Detección y caracterización de Herpesvirus en murciélagos ...
Detección y caracterización molecular de microorganismos y... · Detección y caracterización...
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Detección y caracterización molecular de microorganismos
Aplicaciones de las técnicas moleculares
Detección e identificación (cuantitativa) del microorganismo (especialmente útil en aquellos de crecimiento “fastidioso” o que se encuentren en pequeñas cantidades en la muestra).
• Gran estabilidad del ADN • Posibilidad de determinar la presencia/ ausencia de gran número
de microorganismos (simultáneamente).• Muy rádido. Muy eficaz. Alta sensibilidad. Alta especificidad.
PCR CUANTITATIVAA T C G G C A T T T C G C C A T G C A A T C A A A A G T C C A TG A C
T A G C C G T A A A G C G GT A C G T T A G T T T T C A GG T A C T G
94ºC
T C C A T G A C
A G G T A C T G
A T C G G C A T T T C G C C A T G C A A T C A A A A G T C C A TG A C
T A G C C G T A A A G C G GT A C G T T A G T T T T C A G G T A C T G
56ºC
A T C G G C A T T T C G C C A T G C A A T C A A A A G T C C A TG A C
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T C C A TC A T G C A A T C A
FQ
72ºC
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CURVAS PATRÓN Y REAL TIME C. COLI (FAM)
10-1
muestra 1 +
1
muestra 2+
10-2
muestra 3+
10-4
10-3
muestra NEGATIVA
10-5
10-6
blanco
PCR Quantification Spreadsheet Data for FAM-490 Well Identifier Ct
A01A02A03A04A05A06B01B02B03B04B05B06C01C02C03C04C05C06D01D02D03D04D05D06E01E02E03F01F02F03G01G02G03H01H02H03
N/AN/AN/A
N/AN/AN/A
23,422,922,824,424,624,126,626,526,919,219,219,43030,730,431,631,631,33433,633,3
37,33737,2N/AN/AN/AN/AN/AN/A
Blanco
muestra 1 +
muestra 2 +
muestra 3 +
muestra NEGATIVA
CARACTERIZACIÓN MOLECULAR
• Serotipificación por PCR• MLST (multi locus sequence typing)• VNTRs (variable number tandem repeats)• microarrays
Permite la identificación del microorganismo.Permite diferenciar cepas. Aplicación en estudios de distribución, epidemiología, etc.Permite conocer las características del microorganismo (virulencia, resistencia a antibióticos, etc).
ANTIGENO O SALMONELLA MULTIPLEX PCR
C1 C1
C1
C1
1. marcador2. C13. D1 + sdf4. D1 + sdf5. C16. E1/47. D1 + sdf enteriti8. B typhimurium9. E1/4 meleagridis10. C1 Mbandaka11. C2 Hadar12. D1 panama13. C1 virchow14. C1 infantis
D1 + sdf D1 + sdf
E1 E1
B
D1
C2
C1 341 pbD1/A 624 pbsdf 293 pbE1/4 283 pbB 561 pbC2 397 pb
SEROTIPIFICACIÓN MOLECULAR DE SALMONELLA (antígeno O)
MLST: comparación de secuencias de genes conservados (housekeeping)
CEPA 1
TTCTGTTACGCGTAATGGTCATGGTCATGGTCATGGTCATGGTCGATCCATTGCATT
CEPA 2
TTCTGTTACGCGTAATGGTCATGGTCATGGTCGATCCATTGCATT
VNTRs (variable number tandem repeats)
MICROARRAYS
ADN bacteria crecida en medio no estresanteADN bacteria crecida en medio estresante
TTG
TTC
ATG
AAT
TGG
CG
GC
GEN VIR1 GEN VIR2 GEN VIR3 GEN VIR4 GEN VIR5 GEN VIR6
AA
CA
AG
TAC
TTA
AC
CG
CC
G