Diversité génétique du VIH-1 et ses...
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(1)RésistanceduVIH-1auxAn6rétroviraux
(2)Dynamiquespa6o-temporelledessouchesduVIH-1
Axes et intérêts de recherches
HIVepidemicandresponsees6mates,globalandbyregion,2010and2015
Sources:GARPR2016;UNAIDS2016es6mates.
People living with HIV (all ages) New HIV infections (all ages)
Global
Asia and Pacific
Eastern and southern Africa
Eastern Europe and Central Asia
Latin America and the Caribbean
Middle East and North Africa
Western and central Africa
Western and central Europe and North America
NumberofpeoplelivingwithHIVonan6retroviraltherapy,global,
2010–2015
Sources:GlobalAIDSResponseProgressRepor6ng(GARPR)2016;UNAIDS2016es6mates.
2015 target within the 2011 United Nations Political Declaration on HIV and AIDS
An6retroviraltherapycoverageamongpeoplelivingwithHIV,byregion,2010–2015
Sources:GARPR2016;UNAIDS2016es6mates.
Middle East and
North Africa
Eastern Europe and
central Asia
Western and central
Africa
Asia and Pacific
Eastern and
southern Africa
Latin America and the
Caribbean
Western and central Europe and
North America
An6retroviraltherapycoverageandnumberofAIDS-relateddeaths,global,2000–2015
Sources:GARPR2016;UNAIDS2016es6mates.
Distribu6onofnewHIVinfec6onsamongpopula6ongroups,byregion,2014
Source:UNAIDSspecialanalysis,2016.
Methodological note: Estimated numbers of new HIV infections by key population were compiled from country Spectrum files submitted in 2015 to UNAIDS (2014 data), available modes-of-transmission studies and additional sources of data drawn from GARPR reports. Where data were lacking, regional medians were calculated from available data and applied to countries’ populations.
Défis de recherches Multiples…..
un seul objectif
8!!!! Eradication de la pandémie !!!!
² Stratégies de prévention ciblées et plus adaptées
² Traitement et suivi des personnes atteintes
² Développement de nouveaux médicaments et de vaccins
² Pérennisations des acquis
² Famille = Retroviridae
² Sous-famille = Orthoretrovirinae
– 7 genres
² Genre Lentivirus
ü Virus à ARN avec transcriptase inverse
ü Maladies à longue période de latence
² Sous-genre lentivirus des primates
– Primates non humains = VIS ou SIV
– Homme = VIH ou HIV (VIH-1 et VIH-2)
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VIH: Définition et classification
VIH: Diversité génétique
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² Types (VIH-1 & 2)
² VIH-1 : Groupes (M,N, O et P)
² Sous-types (A–D, F-H, J-K)
² Sous Sous-Types (A1, A2 etc.)
² CRFs (plus de 70 décrits)
² URFs ++++
M (major) : >95% des souches
Méthodes d’études de la diversité génétique
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① Détermina,ondetypesviraux
Techniquesdesérotypage
ü Détec,ondeVIH-1etVIH-2
ü Détec,onVIH-1groupeN,O
② Détermina,ondesous-types
Techniquesmoléculaires+++ü MHAmul,hybridiza,onassay
ü Séquençage
Approches et Méthodes d’analyses phylogénétiques
nombreuses
Causes de la diversité génétique
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① Facteursintrinsèquesauvirus
ü Tauxdemuta,onsélevées
ü Recombinaisongéné,que
② Lapressiondesélec,on
ü Facteurscellulairesetimmunitaires
ü TraitementARV
③ Origines multiples des lignées virales
ü VIH-1 : 4 Groupes (M, N, O et P) apparenté aux SIVcpz et SIVgor
ü VIH-2 : 9 Groupes (A à I) proches des SIVsmm
Phénomène de coinfection et/ou super-infection
VIH sous-type X
VIH sous-type Y
Cellule hôte
Segments d’ADN des virus X et Y intégrés dans le génome cellulaire
Noyau
Assemblage des brins d’ARNs X et Y dans un même virion
Mosaïque d’ADN XY transcrit en ARN et protéines aboutissant à la forme recombinante
Les ARNs X et Y sont rétro-transcrit en une mosaïque d’ADN comme la TI fait de saut d’un brin à l’autre
Intégration de la mosaïque d’ADN dans le génome cellulaire
Recombinaison génétique
- au moins 2 virus génétiquement différents - survient au moins à la suite de 2 cycles de réplication
Peeters et al Expert Rev. Anti infect. Ther. 11(9), (2013)
§ Superposition géographique
Origine simienne des VIH
D’arc M. et al CROI 2013 (VIH-1 group P), CROI 2014 (VIH-1 group O)
Origine simienne des VIH § Superposition géographique
– Origines multiples • VIH-1 è 4 Groupes ó 4 franchissements de la barrière d’espèce
• VIH-2 è 9 sous-types (A-I) ó 9 franchissements
– Facteurs génétique liés aux Virus
– Facteurs antiviraux cellulaires de l’hôte • SAMHD1, APOBEC3, Tétherine
– Pressions de sélection positive • Sélection naturelle de virus résistant au système immunitaire
§ Adaptation
Origine simienne des VIH
Périodes probables du franchissement (SIVèVIH)
! Beaucoupd’hypothèses• Originegéographiquedelapandémie
• Datededissémina6ondesviruschezlesHumains
! PourquoietcommentleVIH-1groupeMaconnuuneexpansionmondiale?• Dissémina6onprécoce??• Pourquoilaprédominancedecertainssous-types
Ex:CetB?
! Deuxhypothèseslargementacceptées:• Urbanisa6on• Facteursgéné6quesduvirus(adapta6ondugène
Vpu)
Périodes probables du franchissement (SIVèVIH)
! Fondementsdeshypothèsesetétatactueldesconnaissances• Méthodessta6s6ques• Analysephylogéographiques
! AnalysesérologiqueSérothèqueAfriquedel’OuestetduCentreVIH-1/Men1959(ZhuTetal1998)VIH-1/Oen1963
! AnalysemoléculaireHorlogemoléculaireEsRmaRondébutdedivergencechezlapopulaRonhumaine
- 1930pourVIH-1
- 1940pourVIH-2
! TransmissionsontlieubienavantcesdatesLocalisaRonl’épicentre:Kinshasa(Fariaetal2014,Science)
Périodes probables du franchissement (SIVèVIH)
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Adapté de Hemelaar et al 2011 ; Aids (I) et Santos et al 2010 ; Viruses (II)
VIH: Epidémiologie moléculaire
- Variation des Prévalences régionales
- Distribution hétérogène des souches
- Prédominance du sous-type C
Diversité génétique et Implications
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Impacts directs sur plusieurs aspects de la prise en charge
Diagnostic
Résistance
Charge Virale
Diversité génétique
du VIH
Réponse au Traitement
ARV
Développement de vaccin
Echappement à la réponse
immunitaire
Progression de la maladie
Pathogénicité
et transmission
Rewiew:HemelarJ.2013,Journalofinfec<on
Outils de classification et Approches • Approche phylogénétique
• Alignement préalable contre un
jeu de séquences de références • Pour le HIV-1, seulement les
séquences pol
Outils de classification et Approches
• Approche phylogénétique
• Réalignement préalable sur le jeu
de séquences de références
• Toute séquence du
génome du VIH
Outils de classification et Approches • Approche nécessitant pas un alignement préalable • Toute séquence du
génome du VIH
Outils de classification et Approches
• Approche nécessitant pas un alignement préalable • Toute séquence du
génome du VIH