Camila – Eutheria (gene?) Neognathae (superordem) Sphenisciformes (ordem) Spheniscidae (família...

• Camila – Eutheria (gene?)

Eudyptes robustus

Eudyptes pachyrhynchus

Eudyptes schlegeli

Eudyptes chrysolophus

Eudyptes chrysocome

Eudyptes sclateri

Megadyptes antipodes

Aptenodytes patagonicus

Aptenodytes forsteri

Anas acuta

99

99

98

97

86

36

22

0.02

Neognathae (superordem)Sphenisciformes (ordem)Spheniscidae (família de pinguins)Eudyptes (E. robustus, E. pachyrhynchus, E. schlegeli, E. chrysocome, E. chrysolophus e E. sclateri) Aptenodytes (A. patagonicus e A. forsteri)Megadyptes (M. antipodes)Anseriformes (ordem)Anatidae (família de patos)Anas (A. acuta)•Região utilizada: CDS da subunidade 1 da citocromo oxidase.

Camila – Aves - Neognathae (COI)

ANURA - Microhylidae - Microhyla okinave

ANURA - Microhylidae - Microhyla ornata

ANURA - Microhylidae - Kaloula pulchra

ANURA - Ranidae - Rana nigromaculata

ANURA - Bufonidae - Bufo japonicus

ANURA - Hylidae - Hyla chinensis

ANURA - Hylidae - Hyla japonica

ANURA - Pipidae - Xenopus tropicalis

CAUDATA - Plethodontidae - Stereochilus

CAUDATA - Salamandridae - Lyciasalamandr

GYMNOPHIONA - Caecilidae - Siphonops ann

GYMNOPHIONA - Caecilidae - Gegeneophis r

90

99

75

71

98

39

44

86

81

0.000.050.100.15

Diego – Amphibia - Cytb

Método: UPGMA?Modelo: Tamura-Nei

Outgroup?Seria interessante enraizar a tua árvore. Pode ser com qq tetrápoda.

Lethenteron kessleri

Lampetra japonica

Lampetra appendix

Lethenteron japonicum

Lethenteron reissneri

Lampetra hubbsi

Lampetra richardsoni

Lampetra ayresii

Lampetra fluviatilis 1

Lampetra fluviatilis

Lampetra tridentata

Lampetra minima

Lampetra similis

Lampetra lethophaga

Lampetra macrostoma

Entosphenus lethophagus

Entosphenus tridentatus

Petromyzon marinus

Ichthyomyzon fossor

Ichthyomyzon unicuspis

Ichthyomyzon castaneus

Ichthyomyzon greeleyi

Ichthyomyzon bdellium

Chimaera monstruosa 3

Galeocerdo cuvier 2

Bombina maxima 16

Latimeria chalumnae 5

Neoceratodus forsteri 6

Polypterus ornatipinnis 4

Ornithorhynchus anatinus 7

Elephantulus sp 8

Geomys busarius 9

Felis silvestris 10

Dasypus novemcinctus 11

Cyclemys atripons 15

Alligator mississippiensis 12

Anas platyrhynchos 13

Iguana iguana 14

85

57

60

46

35

23

14

4

26

7

7

46

41 100

100

60

98

89

100

54

65

99

96

99

99

87

28

31

98

75

61

100

70

52

88

0.05

•Sequencias parciais de CytB para a Família Petromyzontidae (Hyperoartia) Diferentes gêneros e mais de uma espécie por gênero.•Alinhei e acrescentei as sequencias dos outros vertebrata.

•Talvez aqui fosse conveniente limitar o set de dados aos Hyperoartia e colocar duas ou três espécies como outgroups.

•A Família Petromyzontidae é monofilética mas os gêneros dentro desta família são parafiléticos.

•ok•Peixes cartilaginosos formaram grupo irmão com Hyperoartia além dos outros problemas já mencionados em sala de aula para o gene cytB neste nível hierárquico.

•Talvez seja só um problema de outgroup. É preciso ver como fica se vc colocar um grupo externo a todos estes organismos (um protocordado, por exemplo).

Helder

Bradypus variegatus

Bradypus tridactylus

Choloepus didactylus

Nothrotheriops shastensis

Mylodon darwinii


Dasypus novemcinctus

Felis silvestris 10

Euphractus sexcinctus

Cabassous unicinctus

Tamandua tetradactyla

Myrmecophaga tridactyla

Elephantulus sp 8

Geomys busarius 9


Bombina maxima 16


Galeocerdo cuvier 2




Iguana iguana 14




99

99

53

50

41

46

88

66

34

31

9

36

14

39

25

53

48

30

39

25

15

36

0.05

Você tentou enraizar aqui? Esta é a raiz da tua árvore. Se o MEGA não detectou, não tem problema, é a raiz a priori.

Helder

Xenarthra

Helder

Bradypus variegatus

Bradypus tridactylus

Choloepus didactylus

Nothrotheriops shastensis

Mylodon darwinii

Dasypus novemcinctus

Euphractus sexcinctus

Cabassous unicinctus

Elephantulus sp 8

Tamandua tetradactyla

Myrmecophaga tridactyla

100

87

33

77

84

51

51

33

0.02

Xenarthra

Afrotheria

É conveniente também colocar mais de um outgroup.Por exemplo, vc pode colocar duas espécies de AfrotheriaE uma de Laurasiatheria.

Ursus maritimus

Ursus arctos

Ursus spelaeus

Helarctos malayanus

Melursus ursinus

Ursus americanus

Ursus thibetanus

Selenarctos thibetanus

Felis silvestris 10

Canis latrans


Geomys busarius 9


Elephantulus sp 8

89

97

80

44

100

100

98

91

100

35

52

0.05

Helder

Ursus maritimus

Ursus arctos

Ursus spelaeus

Melursus ursinus

Ursus americanus

Ursus thibetanus

Selenarctos thibetanus

100

99

99

95

0.01

Mais uma vez, faltou a raiz.

Parece que todos os problemas ocorreram por causa de Outgroups não apropriados.

Helder

Felis catus gato

Canis lupus Cachorro

Ornithorhynchus anatinus

Geomys texensis Toupera

Didelphis virginiana Gamba

Macropus robustus Canguru

Dasypus novemcinctus Tatu

Bradypus tridactylus Preguica

Homo sapiens

Pan troglodytes Chimpanze

Elephantulus sp.

Alligator mississippiensis


Neoceratodus forsteri peixe pulmonado

Squalus acanthia Tubarao

Raja porosa Raia

Chimaera monstrosa 1

Polypterus ornatipinnis peixe 2

Osteoglossum bicirrhosum Peixe escamas


Petromyzon marinus Lampreia

Bombina maxima Anfibio

Bufo japonicus Sapo

Iguana iguana

Cyclemys atripons Tartaruga

Chelonia mydas Tartaruga

Struthio camelus Avestruz

Anas platyrhynchos Pato

Rhea americana Ema

99

99

99

71

99

95

71

78

49

62

68

24

38

35

63

38

26

53

31

36

12

8

14

13

15

8

0.02

WellingtonCOIModelo?

Felis catus gato

Canis lupus Cachorro

Ornithorhynchus anatinus

Geomys texensis Toupera

Didelphis virginiana Gamba

Macropus robustus Canguru

Dasypus novemcinctus Tatu

Bradypus tridactylus Preguica

Homo sapiens

Pan troglodytes Chimpanze

Elephantulus sp.

Alligator mississippiensis

Bombina maxima Anfibio

Bufo japonicus Sapo

Iguana iguana

Cyclemys atripons Tartaruga

Chelonia mydas Tartaruga

Struthio camelus Avestruz

Anas platyrhynchos Pato

Rhea americana Ema


Neoceratodus forsteri peixe pulmonado

Chimaera monstrosa 1

Squalus acanthia Tubarao

Raja porosa Raia

Polypterus ornatipinnis peixe 2

Osteoglossum bicirrhosum Peixe escamas


Petromyzon marinus Lampreia

99

99

99

71

99

95

71

78

49

62

68

24

38

35

63

38

26

53

31

36

12

14

8 15

8

13

0.02

WellingtonCOIModelo?

WellingtonCytBModelo?

Felis silvestris 10

Canis lupus Cachorro 29

Homo sapiens 27

Pan troglodytes Chimpanze 30

Dasypus novemcinctus 11 Tatu

Bradypus tridactylus Preguica 28

Elephantulus sp 8

Geomys busarius 9 Toupera

Didelphis virginiana gamba 22

Macropus giganteus Canguru 23


Cyclemys atripons 15 Tartaruga

Trachemys scripta elegans tartaruga 24

Iguana iguana 14


Anas platyrhynchos 13 Pato

Rhea americana 17 Ema

Struthio camelus 18 Avestruz

Lampetra fluviatilis 1 Lampreia

Lampetra planeri 19 Lampreia

Polypterus ornatipinnis 4 osseo

Chimaera monstruosa 3 cartilaginoso

Osteoglossum ferreirai peixe escamas 20


Neoceratodus forsteri 6 Pulmonado

Bombina maxima 16 anfibio

Bufo melanostictus Sapo 21

Raja radiata Raia 26

Galeocerdo cuvier 2

Squalus acanthias Tubarao 25

100

100

97

100

100

98

99

84

73

52

89

31

43

30

40

54

37

53

59

30

61

47

17

35

14

26

6

0,05

Felis silvestris 10

Canis lupus Cachorro 29

Homo sapiens 27

Pan troglodytes Chimpanze 30

Dasypus novemcinctus 11 Tatu

Bradypus tridactylus Preguica 28

Elephantulus sp 8

Geomys busarius 9 Toupera

Didelphis virginiana gamba 22

Macropus giganteus Canguru 23


Cyclemys atripons 15 Tartaruga

Trachemys scripta elegans tartaruga 24

Iguana iguana 14


Anas platyrhynchos 13 Pato

Rhea americana 17 Ema

Struthio camelus 18 Avestruz

Chimaera monstruosa 3 cartilaginoso

Osteoglossum ferreirai peixe escamas 20


Neoceratodus forsteri 6 Pulmonado

Bombina maxima 16 anfibio

Bufo melanostictus Sapo 21

Raja radiata Raia 26

Galeocerdo cuvier 2

Squalus acanthias Tubarao 25

Polypterus ornatipinnis 4 osseo

Lampetra fluviatilis 1 Lampreia

Lampetra planeri 19 Lampreia100

100

97

100

100

98

99

84

73

52

89

31

43

30

40

54

37

53

59

30

61

47

35

17

14

26

6

0,05

Talvez aqui a melhor saída seja mesmo restringir o seu set de dados.Tente colocar os anfíbios como grupo irmão, mantenha os répteis, as aves e os mamíferos e veja como fica.

WellingtonCytBModelo?

P. bengalensis euptilura cytb

F. catus cytb

C. lupus familiaris CYTB

S. guianensis Blm33 cytb

B. brydei CYTB

R. rex CQ1 cytb

E. mongoz cytb

B. lasiurus cytb

S. araneus cytb

T. aculeatus CYTB+tRNA-Thr

O. anatinus CYTB+tRNA-Thr

G. bursarius lutescens cytb

P. cinereus CYTB

C. atripons cytb

S. entellus CYTB

P. abelii YN93-312 CYTB

P. pygmaeus CYTB

G. gorilla gorilla CYTB

H. sapiens CYTB

P. troglodytes CYTB

100

100

59

94

100

100

100

100

74

65

35

24

39

22

16

27

16

0,05

SauloCytBModelo?

P. bengalensis euptilura cytb

F. catus cytb

C. lupus familiaris CYTB

S. guianensis Blm33 cytb

B. brydei CYTB

R. rex CQ1 cytb

E. mongoz cytb

B. lasiurus cytb

S. araneus cytb

T. aculeatus CYTB+tRNA-Thr

O. anatinus CYTB+tRNA-Thr

G. bursarius lutescens cytb

P. cinereus CYTB

S. entellus CYTB

P. abelii YN93-312 CYTB

P. pygmaeus CYTB

G. gorilla gorilla CYTB

H. sapiens CYTB

P. troglodytes CYTB

C. atripons cytb

100

100

59

94

100

100

100

100

74

65

24

35 39

22

16

27

16

0,05

SauloCytBModelo?

APODIFORMES - Aerodramus fuciphagus

RHEIFORMES - Rhea americana

PICIFORMES - Dryocopus pileatus

PICIFORMES - Melanerpes carolinus

PASSERIFORMES - Pinicola enucleator

PASSERIFORMES - Paroaria capitata

PASSERIFORMES - Sporophila schistacea77

100

100

63

0.02

DeniseCytBModelo?

Outgroup?

PriscilaMétodo: Neighbor Joining (NJ)Modelo de distância p.

Árvore linearizada

Conclusão: o gene nuclear não é uma boa escolha para estudo de filogenia de espécies relacionadas, uma vez que é conservado e possui taxa de mutação lenta. Nesse caso, um gene mitocondrial seria mais apropriado para estudo de relações de parentesco recentes.

Não entendi...

Foram selecionadas 9 seqüências do gene que codifica a subunidade beta da RNA polimerase (rpoB) para indivíduos do gênero Streptococcus e do Lactobacillus pertencentes a Ordem Lactobacillales.

PriscilaMétodo usado: NJModelo: Tamura-Nei



Elephantulus sp 8

Geomys busarius 9

Felis silvestris 10


Testudo graeca 18

Indotestudo elongata 19

Manouria emys 21


Chelonia mydas 17

Lissemys punctata 23

Cycloderma aubryi 25

Trionyx triunguis 24

Pelodiscus sinensis 20

Dogania subplana 22


Iguana iguana 14


Chlamydosaurus kingii 27



Bombina maxima 16

Anolis carolinens 26

Galeocerdo cuvier 2



97

99

88

81

99

94

99

98

99

77

99

84

77

65

43

71

55

56

33

5226

16

8

13

0.05

Talvez aqui fosse o caso de colocar um grupo externo contendo apenas aves, ou apenas lagartos, ou ambas as coisas. Misturar tudo pode prejudicar o entendimento da tua árvore.

Priscila

Priscila

Priscila - Miostatina

Será que o CytB também não funcionaria com este conjunto de espécies?

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