Bioinformatics Resources and Tools
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Bioinforma)cs Resources and Tools
141212 Kanegae
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Springer exemplar 〜学術論文中の特定の単語やフレーズが、どのような文脈・用法で使用されているのか?を検索 h:p://www.springerexemplar.com
Spr inger ’s co l lec)on to find authen)c examples of how a word or phrase is used in published literature.
2
興味のある研究がどの雑誌に掲載されているか?を調べることができる 論文を投稿する際にも参考になる
どこの国で、その分野の研究が盛んであるか?を知ることが出来る
Pubmed検索でヒットしない文献も調べることが可能 論文を執筆する際にも使える
phytozome 10 〜植物ゲノムDB h:p://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html
Sta)s)cs Genome Size 726,616,606 base pairs arranged in 2n=20 chromosomes Loci 33,032 loci containing protein-‐coding transcripts Transcripts 39,441 protein-‐coding transcripts 3
様々な植物のゲノム情報を収集できる
phytozome 10 〜植物ゲノムDB h:p://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html
植物ゲノム情報をダウンロード可能 fa -‐> fasta file annota)on file protein gene cds gff3 -‐> Generic Feature Format version 3
4
phytozome 10 Biomart 〜植物ゲノムDB h:p://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html
Tools -‐> Biomart
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IDの変換やOrtholog Table作成に便利
TogoTV 〜生命科学分野の有用なデータベースやツールの使い方を動画で紹介 h:ps://www.youtube.com/user/togotv
Tutorial videos of bioinforma2cs resources: online distribu2on trial in Japan named TogoTV
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OpenRefine 〜データセットのクリーニング, 解析, 変換ツール h:p://openrefine.org
7
データの編集ができる 外部データの利用など、Excelにはない様々な機能がある データの名寄せをする際には便利
OpenRefine 〜データセットのクリーニング, 解析, 変換ツール h:p://openrefine.org
h:p://togows.dbcls.jp/entry/protein/" + value + "/defini)on" 8
外部データの利用
OpenRefine 〜データセットのクリーニング, 解析, 変換ツール h:p://openrefine.org
9 データの名寄せ
大文字か?小文字か?
カンマの有無の違い
difff デユフフ 〜テキスト比較 h:p://difff.jp/
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スクリプトを比較する際にも便利