Genre: Sprookje. De verteller ook noemt het verhaal in het begin een sprookje. Er komen typische sprookjesfiguren in voor: elven en kabouters. Ook is het verhaal gebouwd op de typische tegenstelling tussen goed en kwaad. Het is ook een psychologische roman: het gaat over hoe mens en zijn fantasie met elkaar omgaan.

Tijd: Het verhaal is chronologisch verteld. Soms zijn er flash-backs waarin Johannes terugdenkt aan eerdere ervaringen. De vertelde tijd bestaat uit twee jaar, met sprongen in de tijd en tijdsverdichting. De verteller vertelt het verhaal achteraf. Het speelt af in de negentiende eeuw, omdat er over industrialisatie gesproken wordt, maar nergens wordt er een duidelijke tijdsaanduiding gegeven. Het verhaal is in de verleden tijd geschreven. 

Vertelsituatie: In dit verhaal zit een objectief-perspectief, je leert de verhaalfiguren kennen door de ogen van de schrijver.  Er is een alwetende verteller, die zich meteen al in de eerste zin van het verhaal presenteert. De schrijver richt zich rechtstreeks tot de lezer en weet meer dan Johannes. De verteller beschrijft nauwkeurig de gevoelens van de hoofdpersoon en beschrijft andere personen door de ogen van Johannes. 

Ruimte: In het boek is er een duidelijke tegenstelling van ruimten: de natuur tegenover de stad. Het huis waar Johannes woont -met z'n familie en z'n huisdieren: Presto de hond en de kat Simon- ligt dicht bij zee in een duin- en bosrijke omgeving. Voor Johannes is dit zijn wereld en daar voelt hij zich gelukkig. De tochten met Windekind vinden daar ook plaats. In de grote stad voelt Johannes zich ongelukkig, het stinkt er, is groot, armoedig, druk, ellendig en vol ziekte. Johannes ervaart het als een plaats waar geen mens gelukkig kan worden.

Motieven:-Fantasie: Johannes fantaseert dat hij Windekind, Pluizer en de anderen ontmoet.-Twijfel: Johannes twijfelt of hij de mensen moet geloven of Windekind en Pluizer.-Vriendschap: Johannes krijgt en verbreekt veel vriend- schappen en dit verhaal.-Liefde voor iets: Als Johannes eenmaal vriendschap heeft gesloten houdt hij daar stevig aan vast. De tegenstellingen tussen de stad en de natuur, fantasie en wetenschap spelen een belangrijke rol. Ook het begrip dat elke figuur voorstelt: Windekind stelt de ongerepte kinderfantasie, liefde voor de natuur en het verlangen naar schoonheid voor. Wistik symboliseert de drang naar het kennen en begrijpen van alle aspecten van het leven en de dwaalweg van het zoeken naar kant-en-klare antwoorden op alle vragen ('het ware boekje). Robinetta stelt de jeugderotiek voor. Pluizer en dokter Cijfer stellen het rationalistisch denken voor. 

Thema: Hoe de geestelijke ontwikkeling van een kind naar volwassenheid op symbolische wijze getekend wordt: Een opgroeiende jongen komt voor de belangrijke keuze te staan om te kiezen of hij mens moet blijven of met het Grote Licht moet meegaan. Het kind wordt voortdurend beziggehouden door vragen (over zin van het leven, geluk/verdriet, leven/dood, en het waarom van alles). Het antwoord hierop leidt tot de essentie van het leven maar ook de dood. Uiteindelijk wil hij niet meer zoeken maar gaat een leven leiden in dienst van de mensheid.

Thematiek: In De kleine Johannes wordt op symbolische wijze de geestelijke ontwikkeling van een kind naar zijn volwassenheid getekend. Het betreft hier echter geen alledaags kind, maar een kind dat doorlopend geoccupeerd wordt door fundamentele vragen over zin en onzin van het leven, over geluk en verdriet; leven en dood, waarheid en leugen en over het waarom van zo vele andere dingen. Het antwoord op al deze vragen zou moeten leiden tot het

begrijpen van de essentie van het leven, maar ook van de dood. Uiteindelijk blijft Johannes niet langer zoeken en vragen, maar neemt hij een beslissing: hij wil een zo goed en zinvol mogelijk leven leiden door zich in dienst te stellen van de mensheid. De auteur koos de vorm van een sprookje en schetst de ontwikkelingsgang van Johannes in vijf opeenvolgende levensfasen, waarbij elke fase gesymboliseerd wordt in een allegorische sprookjesfiguur; elk figuur personifieert/symboliseert een abstract begrip:Windekind symboliseert aanvankelijk de ongerepte kinderfantasie, de liefde voor de natuur en het verlangen naar schoonheid.Wistik symboliseert de drang naar het kennen en begrijpen van alle aspecten van het leven en de dwaalweg van het zoeken naar antwoorden op alle vragen (het "ware boekje") Robinetta luidt de derde fase in; zij symboliseert de zuivere jeugderotiek, die momentaan geluk brengt, maar geen verlossing biedt en niet bestand is tegen de tijd. Pluizer en dokter Cijfer symboliseren in de vierde fase het uitsluitend rationalistisch willen begrijpen. In de vijfde en laatste fasé staat Johannes voor een beslissende keuze: de hem wenkende Windekind volgen (nu symbool voor het puur esthetische) of de menselijke gestalte (symbool voor een leidende en helpende existentie). Johannes' groei naar volwassenheid lijkt te zijn voltooid als hij ervoor kiest om aan de hand van de Geleider terug te gaan naar de stad, "waar de mensheid is en haar weedom". Johannes wil een goed mens onder de mensen worden.

Personages:

Johannes. Hij is de hoofdpersoon. Hij is een kleine jongen met een grote fantasie en een grote liefde voor planten en dieren. Hij vraagt en zoekt (naar waarheid). In het verhaal groeit hij op van kind tot jong volwassene, hij ontmoet daarbij achtereenvolgens Windekind, Wistik, Robinetta, Pluizer, de Dood, dokter cijfer en een menselijk gestalte zonder naam. Zij oefenen allemaal een tijdelijke of blijvende invloed op hem uit. Het zijn allemaal allegorische bijfiguren.Windekind. Hij is een elf en zoon van de zon. Hij leert Johannes alles van de natuur, leert hem de planten/dierentaal te verstaan, maar vervreemdt hem van de mensen. Windekind, en bijna alle dieren en planten, haat mensen, hij vindt hen lomp, dom en heerszuchtig. Hoewel Johannes een mens is laat Windekind hem toch alles zien omdat hij zijn vriend is.Wistik. Hij is de meest wijze van de kabouters, maar praat te veel. Wistik spoort de naar waarheid zoekende Johannes aan om het 'ware boekje te zoeken, wat gedoemd is te mislukken. Windekind wil niet dat Johannes naar Wistik luistert, maar doet dit toch en Windekind verlaat hem.Pluizer. Hij symboliseert samen met zijn leerling dokter Cijfer de materialistische wetenschap. Hij ontkent het bestaan van alles wat bovenmenselijk is, heeft minachting voor gevoelens en vindt het leven zinloos. Pluizer leert Johannes alles van de zin van het bestaan en de dood.Hein, de Dood. Pluizer brengt Johannes met hem in contact. Eerst is hij bang voor hem, maar later wil Johannes zelfs dat hij hem meeneemt opdat hij Windekind terugvindt.

Het verhaal

1. Johannes woont in een oud huis met een grote tuin. Tijdens zijn wandelingen met zijn vader stelt hij vaak domme vragen ('waarom is de wereld zoals zij is?'). Hij bidt vaak om een wonder, waarvan hij weet dat het er ooit aan zal gaan komen. 

2. Als Johannes met zijn hond Presto op de vijver drijft komt er een blauwe waterjuffer aan

die verandert in een elf. Hij heet Windekind en wil Johannes z'n vriend worden, op voorwaarde dat Johannes nooit zijn naam aan een mens vertelt. Door een kus van Windekind wordt Johannes kleiner en verstaat plotseling de taal van planten en dieren. Windekind zal hem de wonderen der natuur laten zien, beter dan de schoolmeesters doen. In een krekelschool leert Johannes dat krekels bovenaan alle dieren staat omdat ze kunnen vliegen, springen en kruipen. En de mens staat zeer laag omdat het dat niet kan. Hierna voert Windekind hem naar een feest in een konijnehol, ten bate van dieren die het slachtoffer zijn geworden van mensen. Johannes krijgt van de elvenkoning Oberon een gouden sleuteltje, dat op een kistje past waarin schatten zitten. Ze verlaten het feest als Johannes begint te lachen om de manier waarop de dieren dansen. Ze vallen buiten in slaap. 

3. De volgende dag begint Presto Johannes te zoeken, hij vindt hem in de duinen. Johannes denkt dat hij gedroomd heeft maar vindt het sleuteltje in zijn hand. Thuis moet Johannes zijn vader beloven niet meer weg te lopen, maar Johannes wil niks beloven. Op school heeft Johannes zijn hoofd er niet bij. Na een paar dagen ontmoet hij Windekind weer en samen gaan ze het sleuteltje veilig opbergen omdat Johannes zijn wasdag eraan kwam en dan zijn sleuteltje zichtbaar zou zijn en zijn vader hem dan thuis zou houden. 

4. Na drie weken wil Johannes Windekind zien en een duif geeft hem een veertje waardoor hij kan vliegen. Duiven leiden hem naar Windekind en samen bezoeken zij de mieren. De mieren bereiden zich voor te strijden tegen de Strijdmieren (zij noemen zichzelf Vredemieren, maar alle mieren zijn even oorlogszuchtig en noemen zichzelf zo). In het bos ziet Johannes hoe een groep mensen de rust verstoort. Daardoor wordt Johannes bedroefd en besluit bij Windekind te blijven. 

5. Windekind vertelt Johannes over de kabouters en Johannes wil ze zien. Hij ontmoet Wistik die een kruisspin uit een boekje voorleest over Kribbelgauw, de held van de kruisspinnen. Kribbelgauw is in de boekjes voor andere dieren juist een monster. Johannes wil weten in welk boekje de waarheid staat. Wistik weet van een 'waar boekje, hij zoekt er al zijn hele leven naar. Wistik verdwijnt en Windekind zegt dat dat boekje niet bestaat en dat hij niet naar Wistik moet luisteren, maar Johannes blijft over dat boekje denken.

6. Windekind zegt dat Wistik al veel mensen naar dat boekje heeft laten zoeken en hen zo ongelukkig gemaakt. Maar Johannes wil antwoorden op zijn vragen en gaat terug naar Wistik. Wistik zegt dan 'Mensen hebben het gouden kistje, elfen hebben de gouden sleutel, elvenvijand vindt het niet, mensenvriend slechts opent het. Lentenacht is de rechte tijd, en roodborstje weet de weg.' Johannes denkt dat hij de aangewezen persoon is het kistje te vinden, gaat terug naar Windekind maar vindt hem niet. 

7. Johannes dwaalt verdrietig door het bos. Hij komt aan bij een tuinman, waar hij mag blijven gedurende de winter. Daar lezen ze uit een boek waarin over God gesproken wordt, maar dit is volgens Johannes niet het 'ware boekje.

8. In de lente ontmoet hij een blond meisje, Robinetta met haar roodborstje. Hij brengt een leuke tijd met haar door. Wistik herinnert Johannes eraan het boekje te vinden. Robinetta zegt te weten waar het is. 

9. Robinetta's vader laat Johannes de bijbel zien in de veronderstelling dat dat het boek is waar Johannes naar zoekt. Maar Johannes zegt dat dat niet het ware boek is want anders zou

er vrede zijn en dat is er niet. Hij zegt dat hij geen eerbied heeft voor God. De vader wordt kwaad en stuurt Johannes weg. Johannes gaat dan het boekje zoeken maar vindt het niet. Hij vindt wel het mannetje Pluizer. Hij zegt dat hij een vriend van Wistik is en meer weet dan Wistik. Hij zegt dat Windekind nog veel dommer is dan de kabouter. Johannes zou alle gedroomd hebben. Alleen hij, Pluizer, bestaat echt en zal Johannes helpen het 'ware boekje te vinden. 

10. Als Johannes wakker wordt is hij in een kamertje van Pluizer in de stad. Hij ontmoet Pluizer's vriend Hein. Daarna brengt Pluizer hem naar zijn leerling dokter Cijfer, die bezig een konijn te onderzoeken. Pluizer vertelt dokter Cijfer over het boekje dat Johannes zoekt. Dokter Cijfer wil Johannes wel helpen als hij sterk is en niet klein en teerhartig.  

11. Pluizer toont Johannes de armoede en ellende van het mensenbestaan in de stad. Ze gaan naar een dansfeest en Pluizer laat de ijdelheid en verveling achter de lachende mensen zien. De rondleiding eindigt op het kerkhof. Ze worden voorgegaan door een worm en bekijken het graf van een vrouw die op het feest was van binnen. Het is nu een halve eeuw later want voor Pluizer bestaat geen tijd. Ze bezoeken een paar andere graven en op het laatst het graf van Johannes, waarop hij flauwvalt. 

12. De volgende ochtend zijn ze terug bij dokter Cijfer en begint Johannes met leren. Hij doet dat maanden lang maar hoe meer hij leert hoe duisterder het wordt. Cijfer laat niet toe dat Johannes iets bewondert, als een bloem. Cijfer leert hem dat dat ondoelmatig is. Zijn verlangen naar Windekind en Robinetta nemen ook langzamerhand af. Ondertussen laat Pluizer hem de zinloosheid zien van alles. Johannes voelt zich hulpeloos, als een verminkt insekt die aan een touwtje zit waaraan Pluizer trekt. Pluizer zegt dat Johannes het sleuteltje met het boekje vergeten moet., hij moet net zo worden als dokter Cijfer.

13. In het voorjaar verlangt Johannes naar de duinen. Hij gaat naar de duinen als zijn vader op sterven ligt. Nadat zijn vader overleden is wil Pluizer hem opensnijden om te zien wat er mis was. Dan komt Johannes voor het eerst in verzet tegen Pluizer en Pluizer verdwijnt. Bij het sterfbed zit Hein en hij prijst Johannes en zegt dat Pluizer niet meer terug zal komen. Johannes wil met Hein mee maar Hein weigert: Johannes hield van mensen hoewel hij dat zelf niet wist. 

14. Buiten ziet Johannes Windekind met het sleuteltje en rent hem achterna. Op het strand aangekomen ziet hij Windekind met Hein in een boot zitten, van de andere kant komt een mens aangelopen. Die stelt Johannes voor de keuze naar het Grote licht (in de boot) te gaan of naar de mensheid (met de gestalte). Johannes kiest voor het laatste.