BpSM 2014.09. - Sebestyén Endre: Alternatív splicing változások elemzése rákgenom projektekben
-
Upload
budapest-science-meetup -
Category
Education
-
view
2.264 -
download
1
description
Transcript of BpSM 2014.09. - Sebestyén Endre: Alternatív splicing változások elemzése rákgenom projektekben
![Page 1: BpSM 2014.09. - Sebestyén Endre: Alternatív splicing változások elemzése rákgenom projektekben](https://reader033.fdocuments.net/reader033/viewer/2022060118/558bd21dd8b42a775c8b460d/html5/thumbnails/1.jpg)
Alternatív splicing változások elemzése rákgenom projektekben
Sebestyén EndreUPF, Barcelona
![Page 2: BpSM 2014.09. - Sebestyén Endre: Alternatív splicing változások elemzése rákgenom projektekben](https://reader033.fdocuments.net/reader033/viewer/2022060118/558bd21dd8b42a775c8b460d/html5/thumbnails/2.jpg)
A rák biológiája
Hanahan et al., Cell 144, 646-674
![Page 3: BpSM 2014.09. - Sebestyén Endre: Alternatív splicing változások elemzése rákgenom projektekben](https://reader033.fdocuments.net/reader033/viewer/2022060118/558bd21dd8b42a775c8b460d/html5/thumbnails/3.jpg)
A rák biológiája
![Page 4: BpSM 2014.09. - Sebestyén Endre: Alternatív splicing változások elemzése rákgenom projektekben](https://reader033.fdocuments.net/reader033/viewer/2022060118/558bd21dd8b42a775c8b460d/html5/thumbnails/4.jpg)
A rák mint evolúciós folyamat
Greaves & Maley, Nature 481, 306–313
![Page 5: BpSM 2014.09. - Sebestyén Endre: Alternatív splicing változások elemzése rákgenom projektekben](https://reader033.fdocuments.net/reader033/viewer/2022060118/558bd21dd8b42a775c8b460d/html5/thumbnails/5.jpg)
A hiányzó mutációk
Vogelstein et al., Science 339, 1546-1558
![Page 6: BpSM 2014.09. - Sebestyén Endre: Alternatív splicing változások elemzése rákgenom projektekben](https://reader033.fdocuments.net/reader033/viewer/2022060118/558bd21dd8b42a775c8b460d/html5/thumbnails/6.jpg)
Genomszekvenálás
![Page 7: BpSM 2014.09. - Sebestyén Endre: Alternatív splicing változások elemzése rákgenom projektekben](https://reader033.fdocuments.net/reader033/viewer/2022060118/558bd21dd8b42a775c8b460d/html5/thumbnails/7.jpg)
Rákgenom projektek
![Page 8: BpSM 2014.09. - Sebestyén Endre: Alternatív splicing változások elemzése rákgenom projektekben](https://reader033.fdocuments.net/reader033/viewer/2022060118/558bd21dd8b42a775c8b460d/html5/thumbnails/8.jpg)
Rákgenom projektek
● DNS mutációk, strukturális változások
● DNS metiláció
● Génexpresszió
– mRNS, miRNS, ncRNS, stb
● Hisztonmódosulások
● Szabályozó fehérje kötőhelyek a DNS-en
● Mindez sokszor normál és tumoros mintában is ugyanattól a betegtől
![Page 9: BpSM 2014.09. - Sebestyén Endre: Alternatív splicing változások elemzése rákgenom projektekben](https://reader033.fdocuments.net/reader033/viewer/2022060118/558bd21dd8b42a775c8b460d/html5/thumbnails/9.jpg)
Alternatív splicing
![Page 10: BpSM 2014.09. - Sebestyén Endre: Alternatív splicing változások elemzése rákgenom projektekben](https://reader033.fdocuments.net/reader033/viewer/2022060118/558bd21dd8b42a775c8b460d/html5/thumbnails/10.jpg)
Alternatív splicing
![Page 11: BpSM 2014.09. - Sebestyén Endre: Alternatív splicing változások elemzése rákgenom projektekben](https://reader033.fdocuments.net/reader033/viewer/2022060118/558bd21dd8b42a775c8b460d/html5/thumbnails/11.jpg)
Alternatív splicing
● Egy gén
– Több mRNS, tehát több fehérje
– Több különböző funkció
– A funkciók függenek az mRNS-ek, fehérjék egymáshoz viszonyított arányától is
![Page 12: BpSM 2014.09. - Sebestyén Endre: Alternatív splicing változások elemzése rákgenom projektekben](https://reader033.fdocuments.net/reader033/viewer/2022060118/558bd21dd8b42a775c8b460d/html5/thumbnails/12.jpg)
Alternatív splicing a rákban
Zhang & Manley, Cancer Discovery 3, 1228-37
![Page 13: BpSM 2014.09. - Sebestyén Endre: Alternatív splicing változások elemzése rákgenom projektekben](https://reader033.fdocuments.net/reader033/viewer/2022060118/558bd21dd8b42a775c8b460d/html5/thumbnails/13.jpg)
Cél
● Alternatív splicing változások keresése
– amelyek konzisztensen felbukkannak adott rákban
– vizsgálva, hogy összefüggenek-e a mutációkkal
– olyan módszerrel, amely különféle mintatípusok, módszerek, és nagy biológiai variabilitás esetén is használható
– a teljes mRNS-re fókuszálva, nem pedig csak az egyes exonok közötti variációt nézve
![Page 14: BpSM 2014.09. - Sebestyén Endre: Alternatív splicing változások elemzése rákgenom projektekben](https://reader033.fdocuments.net/reader033/viewer/2022060118/558bd21dd8b42a775c8b460d/html5/thumbnails/14.jpg)
NUMB gén - LUAD
![Page 15: BpSM 2014.09. - Sebestyén Endre: Alternatív splicing változások elemzése rákgenom projektekben](https://reader033.fdocuments.net/reader033/viewer/2022060118/558bd21dd8b42a775c8b460d/html5/thumbnails/15.jpg)
FBLN2 gén - COAD
![Page 16: BpSM 2014.09. - Sebestyén Endre: Alternatív splicing változások elemzése rákgenom projektekben](https://reader033.fdocuments.net/reader033/viewer/2022060118/558bd21dd8b42a775c8b460d/html5/thumbnails/16.jpg)
iso-kTSP
● Szoftver konzisztens alternatív splicing változások keresésére
– Expressziós adatok mintánként minden gén minden ismert mRNS verziójáról
– Adott gén teljes mRNS-eit hasonlítja össze
● Bármely két kategória (normál – rák, kezelt – nem kezelt, stb) összehasonlitható, amennyiben konzisztens rangsorolás lehetséges a mintán belül
● Isoform Top Scoring Pairs: génenként 1 mRNS párt választ ki
● Emellett: az első k legkonzisztensebb változást használja ismeretlen minták kategorizálására
Score S1 = P(I
g,i < I
g,j | N) + P(I
g,i > I
g,j | T)
Tan et al., Bioinformatics 21, 3896-3904
![Page 17: BpSM 2014.09. - Sebestyén Endre: Alternatív splicing változások elemzése rákgenom projektekben](https://reader033.fdocuments.net/reader033/viewer/2022060118/558bd21dd8b42a775c8b460d/html5/thumbnails/17.jpg)
Validálás – FBLN2 – COAD
![Page 18: BpSM 2014.09. - Sebestyén Endre: Alternatív splicing változások elemzése rákgenom projektekben](https://reader033.fdocuments.net/reader033/viewer/2022060118/558bd21dd8b42a775c8b460d/html5/thumbnails/18.jpg)
Splicing változások katalógusa
![Page 19: BpSM 2014.09. - Sebestyén Endre: Alternatív splicing változások elemzése rákgenom projektekben](https://reader033.fdocuments.net/reader033/viewer/2022060118/558bd21dd8b42a775c8b460d/html5/thumbnails/19.jpg)
Összefoglalás
● Szoftver konzisztens mRNS változások keresésére két kategória között
● Katalógus 9 ráktípus esetén ezekről a változásokról
● A változások nagyrésze mutációktól független
● Funkció a rák kialakításában?
● http://bitbucket.org/regulatorygenomicsupf/iso-ktsp
● http://www.biorxiv.org/content/early/2014/07/07/006908
● Diagnosztikában, kezelésekben hasznosítható