bonohu's presentation in Osaka.R#6
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© ライフサイエンス統合データベースセンター/大学共同利用機関法人 情報･システム研究機構 Rによる 大規模ゲノムデータ解析 の企て 大学共同利用機関法人 情報・システム研究機構（ROIS) ライフサイエンス統合データベースセンター（DBCLS) 坊農 秀雅 @bonohu
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「Rによる大規模ゲノムデータ解析の企て」とはタイトルが付いているものの、DBCLS（ライフサイエンス統合データベースセンター）とそこにおける統合牧場の活動紹介がメインにorz
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© ライフサイエンス統合データベースセンター/大学共同利用機関法人 情報･システム研究機構
Rによる大規模ゲノムデータ解析
の企て大学共同利用機関法人 情報・システム研究機構（ROIS)ライフサイエンス統合データベースセンター（DBCLS)
坊農 秀雅@bonohu
DBCLS: Database Center for Life Science•ライフサイエンス統合データベースセンター ‒ライフサイエンス分野のデータベース統合化の拠点‒Since 2007‒＠東京大学本郷キャンパス内•が、東大の機関ではありません
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http://dbcls.rois.ac.jp/
DBCLS構成員(2011/05現在)•センター長: 1人•教授（兼任）: 1人•研究員(PhD): 11人•技術専門員: 5人•事務: 3人•外来研究員: 3人•SE: 2人
•常勤合計: 26人
•RA(アルバイト): 24人•客員: 2人
→ 総計: 52人
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DBCLSの三本柱•戦略立案•研究開発•広報宣伝普及活動
4(2011年3月まで)
DBCLSの三本柱•戦略立案•研究開発•広報宣伝普及活動
5(2011年4月から)
バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)
•National Bioscience Database Center‒http://biosciencedbc.jp/ •独立行政法人 科学技術振興機構(JST)の傘下
6http://biosciencedbc.jp/nbdc.cgi?lng=ja&gg=org_membersより引用
NBDC体制図
7http://biosciencedbc.jp/nbdc.cgi?lng=ja&gg=about_usより引用
研究開発項目1.データベースのRDF による統合化2.解析プラットフォームによる統合利用環境の整備3.インターネットを活用した高度検索技術の開発4.RDF化に資するオントロジー、辞書、コーパスの整備、標準化5.大規模データの利用技術開発6.情報統合化・知識発見のためのキュレーション支援7.統合データベースに関わるコンテンツの作成、整備
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統合牧場 #togofarm•統合TV制作部•美術制作部•技術開発部‒主に自然言語処理技術（日本語,英語）
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統合TV司令部(trac)
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RA・アルバイトさんの内訳
•アルバイト‒B3: 11人, B4: 3人‒他: 1人•Research Assistant‒M1: 2人, M2: 4人‒D1: 1人, D2: 2人
•所属大学別‒東大生物情報8, 東大生化3‒東工大生命理工3‒東大院5(新領域情報生命3）‒お茶の水女子大院2‒中央大院1‒東京農工大院1
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合計 24人 （2011年7月1日現在）
5. 大規模データの利用技術開発•メタ情報による大規模データの整理・再利用促進技術開発‒ダイジェスト版の構築・開発・維持‒RNA配列を中心としたDB利用技術開発•遺伝子発現リファレンスデータセット整備‒RefExの構築維持管理‒SRAからのデータ抽出技術開発
•医療用画像データの利用技術開発13
遺伝子発現バンク(GEO)目次•http://lifesciencedb.jp/geo/
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新たなデータ評価尺度: quality•ヒント：樋口千洋著「Rによるバイオインフォマティクスデータ解析」 第2版 p208‒8.4.2プローブレベルの発現解析-品質管理
•すべて先に計算しておいて（並列化）、 データ取捨選択の尺度として使えないか？
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> library(affydata)> data(Dilution)> hist(Dilution)> boxplot(Dilution)> plotAffyRNAdeg(AffyRNAdeg(Dilution))
neuroimagingなR package
•牧場の朝 http://g86.dbcls.jp/~wakuteka/‒統合牧場中央倉庫 http://a.hatena.ne.jp/togofarm/
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Message to home•使われないモノを作成してもしょうがない‒独りよがりではいけない‒必要とされている利用技術の開発を！‒対象に興味を持ち続けること
•フィードバックが必要不可欠‒twitter‒*.R‒学会発表
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© 2011 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本
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✴http://twitter.com/bonohu19
