Production high-performance networking with Snabb and LuaJIT (Linux.conf.au 2017)
Dexact-f snabb striptest ”pusselbit”
description
Transcript of Dexact-f snabb striptest ”pusselbit”
Dexact-f snabb striptest”pusselbit”
Grund teorin och de senaste forskningsresultat
Diarré har många orsaker men bara en liten del av dessa skall isoleras (rödmarkerad oval). Även övriga isoleras idag.
Diarré
akut< 2 veckor(akutmottagning, vårdcentral)
kronisk > 2 veckor (vårdcentral)
InfektionVirusBakteriToxinParasit
Tarm fokus Andra sjukdomar
Ulceros kolitIschemiPerforationSepsisSIRS
PneumonikolecystitinfektionshärdUrinvägsinfektion.leversjukdomÖkad tarm motilitetBi-effekt medicinAllergi
Tarm fokus Andra sjukdomar
InfektionVirusToxinsParasit(Protozoa)
MedicinAbscessBrist sjukdomarHyperthyroscirros
ulceroskolitCrohnDivertikulitColon CancerGluten allergiMjölk allergi
pH<8.0 pH>8.0
pH <7.0
pH<8.0
pH <7.0
pH <7.0
pH<5.0
Dexact-f backgrund forskning
Hepatocyte growth factor (HGF)
•Vid akut inflammation och infektion produceras HGF med hög affinitet till komponenter av extracellular miljö (färgomslag)•Vid kroniska inflammationer produceras HGF som inte binder sig till extracellular rummet och är biologiskt inaktiv. Ref:
– High hepatocyte growth factor levels in faeces during acute infectious gastroenteritis; Scand J Infect Dis 35:858-862, 2003. – Hepatocyte growth factor (HGF) in fecal samples: rapid detection by surface plasmon resonance; BMC gastroenterology 2005
The impact of determination of faeces- pH
•”Förändringar I feces pH är kopplad till tarm translokation, bakteriemi, (sepsis, SIRS) och hög mortalitet.
•”Bestämning av feces pH kan användas som markör av tarminflammation och kliniskt status.
Ref:– Prognosis impact of fecal pH in critically ill patients; Critical care. 2012– Altered gut flora and environment in patients with severe SIRS; J Trauma. 2006
Kåre 061215
Fallbeskrivning: 48 årig kvinna med ulceros kolit som var inlagd pga blodiga diarre. Det växte klostridium deficile I fecesodling och pos toxin. Behandling med Metronidazol hade ingen effekt. Koloskopi och vävnadsprov visade två helt separata delar I tarmen, en med akut inflammation över 25 cm från anus och en med kronisk inflammation distalt.
Chronic inflammation
infection
HGF expression25 cm
• Dexact-f positive
HGF presence in faces verified even by• Western blot• Surface plasmon resonance method• ELISA
HGF
Patient i fallbeskrivning kontroll av HGF och Calprotectin i samma vävnadsprov
HGF
conc
entr
atio
n (n
g/m
l)hea
lthy
C.difficil
eIBD
colon ca
ncer
0.0
0.2
0.4
0.6
0.8
1.0***
*****
*
dext
ran
bin
ding
(RU
)hea
lthy
C.difficil
eIB
D
colon ca
ncer
0
20
40
60
80
100 ***
**
****
***
MN
bin
ding
(RU
)
health
y
C.difficil
eIBD
colon ca
ncer
0
50
100
150
200
250
SPR
sig
nal (
RU
)
dextra
n MN
-10
0
10
20
30 ** **
A
DB
C
Figure . Ligand binding affintity and concentration of HGF in feces and serum. The binding affinity to dextran and monoclonal anti-HGF ab (MN) was analysed by surface plasmon resonance (SPR), in feces samples of patients with infectious gastroenteritis patients caused by Clostridium difficile, IBD and colon cancer (A and B), and in serum of patients with IBD (black column) (C), and healthy controls (white column). The feces concentration (ng/ml) of HGF was measured by ELISA (D). For statistical analysis Kruskal-Wallis and Mann-Whitney U-test was used and the medians are presented. ****P<0.0001, ***P<0.001, **P<0.01, *P<0.05
Grund teorin
Both alfa and beta chain of HGF are involved in interaction of HGF and DS
snabb analys – vård i rätt tid
Bortsett från akut infektiös gastroenterit, är diarré ett symptom på flera andra allvarliga systemiska infektioner, samt inflammatoriska sjukdomar som kan kräva omedelbara åtgärder.
Eftersom terapeutiska strategier skiljer sig avsevärt mellan olika sjukdomar är det av stort värde att fastställa korrekt diagnos snabbt.
Hepatocyte growth factor (HGF)
• Vid skada i tarmen en tillväxtfaktor (HGF) som är viktig för läkningen
• Infektion skadar tarmen och Dexact-f detekterar alla former av infektioner i tarmen (virus, bakterier och parasiter)
• Kronisk inflammation – HGF binder ej in till stickan
Funktion - Dexact-f
pH
• Normalt f-pH = 5-6
• Alkaliskt pH - tarminflammation
• f-pH 9-11 kan tyda på allvarlig kolit, SIRS och sepsis eller organsvikt
• Lågt f-pH – malabsorbtion eller vissa bakterieinfektioner
• pH-värdet kan avspegla graden av inflammation i tarmen och förutsäga prognosen vid allvarliga tillstånd
• Både positiva och negativa färgresultat har betydelse vid tolkningen av patientens symtom
• Testremsan är ett semikvantitativt påvisande av HGF i feces samt pH-värdet
Test result
Infectious diarrheaTotal subgroups
Non-infectious diarrheaTotal subgroups
Total
Verified Infectious Highly suspected infectious
Other causes
healthy IBD
bacteria
virus parasites
Dexact-f +
124 30 4 33 191 12 0 1 13 204
Dexact-f −
9 6 0 1 16 123 27 36 186 202
Total 133 36 4 34 207 135 27 37 199 406ValideringSensitivity: 92,3 % (de som rätt identifieras med inf.)
Specificity: 93,5 % (de som korrekt identiferas ej ha inf.)
Pos. Predicitive value: 93,6 %Neg. Predictive value: 92,1 % (hur man kan lita på neg res. ej inf. - ej isoleras i onödan)
Accuracy: 92,9 %
Dexact-f har validerats på 536 patienter, totalt 1500 inklusive version 1.0. Utfördes blint innan odling/PCR svaren blivit färdiga (i tabell –enbart verifierade test med konventionella metoder inkluderade)
Dexact-f clinical use in establishment of diagnosis prior to reference test methods
Case report 3• 75 years old woma with poly neuropathia and parkinsonism• Admitted March 2012 for diarrhea in 2 weeks. • Dexact-f 28th March neg, low pH < 5.0• Negative faeces cultures and high faeces Calprotectin.• Coloscopy 18th April shows diverikulosis• Biopsies reveal microscopic colitis June 2012• Diarrhea continues
Case report 1• 75 years old man with microscopic colitis.• Whipple tumour operation 2009• Recurrent diarrhea and stomach pain• Septicamia in May 2012• Admitted for diarhhea, fever, shivering.• CT scan stomach and echocardiography ok• Dexakt-f high pos at admittance with very high pH
resembling generalised inflammatory response, SIRS, Sepsis.
• Neg F-Calprotectin, Neg FHb, Neg faeces cultures• Blood cultures yielded growth of E Coli, Klebsiella, Enterococcus
faecalis and Enterobacter • Presence of 4 different bacteria in blood indicates penetration of
bacterial flora from bowel to circulation in spite of normal CT scan.
Case report 2
• 60 years old woman• Levaxin-subs hypothyroid• Heredidity for heart diseases• Back pain, deodonal ulcer since several years ago.• CT scan ok• Admitted 28 th March for diarrhea in 3 weeks, painfull tenesmus• Rectoscopy shows severe infalmmation and ulcers. • Dexact-f negative 2nd April• Feces cultures negative• Coloscopy and biopsy verifies ulcerous proctocolitis 16 June
Case report 4• Healthy 43 years old man• Dirrhea 20 times/day, fever, pain in stomach since 2 days.• CRP 188, PKINR spontaneously 1.6• Normal liver enzyme tests• Received one dose cefotaxim iv at emergency Department• Dexact-f pos pH 7.0-8.0 at admittnce 26th June• Antibiotic theray disrupted, iv rehydration.• CRP decreases spontanously and PKINR normalised• Faeces cultures 30th June reveals Campylobacter jejuni.
neg. Dexact-f – Debute of chronic inflammatory bowel disease
neg. Dexact-f, low faeces pH – Debute chronic inflammatory bowel disease
pos. Dexact-f, high faeces pH – bacterial infection
pos. Dexact-f, High f- pH – 4 bacterail stams in blood, - Susp SIRS
VC/akutklin handläggningPatientflöde utan Dexact-f strip
Diarré Utredning isolering
Labtest1-3 dagar
I bästa fall hemma efter 3-4 dagar
Idag på Universitetssjukhus om metoden är uppsatt- Faeces odling 1 – 3 d- Cyst och mask ägg < 1d- PCR (Viral/Bacterial) 1 – 2 d- Faeces Hb < 1 d- Calprotectin (Inflammation) 1 d- LAMP (Clostridium Rapid Test) 1 d- Clostridium Toxin Test 1 d
Läkare kan i många fall bedöma vård i hemmet samma dag
Diarré
Testtiden = 1 minut
Läka
re be
dömer
utre
dning
Patientflöde med Dexact-f stripVC/akutklin handläggning
Test combination
N/female IBD Colon Cancer
IBS Lactose intolerance/celiaki
Colitis Resolved symptom
High Calprotectin / neg Dexact-f
24/17 10 3 8 0/1 0 2
High Calprotectin / pos Dexact-f
4/3 1 0 0 0 3 0
Low Calprotectin / neg Dexact-f
51/27 0 1 16 2/3 0 29
Low Calprotectin / pos Dexact-f
6/5 0 0 0 0 0 6
total 85 11 4 24 6 3 37
Fecesprov samlades may 2011 från patienter som sökte till vårdcentral pga tarmbesvär. Sedan följdes patienterna och i august 2012 registerades diagnoser. Som visat kombination av pos Calprotectin och negativ HGF kunde förutsäga en seriös tarm sjukdom I tidigt skede (14/19; IBD = 11, Colon cancer = 4 and Celiaki = 4).
Dexact-f och feces calprotectin tillsammans kunde forutsäga svåra tarmsjukdomar
pH och mortalitet – resultat Dexact-f
Jämför med Ref: Prognosis impact of fecal pH in critically ill patients; Critical care. 2012 ”Once normal flora is altered, decreases the number of beneficial bacteria. This causes fecal pH to increase, which could
then allow harmful bacteria to proliferate because of the alkaline environment. Harmful bacteria may then produce lactic and succinic acids, which lower the fecal pH and injure the intestinal epithelium. Finally, the injured intestine does not absorb lactose, which causes the fecal pH to be severely acidic.”
Fördelar/brister med Dexact-f• Snabbt test – svar direkt
• Välkänd metodform – enkel att använda
• Stabil i rumstemperatur
• Minskar antibiotikaförskrivning
• Diskriminerar mellan fall som behöver isoleras eller inte
Torra feacesprov, mycket högt eller lågt pH samt mycket låg koncentration av HGF kan påverka resultatet. - Anledningen är att fecesprov har många olika alternativ i konsistens, färg och innehåll. Mängden
av HGF skiljer sig mycket i olika prov. Feces-pH skiljer sig mycket i olika prov.
Det finns idag ingen annan test som kan svara på samma frågor som Dexact-f och därför finns ingen golden standard.
Pat till vårdcentraltidigare friskdiarré, stabil
Om Dexact-f är positiv
Om Dexact-f är negativ
Odling utförs på personer som arbetar med livsmedel om smittskyddet betalar
telefontid
1 5 st fallbeskrivningar
Pat till vårdcentral känd med tidigare sjukdomar
diarre, stabil, feberfri
återbesök
Känd antibiotika diarré
2
Bieffekt medicin
Om Dexact-f är positiv
Om Dexact-f är negativ
Vårdcentral känd med tidigare sjukdomar
diarre, stabil, FEBER
3
Känd antibiotika diarréOm Dexact-f är positiv
Om Dexact-f är negativ
Pat till akutmottagningTidigare frisk, diarré, feber
ont i magen
4
Om Dexact-f är positiv
Om Dexact-f är negativ
Pat till akutmottagningKänd med tidigare sjukdomar, diarré, feber, ont i
magen
empirisk
Intravenös antibiotika
5
Om Dexact-f är positiv
Om Dexact-f är negativ
Linköping • SwedenWWW.PEASINSTITUT.SE
Söderleden 1. 587 23 Linköping. Tel: +4613-15 40 30