EDIS Workshop Datenintegration - Ulm 01.08.-02.08.2001 A. Kroupa / N. Hirneisen Gültige Namen und...
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EDIS Workshop Datenintegration - Ulm 01.08.-02.08.2001A. Kroupa / N. Hirneisen
„Gültige Namen“
und ihre Eignung als Fixpunkte
in taxonomischen Datenbankprojekten
EDIS Workshop Datenintegration - Ulm 01.08.-02.08.2001A. Kroupa / N. Hirneisen
eruta
crypta -> triticitritici -> nigrofusca
„Superspecies“ Euxoa tritici
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Namenswirrwarr
crypta
nigrofusca
tritici
eruta
biscajana
Detail
EDIS Workshop Datenintegration - Ulm 01.08.-02.08.2001A. Kroupa / N. Hirneisen
Namen sind nicht eindeutig
Namen sind nicht konstant
taxonomische Auffassungen ändern sich über die Zeit und unterscheiden sich bei verschiedenen Autoren
Wiederverwendung von Namen für unterschiedliche Konzepte
>> Zuordung namensbasierter Daten (Ökologie, Verbreitung ...) schwierig. Beispiel Checklisten
Probleme
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Kommunikation unter Taxonomen
siehe http://www.gbif.org
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Das Drei-Ebenen-Modell
siehe http://www.gbif.org
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R1. PT1 und PT2 sind kongruentPT1 PT2 x PT1 x PT2
R2. PT1 ist enthalten in PT2 PT1 PT2 x PT1 x PT2, y PT2 | y PT1
R3. PT1 enthält PT2PT1 PT2 x PT2 x PT1, y PT1 | y PT2
R4. PT1 und PT2 überlappen sichPT1 PT2 x PT1 | x PT2, y PT2 | yPT1,z PT1 | z PT2
R5. PT1 und PT2 sind disjunkt PT1 ! PT2 x PT1 x PT2
siehe Moretax auf http://www.bgbm.org/BioDivInf/Projects/MoreTax/standard_liste_de.htm
Grundlegende logische Beziehungen zwischen den beidentaxonomischen Konzepten PT1 und PT2
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Namen alleine reichen nicht aus, um ein Taxon eindeutig zu identifizieren
Namen, Taxa und Evidenzen (Instances) stellen die drei Schichten einer umfassenden Taxonbetrachtung dar
die Verbindung zwischen den Schichten erfolgt durch die Zu-weisung von Namen zu Evidenzen – damit wird ein taxonomisches Konzept umschrieben. Dies geschieht in einer Publikation
Die Wertung der Beziehung verschiedener taxonomischer Konzepte zueinander ist eine taxonomische Sicht
Verteilte Datenbanken werden möglich, da stabile Referenz durch Name + Publikation gegeben
Fazit
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EDIS homepage: http://www.insects-online.de
EDIS Web-Prototyp: http://www.s2you.com/edis/
EDIS Supportpage: http://www.vim.de/edis/
Moretax-Projekt: http://www.bgbm.org/BioDivInf/Projects/MoreTax/
Nomencurator: http://www.gbif.org/ytowlecture/
Internetadressen
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Beispiel für ein gültiges XML-Dokument:
<?xml version=“1.0“ encoding=“ISO-8859-1“?><!DOCTYPE adressen SYSTEM "adressen.dtd"><adressen>
<datensatz><nachname>Mayer</nachname><vorname>Susanne</vorname><ort>Bayreuth</ort>
</datensatz><datensatz>
<nachname>Schulze</nachname><vorname>Hugo</vorname><ort>Ulm</ort>
</datensatz></adressen>
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Beispiel für ein gültiges XML-Dokument:
<?xml version=“1.0“ encoding=“ISO-8859-1“?><!DOCTYPE adressen SYSTEM "adressen.dtd"><adressen>
<datensatz><nachname>Mayer</nachname><vorname>Susanne</vorname><ort>Bayreuth</ort>
</datensatz><datensatz>
<nachname>Schulze</nachname><vorname>Hugo</vorname><ort>Ulm</ort>
</datensatz></adressen>
XML-Deklaration
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sie sind die Grammatik eines XML-Dokumentes
legen fest welche Elemente im XML-Dokument vorkommen dürfen/müssen, in welcher Reihenfolge bestimmte Elemente auftreten müssen und welche Attribute die Elemente besitzen dürfen/müssen
diese Regeln kann ein Programm zur Prüfung eines XML-Dokumentes verwenden und dem Autor Fehler anzeigen
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Beispiel für eine DTD:
<?xml version="1.0" encoding="ISO-8859-1"?><!ELEMENT adresse (datensatz)+><!ELEMENT datensatz (nachname, vorname?, ort?)><!ELEMENT nachname (#PCDATA)><!ELEMENT vorname (#PCDATA)><!ELEMENT ort (#PCDATA)>
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Beispiel für ein Schema:
<?xml version="1.0" encoding="ISO-8859-1"?><xs:schema xmlns:xs="http://www.w3.org/2001/XMLSchema">
<xs:element name="adresse"><xs:complexType>
<xs:sequence maxOccurs="unbounded"><xs:element ref="datensatz"/>
</xs:sequence></xs:complexType>
</xs:element><xs:element name="datensatz">
<xs:complexType><xs:sequence>
<xs:element ref="nachname"/><xs:element ref="vorname" minOccurs="0"/><xs:element ref="ort" minOccurs="0"/>
</xs:sequence></xs:complexType>
</xs:element><xs:element name="nachname" type="xs:string"/><xs:element name="ort" type="xs:string"/><xs:element name="vorname" type="xs:string"/>
</xs:schema>
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Produkt Epc Edit 1.01Professional
Webwriter 1.6 X-Metal 2.1 XML Editor1.1.1a
XML Pro 2.0 XML Spy 4.0 XML Writer 1.21
Unterstützte Standards
XML/SGML/HTML +/+/+ +/0/+ +/+/+ +/0/0 +/0/0 +/0/+ +/0/+
DTD/XML-Schema +/0 +/0 +/0 +/0 +/0 +/+ +/+
XSL/CSS 0/0 0/+ 0/+ 0/+ 0/0 +/+ +/+
Xlink/Xpath 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 +/+ 0/0
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Tabelle + + 0 0 0 + 0
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DTD/Schema-Entwicklung
Unterstützte DTDs/Schemata DTD DTD DTD DTD DTD DTD, DCD,XDR,XSD
DTD, XSD
Erzeugen von XML-Dokument 0 + + + 0 + 0
Editieren 0 + + + + + +
Validieren + + + + + + +
Konvertieren 0 0 0 0 0 + 0
Visueller Schema-Editior 0 0 0 0 0 + +
XSL
Editing 0 0 0 0 0 + +
Transformation 0 0 0 + 0 + +
Zuweisen 0 0 0 0 0 + +
Vorschau 0 0 0 0 0 0 +
Preis 450 Euro 110 DM 1160 DM 320 DM 320 DM 430 DM 86 DM
EDIS Workshop Datenintegration - Ulm 01.08.-02.08.2001A. Kroupa / N. Hirneisen
EDIS Workshop Datenintegration - Ulm 01.08.-02.08.2001A. Kroupa / N. Hirneisen