生物配列解析基礎 - 東京大学 · 使用するファイルをアップします...
Transcript of 生物配列解析基礎 - 東京大学 · 使用するファイルをアップします...
![Page 1: 生物配列解析基礎 - 東京大学 · 使用するファイルをアップします (講義の前日までにはアップします) 講義が始まるまでにファイルをダウ](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022071212/6025d24c37543239607f5fe7/html5/thumbnails/1.jpg)
生物配列解析基礎
生物配列解析基礎
1
ガイダンス
法政大学 生命科学部応用植物科学科
大島 研郎
![Page 2: 生物配列解析基礎 - 東京大学 · 使用するファイルをアップします (講義の前日までにはアップします) 講義が始まるまでにファイルをダウ](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022071212/6025d24c37543239607f5fe7/html5/thumbnails/2.jpg)
生物配列解析基礎 2
![Page 3: 生物配列解析基礎 - 東京大学 · 使用するファイルをアップします (講義の前日までにはアップします) 講義が始まるまでにファイルをダウ](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022071212/6025d24c37543239607f5fe7/html5/thumbnails/3.jpg)
生物配列解析基礎 3
ホーム > 教育プログラム > 各講義のページ > 1. 生物配列解析基礎
生物配列解析基礎のページを開いてください
1. 「配列データベースとホモロジー検索」とその実習2. 「ゲノムデータベースとプログラミング」とその実習3. 「配列から機能を予測するさまざまな手法」とその実習4. 「分子進化と系統樹作成」とその実習
![Page 4: 生物配列解析基礎 - 東京大学 · 使用するファイルをアップします (講義の前日までにはアップします) 講義が始まるまでにファイルをダウ](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022071212/6025d24c37543239607f5fe7/html5/thumbnails/4.jpg)
生物配列解析基礎 4
あらかじめ、3つのソフトウェアをインストールしておいてください
1
BLAST (1回目の講義で使います) ActivePerl (1回目、2回目の講義で使います) MEGA (4回目の講義で使います)
![Page 5: 生物配列解析基礎 - 東京大学 · 使用するファイルをアップします (講義の前日までにはアップします) 講義が始まるまでにファイルをダウ](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022071212/6025d24c37543239607f5fe7/html5/thumbnails/5.jpg)
生物配列解析基礎
矢印1のサイトにアクセスします.ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/
Windowsの場合は,このファイルをダウンロードします
ダウンロードしたファイルをダブルクリックしてインストールします
5
BLAST (stand-alone BLAST)のインストール
1
2
![Page 6: 生物配列解析基礎 - 東京大学 · 使用するファイルをアップします (講義の前日までにはアップします) 講義が始まるまでにファイルをダウ](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022071212/6025d24c37543239607f5fe7/html5/thumbnails/6.jpg)
生物配列解析基礎
C:¥Users¥student>
コマンドプロンプトを立ち上げてください(Mac OS の場合はターミナル)
スタート Windowsシステムツール コマンドプロンプト
BLASTについての説明が表示されれば,OKです
「blastp -help」と入力して,リターン
> blastp -help
>
以下,省略して
と記述します
6
スペースが入ります
![Page 7: 生物配列解析基礎 - 東京大学 · 使用するファイルをアップします (講義の前日までにはアップします) 講義が始まるまでにファイルをダウ](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022071212/6025d24c37543239607f5fe7/html5/thumbnails/7.jpg)
生物配列解析基礎 7
ActivePerl のインストール
矢印1のサイトにアクセスします.https://www.activestate.com/products/perl/downloads/
1
2
3
ダウンロードしたファイルをダブルクリックしてインストールします
![Page 8: 生物配列解析基礎 - 東京大学 · 使用するファイルをアップします (講義の前日までにはアップします) 講義が始まるまでにファイルをダウ](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022071212/6025d24c37543239607f5fe7/html5/thumbnails/8.jpg)
生物配列解析基礎
コマンドプロンプトを立ち上げてください
スタート Windowsシステムツール コマンドプロンプト
Perl についての説明が表示されれば,OKです
「perl -v」と入力して,リターン
> perl -v
8
スペースが入ります
![Page 9: 生物配列解析基礎 - 東京大学 · 使用するファイルをアップします (講義の前日までにはアップします) 講義が始まるまでにファイルをダウ](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022071212/6025d24c37543239607f5fe7/html5/thumbnails/9.jpg)
生物配列解析基礎 9
MEGA のインストール
矢印1のサイトにアクセスします.https://www.megasoftware.net/ 1
ご自分のPC環境に合わせてダウンロードしてください
ダウンロードしたファイルをダブルクリックしてインストールします
MEGAが立ち上がるかどうか確認してください
![Page 10: 生物配列解析基礎 - 東京大学 · 使用するファイルをアップします (講義の前日までにはアップします) 講義が始まるまでにファイルをダウ](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022071212/6025d24c37543239607f5fe7/html5/thumbnails/10.jpg)
生物配列解析基礎
30
2020
10
生物配列解析基礎 のページに講義で使用するファイルをアップします
(講義の前日までにはアップします)
講義が始まるまでにファイルをダウンロードしておいてください
通信量のことを考慮して、講義は基本的には「A方式」で行いますが、必要な時には「B方式」(画面共有)に切り替えます