PERFIS DE SAÚDE: DA INFORMAÇÃO E COMUNICAÇÃO EM SAÚDE… AO PLANEAMENTO EM SAÚDE.
Disciplina: Tópicos Especiais em Tecnologia em Saúde III: Sistemas de Terminologia e...
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Disciplina: Tópicos Especiais em Tecnologia em Saúde III:
Sistemas de Terminologia e Classificação em Saúde
Stefan SchulzUniversidade de Freiburg (Alemanha)
Organização da disciplina Calendário:17.11. 18:30-21:30 Introdução, Aula expositiva18.11. 18:30-21:30 Aula expositiva24.11. 18:30-21:30 Aula expositiva / Laboratório 25.11. 18:30-21:30 Apresentação 01 / 02 / 03 01.12. 18:30-21:30 Apresentação 04 / 05 / 06 02.12. 18:30-21:30 Apresentação 07 / 08 / 0905.12 18:30-21:30 Aula expositiva (UMLS), Laboratório09.12. 18:30-21:30 Laboratório 10.12. 18:30-21:30 Apresentação 1011.12. 18:30-21:30 Avaliação
Suporte na elaboração dos trabalhos a combinar
Organização da disciplina Trabalhos:01. ICNP, NANDA, Denise, Roosewelt
25.11.02. MeSH, Camila, Guilherme
25.11.03. GeneOntology, Ricardo 25.22.04. CID, ICD-9 CM, Mônica, Graziele
01.12.05. Digital Anatomist Fernando, Elizângela
01.12.06. SIA-SUS, SIH-SUS, Elziane, Jeferson 01.12.07. LOINC, Gisele Josimara
02.12.08. AMB CBHPM, Eduardo, Viviane 02.12.09. SNOMED CT, Read Codes, Polo, Heitor
02.12.10. GALEN Nicolau
08.12.11. UMLS
Conteúdo da disciplina (I) Justificativa
Relevância da representação de conhecimento: documentação medica, comunicação cientifica, administração, recuperação de informação,
Bases teóricas da representação de conhecimento: Semiótica / Lingüística, Filosofia,
Matemática / Lógica, Ciência de computação, Biblioteconomia, Psicologia
Conteúdo da disciplina (II) Introdução de terminologia específica:
classe, código, conceito, disjunção, termo, objeto, herança, hiponimo, hiperonimo, indivíduo, instância, taxonomia, meronimo, precision, pre-coordenação, recall, significado,...
Visão geral e tipologia de sistemas de terminologia biomédica
Terminologias
Terminologias Tesauros Vocabulários
Classificações Nomenclaturas Ontologias
Conteúdo da disciplina (III) Casuística: Analise de sistemas concretos:
CID, MeSH, ICNP, NANDA, SNOMED CT, Read Codes, LOINC, AMB CBHPM, SIA-SUS, SIH-SUS, ICD-9 CM, GeneOntology, Digital Anatomist, GALEN (baseado em trabalhos de alunos)
Unified Medical Language System (UMLS) (aulas práticas usando o UMLS knowledge
source server e as fontes em formato de texto)
Dados / Informações / Conhecimentoem Saúde e Ciências Biomédicas
Códigos / VocabulárioControlado
Linguagem Natural
?
Termos controlados/ Códigos
Exato Compacto Consistente Processável Rígido Não intuitivo Granularidade Fixa Caro (manutenção)
• Detalhada• Individual• Espontânea• Natural• Ambígua• Imprecisa• Redundante• Imprevisível
Linguagem Natural
Exemplo (1) Estatísticas epidemiológicas:
número de óbitos por malária no estado do Pará em 2000
número de óbitos por causas externas em Curitiba em 2000
http://www.datasus.gov.br/
Exemplo (2) Pesquisa bibliográfica:
Recuperar artigos na MEDLINE sobre alérgicas a antibióticos
Recuperar também trabalhos sobre e.g. Asma e roxitromicina Exantema associado com clindamicina Henoch-Schonlein purpura associado com
claritromicina
Exemplo (3) Pesquisa em bancos de dados de
medicamentos: Quais medicamentos podem causar
exantema e aumento de transaminases Quais antibióticos indicados em gestantes
com abscesso periamigdaliano
Exemplo (4) PEP: sistema de alerta contra efeitos
colaterais: Paciente tem úlcera de duodeno – médico
prescreve Voltaren® Paciente tem gastrite antral – médico
prescreve AAS(regra: antiinflamatórios não esteróides + lesões do trato digestivo superior = >
ALERTA
Exemplo (5) Extração de Informação de protocolo
de estudo clínico: Selecionar todos os pacientes que tem
alterações do transito intestinal ...
Exemplo (6) Fixar preços de procedimentos
terapêuticos: Agrupar procedimentos similares em
termos de custo, tempo, recursos ...
Semiótica Teoria dos signos / símbolos Um símbolo representa um objeto /
uma classe de objetos reais Lingüística = Semiótica dos signos da
linguagem natural (palavras, frases...) Cuidado: Não confundir signos com os
objetos designados, e.g. heart is_a organ heart is_a noun
Triangulo de Odgen & Richards
símbolo, signoobjeto ,instanciareferenteindivíduo
„cadeira", "chair"
pensamento, referencia, interpretante, conceito
Triangulo de Odgen & Richards Símbolo, signo: representação de um
conceito por meio de uma linguagem Objeto, referente, instância, indivíduo:
Segmento de um mundo real ou fictício pensamento, referencia, interpretante, conceito
Unidade de pensamento: Abstração de um conjunto de objetos baseada em propriedades que esses objetos têm em comum
Dois classes de símbolosDados / Informações / Conhecimento
em Saúde e Ciências Biomédicas
Códigos / VocabulárioControlado
Linguagem Natural
?
Triangulo de Odgen & Richards
infarto demiocárdiodo paciente#123456
conceito de infarto de miocárdio
“infarto do miocárdio” (Português)“myocardial infarction” (Inglês)“I21” (CID-10)
Exercício Usando o triângulo semiótico, descreva
ambigüidade sinonímia engano nomes próprios conceitos + amplos, conceitos + estreitos
Relacione o triângulo semiótico com conceitos da teoria de conjuntos (conjunto, subconjuntos, elemento, cardinalidade)
Conceitos fundamentais de Lingüística
Signos Linguísticosfonemas
morfemas
palavras
frases
textos
sentenças
em, ão
cardio, hepat,
hepatite
hepatite tipo B
Granularidade
O vírus da hepatite tipo B étransmitido sobretudo por meio do sangue.
Os vírus da hepatite tipo B (HBV) e C (HCV) são transmitidos sobretudo por meio do sangue. Usuários de drogas injetáveis e pacientes submetidos a material cirúrgico contaminado e não-descartável estão entre as maiores vítimas
Token / Type / Lexema
quantas palavras ?
“When flies fly behind flies, a fly is flying ahead”
Palavras são... ocorrências (tokens)
formas (types)
lexemas (unidades lexicais)
“When flies fly behind flies, a fly is flying ahead”
“When flies fly behind flies, a fly is flying ahead”
“When flies fly behind flies, a fly is flying ahead”
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
1 2 3 4 2 5 3 6 7 8
1 2 3 4 2 5 2 6 3 7
Gramática Regras de formação de unidades
lingüísticas Sintaxe:
Formação de frases / sentenças Morfologia
Formação de palavras
Sintaxe, Semântica sintaxe: relações internas que
mantêm os signos entre si“o cachorro está latindo”“o cachorro estão latindo”
semântica: relação dos signos com o seu significado:“o cachorro está latindo”“o café está latindo”
Sintaxe, Semântica: outros signos Exemplo 1: códigos CID-10:
sintaxe: letra + 2-3 algarismos, ponto depois do 2º algarism:Válido: D01, S10.3, inválido: 10D, $R2
Semântica: D01 = Carcinoma in situ de outros órgãos digestivos
Exemplo 2: linguagens de programação: sintaxe: válido: sqrt(a), inválido sqrt(a,b) semântica: inválido: a= -1; b = sqrt(a)
Lexicografia Termo: signo lingüístico (não só palavra) Léxico, dicionário: lista de termos com
atributos lingüísticos e significação Critérios de inclusão / exclusão:
Domínio (e.g. medicina, computação) forma básica (“neoplasia”, não “neoplasias”) atomicidade (“Escherichia coli”, não “neoplasia
maligna do esôfago”) Glossário: definições de termos usando linguagem
natural Relacoes semanticas
Relações Léxico-Semânticas Sinônimos : sentidos semelhantes:
falecer = morrer Antônimos: significação oposta:
distal proximal Homônimos: escritas ou pronunciadas de modo
idêntico, significação diferente: Homófonos: cassar caçar Homógráfos : almoço (S) almoço(V) Homônimos perfeitos = homófonos + homógrafos
(são, verão)
símbolo, signoobjeto ,instanciareferenteindivíduo
„cadeira", "chair"
pensamento, referencia, interpretante, conceito
Relações Léxico-Semânticas
Relações Semânticas (próprias) Hiperônimos : conceito mais geral:
Coração Órgão Hipónimos: conceito mais específico:
Órgão Coração Holónimos: Merónimos } inclusão:
mão dedo dedo mão
símbolo, signoobjeto ,instanciareferenteindivíduo
„cadeira", "chair"
pensamento, referencia, interpretante, conceito
Relações Semânticas (próprias)
Conceitos fundamentais de Filosofia e Lógica
Semântica de Categorias Aristóteles: genus proximum et differentia
specifica Significação não é atômico: Pode ser
reduzido a unidades semânticasfeminina adulta humana
Homem - + +Mulher + + +Menina + - +Fêmea + 0 -
Semântica e Lógica Formal Descrição de relações semânticas entre
entidades (objetos, classes) usando linguagem formal:Lógica de Primeira Ordem = Cálculo de Predicados
Predicados unários classificam objetos: médico(Eduardo) = True médico(Roosewelt) = FalseM = { x | médico(x)} é o conjunto de todos os médicos
Predicados binários representam relações:examina(Eduardo, João)
Semântica e Lógica Formal Introdução de variáveis e quantificadores
permite asserções sobre classes de objetos:x: cirurgião(x) médico(x) x,y: opera(x,y) trata(x,y)
Relação taxonômica Principal relação de ordem em sistemas
de classificação e terminologias Relaciona conceitos (classes) gerais com
conceitos (classes) mais específicos Corresponde a
Implicação entre predicados: x: A(x) B(x)
Inclusão entre conjuntos EA EB Relação is-a entre conceitos A is-a B
Cuidados Não confundir is-a com outras relações:
hexose biosynthesis is-a monosaccharide biosynthesis
hexose biosynthesis is a hexose metabolism Não confundir is-a com instance-of:medico(Eduardo)Eduardo instance-of medicoEduardo Emedico
Teoria de conjuntos nem sempre aplicável: Marciano is-a Extraterrestre Preservativos previnem DST
Outras relações semânticas Propriedades algébricas:
reflexiva: x: R(x,x) transitiva: x,y,z: R(x,y), R(y,z) R(x,z) simétrica: x,y: R(x,y) R(y,x) assimétrica: x,y: R(x,y) not(R(y,x))
Exemplos: reflexiva transitiva simétrica
pai - - -casado - - +
subconjunto + + -descendente - + -
assimétrica+--+
Exercícios
prevents - - (?) -causes - + (?) -precedes - + -treats - - -adjacent to - - +
++++-
UMLS SN reflexiva transitiva simétricapart-of - + -has-location + (?) + -instance-of - - -is a + + -
assimétrica++++
Caracterize as propriedades de típicas relações biomédicas
Sistemas de Terminologia Biomédica sinónimo: TERMINOLOGIAS termo geral para
sistemas de codificação / classificação vocabulários (bio)médicos / clínicos nomenclaturas thesauri ontologias
Características Conceitos/classes: entidades de
pensamento (abstrações de objetos) Termos: descrições dos conceitos em
linguagem natural Códigos: strings de caracteres não
ambíguos para designar um conceito
símbolo, signoobjeto ,instanciareferenteindivíduo
„cadeira", "chair"
pensamento, referencia, interpretante, conceito
Conceitos/classes
Termos,Códigos
Objetos
Conceitos, Termos, Códigos
Exemplos de CódigosCódigos aleatórios
Códigos seqüenciais
Códigos significativos
246.809.753-00
6711272-3
80020-100
D50.1
FR-CX 203
AIS 6671
C10.228.228.180.500
00132V-691214-004
C003221
Códigos nao significativos
Códigos significativos vs. códigos não significativos Vantagens de códigos significativos
Vantagens de códigos não significativos
Definição intensional: Gênero e características específicasExemplo: Granulócitos sao leucócitos com granulos
Definição extensional: conjunto de todos os conceitos mais específicos de um conceito mais amplo. Exemplo: Granulócitos: Neutrófilos, Eosinófilos, or Basófilos
Definição de ConceitosExtensão / Intensão
Discussão Extensão / Intensão Vantagens de definições extensionais
Vantagens de definições intensionais
Pré-Coordenação vs.Pós-Coordenação Termos complexos constituem uma classe
Exemplo: “Neoplasia maligna da glândula tireóide”
Termos complexos são construídos pela combinação de várias classes Exemplo: Patologia: “Neoplasia”
Atributo: “maligno”Anatomia: “Glândula tireóide”
by technique 0.*Surgical procedure
consists of 1.* Surgical deed
Human anatomy
Human pathology
Interventional equipment
has object has objecthas object
has site
has site has
site
has meanshas means
has means
Estrutura Categorial
Semântica de Categorias Aristóteles: genus proximum et differentia
specifica Significação não é atômico: Pode ser
reduzido a unidades semânticasfeminina adulta humana
Homem - + +Mulher + + +Menina + - +Fêmea + 0 -
Discussão Pré-Coordenação / Pós-Coordenação Vantagens de pré-coordenação de
conceitos
Vantagens de pós-coordenação de conceitos
Hierarquias simples / Hierarquias múltiplas
vérticearco
árvore grafo dirigido
Hierarquias Múltiplas / Herança múltipla
Meningite
Doença Infecciosa Doença do SNC
Quais atributos são herdados ?
Meningite Viral
Doença inflamatória por Vírus Doença do SNC
morfologia: in
flamação
Doença inflamatória
Doença viral Doença do SNetio
logia: vírus
local: qualquer parte do
sistema nervoso
local: siste
ma
nervoso central
etiologia: vírus
morfologia: in
flamação
local:
sistema
nervoso central
etiologia: vírus
morfologia: in
flamação
Hierarquia simples Doenças inflamatórias
Doenças inflamatórias causadas por vírus
Doenças inflamatórias do sistema nervoso causadas por vírus
Doenças inflamatórias do sistema nervoso central causadas por vírus
Meningite viral
Discussão Hierarquias Simples / Hierarquias Múltiplas Vantagens de hierarquias simples
Vantagens de hierarquias múltiplas
Tipologia de Sistemas de Terminologia Biomédica
Sistemas de Terminologia
TerminologiaTesauros
Vocabulários
Classificações
Nomenclaturas
Ontologias
Sistemas de Terminologia
TerminologiaTesauros
Vocabulários
Classificações
Nomenclaturas
Ontologias
Terminologia / Tesauro Vocabulário Terminologia:
Lista de Termos Tesauro:
terminologia classificada por ordem alfabética ou por assunto, contendo sinônimos (e outras relações semânticas)
Vocabulário:Terminologia ou Tesauro acompanhado por definições(N de Keizer, MIM 2000)
Sistemas de Terminologia
TerminologiaTesauros
Vocabulários
Classificações
Nomenclaturas
Ontologias
pâncreasaparelho digestivofígadoBrasil
Terminologia
Sistemas de Terminologia
TerminologiaTesauros
Vocabulários
Classificações
Nomenclaturas
Ontologias
(3) pâncreas
(1) aparelho digestivo {trato digestivo, digestive tracet}(2) fígado {liver, hepar}
(4) Brasil
Tesauro
GEOGRAFIA
ANATOMIA
(1)
(2)
(3)
(4)
(1) has-part (2)
(1) has-part (3)
Sistemas de Terminologia
TerminologiaTesauros
Vocabulários
Classificações
Nomenclaturas
Ontologias
(3) pâncreas
(1) aparelho digestivo {trato digestivo, digestive tracet}(2) fígado {liver, hepar}
(4) Brasil
Vocabulário
GEOGRAFIA
ANATOMIA
(1)
(2)
(3)
(4)
(1) has-part (2)
(1) has-part (3)
Parte do organismo onde ocorre a digestão dos alimentos
Órgão onde ocorre a metabolização da maior parte dos nutrientesGlândula que produz o suco pancreático e alguns hormônios
Maior e mais populoso país da América Latina
Sistemas de Terminologia
TerminologiaTesauros
Vocabulários
Classificações
Nomenclaturas
Ontologias
Sistemas de Classificaçãoeu sou o mais organizado...
Qual é a melhor classificação ?
Sistema de Classificação Ideal Arvore (hierárquica simple) de classes
subclasses Definição extensional das classes não
terminais Disjunção de Classes:
Nenhum indivíduo pertence a dois classes(não contando relação de inclusão de classes)
Exaustão:Cada indivíduo pertence a uma classe
Problemas Práticos em Sistemas de Classificação Individualidade na definição e
delimitação das classes Granularidade depende do objetivo da
classificação (estatística, tarifas para o reembolso de serviços, documentação
Classes residuais “outros”, “não especificado”
Capítulo I Algumas doenças infecciosas e parasitárias (A00-B99) Capítulo II Neoplasias [tumores] (C00-D48) Capítulo III Doenças do sangue e dos órgãos hematopoéticos e alguns transtornos
imunitários (D50-D89) Capítulo IV Doenças endócrinas, nutricionais e metabólicas (E00-E90) Capítulo V Transtornos mentais e comportamentais (F00-F99) Capítulo VI Doenças do sistema nervoso (G00-G99) Capítulo VII Doenças do olho e anexos (H00-H59) Capítulo VIII Doenças do ouvido e da apófise mastóide (H60-H95) Capítulo IX Doenças do aparelho circulatório (I00-I99) Capítulo X Doenças do aparelho respiratório (J00-J99) Capítulo XI Doenças do aparelho digestivo (K00-K93) Capítulo XII Doenças da pele e do tecido subcutâneo (L00-L99) Capítulo XIII Doenças do sistema osteomuscular e do tecido conjuntivo (M00-M99) Capítulo XIV Doenças do aparelho geniturinário (N00-N99) Capítulo XV Gravidez, parto e puerpério (O00-O99) Capítulo XVI Algumas afecções originadas no período perinatal (P00-P96) Capítulo XVII Malformações congênitas, deformidades e anomalias cromossômicas (Q00-Q99) Capítulo XVIII Sintomas, sinais e achados anormais de exames clínicos e de laboratório, não
classificados em outra parte (R00-R99) Capítulo XIX Lesões, envenenamento e algumas outras conseqüências de causas externas (S00-T98) Capítulo XX Causas externas de morbidade e de mortalidade (V01-Y98) Capítulo XXI Fatores que influenciam o estado de saúde e o contato com os serviços de saúde
(Z00-Z99)
Exemplo: CID 10
Problemas Práticos em Sistemas de Classificação Individualidade na definição e
delimitação das classes Granularidade depende do objetivo da
classificação (estatística, tarifas para o reembolso de serviços, documentação
Classes residuais “outros”, “não especificado”
V62.2 Ocupante de um veículo de transporte pesado traumatizado em colisão com um veículo a motor de duas ou três rodas - pessoa viajando no exterior do veículo traumatizada em um acidente não-de-trânsito
E12.5 Diabetes mellitus relacionado com a desnutrição - com complicações circulatórias periféricas
F17.4 Transtornos mentais e comportamentais devidos ao uso de fumo - síndrome de abstinência com delirium
I10 Hipertensão essencial (primária)
Problemas Práticos em Sistemas de Classificação Individualidade na definição e
delimitação das classes Granularidade depende do objetivo da
classificação (estatística, tarifas para o reembolso de serviços, documentação
Classes residuais “outros”, “não especificado”
X25.8 Contato com outros artrópodes venenosos especificados - outros locais especificados
K75.8 Outras doenças hepáticas inflamatórias especificadas
K13.7 Outras lesões e as não especificadas da mucosa oral
Classes residuais
Semântica das Classes residuais
A20 PesteA20.0 Peste bubônicaA20.1 Peste celulocutâneaA20.2 Peste pneumônicaA20.3 Peste meníngeaA20.7 Peste septicêmicaA20.8 Outras formas de pesteA20.9 Peste, forma não especificadaEA20.9 = EA20
EA20.8 = EA20 - EA20.0 - EA20.1 - EA20.2 - EA20.3 - EA20.7
Sistemas de Terminologia
TerminologiaTesauros
Vocabulários
Classificações
Nomenclaturas
Ontologias
Nomenclaturas Sistema de termos compostos
obedecendo regras de composição pré-estabelecidas
Consiste em “eixos” (idealmente) ortogonais
Cada eixo constitui, em si, um sistema de classificação
Examples: SNOMED ICNP
Topografico (anatômico) Morfológico Diagnóstico - Procedimentos Funcional Organismos vivos Químico Agentes físicos, ações e forças Contexto social Ocupações Geral
11 Eixos de SNOMED
Exemplos T-01000 (pele)
M-4300 (inflamação crônica) M-01735 (eritema papulovesicular) F-C3000 (reação de hipersensibilidade alérgica) F-A2300 (coceira).
T-28000 (pulmão) M-40000 (inflamação)L-25116 (Streptococcus pneumoniae) .
Problemas Práticos em Sistemas de Nomenclatura
Manuseio dificil “Sinonímia”
- DB-6211 Diabetic nephropathy - DB-61 Diabetes mellitus + G-C025 Causing + D7-11 Nephropathy- DB-61 Diabetes mellitus + G-C025 Causing + DF Disease + G-C006 Located In + T-71 Kidney
Redundancia - DB-6211 Diabetic nephropathy + G-C006 Located In + T-71
Kidney, NOS Inconsistência
DB-6211 Diabetic nephropathy + G-C006 Located In + T-11 Bone
-
Coleção de Dados Classificação de dadosPaciente CasoIndividual PopulaçãoCaracterização TypingIdentificação DiscriminaçãoComunicativo DistributivoMetas implícitas de observação
Metas explícitas de observação
Abertos para termos novos Fechados e predeterminadosCriativo ReprodutivoIdentificação DiscriminaçãoDescritivo PrescritivoIntensional Extensional
Pós-Coordenação Pré-CoordenaçãoLinguagem Containeres Pré - Definidos
Ingenerf & Giere, 1998
Nomenclaturas Classificações
Patient Physician Medical Standardized Register Scientist Experiment Record Medical Record
Recording Standardizing Classifying Statistics based on (Concept System) (Classification) (Study Protocoll)
Individual Compatible Comparative General Information Information Information Information
!
?
!
?
Treatment Comparison Research
Data Collection depending on the physician´s experience
(implicit goals of observation)
Data Ordering depending on differentiation criteria
(explicit goals of observation)
n : 1 : m
Ingenerf / Giere, 1998
Sistemas de Terminologia
TerminologiaTesauros
Vocabulários
Classificações
Nomenclaturas
Ontologias
Exemplos de Sistemas de Terminologia
Gene Ontology
Gene Ontology (I) Vocabulário controlado para descrição
de componentes celulares, funções moleculares e processos biológicos.
esforço colaborado e dirigido a necessidade da descrição do produto de genes em diferentes bases de dados.
Num contexto celular o GO descreve o comportamento do produtos de gene
Gene Ontology (II) Define conceitos comuns em toda
biologia Referência para classificar genes e
produtos de genes de várias bases
O que a Gene Ontology não é Não é uma base de dados de
seqüências de genes, nem catalogo de produtos de genes.
Não é uma base de dados biológicas unificada.
Não é um padrão ditado ou exigido a nomenclatura através das bases de dados.
GO: Três Sub-Ontologias Função Molecular (atividade): ação
característica de um produto de gene (bioquímico)
Processo Biológicos: fenômeno marcado por mudanças que conduzem a um resultado particular, medidas por produtos de gene”
Componentes celular: é uma condição que é parte de um objeto maior, podendo ser uma estrutura anatômica.
Arquitetura da Gene Ontology Dois princípios classificatórios
Is-a Part-of
Hierarquias múltiplasGráficos Acíclicos Dirigidos (DAGs)
Conectada com um banco de dados de genes e produtos de genes
Gene
Gene caracterizado por conceitos das três sub-ontologias:Processo BiológicoComponente CelularFunção Molecular
Bibliografia
http://yanomami.fmrp.usp.br/cbab/programa.php
http://www.geneontology.org/doc/GO.doc.html
http://www.godatabase.org/dev/
Medical Subject Headings(MeSH)
MeSH: Tesauro MeSH Vocabulário controlado para
descrever trabalhos científicos em MEDLINE
Conjunto de termos denominados descritores (descriptors) em uma estrutura hierárquica que permite pesquisa em vários níveis de especificidade
MeSH: Hierarquias MeSH No nível mais geral da estrutura
hierárquica estão as entradas mais amplas “Anatomia”, “Desordens Mentais”
No nível mais específico são encontradas as entradas mais específicas “Tornozelo”, “Desordens de Condução
Nervosa” Existem hierarquias múltiplas.
Existem caminhos diferentes para alcançar um descritor
Cells [A11] Blood Cells [A11.118]
Leukocytes [A11.118.637] Leukocytes, Mononuclear [A11.118.637.555]
Lymphocytes [A11.118.637.555.567]
Hemic and Immune Systems [A15] Blood [A15.145]
Blood Cells [A15.145.229] Leukocytes [A15.145.229.637]
Leukocytes, Mononuclear [A15.145.229.637.555]
Lymphocytes [A15.145.229.637.555.567]
Hemic and Immune Systems [A15] Immune System [A15.382]
Leukocytes [A15.382.490] Leukocytes, Mononuclear [A15.382.490.555]
Lymphocytes [A15.382.490.555.567]
MeSH: Hierarquias Múltiplas: Exemplo
Tree numbers diferentes
MeSH ID comum:D008214
MeSH: Registro completo de um descritor ID, tree number(s) Termo preferencial (MeSH heading) Anotações Definição em texto livre (scope note) Sinônimos (entry terms) Atributos (qualifiers) Histórico do termo
MeSH: Atributos (qualifiers) Especificam o descritor de forma
ortogonal Conjunto de atributos permitidos
dependente do descritor Exemplos:
Terapia Etiologia Prognóstico
Semântica do MeSH Não é uma classificação Significação dos links hierárquicos não
especificada (broader term / narrower term)
Descritor D2 “narrower” D1:nem sempre ED2 ED1 (extensões), mas:
Conjunto de documentos relevantes paraD2 é subconjunto dos documentos relevantes para D1
Semântica do MeSH - exemplo
O conjunto de todas as válvulas mitrais não faz parte do conjunto de todos os corações, mas:
O conjunto de todos os documentos que tratam de válvula mitral é um subconjunto de todos os documentos que falam de coração
Heart [A07.541] Heart Valve [A07.541.510]
Mitral Valve [A07.541.510.507]part-of
is-a
MEDLINE e MeSH MEDLINE: Banco de dados
bibliográficos em ciências de saúde Cada artigo cadastrado é
manualmente indexado usando termos MeSH
Existem várias implementações, a mais usada: PUBMED Pubmed busca no MEDLINE mapeando a expressão de busca o usuário pra termos MeSH
MeSH / Pubmed Mesh Browser:
http://www.nlm.nih.gov/mesh/MBrowser.html PubMed:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed
CIPE/ICNPClassificação Internacional para a Prática de Enfermagem
CIPE / INCP Elaborado desde 1991 pelo Conselho Internacional de
Enfermagem (CIE), contribuição brasileira desde 1997 Linguagem universal para descrever as práticas de enfermagem
numa diversidade de locais, institucionais e não-institucionais Permitir comparação dos dados de enfermagem entre
populações, clínicas, locais, áreas geográficas ou tempos diferentes.
Demonstrar e projetar tendências sobre a prestação de tratamentos e cuidados e sobre a alocação de recursos aos doentes
Disponibilizar dados para investigação científica Fornecer dados para gestão de qualidade e promoção de
mudanças na políticas de saúde
CIPE: Principais Elementos Fenômenos de enfermagem
(diagnósticos de enfermaria) Ações de enfermagem (as
intervenções) Resultados de enfermagem
Âmbito da CIPE/ICNP
AFoco da
Prática BJuízo
CFreqüência
DDuração
ETopologia
FLocalizaçãoanatômica
GProbabilidade
HPortador
Fenômenos de Enfermagem
Ações de Enfermagem
ATipo de Ação B
Alvo
CRecursos
DTempo
ETopologia
FLocalização
GVia
HBeneficiário
Eixos:A,B:obrigatóriosC,D,E,F,G,H:opcionais
AFoco da
Prática BJuízo
CFreqüência
DDuração
ETopologia
FLocalizaçãoanatômica
GProbabilidade
HPortador
http://www.icn.ch/pdfinfo.htm
CIPE: Classificação dos Fenômenos de Enfermagem
Somente um termo de cada eixo pode ser usado no diagnóstico.
CIPE: Definições dos eixos dos Fenômenos de Enfermagem (I)A. Foco da: Área de atenção social, ex: dor, auto-
estima, pobreza.B. Juízo: Opinião clínica que determina a prática
do profissional de enfermagem, ex. reforçado, inadequado, melhorado.
C. Freqüência: número de ocorrências durante um intervalo de tempo, ex:Intermitente, freqüente.
D. Duração: intervalo de tempo durante o qual um fenômeno de enfermagem ocorre, ex: agudo, crônico
CIPE: Definições dos eixos dos Fenômenos de Enfermagem (II)E. Topologia: região anatômica em relação a um ponto
mediano ou extensão desta, ex: direito, parcialF. Localização Anatômica: posição anatômica ou a
localização no organismo de um fenômeno de enfermagem, ex: olho, dedo
G. Probabilidade: possibilidade de ocorrência de um fenômeno de enfermagem, ex: risco
H. Portador: entidade relativamente à qual se pode dizer que possui o fenômeno de enfermagem, ex: família, individuo, comunidade.
Eixos selecionados Termo selecionadoFoco da prática Dor (A.1.1.1.13.3.1)Julgamento Aumentada (B.9)Freqüência Intermitente ( C.2)Lugar do corpo Pé (F.19)Topologia Direito (E.2.1)Diagnóstico: Dor aumentada e intermitente no pé direito.
CIPE: Exemplo 1
CIPE: Exemplo 2Eixos selecionados Termo selecionadoFoco da prática Edema (A.1.1.1.7.3.1)Probabilidade Alto risco para (G.1.2)Lugar do corpo Mão (F.14)Portador Mulher mastectomizada
(H.1)Topologia Direito (E.2.1)Diagnóstico: Alto risco de edema ou Alto risco para edema em mão direita de mulher mastectomizada
CIPE: Resultados de Enfermagem
Medição ou Condição de um diagnóstico de enfermagem a intervalos de tempos após uma intervenção de enfermagem.
Os resultado são produtos da intervenção, medido ao longo do tempo, sob a forma de mudanças efetuadas nos diagnósticos de enfermagem.
Medida para descrever os resultados relacionados com os diagnósticos de enfermagem. Contribui para modelos de resultados de saúde mais amplos e genéricos.
Resultados de Enfermagem
ATipo de
Ação BAlvo
CRecursos
DTempo
ETopologia
FLocalização
GVia
HBeneficiário
http://www.icn.ch/pdfinfo.htm
Eixos:A:obrigatório,B,C,D,E,F,G,H:opcionais
Somente um termo de cada eixo pode ser usado no diagnóstico.
CIPE: Classificação das Ações de Enfermagem
CIPE: Ações e Intervenções Ações de Enfermagem: Comportamento
das enfermeiras na prática Intervenções de Enfermagem: Ação
realizada em resposta a um diagnóstico de enfermagem, com a finalidade de produzir um resultado de enfermagem. Uma intervenção de enfermagem é composto por conceitos contidos nos eixos da Classificação das Ações.
A. Tipo de Ação: realizações levadas à prática por uma ação, ex: ensinar, inserir, monitorizar.
B. Alvo: entidade que é afetada ou que confere conteúdo à ação de enfermagem, ex: dor, latência, serviços domiciliários.
C. Recursos: entidade usada no desempenho da ação de enfermagem. Inclui os instrumento e serviços, ex.ligadura, radioterapia.
D. Tempo: orientação temporal de uma ação: eventos, episódios. Ex: na alta, intra-operatório, pré-natal.
CIPE: Definições dos eixos das Ações de Enfermagem (I)
E. Topologia: Região anatômica em relação a um ponto mediano ou extensão desta. Ex: direito, parcial
F. Localização: Posição anatômica no organismo e a localização geográfica. Ex: cabeça, braço, local de trabalho, domicílio.
G. Via: Trajeto através do qual se realiza uma ação de enfermagem. Ex. Oral, subcutânea.
H. Portador: Entidade a favor do qual a ação é realizada. Ex: individuo, grupo.
CIPE: Definições dos eixos das Ações de Enfermagem (II)
CIPE: Ações: Exemplo
NANDANorth American Nursing Diagnosis Association
NANDA - Objetivos Direcionar a padronização de
linguagem dos diagnósticos de enfermagem
Auxílio n prática clínica, informática/desenvolvimento de sistemas e desenvolvimento de linguagens.
NANDA - Vantagens Linguagem comum descreve práticas de
enfermagem Melhora comunicação entre enfermagem
e outros Incentiva investigação articulando dados
disponibilizados por SI em enf e SIS Fornecer dados da prática de
enfermagem Conhecido e difundido Multiaxial
NANDA - Desvantagens Poucos diagnósticos Linguagem não é de fácil assimilação Não contempla ações de enfermagem
NANDA - Diagnóstico de Enfermagem Descreve respostas humanas a
condições de saúde Forma de expressar as necessidades
de cuidados de quem necessita dos mesmos
Exemplo: Alto risco para lesão de pele: se necessita de intervenção de enfermagem, é uma necessidade de cuidados.
NANDA - Taxonomia II 13 domínios: baseados em padrões
funcionais de saúde. Cada um com pelo menos duas classes
106 classes: cada uma congrega um ou mais conceitos diagnósticos
155 conceitos diagnósticos - diagnósticos aceitos
07 eixos
NANDA - Eixos Eixos:
1Conceito
Diagnóstic 2Tempo
3Unidade de
Cuidado
4Idade
5Potencialidade
6Descritor
7Topologia
EIXOS: DIMENSÃO DA RESPOSTA HUMANA
1) Conceito diagnóstico – Principal elemento, a origem do diagnóstico
2) Tempo – Duração de um período, agudo, crônico, intermitente e contínuo
3) Unidade de Cuidado – A que população: indivíduo, família, grupo
4) Idade – Extensão de tempo: feto, neonato, lactente, criança, etc.
5) Estado de Saúde – Posição no “continuum”de saúde: bem estar, risco, real
6) Descritor –limita ou especifica um significado : alterado, ineficaz, potencial, aumentado
7) Topologia – Partes ou estruturas do corpo: auditivo, cerebral, oral, renal, cutâneo, visual
Nível Conteúdo Domínio 11 Segurança e
proteçãoClasse 2 Lesão FísicaConceito Diagnóstico
Integridade de Pele
Diagnósticos Aprovados
Integridade de pele prejudicadaRisco para integridade de pele prejudicada
NANDA - Exemplo
CID (ICD)Classificação Internacional de Doenças
O CID (internacional) é designado para: classificar dados de morbi-
mortalidade com propósito estatístico; indexar arquivos hospitalares por
doenças; armazenamento de dados e o seu
resgate para pesquisa.
CID: Função
Versões da CID 1893: Primeira versão da CID para a
codificação das causas de morte 1946: CID-6: também morbididade CID-9 até 1995 - 2000 Hoje: CID-10 em quase todos os países,
mas ainda: CID-9-CM (modificações clínicas) nos
EEUU:mais refinada, contém também uma classificação de procedimentos
CID: Código significativo 1º nível: capítulos: A-Z, mas tem
capítulos com 2 letras (ex. cap. I) , e uma letra para 2 capitulos (ex. letra H)
2º nível: agrupamentos 3º nível: categorias (em algumas
partes não há subdivisões) 4º nível: subcategorias
CID-10 21 capítulos, totalizando 250 grupos
Capítulo I Algumas doenças infecciosas e parasitárias (A00-B99) Capítulo II Neoplasias [tumores] (C00-D48) Capítulo III Doenças do sangue e dos órgãos hematopoéticos e alguns transtornos
imunitários (D50-D89) Capítulo IV Doenças endócrinas, nutricionais e metabólicas (E00-E90) Capítulo V Transtornos mentais e comportamentais (F00-F99) Capítulo VI Doenças do sistema nervoso (G00-G99) Capítulo VII Doenças do olho e anexos (H00-H59) Capítulo VIII Doenças do ouvido e da apófise mastóide (H60-H95) Capítulo IX Doenças do aparelho circulatório (I00-I99) Capítulo X Doenças do aparelho respiratório (J00-J99) Capítulo XI Doenças do aparelho digestivo (K00-K93) Capítulo XII Doenças da pele e do tecido subcutâneo (L00-L99) Capítulo XIII Doenças do sistema osteomuscular e do tecido conjuntivo (M00-M99) Capítulo XIV Doenças do aparelho geniturinário (N00-N99) Capítulo XV Gravidez, parto e puerpério (O00-O99) Capítulo XVI Algumas afecções originadas no período perinatal (P00-P96) Capítulo XVII Malformações congênitas, deformidades e anomalias cromossômicas (Q00-Q99) Capítulo XVIII Sintomas, sinais e achados anormais de exames clínicos e de laboratório, não
classificados em outra parte (R00-R99) Capítulo XIX Lesões, envenenamento e algumas outras conseqüências de causas externas (S00-T98) Capítulo XX Causas externas de morbidade e de mortalidade (V01-Y98) Capítulo XXI Fatores que influenciam o estado de saúde e o contato com os serviços de saúde (Z00-Z99)
M03
M03.0 M03.1 M03.2 M03.6
M02M00 M01
M00-M03
M14M05 M06
M05-M14
...
... ... ... ...
... ...
M14.0 M14.1 M14.8...... ... ...... ... ...
M00-I99
...
I01.0 I01.1 I01.9
I02I00 I01
I00-I02
I15I10 I11
I10-I15
...
...
...
I11.0 I11.9
...
I00-I02
I00-I99
.........
...
... ...... ......
CID
... ...
4O. Nível - Subcategorias3O. Nível - Categorias2O. nível - Agrupamentos1O. nível - Capítulos
‘
3O. nível - não possui subdivisões
A princípio: Semântica is_a; Hierarquias simples; Monoaxialidade,
CID: Características ideais
Porquê ? Classes mutuamente exclusivas - ideal
para análise estatística: Todas as classes se somam para 100 %
Classificação por mais de um código:Traumatismo (capítulo XIX) + causa externa (cap.XX)
Hierarquias múltiplas “disfarçadas” em classes marcadas com * que apontam para uma classe em outra parte da hierarquia marcada com “+”. Exemplo:
G02.0* Meningite em doenças virais classificadas em outra parte
Meningite devida a adenovírus (A87.1+) Biaxialidade “disfarçada”, por exemplo nos capítulos
de distúrbios mentais: 3º dígito: etiologia, 4º dígito: sintomatologia, leva a classes
pouco plausíveis, ex.F17.6 Transtornos mentais e comportamentais devidos ao uso de fumo - síndrome amnésica
CID: Na prática...
A20 PesteA20.0 Peste bubônicaA20.1 Peste celulocutâneaA20.2 Peste pneumônicaA20.3 Peste meníngeaA20.7 Peste septicêmicaA20.8 Outras formas de pesteA20.9 Peste, forma não especificadaEA20.9 = EA20
EA20.8 = EA20 - EA20.0 -EA20.1 - EA20.2 - EA20.3 - EA20.7
CID: Classes residuaisExemplo:
http://www.datasus.gov.br/
http://www.dcc.ufmg.br/pos/html/spg97/anais/doc/luciano.dochttp://www.funasa.gov.br/pub/Iesus/pdfs/iesus_vol7_3/iesus_vol7_3_4347.pdfhttp://icd9cm.chrisendres.com/http://www.cms.hhs.gov/medlearn/icd9code.asp
http://tabnet.datasus.gov.br/cgi/sim/obtcid9br.htm
http://www.datamos.gov.br/cid10/webhelp/cid10.htm
Referência:Tese de doutorado da Profª Cláudia Maria Moro Barra
Links para CID
FMA – Foundational Model of Anatomy
Introdução
Anatomia Anatomia é a base de todas as ciências
biomédicas Manifestações da saúde e doenças
referenciam estruturas anatômicas que variam no tamanho das moléculas às peças de corpo
Sistemas de classificação de doenças ou procedimentos referenciam implícita (ex. CID) ou explicitamente (ex. CIPE) – mas:
Não se usa um sistema de terminologia anatômica na rotina clínica
InformaçãoFormas de representar conhecimento anatômico: Modelos gráficos:
Modelos simbólicos:Brain has-part BrainStemHeart has-part MitralValveMitralValve is-a HeartValve
Digital Anatomist Foundational Model of Anatomy: Modelo simbólico mais elaborado e
completo da anatomia humana Motivação original: Descrever
estruturas anatômicas de um atlas digital de Anatomia
FMA: Taxonomia Taxonomia simples para todos os
conceitos anatômicos (sem hierarquias múltiplas)
Anatomical entity Physical anatomical entity Material physical anatomical entity
Organ part Organ subdivision
Subdivision of brain Subdivision of forebrain Subdivision of
telencephalon Cerebral hemisphere
FMA: Partonomia Partonomia (conceitos classificados
por “has-part”) . Hierarquias múltiplas.Body Nervous system Neuraxis Brain Forebrain Telencephalon Cerebral hemisphere Body Head Head proper Brain Forebrain Telencephalon Cerebral hemisphere
FMA: Outras relações Subrelações de Part-of:
regional-partsystemic part
Relações de ramificação:Brachial artery
Ulnar artery Common interosseous artery Anterior interosseous artery
FMA e uso em medicina FMA representa anatomia canônica
(anatomia ideal) Não contém conceitos de anatomia
patológica (ex. cisto renal, tumor de cólon...)
Interpretação estrita de part-of(A implies part-of B B implies has-part A)dificulta uso para representar conhecimento sobre casos concretos:(Apêndice part-of Intestino Intestino has-part Apêndice) ???
FMA links Foundational Model Explorer:
http://fme.biostr.washington.edu:8080/FME/index.html
Para comparar: Modelo simbólico da anatomia do rato:http://www.informatics.jax.org/
SIA-SUS e SIH-SUS
SIH / SAI: Conceito SIH-SUS:
Faturamento Hospitalar SAI-SUS:
Faturamento Ambulatorial Controlar o pagamento Ambulatorial e
Procedimento Hospitalar. Ministério da Saúde – Organização
Pan-Americana de Saúde
SIH / SAI: Objetivo Faturamento Ambulatorial e Hospitalar
dos Estabelecimentos de Saúde, vinculados ao Sistema Único de Saúde - SUS
Utilizado exclusivamente no Brasil
SIH / SAI: Subdivisão dos Procedimentos32 Grupos, distribuídos em 3 Blocos: Bloco 01 – Procedimentos de Atenção
Básica (Grupos 01 a 05) Bloco 02 – Procedimentos
Especializados (Grupos 07 a 22) Bloco 03 – Procedimentos
Assistenciais de Alta Complexidade (Grupos 26 a 40)
SIH / SAI: Tipologia – Is_a
Bloco 01
Grupo 01
G 02Ações
MédicasBásicas
Grupo n
ProcedimentosClínicos
Sub-Grupo 1
Sub-Grupo n
Procedimento 1
Consulta Médica
Domiciliar
Procedimento n
SIH / SAI: Código SignificativoGG.SSO.DD-DV
GG = Identifica o grupo de procedimentos (2 dígitos) SS = Identifica o subgrupo de procedimentos (2 dígitos) O = Representa o nível de organização dado a um determinado conjunto de ações de saúde (1 dígito) DD = Identifica o detalhamento do procedimento (2 dígitos) DV = Identifica o Dígito Verificador do código do procedimento (1 dígito)
Estrutura da Tabela SIA-SUS código, nome do procedimento descrição de procedimentos valor do procedimento nível de hierarquia atividade profissional serviço/classificação tipo de atendimento grupo de atendimento faixa etária CID – 10 motivo da cobrança
SIH / SAI: ExemploGrupo 01 – Ações Executadas por Profissionais de
Enfermagem e Outros Profissionais de Saúde de Nível Médio
Sub-grupo 02 - ATENDIMENTO INDIVIDUAL 0102207-5 CURATIVO POR PACIENTEValor total vigente: 0,00 Nível Hierárquico: 01 02 03 04 05 06 07 08Atividade: 01 60 64 76 90 91 92 93Não exige Serviço ClassificaçãoTipo de Prestador: 01 02 03 04 05 06 07 08 09
11 12 13 14 15 16 17 18 19Tipo de Atendimento: 00Grupo de Atendimento: 00Faixa Etária: 00
instituição
Classe profission
al
Estruturação dos Códigos SIH
Redução Incruentade Fratura de Úmero
Ortopedia
Alta Complexidade
MédiaComplexidade
Tratamento Cirúrgicona Coluna Vertebral V
Complexidade
Exemplo
Grupo 32 – Cardiologia CirúrgicaGrupo 32 – Cardiologia Cirúrgica
32.038.04-6 Ligadura das Veias Cardio-TuberositáriasBloco: Média/Baixa ComplexidadeTipo de Procedimento: Principal não aceita secundárioFaixa Etária: GeralSexo: AmbosMédia de Permanência: 03 dias
Faturamento Ambulatorial Fixo por procedimento Baseado em tetos (físico e financeiro)
definidos na Programação individual por Prestador de Serviço
Subdivido em grupos de atividade – Alta Complexidade, Média Complexidade e Atenção Básica
Permite remanejamento entre Prestadores desde que do mesmo Grupo de Atividades
Faturamento Hospitalar valor base de tabela (SH, SP, SADT)
acrescido dos valores dos procedimentos complementares (RN, UTI, SANGUE, OPM, ACOMP) realizados durante a internação hospitalar
além dos valores da tabela, alguns hospitais recebem incentivos por serem instituições de ensino e pesquisa ( % da soma dos valores de serviços hospitalares e profissionais cobrados)
Faturamento SIH AIH 1 – geradora da cobrança AIH 2 - modelo manual extinto em 1994 AIH 3 – folha de continuação da AIH 1,
quando o total de procedimentos ultrapassa 13
AIH 4 – codificação específica para cobrança de registro civil – Hospital Amigo da Criança
AIH 5 – longa permanência, utilizada principalmente em internações psiquiátricas
SIH / SAI: Manutenção e Atualização contribuição dos Estados e Municípios avaliação de grupo na SAS – MS publicado no DOU – Portarias publicação no site
http://www.datasus.gov.br/novidades/novidades.htm
LOINCLOGICAL OBSERVATION IDENTIFIER NAMES AND CODES
Base de dados com nomes e códigos padronizados para a identificação de resultados de laboratório, observações clínicas e observações de estudos diagnósticos
Lançado em 1996, versão atual com mais de 29.300 registros;
Projeto colaborativo, mantido pelo Regenstrief Institute
Distribuição gratuita Website: http://www.regenstrief.org/loinc
Definição
Facilitar a organização, troca e análise de resultados
Unificar a identificação de resultados
Organização para a troca de mensagens por: HL7(Health Level 7) ASTM (American Society of Testing and Materials)
Somente identificar resultado do teste
LOINC - Objetivos
A base de dados se encontra dividida em duas categorias principais : Laboratório: química, hematologia, serologia,
microbiologia, toxicologia; Clínica: sinais vitais, hemodinâmia, ECG,
ecografia obstétrica, estudos de função pulmonar;
Adotado pela maioria dos laboratórios Norte Americanos.
LOINC - Características
Cada registro do LOINC corresponde a um único resultado de teste laboratorial que indica os seguintes dados:
Nome do componente pesquisado Propriedade/Medida Tempo Tipo de Amostra Escala Método
<Analito/componente>:<tipo de propriedade da observação ou medição>:<aspecto tempo>:<amostra>:<escala>:<método>
LOINC - Componentes
Componente
CREATININA ESCALA
QUANTITATIVA
AMOSTRA
LÍQ.AMIN
MÉTODO
ENZIMÁTICOTEMPO
PTMEDIDA
MASSA
LOINCLOINC2159-22159-2
LOINC - Exemplo
O componente é separado por “^” até em três subpartes
•Nome principal<[analito].[subclasse].[sub-subclasse]> ^
CALCIUM.IONIZEDHEPATITIS B VIRUS AB.IGG
•Challenge – sobrecarga ou tolerância (incluindo: tempo, substância utilizada, quantidade e via de administração)
<[tempo] post [quantidade] [sustância] [via de administração])> ^
CORTICOTROPIN^1H POST DOSE INSULIN IV
•Ajuste<ajustes ou correções>
CREATININE RENAL CLEARANCE^^CORRECTED FOR SURFACE AREA
LOINC Componente - Analito
Medida das quantidades relacionadas com uma substância.
Principais: Massa (mg – g); Substância (moles – mEq); Número Atividade catalítica (atividade enzimática)
Subcategorias: Concentração (mg/dl); Conteúdo (mg/g); Razão; Categorias/classes(mg/dia); Fração (porcentagem).
LOINC Propriedade - Medida
Aspecto do tempo: amostra isolada ou coletada durante um intervalo de tempo.
ALPHA 1 ANTITRYPSIN CLEARANCE:VRAT:24H:SER/PLAS+STL:QN
HEMATOCRIT:VFR:PT:CSF:QN
Tipo de amostra: soro, urina(SER, UR)
Pode consistir em duas partes separadas por “^”Amostra^supersistema (ABO GROUP:TYPE:PT:BLD^NEWBORN:NOM)
Diferentes testes combinando analito e amostra (mesmo analito amostras diferentes)
LOINC Tempo - Amostra
Especifica a escala utilizada para a medição. Tipos:
Quantitativa: valor numérico contínuo Ordinal: categorias fixas :positivo/negativo Nominal: sem ordenamento natural :cor da urina Narrativo: texto descritivo: informe microscópico
Exemplos:MAGNESIUM:SCNC:PT:SER/PLAS:QN:
ESCHERICHIA COLI O157:H7 IDENTIFIED:PT:STL:NOM:ORGANISM SPECIFIC CULTURE
LOINC - Escala
Método específico utilizado para realizar o ensaio
Exemplos:
ERYTHROCYTE SEDIMENTATION RATE:VEL:PT:BLD:QN:WESTERGREEN
ERYTHROCYTE SEDIMENTATION RATE:VEL:PT:BLD:QN:WINTROBE
LOINC – Método
LOINC – não contempla
Instrumentação utilizada para medição; Quem verifica o resultado; Tamanho da amostra coletada; Onde foi realizada a coleta (no laboratório); Detalhes do local da coleta (sítio anatômico).
Classificação Brasileira Hierarquizada de Procedimentos Médicos
CBHPM Finalidade Histórico Como foi elaborada O que define Capítulos Classificação
CBHPM: Finalidade Lista ética e científica : transparência,
segurança e respeito Garantir remuneração digna Elaborada por:
AMB Sociedades de especialidades CFM
Metodologia proposta pela FIPE
CBHPM: Histórico Resolução CFM nº 1673/03 : “A CBHPM
é adotada como padrão mínimo e ético de remuneração dos procedimentos médicos para o sistema de saúde suplementar”
Em utilização desde ago/2003
CBHPM: Como foi elaborada Valores definidos considerando:
Complexidade técnica Tempo de execução Atenção requerida Grau de treinamento necessário do
profissional. FIPE : acessoria na pontuação 14 portes e 3 subportes (A, B, C) Unidade de Custo Operacional (UCO):
depreciação, manutenção
CBHPM: O que define Inclui pós operatório Vídeo : 1,5x o valor Urgência e Emergência : +30% (noite e FS) Múltiplos procedimentos:
Mesma via :100% do principal + 50% de cada adicional, DESDE QUE não haja código conjunto.
Diferentes vias: 100% P + 70% dos demais Valores para auxiliares e anestesistas (30%) Condições de internação (hospedagem) :
superior : 2x para operadoras, x+A particular
CBHPM: Capítulos1. Procedimentos Gerais2. Procedimentos Clínicos
• Ambulatoriais• hospitalares
3. Procedimentos Cirúrgicos e Invasivosdivididos por sistemas humanos
4. Procedimentos Diagnósticos e Terapêuticos
divididos por especialidades
CBHPM: O Código : S&S Monitorização Neurofisiológica intraoperatória
2.02.02.004-5Capítulo = proced. clínicos
hospitalares*Subdivisão=monitorizações*
Nº seqüencial* Checksum
* ordem alfabética
CBHPM: O Código : S&S Extensor próprio do dedo gordo (extensor hallucis longus) 3.07.03.003-2
Proced. cirurg. e invasivos Sistema músculo esquelético e articulações*
Transplantes Musculares (com microanastomoses vasculares) *
Nº seqüencial* Checksum
* ordem alfabética
CBHPM: Classificação Código significativo
Possui uma estrutura de montagem Definições extensionais
um conceito amplo define vários específicos Termos complexos
várias classes dentro de um conceito Hierarquia simples. Semântica do tipo
is_a
R$ 16,00 + R$ 11,50 x 0,200 = R$ 2,30 = R$ 18,30 ± 20%
SIA/SIH-SUS x CBHPM SIA/SIH-SUS
SUS Define habilitações Define critérios de
permanência, faixa etária e sexo
Definida por estados, municípios, secretarias de saúde
Valores impostos Sistema de Saúde
CBHPM Particulares,
convênios Ética e valoriza o
trabalho médico Definida pelas
Sociedades e pela AMB
Tabela de referência para médicos
CBHPM: Conclusão Cumpre sua finalidade Estrutura organizada Consulta online : trabalhosa Como referencial para cobranças é
prática, mas não traz detalhes sobre os procedimentos
Bibliografia www.amb.org.br A tabela
SNOMEDSystematized Nomenclature of Medicine
SNOMED: Histórico 1965-1976: Systematized Nomenclature of
Pathology (SNOP) Systematized Nomenclature of Medicine (SNOMED)
1993: SNOMED Internacional 1998: SNOMED RT (Reference Terminology)
Descrições lógicas de conceitos 2000: SNOMED CT (Fusão com Read Codes) 2004 – 2009: SNOMED CT livremente
disponível nos EEUU
SNOMED: Características (I) SNOMED é um sistema terminológico multi-axial tipo nomenclatura: Vantagem: Permite a codificação muito
detalhada de qualquer tipo de entidade Desvantagens:
Processo de codificação trabalhoso Existem várias alternativas para codificar a mesma entidade
Risco de codificação redundante e inconsistente
SNOMED: Características (II) SNOMED é composta de 11 eixos: Topografico (anatômico) - T : anatomia funcional
para medicina humana e veterinária Morfológico - M: alterações encontradas nas
células, tecidos e organismos Diagnóstico - D: classificação de condições
reconhecidas clinicamente encontradas na medicina humana e veterinária
Procedimentos - P: procedimentos administrativos, diagnósticos e terapêuticos
Funcional - F: sinais e sintomas; fisiologia e fisiopatologia dos processos da doença
SNOMED: Características (III) Funcional - F: sinais e sintomas; fisiologia e fisiopatologia
dos processos da doença Organismos vivos - L: organismos com vida de etiologia
significante na doença humana e animal Químico - C: drogas, produtos biológicos e manufaturados
farmacêuticos Agentes físicos, ações e forças - A: compêndio de ações
físicas, perigos físicos, e forças da natureza Contexto social - S: condições sociais e suas relações de
importância para a medicina Ocupações - J: termos que descrevem a ocupação Geral - G: ligações, descrições e qualificações que se
associam ou que modificam os termos contidos em cada eixo
SNOMED: Exemplo 1 D-13510 (Pneumonia pneumocócica) é
equivalente a combinação de :
T-28000 (código topográfico para pulmão); M-40000 (código morfológico para
inflamação) L-25116 (código para Streptococcus
pneumoniae do eixo de organismos vivos)
SNOMED: Exemplo 2 Dermatite atópica (D0-10130) equivale:
T-01000 (código topográfico para pele) M-4300 (código morfológico para
inflamação crônica) M-01735 (código morfológico para eritema
papulovesicular) F-C3000 (código funcional para reação de
hipersensibilidade alérgica) F-A2300 (código funcional para o sintoma
coceira).
Uso da SNOMED Amplamente usada: Eixo M para a
morfologia de neoplasias, como eixo adicional da CID (ICD-O), veja “Morfologia das Neoplasias” na CID-DATASUS
Visão: SNOMED como terminologia de referência com mapeamentos para terminologias com objetivo estatístico e de faturamento (CID, SAI/SIH)
Projeto UMLS Iniciado em 1986 pela National Library
of Medicine (EEUU) Vocabulário médico unificado e
interligado através de conceitos Banco de referências cruzadas Atualização permanente Uso gratuito para pesquisa científica e
educação (depois de assinar um termo de acordo de licença)
Componentes do UMLS
UMLS Metathesaurus
UMLS Semantic Network
UMLS Specialist Lexicon266 M
0,6 M
3500 M
Componentes do UMLS
UMLS Metathesaurus
UMLS Semantic Network
UMLS Specialist Lexicon266 M
0,6 M
3500 M
UMLS Metathesaurus (UMLS META) ~ 980 000 conceitos ~ 2 400 000 strings ~ 100 vocabulários fonte:
CID, MeSH, FMA, NANDA, SNOMED, GO, LOINC, ...
Preserva a semântica e estrutura interna das fontes
Estabelece sinonímia e novas relações entre conceitos de fontes diferentes
UMLS Interfaces Interface WEB: UMLS Knowledge Source
Serverhttp://umlsks.nlm.nih.gov/ user: pucpr senha: pucpr2003
“Search”: busca interativa “Advances Search”: Busca de linha de comando Interface JAVA: Knowledge Source Server API Semantic Navigator
UMLS Arquivos Arquivos locais em:
No VNC client: hercules.ppgia.pucpr.br:1cd 2003AC
user: senha: (com Roose) Manipulação dos arquivos em LINUX usando
comandos shell, PERL, PYTHON, JAVA,... Recomendação: customizar arquivos usando
grep e cut
UMLS Documentação Documentação das fontes
http://www.nlm.nih.gov/research/umls/UMLSDOC.HTML
Documentação do Knowledge Source Server:
UMLS META
MRCON
MRREL 380 M
151 M
outros
símbolo, signoobjeto ,instanciareferenteindivíduo
„cadeira", "chair"
pensamento, referencia, interpretante, conceito
símbolo, signoobjeto ,instanciareferenteindivíduo
„cadeira", "chair"
pensamento, referencia, interpretante, conceito
RelaçõesSemânticas
RelaçõesLexico-
Semânticas
UMLS META
MRCON
MRREL 380 M
151 M
outros
símbolo, signoobjeto ,instanciareferenteindivíduo
„cadeira", "chair"
pensamento, referencia, interpretante, conceito
símbolo, signoobjeto ,instanciareferenteindivíduo
„cadeira", "chair"
pensamento, referencia, interpretante, conceito
RelaçõesSemânticas
RelaçõesLexico-
Semânticas
UMLS MRCONC0023886|ITA|P|L1234371|PF|S1476317|Ascesso epatico amebico|3|C0023886|POR|P|L0319334|PF|S0427639|ABSCESSO HEPATICO AMEBIANO|3|C0023886|POR|S|L0425515|PF|S0549797|AMEBIASE HEPATICA|3|C0023886|POR|S|L0429003|PF|S0553285|ENTAMEBIASE HEPATICA|3|C0023886|POR|S|L2361076|PF|S2796947|Abcesso amebiano do figado|3|C0023886|RUS|P|L0901413|PF|S1105230|PECHENI ABSTSESS AMEBNYI|3|C0023886|RUS|S|L1508281|PF|S1804190|AMEBIAZ PECHENI|3|C0023886|SPA|P|L0613063|PF|S0779557|ABSCESO HEPATICO AMEBIANO|3|C0023886|SPA|S|L0442067|PF|S0566349|ENTAMEBIASIS HEPATICA|3|C0023886|SPA|S|L0613260|PF|S0779749|AMEBIASIS HEPATICA|3|C0023886|SPA|S|L2342901|PF|S2778756|Absceso hepatico amebiano|3|C0023889|DUT|P|L2053941|PF|S2392163|Circulatie, lever-|3|C0023889|DUT|S|L2065427|PF|S2403649|Levercirculatie|3|C0023889|ENG|P|L0023889|PF|S0058030|Liver Circulation|0|C0023889|ENG|P|L0023889|VC|S0421389|liver circulation|0|C0023889|ENG|P|L0023889|VW|S0025533|Circulation, Liver|0|C0023889|FIN|P|L1559216|PF|S1855125|maksan verenkierto|3|C0023889|FRE|P|L0170066|PF|S0234547|CIRCULATION HEPATIQUE|3|C0023889|GER|P|L1270517|PF|S1512463|Leberkreislauf|3|C0023889|GER|S|L1270498|PF|S1512444|Leberblutkreislauf|3|
UMLS MRCON: Campos CUI: identificador de conceito
(Código principal do UMLS ) LAT: Linguagem TS: Term status LUI: identificador de lexema STT: String type SUI: identificador de string STR: String LRL: Nível de restrição mínima
UMLS MRCON: Sinonímia (I)
C0004238|ENG|P|L0004238|PF |S0016668|Atrial Fibrillation|0|C0004238|ENG|P|L0004238|VCW|S0220832|Fibrillation, atrial|3|C0004238|ENG|P|L0004238|VCW|S0288232|FIBRILLATION ATRIAL|0|C0004238|ENG|P|L0004238|VCW|S1623628|Fibrillation atrial|3|C0004238|ENG|P|L0004238|VCW|S1912105|Fibrillation;atrial|3|C0004238|ENG|P|L0004238|VC |S0353486|ATRIAL FIBRILLATION|0|C0004238|ENG|P|L0004238|VC |S0356997|Atrial fibrillation|0|C0004238|ENG|P|L0004238|VC |S0415228|atrial fibrillation|0|C0004238|ENG|P|L0004238|VP |S0016669|Atrial Fibrillations|0|C0004238|ENG|P|L0004238|VWP|S0041388|Fibrillations, Atrial|0|C0004238|ENG|P|L0004238|VW |S0372707|Fibrillation, Atrial|0|C0004238|ENG|S|L0004327|PF |S0016899|Auricular Fibrillation|0|C0004238|ENG|S|L0004327|VC |S0353545|AURICULAR FIBRILLATION|0|C0004238|ENG|S|L0004327|VC |S0357130|Auricular fibrillation|0|C0004238|ENG|S|L0004327|VP |S0016900|Auricular Fibrillations|0|C0004238|ENG|S|L0004327|VWP|S0041389|Fibrillations, Auricular|0|C0004238|ENG|S|L0004327|VW |S0372708|Fibrillation, Auricular|0|C0004238|ENG|S|L0495689|PF |S0580463|AF - Atrial fibrillation|3|
CUI LAT TS LUI STT SUI STR LRL
ocorrências (tokens)
formas (tipos de string)
lexemas (unidades lexicais)
“When flies fly behind flies, a fly is flying ahead”
“When flies fly behind flies, a fly is flying ahead”
“When flies fly behind flies, a fly is flying ahead”
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
1 2 3 4 2 5 3 6 7 8
1 2 3 4 2 5 2 6 3 7
Lexemas vs. Strings
UMLS MRCON: CUI, LUI, SUI (II)Concept (CUI) Terms (LUIs) Strings (SUIs)C0004238
Atrial Fibrillation (preferred) Atrial Fibrillations Auricular Fibrillation Auricular Fibrillations
L0004238 Atrial Fibrillation (preferred) Atrial Fibrillations
S0016668 Atrial Fibrillation (preferred)
S0016669 Atrial Fibrillations
L0004327 (synonym) Auricular Fibrillation Auricular Fibrillations
S0016899 Auricular Fibrillation (preferred)
S0016900 (plural variant) Auricular Fibrillations
UMLS MRCON: Homógrafos14:34 schulz@supreme:/data/data/umls2003AA/2003AA/META )grep -i "|COLD <" MRCON | more
C0009264|ENG|S|L0009264|PF|S0007170|Cold <1>|0|C0009443|ENG|S|L0009264|PF|S0007171|Cold <2>|0|C0010412|ENG|S|L0009264|PF|S1556597|Cold <4>|0|C0024117|ENG|S|L0009264|PF|S0829315|COLD <3>|0|C0234192|ENG|S|L0009264|PF|S1556598|Cold <5>|0|C0719425|ENG|S|L0009264|PF|S1789118|Cold <6>|0|
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símbolo, signoobjeto ,instanciareferenteindivíduo
„cadeira", "chair"
pensamento, referencia, interpretante, conceito
símbolo, signoobjeto ,instanciareferenteindivíduo
„cadeira", "chair"
pensamento, referencia, interpretante, conceito
RelaçõesSemânticas
RelaçõesLexico-
Semânticas
Relações entre Conceitos
1º CUI 2º CUIRelações como:broadernarrowerparentchildis-ahas-locationpart-of...
A fonte é a autoridade para as relações, não o UMLS !
UMLS MRREL
C0001209|CHD|C0816432|isa |UWDA|UWDA||C0001209|CHD|C0816433|isa |UWDA|UWDA||C0001209|CHD|C0822997|part_of |UWDA|UWDA||C0001209|CHD|C0823051|part_of |UWDA|UWDA||C0001209|CHD|C0823068|part_of |UWDA|UWDA||C0001209|PAR|C0036277|has_part |UWDA|UWDA||C0001209|PAR|C0036277| |MSH |MSH ||C0001209|PAR|C0223623| |SNMI|SNMI||C0001209|PAR|C0223623| |SNM |SNM ||C0001209|PAR|C0507245|inverse_isa |UWDA|UWDA||C0001209|RB |C0036277|has_part |UWDA|UWDA||C0001209|RB |C0507245|inverse_isa |UWDA|UWDA||C0001209|RL |C0153514|mapped_from |SNMI|SNMI||C0001209|RN |C0816432|isa |UWDA|UWDA||C0001209|RN |C0816433|isa |UWDA|UWDA||C0001209|RN |C0822997|part_of |UWDA|UWDA||C0001209|RN |C0823051|part_of |UWDA|UWDA||C0001209|RN |C0823068|part_of |UWDA|UWDA||C0001209|RO |C0159669|has_location|SNMI|SNMI||
CUI1 REL CUI2 RELA SAB SL MG
UMLS MRREL: Campos CUI1: identificador do 1º conceito,
construido por “C” mis 7 algarismos REL: Relação de CUI2 com CUI1 CUI2: identificador do 2ºconceito RELA: Relação mais específica
(relation attribute) SAB: Fonte da relação SL: Fonte da relação
UMLS MRREL: Valores de REL RB: has a broader relationship RN: has a narrower
relationship RO: has relationship other than synonymous,
narrower, or broader RL: the relationship is similar or "alike". RQ: source asserted relatedness and possibly
synonymous. SY: source asserted synonymy. PAR: has parent relationship CHD: has child relationship
(in a Metathesaurus source vocabulary) SIB: has sibling relationship in a Metathesaurus
source vocabulary. AQ: is an allowed qualifier for the first concept in a
Metathesaurus source vocabulary. QB: can be qualified by.
UMLS META
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RelaçõesSemânticas
RelaçõesLexico-
Semânticas
Outros Arquivos de UMLS META MRFILES MRATX Associated Expressions MRCOC Co-occurring Concepts MRCOLS Attribute Relation MRCXT Concept Contexts MRDE Definitions MRSAB Source Metadata
Componentes do UMLS
UMLS Metathesaurus
UMLS Semantic Network
UMLS Specialist Lexicon266 M
0,6 M
3500 M
UMLS SN (semantic network) Sistema hierárquico de
135 categorias semânticas 54 Relações semânticas
Definições em texto livre Categorias e relações identificadas por
“type identifier”:T + 3 algarismos
Relações identificadas por Todos os CUIs são categorizados conforme
a SN
Semântica da UMLS SN (I) Taxonomia de categorias Taxonomia de relações Relações / Categorias:
rel (C1, C2) significa:Relação é possível entre conceitos pertencentes às categorias C1 e C2
Relações possíveis podem ser bloqueadas para categorias subordinadas
http://www.nlm.nih.gov/research/umls/META3_Figure_3.html
Arquivos Em /NET
SRDEF informações básicas sobre categorias e relações
SRSTR estrutura da rede semântica SRSTRE1 ,SRSTRE2
Todas as relações, inclusive as relações herdadas
Em /META: MRSTY: Tipos semânticos por conceito
Exercícios LINUX (I) Crie uma tabela mrcon_port que só contenha os
registros das strings portuguesas [grep]
Crie uma tabela mrcon_pref que só contenha o CUI e sua preferred string em Inglês [grep cut]
Faça uma estatística dos registros em Português, Espanhol, Inglês, Francês [grep, wc]
Crie uma tabela mrcon_port_word que só contenha termos portugueses de uma palavra só
Crie uma tabela mrrel_amostra contendo uma amostra aleatória de 1% da tabela MRREL
Exercícios LINUX (II) Use mrrel_amostra e substitua os CUI pelas
strings preferenciais (tabela mrcon_pref) Liste todos os homógrafos que ocorrem no
UMLS português Explore a tabela MRCXT. Pesquise o
signnificado Extraia o sistema SNOMED International e guarde-o numa tabela separada.
Explore a tabele STSTR. Selecione as relações anormais (que nao tem “|D|”)
Explore a tabela MRSTY. Calcule a média de tipos semânticos por conceito
Exercícios WEB (I) Acesse a interface “search” e pesquise
os seguintes termos variando as relações que você quer exibir. atherosclerosis cancer pineal gland Brazil ornidazole Pemphigus vegetans Ascaris lumbricoides Research nurse
coxarthrosis fracture of navicular femoral fracture appendectomy bronchial neoplasm eclampsia renal metastasis
Exercícios Web (II) Procure detectar a origem das relações
has_location is_a part_of mapped_to associated_with
Explore os tipos semânticos de Adenoma
Exercícios WEB (III) Explore o “UMLS semantic navigator”
e dê uma breve apresentação Explore o “UMLS Advanced Search”
Focused Search Command Line Query ASCII Relational Records