1. Kenneth Devloo
Master Computerwetenschappen: Mens-machine communicatie
Promotors:
Prof. dr. ir. Philip Dutr
Prof. dr. ir. Abram Aertsen
Detecteren en tracken van bacterile cellen in time-lapse opnames

2. Inhoud
2
Inleiding
Algoritme
Implementatie
Resultaten
Toekomstigwerk
Besluit

3. Inhoud
3
Inleiding
Algoritme
Implementatie
Resultaten
Toekomstigwerk
Besluit

4. Inleiding
4
Doel
Video en Uitdagingen
Bestaandetoepassingen

5. Inleiding: Doel
5
Geautomatiseerdeen lineage opstellen van eenpopulatiebacterilecellen
Nieuwalgoritme
Accuraat
Implementatie

6. Inleiding: Doel
6
Geautomatiseerdeen lineage opstellen van eenpopulatiebacterilecellen

7. Inleiding: Video en uitdagingen
7

8. Inleiding: Bestaandetoepassingen
8
Cell Profiler
CellTracer

9. Inleiding: Bestaandetoepassingen
9
Cell Profiler
CellTracer

10. Inhoud
10
Inleiding
Algoritme
Implementatie
Resultaten
Toekomstigwerk
Besluit

11. Algoritme
11
Preprocessing
Detectie
Beschrijving
Tracken en correctie van detectie
Correctie op segmentatie

12. Algoritme: Preprocessing
12

13. Algoritme: Detectie: Threshold
13

14. Algoritme: Detectie: Breedte
14

15. Algoritme: Detectie: Cellen
15

16. Algoritme: Beschrijving
16

17. Algoritme: Tracken
17
Voorbereiding
Driebouwblokken:
Matchen
Correctie op score
Correctie op detectie

18. Algoritme: Correctie
18
Restoratievanafeenskelet
Na tracking!

19. Inhoud
19
Inleiding
Algoritme
Implementatie
Resultaten
Toekomstigwerk
Besluit

20. Implementatie
20
Technologie
Gebruikersinterface

21. Implementatie: Technologie
21
C++
OpenMP
Qt
Graphviz
Implementatie preprocessing
Portabel
Snel

22. Implementatie: Gebruikerinterface
22
Input, Detectie

23. Implementatie: Gebruikersinterface
23
Lineage, opties

24. Aanpak: Gebruikersinterface
24

25. Inhoud
25
Inleiding
Algoritme
Implementatie
Resultaten
Toekomstigwerk
Besluit

26. Resultaten
26
Positief
Correct op gewonecellen
Robuusttegenkwaliteitsverlies
Hogeaccuraatheid
Snel op eenvoudigebeelden
Negatief
Sneluitbreidendepopulaties
Lange cellen
Populatiebuitenbeeld
Somsaanpassing parameter

27. Inhoud
27
Inleiding
Algoritme
Implementatie
Resultaten
Toekomstigwerk
Besluit

28. Toekomstigwerk
28
Deel van het algoritme
Accurater op pixelniveau
Iteratiefdeel
Visualisatie
Lineage
Alternatieven

29. Inhoud
29
Inleiding
Algoritme
Implementatie
Resultaten
Toekomstigwerk
Besluit

30. Besluit
30
Doel: Geautomatiseerdeen lineage opstellen van eenpopulatiebacterilecellen
Geslaagd
Accuraat
Volledigeimplementatie

31. Vragen?
31

32. Volledige lineage
32

33. Radiaal
33

34. 34

35. Skelet
35

36. 36

37. 37

38. 38

39. 39

40. 40