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Domini e classificazione strutturale delle proteine

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Domini e

classificazione strutturale delle proteine

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Struttura primaria(sequenza)

Struttura secondaria(α‐elica, foglietto β)

Struttura terziaria(mono o multidominio)

Domini

Struttura quaternaria(complessi)

Struttura Supersecondaria(αα, ββ, βαβ, ecc.)

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up‐and‐down barrel

greek key

jelly‐roll

Esempi di folding:

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J. Söding & A. Lupas, BioEssays 25:837‐846; 2003

“More than the sum of their parts: 

on the evolution of proteins from peptides“

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Dalla struttura supersecondaria

agli elementi caratterizzanti le proteine ripetute

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ESEMPI DI REPEAT CHE PRODUCONO IL FOLD FINALE DELLA PROTEINA

Le proteine contenenti tali repeat sono il prodotto di foldminimi che sono dei repeat di unità semplici. Possono essere degenerati nella sequenza primaria.

1) il primo e l’ultimo dei repeat risultano conservati e garantiscono stabilità all’intero fold della proteina.

2) i repeat intermedi possono essere deleti senza comportare il misfolding della proteina

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Il pattern consenso di alcuni repeat

Consensus sequences of sequence repeats present in solenoid proteins (+ positively charged amino acid; o, hydrophobic amino acid). Positions of a helices (red cylinders), 3-10 helices (blue cylinders) and beta strands (magenta arrows) are shown above the underlined portions of the sequences (3-10 helices are helices with a specific hydrogen-bonding pattern that differs from a helices). Consensus sequences have been taken from the literature and might have therefore been derived using different criteria for different protein motifs: protein farnesyltransferase (FTase) alpha subunit; tetratricopeptide repeat (TPR); HEAT repeat; armadillo repeat; ankyrin repeat; leucine-rich repeat variant (LRV); leucine-rich repeat/RI-like (LRR/RI), LRR/typical and LRR/internalin-like; insulin-like growth factor-1 receptor L domain (IGF-1R L); serralysin, GGxGxD repeat; hexapeptide repeat (HPR).

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Proteine ripetute

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Funzioni di repeats(Marcotte et al., 1998)

• Le funzioni con più (a) e meno (b) repeats interni annotate nel database SWISS‐PROT.

• La maggioranza delle funzioni in (a) sono tipiche degli eucarioti.