Edneide Luciana Santiago Matos

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  • UNIVERSIDADE FEDERAL DO RECNCAVO DA BAHIA CENTRO DE CINCIAS AGRRIAS, AMBIENTAIS E BIOLGICAS

    EMBRAPA MANDIOCA E FRUTICULTURA TROPICAL PROGRAMA DE PS-GRADUAO EM RECURSOS GENTICOS VEGETAIS

    CURSO DE MESTRADO

    CARACTERIZAO MOLECULAR DE ACESSOS DE MAMOEIRO COM O

    USO DE MARCADORES MICROSSATLITES

    EDNEIDE LUCIANA SANTIAGO MATOS

    CRUZ DAS ALMAS - BAHIA MAIO - 2010

  • CARACTERIZAO MOLECULAR DE ACESSOS DE MAMOEIRO COM O

    USO DE MARCADORES MICROSSATLITES

    EDNEIDE LUCIANA SANTIAGO MATOS

    Engenheira Agrnoma Universidade Federal do Recncavo da Bahia, 2007

    Dissertao submetida ao Colegiado de Curso do

    Programa de Ps-Graduao em Recursos Genticos

    Vegetais da Universidade Federal do Recncavo da

    Bahia e Embrapa Mandioca e Fruticultura Tropical,

    como requisito parcial para obteno do Grau de

    Mestre em Recursos Genticos Vegetais

    Orientador: Prof. Dr. JORGE LUIZ LOYOLA DANTAS

    Co-Orientador: Prof. Dr. EDER JORGE DE OLIVEIRA

    UNIVERSIDADE FEDERAL DO RECNCAVO DA BAHIA

    EMBRAPA MANDIOCA E FRUTICULTURA TROPICAL

    MESTRADO EM RECURSOS GENTICOS VEGETAIS

    CRUZ DAS ALMAS - BAHIA - 2010

  • M425 Matos, Edneide Luciana Santiago Caracterizao molecular de acessos de mamoeiro com uso de marcadores

    microssatlites / Edneide Luciana Santiago Matos._.Cruz das Almas, BA, 2010.

    f. 69 ; il. Orientador: Jorge Luiz Loyola Dantas Co-orientador: Eder Jorge de Oliveira

    Dissertao (Mestrado) Universidade Federal do Recncavo da Bahia, Centro de Cincias Agrrias, Ambientais e Biolgicas, rea de Concentrao:

    Melhoramento e Biotecnologia Vegetal. 1. Mamo - cultura. 2 I. Universidade Federal do Recncavo da Bahia, Centro de Cincias

    Agrrias e Tecnolgicas. II. Ttulo. CDD 634.651

  • DEDICATRIA

    A Deus,

    minha famlia,

    Principalmente minha me, Maria Ramira Santiago Matos, por ser minha

    fortaleza, sempre buscando me apoiar em todas as decises, contribuindo, na sua

    totalidade, para a concretizao desse sonho, e minha querida filha Mara

    Matos Cerqueira, que nas horas de angstias e de desespero me incentivava a

    continuar com seu sorriso lindo me dizendo: mame chora no, bora brincar?

    Dedico

    Ao meu pai Wanderby Matos

    Aos meus Irmos Wanderby Matos Junior,

    Marcel Santiago Matos e Diego Santiago Matos.

    Ofereo

  • AGRADECIMENTOS

    A Deus, por estar sempre auxiliando e guiando meus passos.

    Universidade Federal do Recncavo da Bahia - UFRB (antiga Escola de

    Agronomia da UFBA), pela oportunidade de ter realizado o Curso de Mestrado.

    Fundao de Amparo Pesquisa do Estado da Bahia (Fapesb), pela concesso

    da bolsa e apoio financeiro ao Projeto de Pesquisa.

    Embrapa Mandioca e Fruticultura Tropical, pelo apoio e infraestrutura

    concedida.

    Ao Prof. Dr. Jorge Luiz Loyola Dantas, pela doutrina, ateno e convvio amigvel

    prestado durante a orientao.

    Ao Prof. Dr. Eder Jorge de Oliveira, pela co-orientao, e colaborao nas

    anlises estatsticas.

    Aos laboratoristas e estagirios do Laboratrio de Virologia e Biologia Molecular

    (LVBM) da Embrapa Mandioca e Fruticultura Tropical, em especial ao Sr.

    Epaminondas do Patrocnio, pela boa vontade e pela capacidade de no medirem

    esforos para estarem sempre prontos a colaborar.

    Bibliotecria Isaelse Santos Silva, pela ajuda na reviso bibliogrfica.

    A todos os colegas de curso, Crispiniano, Ivonilda, Laurenice, Lvia e Rosa Karla,

    pelo convvio amigvel durante esta caminhada e pelos momentos de

    descontrao.

    Aos meus amigos Paulo Laesso Ribeiro Lima, Alexandra Pereira dos Santos,

    Marcos Andr Oliveira, Derivaldo Nicomedes e Andra Patrcio, por estarem

    sempre me apoiando e torcendo pelo meu sucesso.

    A todos que contriburam direta ou indiretamente para o desenvolvimento desta

    dissertao.

  • Muitas das coisas mais importantes do mundo foram conseguidas por pessoas que continuaram tentando quando parecia no haver

    mais nenhuma esperana de sucesso"

    Dale Carnegie

  • SUMRIO

    Pgina

    RESUMO

    ABSTRACT

    INTRODUO............................................................................................ 1

    Captulo 1

    USO DE MARCADORES MICROSSATLITES PARA CARACTERIZAO MOLECULAR DE GERMOPLASMA DE MAMOEIRO...........................................................................................

    19

    Captulo 2

    ESTRUTURAO DA VARIABILIDADE GENTICA DE ACESSOS DE MAMOEIRO DO BANCO ATIVO DE GERMOPLASMA DE MAMO (BAG-MAMO) DA EMBRAPA MANDIOCA E FRUTICULTURA TROPICAL.............................................................................................

    40

    CONSIDERAES FINAIS .................................................................. 57

  • CARACTERIZAO MOLECULAR DE ACESSOS DE MAMOEIRO COM

    O USO DE MARCADORES MICROSSATLITES

    Autora: Edneide Luciana Santiago Matos Orientador: Dr. Jorge Luiz Loyola Dantas Co-Orientador: Dr. Eder Jorge de Oliveira RESUMO: O mamoeiro uma fruteira encontrada em quase todos os pases da

    America Tropical, sendo o Brasil classificado como principal produtor mundial da

    fruta, participando com 25% do mercado mundial. O objetivo do trabalho foi

    avaliar 96 acessos de mamoeiros provenientes do Banco Ativo de Germoplasma

    de Mamo (BAG-Mamo), da Embrapa Mandioca e Fruticultura Tropical

    (CNPMF), por meio da caracterizao molecular com o uso de marcadores

    microssatlites. Para a extrao do DNA genmico foi aplicado o mtodo de

    Doyle & Doyle com algumas modificaes. Foram selecionados 15 iniciadores

    polimrficos. Para a tcnica de microssatlites, os fragmentos de DNA gerados

    com cada iniciador foram avaliados em gis de agarose 1000 a 3%, corados com

    brometo de etdio ou em gis desnaturantes de poliacrilamida 6%, corados com

    nitrato de prata. O peso molecular dos locos polimrficos foi determinado por

    comparao com um padro de peso molecular de 50 pb (New England Biolabs).

    Os acessos foram avaliados quanto s frequncias allicas, heterozigosidade, o

    contedo informativo de polimorfismo (PIC), o coeficiente de endogamia e quanto

    estruturao da diversidade gentica. Os 15 pares de iniciadores amplificaram

    68 alelos. A mdia do nmero de alelos por loco (NA) foi 4,5. O PIC apresentou

    valores variando de 0,189 a 0,691 sendo o maior valor encontrado para o iniciador

    CP16. Para todos os locos de microssatlites selecionados a heterozigosidade

    observada (HO) foi menor que a esperada (HE). O alto ndice mdio de endogamia

    estimado (0,672) e o excesso de homozigotos detectados indicam a existncia de

    endogamia entre os acessos analisados. A anlise da estruturao gentica a

    partir do dendograma gerado pela matriz de distncia gentica permitiu a

    formao de 23 grupos, evidenciando a divergncia gentica dos gentipos e

    potencialidades para aumentar a variabilidade gentica por meio do

    desenvolvimento de novas variedades.

    Palavras-chave: Carica papaya L., polimorfismo, recursos genticos

  • MOLECULAR CHARACTERIZATION OF PAPAYA ACCESSIONS USING

    MICROSATELLITES MARKERS

    Author: Edneide Luciana Santiago Matos Adviser: Dr. Jorge Luiz Loyola Dantas Co-Adviser: Dr. Eder Jorge de Oliveira

    ABSTRACT: The papaya tree is found in almost every country of tropical America

    and Brazil is ranked as the world's leading producer, contributing with 25% of the

    market. The objective of this study was to evaluate 96 papaya accessions from the

    Papaya Active Germplasm Bank (Papaya-AGB) of Embrapa Cassava and Tropical

    Fruits (CNPMF) by molecular characterization using microsatellites markers. For

    genomic DNA extraction the Doyle & Doyle method with some modifications was

    used. Fifteen polymorphic primer pairs were selected. DNA fragments generated

    with each microsatellite primer pair were separated in 1000-3% agarose gels

    stained with ethidium bromide and in 6% polyacrylamide denaturating gels stained

    with silver nitrate. The size of the polymorphic loci was determined by comparison

    with the 50-bp mass ruler. The accessions were evaluated for allele frequencies,

    heterozygosity, polymorphism information content (PIC), inbreeding index and

    structure of genetic diversity. The 15 primer pairs amplified 68 alleles. The mean

    number of alleles per locus (NA) was 4.5. The PIC values ranged from 0.189 to

    0.691 with the highest value found for primer CP16. The observed heterozygosity

    (Ho) was lower than the expected heterozygosity (HE), for all selected

    microsatellites loci. The high estimate of inbreeding index (0.672) and excess of

    homozygotes detected, indicate the presence of inbreeding among the accessions

    analyzed. The genetic structure inferred from the dendrogram generated with the

    genetic distance matrix showed 23 groups, what confirms the genetic divergence

    of the genotypes and the potential to increase genetic variability by developing

    new varieties.

    Keywords: Carica papaya L., polymorphism, genetic resources.

  • INTRODUO

    Aspectos botnicos e origem

    O mamoeiro (Carica papaya L.) uma planta herbcea, nativa da Amrica

    tropical pertencente classe