Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat...
Transcript of Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat...
![Page 1: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/1.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban
Integrált biológiai adatbázisok
Cserző Miklós
2018
![Page 2: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/2.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
A mai előadás
➢ A genom annotálás jelentősége
➢ Genome Reference Consortium
➢ Gene Ontology
➢ Az „ensembl” pipeline
➢ Lekérdezés a web-felületen keresztül
➢ Az osztott annotációs rendszer (DAS)
➢ A BioMart felület használata
➢ Adatelérés FTP-portálon
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 2
![Page 3: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/3.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Miért annotálunk genomot?
➢ A szekvenálás gyors és olcsó
➢ Az adatok kisérletes igazolása viszont drága
➢ Az élőlények származástani rokonságban állnak egymással
➢ Az egyik élő rendszerben megszerzett kisérletes adatot fel lehet használni egy rokon esetében is
➢ Ezzel időt, pénzt, fáradtságot lehet megtakarítani
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 3
![Page 4: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/4.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Genom Reference Consortium
➢ A nagy genom szekvenálások nemzetközi összefogással mennek
➢ Nemcsak egyetlen egyed genomja érdekes
➢ Kell egy referencia az egyes fajokra
➢ A fajon belüli eltéréseket ehhez viszonyítjuk
➢ Honlap: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/genome/assembly/grc/index.shtml
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 4
![Page 5: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/5.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 5
![Page 6: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/6.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 6
![Page 7: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/7.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 7
![Page 8: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/8.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 8
![Page 9: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/9.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Mivel annotáljunk?
➢ Gene Ontology Consortium
➢ Zárt annotációs szótár – egy bizottság dönt, mi kerülhet bele
➢ Cél: a gének pontos és teljes leírása
➢ Követelmény: a leírás legyen koherens, általános és gépi feldolgozásra alkalmas
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 9
![Page 10: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/10.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
A megvalósítás
➢ Besorolás három szempont szerint:
➢ Folyamat (biological_process)
➢ Sejtalkotó (cellular_component)
➢ Működés (molecular_function)
➢ Három viszony:
➢ „is_a”
➢ „part_of”
➢ „regulates”
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 10
![Page 11: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/11.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
A módszer
➢ 12 modell-lény – és egy népes szakértői csapat
➢ Elsődleges forrás: közvetlen kisérletes adatok
➢ Másodlagos forrás: homológ fehérjék annotációja
➢ Azt is jelzik, ha nincs adat
➢ Honlap: http://www.geneontology.org/
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 11
![Page 12: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/12.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 12
![Page 13: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/13.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 13
![Page 14: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/14.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 14
![Page 15: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/15.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 15
![Page 16: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/16.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 16
![Page 17: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/17.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 17
![Page 18: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/18.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 18
![Page 19: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/19.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 19
![Page 20: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/20.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 20
![Page 21: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/21.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 21
![Page 22: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/22.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 22
![Page 23: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/23.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 23
![Page 24: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/24.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 24
![Page 25: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/25.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 25
![Page 26: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/26.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 26
![Page 27: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/27.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 27
![Page 28: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/28.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 28
![Page 29: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/29.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Az ENSEMBL analízis pipeline
➢ Az automatikus genomi annotáció a cél
➢ A kézi annotáció lassú és szubjektív
➢ A gépi gyors és konzisztens
➢ A legtöbb felhasználandó eszköz már kész
➢ Bemenő adatokbázisok: ENA, cDNS, UniProt, EST
➢ A pipe-line megfelelő sorrendben meghívja a programokat és az eredményt adatbázisba rendezi
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 32
![Page 30: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/30.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
A megvalósítás
➢ A pipeline moduláris szerkezetű – Runnable és RunnableDB
➢ Ezek egy bizonyos feladatot végeznek
➢ Hierarchikus – RuleManager
➢ Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt
➢ A számítások „computer farm”-on mennek
➢ ~1000 node, közös adatbázist ér el
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 33
![Page 31: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/31.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 34
![Page 32: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/32.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 35
![Page 33: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/33.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 36
![Page 34: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/34.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 37
![Page 35: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/35.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
„Automatic Gene Annotation Sytem”
➢ Része az ENSEMBL pipeline-nak
➢ Célja:
➢ Fehérje kódoló és RNS gének azonosítása
➢ Exon-intron szerkezetük feltérképezése
➢ Annotálása fehérje, cDNS és EST adatbázisok alapján
➢ A rendszer szabadon elérhető és használható
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 38
![Page 36: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/36.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Az eljárás ‘raw compute’
➢ Lépések:
➢ RepeatMasker – nagy számban előforduló szakaszok azonosítása
➢ Genescan – fehérje kódoló gének keresése
➢ tRNSscan – RNS gének keresése
➢ eponine – transcripciós start-helyek keresése
➢ BLAST – fehérjék keresése homológia alapján
➢ A feldolgozás clone és contig szinten folyik
➢ Először gyors keresés – aztán pontosítás
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 39
![Page 37: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/37.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Kombinált módszerek
➢ Az Ab initio génpredikció hasznos, de nem megbízható
➢ Genescan túl sok gént talál, viszont rövid exonokat hajlamos elveszíteni
➢ BLAST kereséssel meg kell támogatni az eredményt
➢ A BLAST viszont nem alkalmas exon-intron szerkezet megadására
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 40
![Page 38: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/38.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Transzkript modellek
➢ Az adatbázis kiválasztása kulcsfontosságú
➢ A saját faj adatbázisa az elsődleges
➢ Más fajok adatbázisát is felhasználják a saját adat hiányában, de csak másodlagosan
➢ Ez áll a fehérje és cDNS adatokra is
➢ Így transzkript modelleket jósolunk először
➢ A két modell biztosan nem esik egybe a nem-transzlált régiók miatt (UTR)
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 41
![Page 39: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/39.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Pmatch
➢ Gyorsan talál meg 100%-os egyezéseket
➢ A fehérje darabjainak egy szálon kell lenni
➢ A daraboknak jó sorrendben kell lenni
➢ A fehérje 25%-t legalább meg kell találni
➢ Egy fehérjéből a legjobb találatot megtartjuk
➢ Meg a továbbiakat is, ha csak 2% a különbség
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 42
![Page 40: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/40.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
genewise
➢ A pmatch jelentősen lecsökkenti a vizsgálandó szegmensek hosszát
➢ Utána genewise – fehérje szintű illesztés splice-helyekkel és frame eltolással
➢ Viszont elég lassú
➢ miniseq: a megtalált nyers exonokat megtoldjuk 200 bázissal mindkét irányba
➢ Ez kezelhető méretűvé csökkenti a szekvenci hosszát
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 43
![Page 41: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/41.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
További finomítás
➢ Az eljárást megismételjük más fajokból származó fehérjékkel
➢ Csak az új találatokkal foglalkozunk
➢ A cDNS adatbázis saját fajhoz tartozó részét illesztjük a genomra (exonerate)
➢ A találatokat rangsoroljuk és kiválogatjuk
➢ A génszerkezetet kiegészítjük az UTR szakaszokkal
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 44
![Page 42: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/42.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Végső modell (GeneBuilder)
1. Az egymással átfedő helyzetben lévő génmodelleket közös klaszterbe soroljuk
2. A közös exonnal rendelkező modelleket közös gén-klaszterekbe soroljuk
3. A nagyon nagy klasztereket megszűrjük és csak a legjobb 10-et tartjuk meg (ritka eset)
4. Ismét klaszterezzük a géneket, ha az előző lépés új klasztereket hozott volna létre
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 45
![Page 43: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/43.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 46
![Page 44: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/44.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 47
![Page 45: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/45.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 48
![Page 46: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/46.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Az ENSEMBL felület
➢ Honlap: http://www.ensembl.org/index.html
➢ Közel 200 élőlény – többségében gerinces
➢ Ingyenesen elérhető, folyamatosan fejlesztik
➢ Közös Európai fenntartású kezdeményezés
➢ Több módon is elérhetők az adatok:
➢ Web, BioMart, FTP
➢ Adatok feltöltése is lehetséges
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 49
![Page 47: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/47.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 50
![Page 48: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/48.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 51
![Page 49: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/49.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 52
![Page 50: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/50.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 53
![Page 51: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/51.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 54
![Page 52: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/52.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 55
![Page 53: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/53.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 56
![Page 54: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/54.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 57
![Page 55: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/55.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 58
![Page 56: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/56.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 59
![Page 57: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/57.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 60
![Page 58: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/58.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 61
![Page 59: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/59.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 62
![Page 60: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/60.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 63
![Page 61: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/61.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 64
![Page 62: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/62.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 65
![Page 63: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/63.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 66
![Page 64: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/64.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 67
![Page 65: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/65.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 68
![Page 66: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/66.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 69
![Page 67: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/67.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 70
![Page 68: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/68.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 71
![Page 69: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/69.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 72
![Page 70: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/70.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 73
![Page 71: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/71.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 74
![Page 72: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/72.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 75
![Page 73: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/73.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 76
![Page 74: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/74.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 77
![Page 75: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/75.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Az osztott annotációs rendszer (DAS)
➢ Célja:
➢ Saját adatok feltüntetése az ENSEMBL felületen
➢ Adatok megosztása együttműködők közt
➢ Feltöltéshez használható egy külön fül a felületen
➢ A formátum kötött, alapvetően szöveges (ld. „Help”)
➢ ENSEMBL regisztráció és belépés segít
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 78
![Page 76: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/76.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 79
![Page 77: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/77.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 80
![Page 78: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/78.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 81
![Page 79: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/79.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Kapcsolódó eszközök
➢ BLAST/BLAT
➢ BioMart
➢ Adatletöltési lehetőségek
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 82
![Page 80: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/80.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 83
![Page 81: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/81.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 84
![Page 82: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/82.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 85
![Page 83: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/83.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 86
![Page 84: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/84.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 87
![Page 85: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/85.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Tömeges lekérdezés
➢ BioMart rendszer
➢ Web-felületen át elérhető
➢ Az adattartalom azonos az interaktív felületem megjelenítettel
➢ Szöveges eredményt ad
➢ Nagy adattömeget fogunk kapni eredményül
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 88
![Page 86: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/86.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 89
![Page 87: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/87.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 90
![Page 88: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/88.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 91
![Page 89: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/89.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 92
![Page 90: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/90.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 93
![Page 91: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/91.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 94
![Page 92: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/92.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 95
![Page 93: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/93.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 96
![Page 94: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/94.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 97
![Page 95: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/95.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 98
![Page 96: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/96.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 99
![Page 97: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/97.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 100
![Page 98: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/98.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 101
![Page 99: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/99.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 102
![Page 100: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/100.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
A teljes adatbázis letöltése
➢ FTP (File Transfer Protocol)
➢ Az összes faj összes adata ami az ENSEMBL-ben van
➢ Szekvencia adatok➢ Teljes változatban
➢ Részben feldolgozva
➢ Annotációs adatok
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 103
![Page 101: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/101.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 104
![Page 102: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/102.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 105
![Page 103: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/103.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 106
![Page 104: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/104.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 107
![Page 105: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/105.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 108
![Page 106: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/106.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 109
![Page 107: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/107.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 110
![Page 108: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/108.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Mit tanultunk ma?
➢ Az integrált adatbázisok nagyon hatékonyeszközök
➢ Rugalmasak és könnyen használhatók
➢ Az adatbázisok egymástól függenek – ezveszélyes lehet
➢ A tökéletes adatbázis a bioinformatika végsőcélja
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 111
![Page 109: Cserző Miklós 2018 - Semmelweis Egyetem · Hierarchikus –RuleManager Ez osztja ki a feladatokat és ellenőrzi az eredményt A számítások „computer farm”-on mennek ~1000](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081514/5f01fd3b7e708231d4020710/html5/thumbnails/109.jpg)
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest
Feladat 6.
➢ Keresd meg a neked legérdekesebb fehérjétvagy gént valamelyik ENSEMBL genombanés próbálj megtudni minnél többet róla.
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban - 6 112