death:  critical  control  points.  Cell  116:205–219.    

Ellis  RE,  Yuan  JY  &  Horvitz  RA  (1991)  Mechanisms  and  functions  of  cell  death.  Annu  Rev  Cell  Biol  7:663–698.    

Fadok  VA  &  Henson  PM  (2003)  Apoptosis:  giving  phosphatidylserine  recognition  an  assist—with  a  twist.  Curr  Biol  13:R655–R657.    

Galonek  HL  &  Hardwick  JM  (2006)  Upgrading  the  BCL-­‐2  network.  Nature  Cell  Biol  8:1317–1319.    

Green  DR  (2005)  Apoptotic  pathways:  ten  minutes  to  dead.  Cell  121:671–674.    

Horvitz  HR  (2003)  Worms,  life,  and  death  (Nobel  lecture).  Chembiochem  4:697–711.    

Hyun-­‐Eui  K,  Fenghe  D,  Fang  M  &  Wang  X  (2005)  Formation  of  apoptosome  is  initiated  by  cytochrome  c-­‐induced  dATP  hydrolysis  and  subsequent  nucleotide  exchange  on  Apaf-­‐1.  Proc  Natl  Acad  Sci  USA  102:17545–17550.    

Jacobson  MD,  Weil  M  &  Raff  MC  (1997)  Programmed  cell  death  in  animal  development.  Cell  88:347–354.    

Jiang  X  &  Wang  X  (2004)  Cytochrome  C-­‐mediated  apoptosis.  Annu  Rev  Biochem  73:87–106.    

Kerr  JF,  Wyllie  AH  &  Currie  AR  (1972)  Apoptosis:  a  basic  biological  phenomenon  with  wide-­‐ranging  implications  in  tissue  kinetics.  B  J  Cancer  26:239–257.    

Page 26: Essential)Cell)Biology,FourthEdition REFERENCES · PDF fileLehninger!AL(1971) !TheMolecular!Basis ... 23:9318–9326.!! InternationalHumanGenomeSequencingConsortium! ... Essential)Cell)Biology,Fourth"Edition"

 Essential  Cell  Biology,  Fourth  Edition  

REFERENCES  

Kumar  S  (2007)  Caspase  function  in  programmed  cell  death.  Cell  Death  Differ  14:32–43.    

Lavrik  I,  Golks  A  &  Krammer  PH  (2005)  Death  receptor  signaling.  J  Cell  Sci  118:265–267.    

Lowe  SW,  Cepero  E  &  Evan  G  (2004)  Intrinsic  tumour  suppression.  Nature  432:307–315.    

Lum  JJ,  Bauer  DE,  Kong  M  et  al  (2005)  Growth  factor  regulation  of  autophagy  and  cell  survival  in  the  absence  of  apoptosis.  Cell  120:237–48.    

McCall  K  &  Steller  H  (1997)  Facing  death  in  the  fly:  genetic  analysis  of  apoptosis  in  Drosophila.  Trends  Genet  13:222–226.    

Mills  Kd  (2013)  Tumor  suppression:  Putting  p53  in  context.  Cell  Cyce  12(22).  

Nagata  S  (1999)  Fas  ligand-­‐induced  apoptosis.  Annu  Rev  Genet  33:29–55.    

Nagata  S  (2005)  DNA  degradation  in  development  and  programmed  cell  death.  Annu  Rev  Immunol  23:853–875.    

Pop  C,  Timmer  J,  Sperandio  S  &  Salvesen  GS  (2006)  The  apoptosome  activates  caspase-­‐9  by  dimerization.  Mol  Cell  22:269–275.    

Raff  MC  (1999)  Cell  suicide  for  beginners.  Nature  396:119–122.    

Rathmell  JC  &  Thompson  CB  (2002)  Pathways  of  apoptosis  in  lymphocyte  development,  homeostasis,  and  disease.  Cell  109:S97–107.    

Tittel  JN  &  Steller  H  (2000)  A  comparison  of  programmed  cell  death  between  species.  Genome  Biol  1.    

Verhagen  AM,  Coulson  EJ  &  Vaux  DL  (2001)  Inhibitor  of  apoptosis  proteins  and  their  relatives:  IAPs  and  other  BIRPs.  Genome  Biol  2:3009.1–3009.10.    

Vousden  KH  (2005)  Apoptosis.  p53  and  PUMA:  a  deadly  duo.  Science  309:1685–1686.    

Willis  SN  &  Adams  JM  (2005)  Life  in  the  balance:  how  BH3-­‐only  proteins  induce  apoptosis.  Curr  Opin  Cell  Biol  17:617–625.    

 

Chapter  19    Overview  of  Sexual  Reproduction    Cavalier-­‐Smith  T  (2002)  Origins  of  the  machinery  of  recombination  and  sex.  Heredity  88:125–41.    

Charlesworth  B  (2006)  The  evolutionary  biology  of  sex.  Curr  Biol  16:R693–R695.    

Hoekstra  RF  (2005)  Evolutionary  biology:  why  sex  is  good.  Nature  434:571–573.    

Maynard  Smith  J  (1978)  Evolution  of  Sex.  Cambridge,  UK:  Cambridge  University  Press.  

     

Meiosis    Blat  Y,  Protacio  RU,  Hunter  N  and  Kleckner  N  (2002)  Physical  and  functional  interactions  among  basic  chromosome  organizational  features  govern  early  steps  of  meiotic  chiasma  formation.  Cell  111:791–802.    

Börner  GV,  Kleckner  N  and  Hunter  N  (2004)  Crossover/noncrossover  differentiation,  synaptonemal  complex  formation  and  regulatory  surveillance  at  the  leptotene/zygotene  transition  of  meiosis.  Cell  117:29–45.    

De  Massy  B  (2003)  Distribution  of  meiotic  recombination  sites.  Trends  Genet  19:514–522.    

Gerton  JL,  and  Hawley  RS  (2005)  Homologous  chromosome  interactions  in  meiosis:  diversity  amidst  conservation.  Nature  Rev  Genet  6:477–487.    

Hall  H,  Hunt  P  and  Hassold  T  (2006)  Meiosis  and  sex  chromosome  aneuploidy:  how  meiotic  errors  cause  aneuploidy;  how  aneuploidy  causes  meiotic  errors.  Curr  Opin  Genet  Dev  16:323–329.    

Hauf  S  and  Watanabe  Y  (2004)  Kinetochore  orientation  in  mitosis  and  meiosis.  Cell  119:317–327.    

Hunt  PA  and  Hassold  TJ  (2002)  Sex  matters  in  meiosis.  Science  296:2181–2183.    

Jordan  P  (2006)  Initiation  of  homologous  chromosome  pairing  during  meiosis.  Biochem  Soc  Trans  34:545–549.    

Nasmyth  K  (2001)  Disseminating  the  genome:  joining,  resolving,  and  separating  sister  chromatids  during  mitosis  and  meiosis.  Annu  Rev  Genet  35:673–745.    

Page  SL  and  Hawley  RS  (2004)  The  genetics  and  molecular  biology  of  the  synaptonemal  complex.  Annu  Rev  Cell  Dev  Biol  20:525–558.    

Petronczki  M,  Siomos  MF  and  Nasmyth  K  (2003)  Un  menage  a  quatre:  the  molecular  biology  of  chromosome  segregation  in  meiosis.  Cell  112:423–440.    

 Fertilization    De  Jonge  C  (2005)  Biological  basis  for  human  capacitation.  Hum  Reprod  Update  11:205–214.    

Hafez  ES,  Goff  L  and  Hafez  B  (2004)  Mammalian  fertilization,  IVF,  ICSI:physiological/molecular  parameters,  clinical  application.  Arch  Androl  50:69–88.    

Jaenisch  R  (2004)  Human  Cloning—The  Science  and  Ethics  of  Nuclear  Transplantation.  N  Eng  J  Med  351:2787–2791.    

Shur  BD,  Rodeheffer  C  and  Ensslin  MA  (2004)  Mammalian  fertilization.  Curr  Biol  14:R691–692.    

Stein  KK,  Primakoff  P  and  Myles  D  (2004)  Sperm-­‐egg  fusion:  events  at  the  plasma  membrane.  J  Cell  Sci  117:6269–6274.    

Page 27: Essential)Cell)Biology,FourthEdition REFERENCES · PDF fileLehninger!AL(1971) !TheMolecular!Basis ... 23:9318–9326.!! InternationalHumanGenomeSequencingConsortium! ... Essential)Cell)Biology,Fourth"Edition"

 Essential  Cell  Biology,  Fourth  Edition  

REFERENCES  

Takahashi  K  and  Yamanaka  S  (2006)  Induction  of  pluripotent  stem  cells  from  mouse  embryonic  and  adult  fibroblast  cultures  by  defined  factors.  Cell  126:663–676.    

Tsaadon  A,  Eliyahu  E,  Shtraizent  N  and  Shalgi  R  (2006)  When  a  sperm  meets  an  egg:  block  to  polyspermy.  Mol  Cell  Endocrinol  252:107–114.    

Wassarman  PM  (2005)  Contribution  of  mouse  egg  zona  pellucida  glycoproteins  to  gamete  recognition  during  fertilization.  J  Cell  Physiol  204:388–391.    

Whitaker  M  (2006)  Calcium  at  fertilization  and  in  early  development.  Physiol  Rev  86:25–88.    

 Inheritence  and  Genetics  Lehner  B  et  al.  (2006)  Systematic  mapping  of  genetic  interactions  in  Caenorhabditis  elegans  identifies  common  modifiers  of  diverse  signaling  pathways.  Nat  Genet  38:  896-­‐903.    

Mardis  ER  (2013)  Next-­‐generation  sequencing  platofrms.  Annu  Rev  Anal  Chem  (Palo  Alto  Calif)  6:287-­‐303.    

Pareek  CS,  Smoczynski  R,  Tretyn  A  (2011)  Sequencing  technologies  and  genome  sequencing.  J  Appl  Genet  52(4):  413-­‐35.  

 

Chapter  20    Epithelial  Sheets  and  Cell  Junctions  Furuse  M,  Hata  M,  Furuse  K  et  al  (2002)  Claudin-­‐based  tight  junctions  are  crucial  for  the  mammalian  epidermal  barrier:  a  lesson  from  claudin-­‐1-­‐deficient  mice.  J  Cell  Biol  156:1099–1111.    

Ikenouchi  J,  Furuse  M,  Furuse  K  et  al  (2005)  Tricellulin  constitutes  a  novel  barrier  at  tricellular  contacts  of  epithelial  cells.  J  Cell  Biol  171:939–945.    

Henrique  D  &  Schweisguth  F  (2003)  Cell  polarity:  the  ups  and  downs  of  the  Par6/aPKC  complex.  Curr  Opin  Genet  Dev  13:341–350.    

Nelson  WJ  (2003)  Adaptation  of  core  mechanisms  to  generate  cell  polarity.  Nature  422:766–774.    

O’Brien  LE,  Jou  TS,  Pollack  AL  et  al  (2001)  Rac1  orientates  epithelial  apical  polarity  through  effects  on  basolateral  laminin  assembly.  Nature  Cell  Biol  3:831–838.    

Seifert  JR  &  Mlodzik  M  (2007)  Frizzled/PCP  signalling:  a  conserved  mechanism  regulating  cell  polarity  and  directed  motility.  Nature  Rev  Genet  8:126–138.    

Shin  K,  Fogg  VC  &  Margolis  B  (2006)  Tight  junctions  and  cell  polarity.  Annu  Rev  Cell  Dev  Biol  22:207–236.    

Wheater  PR  et  al.  (1987)  Functional  Histology,  2nd  Edition.  London:  Churchill  Livingstone.  

Passageways  from  Cell  to  Cell:  Gap  Junctions  and  Plasmodesmata    

Cilia  ML  &  Jackson  D  (2004)  Plasmodesmata  form  and  function.  Curr  Opin  Cell  Biol  16:500–506.    

Gaietta  G,  Deerinck  TJ,  Adams  SR  et  al  (2002)  Multicolor  and  electron  microscopic  imaging  of  connexin  trafficking.  Science  296:503–507.    

Goodenough  DA  &  Paul  DL  (2003)  Beyond  the  gap:  functions  of  unpaired  connexon  channels.  Nature  Rev  Mol  Cell  Biol  4:285–294.    

Segretain  D  &  Falk  MM  (2004)  Regulation  of  connexin  biosynthesis,  assembly,  gap  junction  formation,  and  removal.  Biochim  Biophys  Acta  1662:3–21.    

Wei  CJ,  Xu  X  &  Lo  CW  (2004)  Connexins  and  cell  signaling  in  development  and  disease.  Annu  Rev  Cell  Dev  Biol  20:811–838.  

 The  Basal  Lamina    Miner  JH  &  Yurchenco  PD  (2004)  Laminin  functions  in  tissue  morphogenesis.  Annu  Rev  Cell  Dev  Biol  20:255–284.    

Sanes  JR.  (2003)  The  basement  membrane/basal  lamina  of  skeletal  muscle.  J  Biol  Chem  278:12601–12604.    

Sasaki  T,  Fassler  R  &  Hohenester  E  (2004)  Laminin:  the  crux  of  basement  membrane  assembly.  J  Cell  Biol  164:959–963.    

Yurchenco  PD,  Amenta  PS  &  Patton  BL  (2004)  Basement  membrane  assembly,  stability  and  activities  observed  through  a  developmental  lens.  Matrix  Biol  22:521–538.  

   The  Extracellular  Matrix    Aszodi  A,  Legate  KR,  Nakchbandi  I  &  Fassler  R  (2006)  What  mouse  mutants  teach  us  about  extracellular  matrix  function.  Annu  Rev  Cell  Dev  Biol  22:591–621.    

Bulow  HE  &  Hobert  O  (2006)  The  molecular  diversity  of  glycosaminoglycans  shapes  animal  development.  Annu  Rev  Cell  Dev  Biol  22:375–407.    

Couchman  JR  (2003)  Syndecans:  proteoglycan  regulators  of  cell-­‐surface  microdomains?  Nature  Rev  Mol  Cell  Biol  4:926–937.    

Hotary  KB,  Allen  ED,  Brooks  PC  et  al  (2003)  Membrane  type  I  matrix  metalloproteinase  usurps  tumor  growth  control  imposed  by  the  three-­‐dimensional  extracellular  matrix.  Cell  114:33–45.    

Kielty  CM,  Sherratt  MJ  &  Shuttleworth  CA  (2002)  Elastic  fibres.  J  Cell  Sci  115:2817–2828.    

Larsen  M,  Artym  VV,  Green  JA  &  Yamada  KM  (2006)  The  matrix  reorganized:  extracellular  matrix  remodeling  and  integrin  signaling.  Curr  Opin  Cell  Biol  18:463–471.    

Page 28: Essential)Cell)Biology,FourthEdition REFERENCES · PDF fileLehninger!AL(1971) !TheMolecular!Basis ... 23:9318–9326.!! InternationalHumanGenomeSequencingConsortium! ... Essential)Cell)Biology,Fourth"Edition"

 Essential  Cell  Biology,  Fourth  Edition  

REFERENCES  

Lin  X  (2004)  Functions  of  heparan  sulfate  proteoglycans  in  cell  signaling  during  development.  Development  131:6009–6021.    

Mott  JD  &  Werb  Z  (2004)  Regulation  of  matrix  biology  by  matrix  metalloproteases.  Curr  Opin  Cell  Biol  16:558–564.    

Prockop  DJ  &  Kivirikko  KI  (1995)  Collagens:  molecular  biology,  diseases,  and  potentials  for  therapy.  Annu  Rev  Biochem  64:403–434.    

Toole  BP  (2001)  Hyaluronan  in  morphogenesis.  Semin  Cell  Dev  Biol  12:79–87.    

 The  Plant  Cell  Wall    Carpita  NC  &  McCann  M  (2000)  The  Cell  Wall.  In  Biochemistry  and  Molecular  Biology  of  Plants  (Buchanan  BB,Gruissem  W  &  Jones  RL  eds),  pp  52–108.  Rockville,  MD:  ASPB.    

Carpita  NC,  Campbell  M  &  Tierney  M  (eds)  (2001)  Plant  cell  walls.  Plant  Mol  Biol  47:1–340.  (special  issue)    

Dhugga  KS  (2001)  Building  the  wall:  genes  and  enzyme  complexes  for  polysaccharide  synthases.  Curr  Opin  Plant  Biol  4:488–493.    

McCann  MC  &  Roberts  K  (1991)  Architecture  of  the  primary  cell  wall.  In  The  Cytoskeletal  Basis  of  Plant  Growth  and  Form  (Lloyd  CW  ed),  pp  109–129.  London:  Academic  Press.    

Smith  LG  &  Oppenheimer  DG  (2005)  Spatial  control  of  cell  expansion  by  the  plant  cytoskeleton.  Annu  Rev  Cell  Dev  Biol  21:271–295.    

Somerville  C  (2006)  Cellulose  synthesis  in  higher  plants.  Annu  Rev  Cell  Dev  Biol  22:53–78.  

 Epidermis  and  Its  Renewal  by  Stem  Cells    Fuchs  E  (2007)  Scratching  the  surface  of  skin  development.  Nature  445:834–842.    

Imagawa  W,  Yang  J,  Guzman  R  &  Nandi  S  (1994)  Control  of  mammary  gland  development.  In  The  Physiology  of  Reproduction  (Knobil  E  &  Neill  JD  eds),  2nd  ed,  pp  1033–1063.  New  York:  Raven  Press.    

Ito  M,  Yang  Z,  Andl  T  et  al  (2007)  Wnt-­‐dependent  de  novo  hair  follicle  regeneration  in  adult  mouse  skin  after  wounding.  Nature  447:316–320.    

Jacinto  A,  Martinez-­‐Arias  A  &  Martin  P  (2001)  Mechanisms  of  epithelial  fusion  and  repair.  Nature  Cell  Biol  3:E117–123.    

Jensen  UB,  Lowell  S  &  Watt  FM  (1999)  The  spatial  relationship  between  stem  cells  and  their  progeny  in  the  basal  layer  of  human  epidermis:  a  new  view  based  on  whole-­‐mount  labelling  and  lineage  analysis.  Development  126:2409–2418.    

Prince  JM,  Klinowska  TC,  Marshman  E  et  al  (2002)  Cell-­‐matrix  interactions  during  development  and  

apoptosis  of  the  mouse  mammary  gland  in  vivo.  Dev  Dyn  223:497–516.    

Shackleton  M,  Vaillant  F,  Simpson  KJ  et  al  (2006)  Generation  of  a  functional  mammary  gland  from  a  single  stem  cell.  Nature  439:84–88.    

Shinin  V,  Gayraud-­‐Morel  B,  Gomes  D  &  Tajbakhsh  S  (2006)  Asymmetric  division  and  cosegregation  of  template  DNA  strands  in  adult  muscle  satellite  cells.  Nature  Cell  Biol  8:677–687.    

Stanger  BZ,  Tanaka  AJ  &  Melton  DA  (2007)  Organ  size  is  limited  by  the  number  of  embryonic  progenitor  cells  in  the  pancreas  but  not  the  liver.  Nature  445:886–891.    

Steinert  PM  (2000)  The  complexity  and  redundancy  of  epithelial  barrier  function.  J  Cell  Biol  151:F5–F8.    

Watt  FM,  Lo  Celso  C  &  Silva-­‐Vargas  V  (2006)  Epidermal  stem  cells:  an  update.  Curr  Opin  Genet  Dev  16:518–524.    

 Tissue  Maintenance  and  Renewal  Allsopp  RC,  Morin  GB,  DePinho  R,  Harley  CB  &  Weissman  IL  (2003)  Telomerase  is  required  to  slow  telomere  shortening  and  extend  replicative  lifespan  of  HSCs  during  serial  transplantation.  Blood  102:517–520.    

Calvi  LM,  Adams  GB,  Weibrecht  KW  et  al  (2003)  Osteoblastic  cells  regulate  the  haematopoietic  stem  cell  niche.  Nature  425:841–846.    

Hock  H,  Hamblen  MJ,  Rooke  HM  et  al  (2004)  Gfi-­‐1  restricts  proliferation  and  preserves  functional  integrity  of  haematopoietic  stem  cells.  Nature  431:1002–1007.    

Metcalf  D  (1980)  Clonal  analysis  of  proliferation  and  differentiation  of  paired  daughter  cells:  action  of  granulocyte-­‐macrophage  colony-­‐stimulating  factor  on  granulocyte-­‐macrophage  precursors.  Proc  Natl  Acad  Sci  USA  77:5327–5330.    

Metcalf  D  (1999)  Stem  cells,  pre-­‐progenitor  cells  and  lineage-­‐committed  cells:  are  our  dogmas  correct?  Annu  NY  Acad  Sci  872:289–303.    

Orkin  SH  (2000)  Diversification  of  haematopoietic  stem  cells  to  specific  lineages.  Nature  Rev  Genet  1:57–64.    

Reya  T,  Duncan  AW,  Ailles  L  et  al  (2003)  A  role  for  Wnt  signalling  in  self-­‐renewal  of  haematopoietic  stem  cells.  Nature  423:409–414.    

Shizuru  JA,  Negrin  RS  &  Weissman  IL  (2005)  Hematopoietic  stem  and  progenitor  cells:  clinical  and  preclinical  regeneration  of  the  hematolymphoid  system.  Annu  Rev  Med  56:509–538.    

Wintrobe  MM  (1980)  Blood,  Pure  and  Eloquent.  New  York:  McGraw-­‐Hill.    

   

Page 29: Essential)Cell)Biology,FourthEdition REFERENCES · PDF fileLehninger!AL(1971) !TheMolecular!Basis ... 23:9318–9326.!! InternationalHumanGenomeSequencingConsortium! ... Essential)Cell)Biology,Fourth"Edition"

 Essential  Cell  Biology,  Fourth  Edition  

REFERENCES  

Stem-­‐cell  Engineering    Brockes  JP  &  Kumar  A  (2005)  Appendage  regeneration  in  adult  vertebrates  and  implications  for  regenerative  medicine.  Science  310:1919–1923.    

Brustle  O,  Jones  KN,  Learish  RD  et  al  (1999)  Embryonic  stem  cell-­‐derived  glial  precursors:  a  source  of  myelinating  transplants.  Science  285:754–756.    

Conti  L,  Pollard  SM,  Gorba  T  et  al  (2005)  Niche-­‐independent  symmetrical  self-­‐renewal  of  a  mammalian  tissue  stem  cell.  PLoS  Biol  3:e283.    

Eggan  K,  Baldwin  K,  Tackett  M  et  al  (2004)  Mice  cloned  from  olfactory  sensory  neurons.  Nature  428:44–49.    

Eiraku  M  &  Sasi  Y  (2012)  Self-­‐formation  of  layerd  neural  structures  in  three-­‐dimensional  culture  of  ES  cells.  Curr  Opin  Neurobiol  22:768-­‐777.    

Eiraku  M  et  al.  (2011)  Self-­‐forming  optic  cup  morphogenesis  in  three-­‐dimensional  culture.  Nature  472:51-­‐56.    

Lee  TI,  Jenner  RG,  Boyer  LA  et  al  (2006)  Control  of  developmental  regulators  by  Polycomb  in  human  embryonic  stem  cells.  Cell  125:301–313.    

Lenger  CJ  (2010)  iPS  cell  technology  in  regenerative  medicine  Ann  N  Y  Acad  Sci  1192:  38-­‐44.  

Ming  GL  &  Song  H  (2005)  Adult  neurogenesis  in  the  mammalian  central  nervous  system.  Annu  Rev  Neurosci  28:223–250.    

Okano  H  et  al  (2013)  Steps  toward  safe  cell  therapy  using  induced  pluripotent  stem  cells.  Circ  Res  112)3):  523-­‐33.  

Okita  K,  Ichisaka  T  &  Yamanaka  S  (2007)  Generation  of  germlinecompetent  induced  pluripotent  stem  cells.  Nature  in  press.    

Raff  M  (2003)  Adult  stem  cell  plasticity:  fact  or  artifact?  Annu  Rev  Cell  Dev  Biol  19:1–22.    

Schulz  JT,  3rd,Tompkins  RG  &  Burke  JF  (2000)  Artificial  skin.  Annu  Rev  Med  51:231–244.    

Suhonen  JO,  Peterson  DA,  Ray  J  &  Gage  FH  (1996)  Differentiation  of  adult  hippocampus-­‐derived  progenitors  into  olfactory  neurons  in  vivo.  Nature  383:624–627.    

Tachibana  M  et  al  (2013)  Human  embryonic  stem  cells  derived  by  somatic  cell  nuclear  transfer.  Cell  153(6):  1228-­‐38  

Wagers  AJ  &  Weissman  IL  (2004)  Plasticity  of  adult  stem  cells.  Cell  116:639–648.    

Yu  J  et  al.  (2007)  Induced  pluripotent  stem  cell  lines  derived  from  human  somatic  cells.  Science  318(5858):  1917-­‐20  

 Cancer  as  a  Microevolutionary  Process    Al-­‐Hajj  M,  Becker  MW,  Wicha  M  et  al  (2004)  Therapeutic  implications  of  cancer  stem  cells.  Curr  Opin  Genet  Dev  14:43–47.    

Bielas  JH,  Loeb  KR,  Rubin  BP  et  al  (2006)  Human  cancers  express  a  mutator  phenotype.  Proc  Natl  Acad  Sci  USA  103:18238–18242.    

Cairns  J  (1975)  Mutation,  selection  and  the  natural  history  of  cancer.  Nature  255:197–200.    

Campesi  J  (2005)  Senescent  cells,  tumor  supression,  and  organismal  aging:  good  citizens,  bad  neighbors.  Cell  120:513–522.    

Evan  GI  &  Vousden  KH  (2001)  Proliferation,  cell  cycle  and  apoptosis  in  cancer.  Nature  411:342–348.    

Fialkow  PJ  (1976)  Clonal  origin  of  human  tumors.  Biochim  Biophys  Acta  458:283–321.    

Fidler  IJ  (2003)  The  pathogenesis  of  cancer  metastasis:  the  ‘seed  and  soil’  hypothesis  revisited.  Nature  Rev  Cancer  3:453–458.    

Jones  PA  &  Baylin  SB  (2002)  The  fundamental  role  of  epigenetic  events  in  cancer.  Nature  Rev  Genet  3:415–428.    

Loeb  LA,  Loeb  KR  &  Anderson  JP  (2003)  Multiple  mutations  and  cancer.  Proc  Natl  Acad  Sci  USA  100:776–781.    

Lowe  SW,  Cepero  E  &  Evan  G  (2004)  Intrinsic  tumour  suppression.  Nature  432:307–315.    

Nowell  PC  (1976)  The  clonal  evolution  of  tumor  cell  populations.  Science  194:23–28.    

Pardal  R,  Clarke  MF  &  Morrison  SJ  (2003)  Applying  the  principles  of  stem-­‐cell  biology  to  cancer.  Nature  Rev  Cancer  3:895–902.    

Sjoblom  T,  Jones  S,  Wood  LD  et  al  (2006)  The  consensus  coding  sequences  of  human  breast  and  colorectal  cancers.  Science  314:268–274.    

Thiery  JP  (2002)  Epithelial-­‐mesenchymal  transitions  in  tumour  progression.  Nature  Rev  Cancer  2:442–454.    

Tlsty  TD  &  Coussens  LM  (2006)  Tumor  Stroma  and  Regulation  of  Cancer  Development.  Annu  Rev  Pathol  Mech  Dis  1:119–150.    

Ward  RJ  &  Dirks  PB  (2007)  Cancer  stem  cells:  at  the  headwaters  of  tumor  development.  Annu  Rev  Pathol  Mech  Dis  2:175–189.    

 The  Preventable  Causes  of  Cancer    Ames  B,  Durston  WE,  Yamasaki  E  &  Lee  FD  (1973)  Carcinogens  are  mutagens:  a  simple  test  system  combining  liver  homogenates  for  activation  and  bacteria  for  detection.  Proc  Natl  Acad  Sci  USA  70:2281–2285.    

Berenblum  I  (1954)  A  speculative  review:  the  probable  nature  of  promoting  action  and  its  significance  in  the  understanding  of  the  mechanism  of  carcinogenesis.  Cancer  Res  14:471–477.    

Cairns  J  (1985)  The  treatment  of  diseases  and  the  war  against  cancer.  Sci  Am  253:51–59.    

Page 30: Essential)Cell)Biology,FourthEdition REFERENCES · PDF fileLehninger!AL(1971) !TheMolecular!Basis ... 23:9318–9326.!! InternationalHumanGenomeSequencingConsortium! ... Essential)Cell)Biology,Fourth"Edition"

 Essential  Cell  Biology,  Fourth  Edition  

REFERENCES  

Doll  R  (1977)  Strategy  for  detection  of  cancer  hazards  to  man.  Nature  265:589–597.    

Doll  R  &  Peto  R  (1981)  The  causes  of  cancer:  quantitative  estimates  of  avoidable  risks  of  cancer  in  the  United  States  today.  J  Natl  Cancer  Inst  66:1191–1308.    

Hsu  IC,  Metcalf  RA,  Sun  T  et  al  (1991)  Mutational  hotspot  in  the  p53  gene  in  human  hepatocellular  carcinomas.  Nature  350:427–428.    

Newton  R,  Beral  V  &  Weiss  RA  (eds)  (1999)  Infections  and  Human  Cancer.  Cold  Spring  Harbor  Laboratory  Press:  Cold  Spring  Harbor.    

Peto  J  (2001)  Cancer  epidemiology  in  the  last  century  and  the  next  decade.  Nature  411:390–395.    

 Finding  the  Cancer-­‐Critical  Genes    Davies  H,  Bignell  GR,  Cox  C  et  al  (2002)  Mutations  of  the  BRAF  gene  in  human  cancer.  Nature  417:949–954.    

Easton  DF,  Pooley  KA,  Dunning  AM  et  al  (2007)  Genome-­‐wide  association  study  identifies  novel  breast  cancer  susceptibility  loci.  Nature  447:1087–1095.    

Feinberg  AP  (2007)  Phenotypic  plasticity  and  the  epigenetics  of  human  disease.  Nature  447:433–440.    

Herman  JG  &  Baylin  SB  (2003)  Gene  silencing  in  cancer  in  association  with  promoter  hypermethylation.  N  Engl  J  Med  349:2042–2054.    

Lowe  SW,  Cepero  E  &  Evan  G  (2004)  Intrinsic  tumour  suppression.  Nature  432:307–315.    

Mitelman  F,  Johansson  B  &  Mertens  F  (2007)  The  impact  of  translocations  and  gene  fusions  on  cancer  causation.  Nature  Rev  Cancer  7:233-­‐245.    

Pinkel  D  &  Albertson  DG  (2005).  Comparative  genomic  hybridization.  Annu  Rev  Genomics  Hum  Genet  6:331–354.    

Rowley  JD  (2001)  Chromosome  translocations:  dangerous  liasisons  revisited.  Nature  Rev  Cancer  1:245–250.    

The  Wellcome  Trust  Case  Control  Consortium  (2007)  Genome-­‐wide  association  study  of  14,000  cases  of  seven  common  diseases  and  3,000  shared  controls.  Nature  447:661–683.  

Vicente-­‐Duenas  C  et  al.  (2013)  Function  of  oncogenes  in  cancer  development:  a  changing  paradigm  EMBO  J  32(11):  1502-­‐13.    

Westbrook  TF,  Stegmeier  F  &  Elledge  SJ  (2005)  Dissecting  cancer  pathways  and  vulnerabilities  with  RNAi.  Cold  Spring  Harb  Symp  Quant  Biol  70:435–444.    

       

The  Molecular  Basis  of  Cancer  Cell  Behavior    Artandi  SE  &  DePinho  RA  (2000)  Mice  without  telomerase:  what  can  they  teach  us  about  human  cancer?  Nature  Med  6:852–855.    

Brown  JM  &  Attardi  LD  (2005)  The  role  of  apoptosis  in  cancer  development  and  treatment  response.  Nature  Rev  Cancer  5:231–237.    

Chambers  AF,  Naumov  GN,  Vantyghem  S  &  Tuck  AB  (2000)  Molecular  biology  of  breast  cancer  metastasis:  clinical  implications  of  experimental  studies  on  metastatic  inefficiency.  Breast  Cancer  Res  2:400–407.    

Edwards  PAW  (1999)  The  impact  of  developmental  biology  on  cancer  research:  an  overview.  Cancer  Metastasis  Rev  18:175–180.    

Futreal  PA,  Coin  L,  Marshall  M  et  al  (2004)  A  census  of  human  cancer  genes.  Nature  Rev  Cancer  4:177–183.    

Hanahan  D  &  Weinberg  RA  (2000)  The  hallmarks  of  cancer.  Cell  100:57–70.    

Hoffman  RM  (2005)  The  multiple  uses  of  fluorescent  proteins  to  visualize  cancer  in  vivo.  Nature  Rev  Cancer  5:796–806.    

Kinzler  KW  &  Vogelstein  B  (1996)  Lessons  from  hereditary  colorectal  cancer.  Cell  87:159–170.    

Levine  AJ,  Hu  W  &  Feng  Z  (2006)  The  P53  pathway:  what  questions  remain  to  be  explored?  Cell  Death  Differ  13:1027–1036.    

Macleod  KF  &  Jacks  T  (1999)  Insights  into  cancer  from  transgenic  mouse  models.  J  Pathol  187:43–60.    

Mani  SA,  Yang  J,  Brooks  M  et  al  (2007)  Mesenchyme  Forkhead  1  (FOXC2)  plays  a  key  role  in  metastasis  and  is  associated  with  aggressive  basal-­‐like  breast  cancers.  Proc  Natl  Acad  Sci  USA  104:10069–10074.    

Mueller  MM  &  Fusenig  NE  (2004)  Friends  or  foes—bipolar  effects  of  the  tumour  stroma  in  cancer.  Nature  Rev  Cancer  4:839–849.    

Plas  DR  &  Thompson  CB  (2005)  Akt-­‐dependent  transformation:  there  is  more  to  growth  than  just  surviving.  Oncogene  24:7435–7442.    

Ridley  A  (2000)  Molecular  switches  in  metastasis.  Nature  406:466–467.    

Shaw  RJ  &  Cantley  LC  (2006)  Ras,  PI(3)K  and  mTOR  signalling  controls  tumour  cell  growth.  Nature  441:424–430.    

Sherr  CJ  (2006)  Divorcing  ARF  and  p53:  an  unsettled  case.  Nature  Rev  Cancer  6:663–673.    

Vogelstein  B  &  Kinzler  KW  (2004)  Cancer  genes  and  the  pathways  they  control.  Nature  Med  10:789–799.    

Weinberg  RA  (1995)  The  retinoblastoma  protein  and  cell-­‐cycle  control.  Cell  81:323–330.    

     

Page 31: Essential)Cell)Biology,FourthEdition REFERENCES · PDF fileLehninger!AL(1971) !TheMolecular!Basis ... 23:9318–9326.!! InternationalHumanGenomeSequencingConsortium! ... Essential)Cell)Biology,Fourth"Edition"

 Essential  Cell  Biology,  Fourth  Edition  

REFERENCES  

 Cancer  Treatment:  Present  and  Future    Alizadeh  AA,  Eisen  MB,  Davis  RE  et  al  (2000).  Distinct  types  of  diffuse  large  B-­‐cell  lymphoma  identified  by  gene  expression  profiling.  Nature  403:503–511.    

Baselga  J  &  Albanell  J  (2001)  Mechanism  of  action  of  anti-­‐HER2  monoclonal  antibodies.  Annu  Oncol  12:S35–S41.  

Druker  BJ  &  Lydon  NB  (2000)  Lessons  learned  from  the  development  of  an  abl  tyrosine  kinase  inhibitor  for  chronic  myelogenous  leukemia.  J  Clin  Invest  105:3–7.    

Folkman  J  (1996)  Fighting  cancer  by  attacking  its  blood  supply.  Sci  Am  275:150–154.    

Golub  TR,  Slonim  DK,  Tamayo  P  et  al  (1999)  Molecular  classification  of  cancer:  class  discovery  and  class  prediction  by  gene  expression  monitoring.  Science  286:531–537.    

Huang  P  &  Oliff  A  (2001)  Signaling  pathways  in  apoptosis  as  potential  targets  for  cancer  therapy.  Trends  Cell  Biol  11:343–348.    

Garraway  LA  &  Sellers  WR  (2006)  Lineage  dependency  and  lineage-­‐survival  oncogenes  in  human  cancer.  Nature  Rev  Cancer  6:593–602.    

Jonkers  J  &  Berns  A  (2004)  Oncogene  addiction:  sometimes  a  temporary  slavery.  Cancer  Cell  6:535–538.    

Jain  RK  (2005)  Normalization  of  tumor  vasculature:  an  emerging  concept  in  antiangiogenic  therapy.  Science  307:58–62.    

Kim  R,  Emi  M  &  Tanabe  K  (2007)  Cancer  immunoediting  from  immune  surveillance  to  immune  escape.  Immunology  121:1–14.    

Madhusudan  S  &  Middleton  MR  (2005)  The  emerging  role  of  DNA  repair  proteins  as  predictive,  prognostic  and  therapeutic  targets  in  cancer.  Cancer  Treat  Rev  31:603–617.    

Roninson  IB,  Abelson  HT,  Housman  DE  et  al  (1984)  Amplification  of  specific  DNA  sequences  correlates  with  multi-­‐drug  resistance  in  Chinese  hamster  cells.  Nature  309:626–628.    

Sarkadi  B,  Homolya  L,  Szakács  G  &  Váradi  A  (2006)  Human  multidrug  resistance  ABCB  and  ABCG  transporters:  participation  in  a  chemoimmunity  defense  system.  Physiol  Rev  86:1179–236.    

Sawyers  C  (2004)  Targeted  cancer  therapy.  Nature  432:294–297.    

van  ‘t  Veer  LJ,  Dai  H,  van  de  Vijver  MJ  et  al  (2002)  Gene  expression  profiling  predicts  clinical  outcome  of  breast  cancer.  Nature  415:530–536.    

Varmus  H,  Pao  W,  Politi  K  et  al  (2005)  Oncogenes  come  of  age.  Cold  Spring  Harb  Symp  Quant  Biol  70:1–9.    

Ventura  A,  Kirsch  DG,  McLaughlin  ME  et  al  (2007)  Restoration  of  p53  function  leads  to  tumour  regression  in  vivo.  Nature  445:661–665.