Botanick á informatika 2 Karol Marhold kontakt: karol. marhold @savba.sk
description
Transcript of Botanick á informatika 2 Karol Marhold kontakt: karol. marhold @savba.sk
![Page 2: Botanick á informatika 2 Karol Marhold kontakt: karol. marhold @savba.sk](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081419/56815717550346895dc4b615/html5/thumbnails/2.jpg)
- Botanická informatika ako časť rozvíjajúcej sa disciplíny “biodiversity informatics”- Medzinárodné štandardy na tvorbu taxonomických databáz - Metadáta a ich popis - Digitalizácia jednotkových údajov z herbárových zbierok, národné a medzinárodné projekty - Medzinárodné projekty a medzinárodné organizácie v oblasti
informačných zdrojov o biodiverzite- Ďalšie informačné databázy dostupné na internete
![Page 3: Botanick á informatika 2 Karol Marhold kontakt: karol. marhold @savba.sk](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081419/56815717550346895dc4b615/html5/thumbnails/3.jpg)
Biologické zbierky - Zbierky prírodných objektov (herbáre, zoologické
zbierky)- Živé zbierky (záhrady, génové banky, zbierky kultúr) - Zbierky dát (výsledky mapovania výskytu druhov,
výsledky monitoringu)- Multimediálne zbierky (zvuky, obrázky)- Prírodné látky (DNA)
Dáta o zbierkach- Metadáta – údaje popisujúce zbierku- Jednotkové dáta – dáta popisujúce jednotlivé objekty v zbierkach
![Page 4: Botanick á informatika 2 Karol Marhold kontakt: karol. marhold @savba.sk](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081419/56815717550346895dc4b615/html5/thumbnails/4.jpg)
Popisné dáta
Všetky záznamy (na každej úrovni): názov, opis, adresa, kontaktná osoba, URL
Údaje špecifikujúce zbierky: druh zbierky, druh objektov, počet objektov, počet druhov, kód zbierky (Index Herbariorum, atp.), stupeň digitalizácie
Kľúčové slová
Taxonomické skupiny, geografický rozsah, časové rozpätie
Metadáta - obsah
![Page 5: Botanick á informatika 2 Karol Marhold kontakt: karol. marhold @savba.sk](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081419/56815717550346895dc4b615/html5/thumbnails/5.jpg)
Ž ivé zb ie rky (B o ta n ická záh ra d a)
H e rba riu m G e ne ra le Z b ie rka h á lok
H e rb ariu m B e ro lin e n se
BGBM
Metadáta - štruktúra, príklad
Organizácia
Zbierky
Časti zbierok
![Page 6: Botanick á informatika 2 Karol Marhold kontakt: karol. marhold @savba.sk](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081419/56815717550346895dc4b615/html5/thumbnails/6.jpg)
<site> <country>Afghanistan</country> <place>Tangi Gharuh</place> <lat>34.16</lat> <long>69.48</long> </site> <date> <day>21</day> <month>8</month> <year>1952</year> </date>
Detailne štrukturovaný záznam vo formáte xml
![Page 7: Botanick á informatika 2 Karol Marhold kontakt: karol. marhold @savba.sk](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081419/56815717550346895dc4b615/html5/thumbnails/7.jpg)
<site><text>BRASIL, Rio Grande do Sul: Parque Nacional dos Aparados da Serra, Itaimbezinho (mun. Cambará do Sul). Nascasca de árvore da mata: junto ao canyon. Alt. 1200 m.</text> </site> <date><text>16 Apr. 1993</text></date>
Neštrukturovaný záznam vo formáte xml
![Page 8: Botanick á informatika 2 Karol Marhold kontakt: karol. marhold @savba.sk](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081419/56815717550346895dc4b615/html5/thumbnails/8.jpg)
http://www.biocase.org/index.shtml
![Page 9: Botanick á informatika 2 Karol Marhold kontakt: karol. marhold @savba.sk](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081419/56815717550346895dc4b615/html5/thumbnails/9.jpg)
Schéma prenosu jednotkových dát
Unit DataProvider
unit wrapperXML / CGI
Provider Domain
Client
Client DomainInternet
Queryusing ABCD concepts
BioCASE Protocol
XML
http
Response
BioCASE Protocol
XML
ABCD SchemaABCDdata
XML
httpPSF
CMF
configurationXML files
SQL
BioCASE software
![Page 10: Botanick á informatika 2 Karol Marhold kontakt: karol. marhold @savba.sk](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081419/56815717550346895dc4b615/html5/thumbnails/10.jpg)
![Page 11: Botanick á informatika 2 Karol Marhold kontakt: karol. marhold @savba.sk](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081419/56815717550346895dc4b615/html5/thumbnails/11.jpg)
![Page 12: Botanick á informatika 2 Karol Marhold kontakt: karol. marhold @savba.sk](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081419/56815717550346895dc4b615/html5/thumbnails/12.jpg)
![Page 13: Botanick á informatika 2 Karol Marhold kontakt: karol. marhold @savba.sk](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081419/56815717550346895dc4b615/html5/thumbnails/13.jpg)
![Page 14: Botanick á informatika 2 Karol Marhold kontakt: karol. marhold @savba.sk](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081419/56815717550346895dc4b615/html5/thumbnails/14.jpg)
![Page 15: Botanick á informatika 2 Karol Marhold kontakt: karol. marhold @savba.sk](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081419/56815717550346895dc4b615/html5/thumbnails/15.jpg)
![Page 16: Botanick á informatika 2 Karol Marhold kontakt: karol. marhold @savba.sk](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081419/56815717550346895dc4b615/html5/thumbnails/16.jpg)
http://www.gbif.org/
![Page 17: Botanick á informatika 2 Karol Marhold kontakt: karol. marhold @savba.sk](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081419/56815717550346895dc4b615/html5/thumbnails/17.jpg)
Global Biodiversity Information Facility
![Page 18: Botanick á informatika 2 Karol Marhold kontakt: karol. marhold @savba.sk](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081419/56815717550346895dc4b615/html5/thumbnails/18.jpg)
Portal
Data providerProvider Services
RequestMarshaller
QueryEngine
RegistryInstitutionsProvidersServices
( UDDI )
ResourceMetadata
ResourceMetadata
Architektúra GBIF
Index
Name providerProvider Services
ResourceMetadata
ResourceMetadata
CacheMetadata
Accounting
SOAP
DiGIR
HTTP
other
Portal
Data providerProvider Services
Providerquery
RequestMarshaller
QueryEngine
Availableproviders
RegistryInstitutionsProvidersServices
( UDDI )
User
ResourceMetadata
ResourceMetadata
Index
Name providerProvider Services
ResourceMetadata
ResourceMetadata
Metadataand name
query
Metadataresponse
Full dataquery
Full data
response
Metadata and
statisticsSynonyms
Publishavailability
CacheMetadata
Accounting
SOAP
DiGIR
HTTP
other
![Page 19: Botanick á informatika 2 Karol Marhold kontakt: karol. marhold @savba.sk](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081419/56815717550346895dc4b615/html5/thumbnails/19.jpg)
Informačný model GBIF
Informačný model GBIF
Biodiversity Data Index
Services Registry
Nodes
Services
Records
GBIF PortalParticipant NodesData Nodes
Taxonomic Name ServiceSpecimen/Observation ServiceGeneral Resource ServiceName List Service …
Taxonomic NamesSpecimen/Observation RecordsHTML PagesImages …
holds metadata
for
provides index of
holds metadata
for
provide
supply
![Page 20: Botanick á informatika 2 Karol Marhold kontakt: karol. marhold @savba.sk](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081419/56815717550346895dc4b615/html5/thumbnails/20.jpg)
Rôzne možnosti poskytovania dát
v GBIF
Rôzne možnosti poskytovania dát
v GBIF
Decentralizované Centralizované
Portál účastníka A
Portál účastníka C
Portál účastníka B
Depozit dát
GBIFPortál
GBIFRegister
GBIFIndex
Depozit dát
![Page 21: Botanick á informatika 2 Karol Marhold kontakt: karol. marhold @savba.sk](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081419/56815717550346895dc4b615/html5/thumbnails/21.jpg)
![Page 22: Botanick á informatika 2 Karol Marhold kontakt: karol. marhold @savba.sk](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081419/56815717550346895dc4b615/html5/thumbnails/22.jpg)
![Page 23: Botanick á informatika 2 Karol Marhold kontakt: karol. marhold @savba.sk](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081419/56815717550346895dc4b615/html5/thumbnails/23.jpg)
![Page 24: Botanick á informatika 2 Karol Marhold kontakt: karol. marhold @savba.sk](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081419/56815717550346895dc4b615/html5/thumbnails/24.jpg)
![Page 25: Botanick á informatika 2 Karol Marhold kontakt: karol. marhold @savba.sk](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081419/56815717550346895dc4b615/html5/thumbnails/25.jpg)
Euro+Med PlantBase - European Initiative for the Euro+Med PlantBase
Trvanie: IX. 2000 - VIII. 2003
www: www.euromed.org.uk
partnerské krajiny projektu
![Page 26: Botanick á informatika 2 Karol Marhold kontakt: karol. marhold @savba.sk](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081419/56815717550346895dc4b615/html5/thumbnails/26.jpg)
http://ww2.bgbm.org/EuroPlusMed/query.asp
![Page 27: Botanick á informatika 2 Karol Marhold kontakt: karol. marhold @savba.sk](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081419/56815717550346895dc4b615/html5/thumbnails/27.jpg)
![Page 28: Botanick á informatika 2 Karol Marhold kontakt: karol. marhold @savba.sk](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081419/56815717550346895dc4b615/html5/thumbnails/28.jpg)
![Page 29: Botanick á informatika 2 Karol Marhold kontakt: karol. marhold @savba.sk](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081419/56815717550346895dc4b615/html5/thumbnails/29.jpg)
![Page 30: Botanick á informatika 2 Karol Marhold kontakt: karol. marhold @savba.sk](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081419/56815717550346895dc4b615/html5/thumbnails/30.jpg)
![Page 31: Botanick á informatika 2 Karol Marhold kontakt: karol. marhold @savba.sk](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081419/56815717550346895dc4b615/html5/thumbnails/31.jpg)
Integrácia databáz:
Vyššie rastliny (Euro+Med PlantBase)
Terestrická makrofauna (Fauna Europaea)
Morské organizmy všetkých skupín (European Register of Marine Species)
A Pan-European Species-directories Infrastructure - PESI
Trvanie: V. 2008 - IV. 2011
www: www.eu-nomen.eu/portal/index.php
![Page 32: Botanick á informatika 2 Karol Marhold kontakt: karol. marhold @savba.sk](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081419/56815717550346895dc4b615/html5/thumbnails/32.jpg)
http://www.bgbm.fu-berlin.de/IOPI/GPC/query.asp
Provisional Global Plant Checklist
• Flora Europaea (ESFEDS) • Catalogue of the Flowering Plants and Gymnosperms of
Peru (Peru Checklist) • Australian Plant Name Index (APNI) • USDA Plants Database (PLANTS) • Vascular Plants of Russia and Adjacent Countries• Med-Checklist (Vol. 1 & 3)• Euro+Med preliminary checklist (version: May, 2002)
![Page 33: Botanick á informatika 2 Karol Marhold kontakt: karol. marhold @savba.sk](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081419/56815717550346895dc4b615/html5/thumbnails/33.jpg)
![Page 34: Botanick á informatika 2 Karol Marhold kontakt: karol. marhold @savba.sk](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081419/56815717550346895dc4b615/html5/thumbnails/34.jpg)
![Page 35: Botanick á informatika 2 Karol Marhold kontakt: karol. marhold @savba.sk](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081419/56815717550346895dc4b615/html5/thumbnails/35.jpg)
http://www.floraiberica.org
![Page 36: Botanick á informatika 2 Karol Marhold kontakt: karol. marhold @savba.sk](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081419/56815717550346895dc4b615/html5/thumbnails/36.jpg)
![Page 37: Botanick á informatika 2 Karol Marhold kontakt: karol. marhold @savba.sk](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081419/56815717550346895dc4b615/html5/thumbnails/37.jpg)
![Page 38: Botanick á informatika 2 Karol Marhold kontakt: karol. marhold @savba.sk](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081419/56815717550346895dc4b615/html5/thumbnails/38.jpg)
![Page 39: Botanick á informatika 2 Karol Marhold kontakt: karol. marhold @savba.sk](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081419/56815717550346895dc4b615/html5/thumbnails/39.jpg)
![Page 40: Botanick á informatika 2 Karol Marhold kontakt: karol. marhold @savba.sk](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081419/56815717550346895dc4b615/html5/thumbnails/40.jpg)
• Federácia databáz (založená v roku 1996 zástupcami 18 globálnych databáz)• Cieľom je vytvoriť globálnu databázu, ktorá by zahŕňala všetky známe organizmy
Spolupráca s ITIS na projekte Catalogue of Life
ITIS – Integrated Taxonomic Information System (partnerstvo agentúr a organizácií z USA, Kanady a Mexika)
![Page 41: Botanick á informatika 2 Karol Marhold kontakt: karol. marhold @savba.sk](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081419/56815717550346895dc4b615/html5/thumbnails/41.jpg)
http://www.sp2000.org
![Page 42: Botanick á informatika 2 Karol Marhold kontakt: karol. marhold @savba.sk](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081419/56815717550346895dc4b615/html5/thumbnails/42.jpg)
![Page 43: Botanick á informatika 2 Karol Marhold kontakt: karol. marhold @savba.sk](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081419/56815717550346895dc4b615/html5/thumbnails/43.jpg)
![Page 44: Botanick á informatika 2 Karol Marhold kontakt: karol. marhold @savba.sk](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081419/56815717550346895dc4b615/html5/thumbnails/44.jpg)
![Page 45: Botanick á informatika 2 Karol Marhold kontakt: karol. marhold @savba.sk](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081419/56815717550346895dc4b615/html5/thumbnails/45.jpg)
http://www.chromosomes.sav.sk/
![Page 46: Botanick á informatika 2 Karol Marhold kontakt: karol. marhold @savba.sk](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081419/56815717550346895dc4b615/html5/thumbnails/46.jpg)
http://www.cbif.gc.ca/spp_pages/brass/index_e.php
![Page 47: Botanick á informatika 2 Karol Marhold kontakt: karol. marhold @savba.sk](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081419/56815717550346895dc4b615/html5/thumbnails/47.jpg)
![Page 48: Botanick á informatika 2 Karol Marhold kontakt: karol. marhold @savba.sk](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081419/56815717550346895dc4b615/html5/thumbnails/48.jpg)
![Page 49: Botanick á informatika 2 Karol Marhold kontakt: karol. marhold @savba.sk](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081419/56815717550346895dc4b615/html5/thumbnails/49.jpg)
![Page 50: Botanick á informatika 2 Karol Marhold kontakt: karol. marhold @savba.sk](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081419/56815717550346895dc4b615/html5/thumbnails/50.jpg)
![Page 51: Botanick á informatika 2 Karol Marhold kontakt: karol. marhold @savba.sk](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081419/56815717550346895dc4b615/html5/thumbnails/51.jpg)
http://www.eol.org/
![Page 52: Botanick á informatika 2 Karol Marhold kontakt: karol. marhold @savba.sk](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081419/56815717550346895dc4b615/html5/thumbnails/52.jpg)
http://www.lifewatch.eu/
![Page 53: Botanick á informatika 2 Karol Marhold kontakt: karol. marhold @savba.sk](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081419/56815717550346895dc4b615/html5/thumbnails/53.jpg)
http://delta-intkey.com/
![Page 54: Botanick á informatika 2 Karol Marhold kontakt: karol. marhold @savba.sk](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081419/56815717550346895dc4b615/html5/thumbnails/54.jpg)
http://www.mun.ca/biology/delta/arcticf/
![Page 55: Botanick á informatika 2 Karol Marhold kontakt: karol. marhold @savba.sk](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081419/56815717550346895dc4b615/html5/thumbnails/55.jpg)
![Page 56: Botanick á informatika 2 Karol Marhold kontakt: karol. marhold @savba.sk](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081419/56815717550346895dc4b615/html5/thumbnails/56.jpg)
![Page 57: Botanick á informatika 2 Karol Marhold kontakt: karol. marhold @savba.sk](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081419/56815717550346895dc4b615/html5/thumbnails/57.jpg)