C.I.B.

Lille

Couplage BASE/Outils de Data Mining

Pierre LAURENCE

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Plan

• Introduction• MIAME• Base de données• BASE• Intégration d’outils de Data mining• Conclusions

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Introduction

• Le volume des données pour l’étude du transcriptome est de plus en plus important :Pour une expérience ‘classique’ d’une puce

à 7500 points, plus de 300 000 valeurs associées aux données brutes

Volonté d’intégrer aux analyses des informations supplémentaires

Besoin de stocker d’une façon organisée les informations qui circulent dans un laboratoire de puces à ADN

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MIAME (1/2)

• Minimal Information About a Microarray Experiment

• Spécifier la nature de l’information qui doit être fournie pour l’étude sur micro-puce pour faciliter La vérification La comparaison L’interprétation La reproduction

• Motivation La création d’espaces publiques d’échanges de

résultats de micro-puces

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MIAME (2/2)

• 4 groupes d’informations : Le design de la lame : disposition des spots,

contrôles qualités, protocoles de spotting …

Le matériel biologique : les échantillons utilisés, la préparation de l’extraction, le marquage et l’hybridation.

Les mesures et quantifications : données brutes sorties des logiciels d’analyse d’images (Imagene, Genepix…)

L’expérience : objectif(s) et méthodes d’analyses (normalisations, tests statistiques, …)

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BASE (BioArray Software Environment) (1/7)

BASE DE DONNEES

SERVEUR WEB distant ou local

CLIENTS : Laboratoires de transcriptomique

Université de Lund (Suède)

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BASE (2/7)

Expérience : Experiment / Analyse Data

Mesures et quantifications

Design de lame :Array LIMS

( Laboratory Information Management System )

Matériel biologique : Biomaterial

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BASE : accueil (3/7)

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BASE : reporters (4/7)

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BASE : raw data sets (5/7)

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BASE : analysis steps (6/7)

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BASE : plugins (7/7)

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Intégration d’outils de DM (1/2)

• Système de plugins intégré• Existence d’API (C++, JAVA, R)• Gestionnaire de jobs évolué

DM

GRID

BASE

Données

export data

API

Plugin

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Intégration d’outils de DM (2/2)

• En cours de développement, plugin « Régles d’Associations » (à partir du travail de M. Khabzaoui)

• Tests «biologiques» grâce aux plateformes transcriptomiques de la Génopole de Lille

• Par la suite, mise à disposition pour la communauté BASE

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Conclusions

• Avantages pour le développement InterfaceGestion de plugins Jobs managerAPI

• Avantages pour les biologistesAucun changement d’habitudeLes données restent confidentiellesDes nouveaux outils innovantsUne éventuelle grille serait transparente