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BIOINFORMÁTICA:CONSULTAS CRUZADAS A BASES DE
DATOS BIOMÉDICAS REMOTAS
Antonio Rodríguez CíaTutores: Mario Huerta, Juan José Villanueva
Julio 2008
INTRODUCCIÓN
OBJETIVOS
ACCESOS A BASES DE DATOS REMOTAS
PARÁMETROS PARA CRUCES DE DATOS
PROBLEMAS EN EL ACCESO REMOTO
METODOLOGÍA EMPLEADA
CONCLUSIONES
BIBLIOGRAFÍA
ÍNDICE
Estudio de parámetros genéticos contenidos en
bases de datos remotas.
Cruzar información de genes y obtener resultados.
Ámbito de la Investigación.
Mayor funcionalidad de aplicación existente.
Interfaz gráfica, completa e intuitiva.
INTRODUCCIÓN
Establecer entorno web, facilita realización de consultas.
Informatizar proceso de búsqueda a partir de parámetros.
Velocidad y completitud en los resultados.
Interfaz sencilla, intuitiva y amigable.
Completo entorno de desarrollo para la investigación.
Minería de datos existentes en bases remotas.
Red de interconexión entre características de genes.
Integración en un solo sistema bases de datos genéticas de interés mundial.
OBJETIVOS
ACCESOS A BASES DE DATOS REMOTAS
EEUU JAPÓN
BARCELONA
CRUCES GENÉTICOS
PARÁMETROS PARA CRUCE DE DATOS
Funciones, Procedimientos y Componentes celulares del gen.
Patologías.
Interacciones entre genes.
Publicaciones científicas.
Vecindad y posición en el cromosoma.
Mapas de interacciones y reacciones moleculares.
Redes de metabolismo genéticas.
Descarte de genes homólogos.
Los cruces de datos se combinan entre sí.
PROBLEMAS EN EL ACCESO REMOTO
Restricciones
Herramienta Eutils para consultas remotas.
Número determinado de consultas por minuto.
Inadmisible para las expectativas de la aplicación.
Solución
Estudio de datos genéticos relevantes para la aplicación.
Viabilidad de almacenar datos en local.
Minería de datos y construcción de robots de actualización
CRUCE DE DATOS REMOTOS
Minería de Datos Aplicación de cruces
GENES RESULTADO DE LA INVESTIGACIÓN
GENES ORIGEN DE LA INVESTIGACIÓN
Desarrollo con MÉTRICA Versión 3
Desarrollo con técnicas de UML 1.2
METODOLOGÍA UTILIZADA
MÉTRICA V3
PLANIFICACIÓN Y COSTE
DISEÑO Y PRODUCCIÓN
MODELO DE ANÁLISIS
MODELO CONCEPTUAL DE DOMINIO
MAPAS DE NAVEGACIÓN
DISEÑO DE PANTALLAS
MODELO DE COMPORTAMIENTO
CONSTRUCCIÓN DEL SISTEMA
REFINAMIENTO DIAGRAMA CLASES
Herramientas de diseño:
Magic Draw UML 5.5.
Herramientas de desarrollo (software libre):
Perl
PHP 4.1.1.
MySQL 3.23.48
JavaScript
Dinamic HTML
Java Applets
ESPECIFICACIONES TÉCNICAS
Finalización con éxito dentro de los plazos establecidos.
Sistema seguro y eficaz.
Abierto a posibles mejoras y adaptaciones.
Interfaz sencilla, intuitiva, vistosa, amena y amigable.
Potente herramienta para la búsqueda de genes.
Explotación de una vasta cantidad de información en
tiempos muy asequibles.
CONCLUSIONES
Velocidad en navegación y carga de la aplicación.
Complicaciones debido a accesos remotos restringidos.
Cumplimiento de los requisitos expuestos inicialmente.
Consecución de resultados de interés científico que, de
otra forma serían imposible de conseguir.
CONCLUSIONES (Continuación)
[METRICA V3] Métrica Versión 3
[METRICA V2.1] Metodología de Planificación y Desarrollo deSistemas de Información
[RAMBAUGH 96] Object-Oriented Modeling and Design
[PRE 01] Ingeniería del Software. Un enfoque práctico
[ORTA-RUIZ 99] Análisis y diseño estructurado de aplicacionesinformáticas de gestión
http://www.ncbi.nlm.nih.gov Página oficial del NCBI
http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov Manejo de herramientas eUtils
http://www.genome.jp/kegg Página oficial del KEGG
http://www.php.net/docs Manual oficial de PHP
http://www.mysql.com Manual oficial de MySQL
BIBLIOGRAFÍA