11/10/2016

1

Chemická literatura

3. 11. 2016Etika, Citace, Odkazy

• Etika vědecké práce– Plagiátorství– Autorství

• Citace– Formáty– Programy

• Odkazy– Obrázky– Tabulky

• Postup recenze

Etika

• Co znamená etika ve vědecké práci?

11/10/2016

2

Etika

• Čestnost• Objektivita, opatrnost• Otevřenost/Respekt k

duševnímu vlastnictví

http://www.tissuegroup.chem.vt.edu/chem-ed/ethics/ navštíveno 1.11.2015https://www.niehs.nih.gov/research/resources/bioethics/whatis/ navštíveno 1.11.2015

Etika

• Honesty• Objectivity• Integrity• Carefulness• Openess• Respect for Intellectual

Property• Confidentiality• Responsible Publication

• Responsible Mentoring• Respect for colleagues• Social Responsibility• Non-Discrimination• Competence• Legality• Animal Care• Human Subjects

Protection

https://www.niehs.nih.gov/research/resources/bioethics/whatis/ navštíveno 3.11.2016

Etika

• Čestnost, Objektivita, Celistvost– Dez/Interpretace dat– Ne/Falšování– Ne/Zaujatost

• Výběr prezentovaných dat– Ne/Podstatná– Ne/Hodící-se

• Recenzování– Dle výsledků– Dle osobních zájmů

https://www.niehs.nih.gov/research/resources/bioethics/whatis/ navštíveno 3.11.2016

11/10/2016

3

Etika

• Pečlivost– Laboratorní deník– Ne/Reprodukovatelnost

• Otevřenost– Ne/Sdílení dat, nápadů …– Ne/Příjem kritiky, nápadů

• Repektování duševního vlastnictví, důvěrnost– Ne/Použití dat pouze se

souhlasem ‚autora‘– Ne/použití důvěrných

informací

https://www.niehs.nih.gov/research/resources/bioethics/whatis/ navštíveno 3.11.2016

Statistika

• Potřeba zvolit vhodnou statistickou metodu– Medián/průměr? …

• Zapojení zdravého rozumu

• Příčina/Důsledek/Korelace– Když jdu spát v botách, bolí mě ráno hlava -> Spaní v

botách způsobuje bolest hlavy.

• Využití/Zneužití statistiky

Co je třeba citovat …

11/10/2016

4

Co je třeba citovat …

• Zdroje, ze kterých myšlenkově vycházím

• Zdroje dat/konkrétních údajů/obrázků

• Např.… Zatímco cholesterol v membráně vytváří krystaly,1

ostatní lipidy se rovnoměrněji rozprostřou.2

• Specifické fráze– Uvozovky

• Více než pět po sobě jdoucích slov

Plagiátorství

Plagiátorství= Využití zdroje bez jeho uvedení

• Neuvedení citace u– Dat– Obrázků– Myšlenek– …

• Převzetí většího množství textu, jeho struktury apod. bez uvozovek

• Použití vlastního již publikovaného textu

• Použití vlastního již publikovaného obrázku bez souhlasu původního časopisu

11/10/2016

5

Autorství

• Kdo je autor práce?

Autorství

• Autor– Podílí se na práci nenahraditelným

způsobem– Pracuje s myšlenkou

– Hlavní autor– „Dav“– Korespondenční autor

• Ostatní – Poděkování– Finance!

Estimation of Skin Permeability–

Markéta Paloncýová, Kateřina Vávrová, Žofie Sovová, Russell DeVane, Michal Otyepka, Karel Berka

Regional Centre of Advanced Technologies and Materials Department of Physical Chemistry, Faculty of Science

Palacký University Olomouc, tř. 17. listopadu 12, 771 46, Olomouc, Czech Republic

Simulation Approaches

11/10/2016

6

Acknowledgement

• Michal Otyepka• Karel Berka• Veronika Navrátilová• Martin Šrejber• Petr Voňka• Žofie Sovová

• Gabin Fabre• Patrick Trouillas

• Kateřina Vávrová

• Bruce Murch• Russell DeVane• Joanna Jaworska

• Alessandro Laio• Ina Bisha• Alex Rodriguez

Citace

• Citační styl– V textu– V bibliografii

• Dle druhu dokumentu– Článek– Kniha– Program– Webová stránka– Ústní sdělení

• DOI

• Např. ACS style guide– pubs.acs.org/styleguide

(3. 11. 2016)– Reference, obrázky,

formátování, struktury …

Citace - ACS

V textu• Číslo v horním indexu

– Za interpunkcí– Oscillation in the reaction of benzaldehyde

with oxygen was reported previously.3

• Číslo v závorce – kurzívou– Oscillation in the reaction of benzaldehyde

with oxygen was reported previously (3).

• Název autora + rok– The primary structure of this enzyme has

also been determined (Finnegan et al., 2004).

V seznamu referencí• Časopisy

– Jméno autora, (název článku), zkratka časopisu, rok vydání, číslo, strany

• Knihy– Jméno autora nebo editorů,

název knihy, vydavatel, místo vydání, rok vydání

• Ostatní– Dostatek informací pro

vyhledání zdroje

http://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/bk-2006-STYG.ch014, 3. 11. 2016

11/10/2016

7

Citace v textu

• Volná citace– The mineralization of TCE by a pure

culture of a methane-oxidizing organism has been reported.6

– Zatímco cholesterol v membráně vytváří krystaly,1 ostatní lipidy se rovnoměrněji rozprostřou.2

• Se jménem– The syntheses described by Fraser8

take advantage of carbohydrate topology.

– Více autorů: • Johnson et al.12

• Více zdrojů– Oddělené čárkou, pomlčkou

• in the literature2,5,8

• were reported3–5,10

• Vhodné místo ve větě– recent investigations (cite) – other developments (cite) – was reported (cite)– as described previously (cite)– previous results (cite) – were demonstrated (cite) – a molecular mechanics study (cite)– Marshall and Levitt’s approach (cite) – the procedure of Lucas et al. (cite)

http://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/bk-2006-STYG.ch014, 3. 11. 2016

Bibliografie - Časopisy

• Název časopisu– CASSI zkratka– Journal of the

American ChemicalSociety• J. Am. Chem. Soc

• Stanovený formát– Pořadí– Kurzíva– Tučně – Interpunkce…

• Časopisy– Author 1; Author 2; Author 3; etc. Title of

Article. Journal Abbreviation Year, Volume, Inclusive Pagination. • Sgrignani, J.; Magistrato, A. Influence of the

Membrane Lipophilic Environment on the Structure and on the Substrate Access/Egress Routes of the Human Aromatase Enzyme. A Computational Study. J. Chem. Inf. Model. 2012, 52, 1595–1606.

– Author 1; Author 2; Author 3; etc. Journal Abbreviation Year, Volume, Inclusive Pagination.• Shaik, S.; Kumar, D.; de Visser, S. P.; Altun, A.;

Thiel, W. P450 Enzymes. Chem. Rev. 2005, 105, 2279–2328.

http://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/bk-2006-STYG.ch014, 3. 11. 2016

Bibliografie - Knihy

• Knihy– Bez editora

• Author 1; Author 2; Author 3; etc. Chapter Title. Book Title, Edition Number; Series Information (if any); Publisher: Place of Publication, Year; Volume Number, Pagination.

• Le Couteur, P.; Burreson, J. Napoleon’s Buttons: How 17 Molecules Changed History; Jeremy P. Tarcher/Putnam: New York, 2003; pp 32–47.

– S editorem• Author 1; Author 2; Author 3; etc. Chapter Title (if any). In Book Title,

Edition Number; Editor 1, Editor 2, etc., Eds.; Series Information (if any); Publisher: Place of Publication, Year; Volume Number, Pagination.

• Almlof, J.; Gropen, O. Relativistic Effects in Chemistry. In Reviews in Computational Chemistry; Lipkowitz, K. B., Boyd, D. B., Eds.; VCH: New York, 1996; Vol. 8, pp 206–210.

http://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/bk-2006-STYG.ch014, 3. 11. 2016

11/10/2016

8

Bibliografie

• Závěrečné práce– Author. Title of Thesis. Level of Thesis, Degree-Granting

University, Location of University, Date of Completion.• Mäckel, H. Capturing the Spectra of Silicon Solar Cells. Ph.D. Thesis,

The Australian National University, December 2004.

• Patenty– Patent Owner 1; Patent Owner 2; etc. Title of Patent. Patent

Number, Date

Bibliografie – Elektronické zdroje

• Webové stránky– Author (if any). Title of Site.

URL (accessed Month Day, Year), other identifying information (if any).• International Union of Pure

and Applied Chemistry Home Page. http://www. iupac.org/dhtml_home.html (accessed April 24, 2005).

– Časopisy – pokud jsou zároveň tištěné, používáme citaci pro normální článek

• Programy– Více možností– Např.

• Author 1; Author 2; etc. Program Title, version or edition; Publisher: Place of Publication, Year.

• Binkley, J. S. GAUSSIAN82;Department of Chemistry, Carnegie Mellon University: Pittsburgh, PA, 1982.

Citační Programy

• Zotero• Mendeley• EndNote• Online generátory citací

• Správa souborů• Extrakce identifikátorů• Vyhledávání• Export citací• Word plugin• Sdílení• Zkratky časopisů

https://en.wikipedia.org/wiki/Comparison_of_reference_management_software navštíveno 1.11.2015

11/10/2016

9

Struktury

• ChemSketch– Vybrat styl

Obrázky

• „Obrázek“ s velkým „O“, pokud je za ním číslo obrázku

• Obrázky číslujeme postupně tak, jak se objevují v textu.

• Obvykle stanovený rozměr

• The block copolymers may contain a small but detectable fraction of impurities, as shown in Figures 1 and 2.

• The block copolymers may contain a small but detectable fraction of impurities (Figures 1 and 2).

• Figures 3–5 show the production of acid-reactive substances in three different oils. The deuterium-labeled substrate gave rise to the partial 1 H NMR spectra shown in Figure 2a,b.

http://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/bk-2006-STYG.ch015, 3. 11. 2016

Práce s obrázky

• Grafy– Excel– Origin, Matlab– Xmgrace, Gnuplot …

• Popis os• Vhodné měřítko• Přehlednost

• Obrázky, schémata, kresby– Corel, Photoshop …

• Autorská práva!• Grafická úprava

11/10/2016

10

11/10/2016

11

11/10/2016

12

Postup Odeslání Článku

• Sepsání práce• Formátování práce• Dopis editorovi – novelty, significance …• Recenze• Odpovědi recenzentům• Finální verze• Galley proof