Bioinformatika plastidu – tohle není název ode mne:-) · PDF fileROSIDS...

8
Bioinformatika plastidu – tohle není název ode mne:-)

Transcript of Bioinformatika plastidu – tohle není název ode mne:-) · PDF fileROSIDS...

Page 1: Bioinformatika plastidu – tohle není název ode mne:-) · PDF fileROSIDS 100/99/1. EUDICOTS 100/99/1. 100/99/1.0 100/1.0 Ipomoea Coffea Jasminum Spinacia Arabidopsis ... Microsoft

Bioinformatika plastidu – tohle není název ode mne:-)

Page 2: Bioinformatika plastidu – tohle není název ode mne:-) · PDF fileROSIDS 100/99/1. EUDICOTS 100/99/1. 100/99/1.0 100/1.0 Ipomoea Coffea Jasminum Spinacia Arabidopsis ... Microsoft

Zelený sekundární plastid vznikl nejméně dvakrát nezávisle na sobě

70 proteinových sekvencí 70 nukleotidových sekvencí

Turmel et al., Mol Biol Evol 2009

Page 3: Bioinformatika plastidu – tohle není název ode mne:-) · PDF fileROSIDS 100/99/1. EUDICOTS 100/99/1. 100/99/1.0 100/1.0 Ipomoea Coffea Jasminum Spinacia Arabidopsis ... Microsoft

Fylogeneze streptofyt z pohledu plastidového genomu

Lemieux et al., BMC Biol 2007

45 proteinových sekvencí 45 nukleotidových sekvencí

Page 4: Bioinformatika plastidu – tohle není název ode mne:-) · PDF fileROSIDS 100/99/1. EUDICOTS 100/99/1. 100/99/1.0 100/1.0 Ipomoea Coffea Jasminum Spinacia Arabidopsis ... Microsoft

Rychle se vyvíjející pozice – zdroj fylogenetické nekozistence

Page 5: Bioinformatika plastidu – tohle není název ode mne:-) · PDF fileROSIDS 100/99/1. EUDICOTS 100/99/1. 100/99/1.0 100/1.0 Ipomoea Coffea Jasminum Spinacia Arabidopsis ... Microsoft

Plastidová fylogeneze

krytosemenných81 genů

(76 583 nukleotidových pozic)

Jansen et al., PNAS 2007

Page 6: Bioinformatika plastidu – tohle není název ode mne:-) · PDF fileROSIDS 100/99/1. EUDICOTS 100/99/1. 100/99/1.0 100/1.0 Ipomoea Coffea Jasminum Spinacia Arabidopsis ... Microsoft

Bazální Amborella – artefakt v důsledku šumu?

Goremykin et al., J Mol Evol 2009

Page 7: Bioinformatika plastidu – tohle není název ode mne:-) · PDF fileROSIDS 100/99/1. EUDICOTS 100/99/1. 100/99/1.0 100/1.0 Ipomoea Coffea Jasminum Spinacia Arabidopsis ... Microsoft

Bazální Amborella – artefakt v důsledku šumu?

Page 8: Bioinformatika plastidu – tohle není název ode mne:-) · PDF fileROSIDS 100/99/1. EUDICOTS 100/99/1. 100/99/1.0 100/1.0 Ipomoea Coffea Jasminum Spinacia Arabidopsis ... Microsoft

Dynamicky se vyvíjející struktura plastidového genomu

Cai et al., J Mol Evol2009