Biodec haplone p4ur_na

Plone per l'Università e la Ricerca – 2° ed.Napoli, 26 Novembre 2010

La community Plone4Bio e l' applicazione

HaPlone dell'Università di Bologna


Perchè questa presentazione?Il tema è certamente specialistico, ma la presenza nostra e - nostro tramite - dell'Università degli studi di Bologna è perfettamente in tono con l'evento di oggi.

● Il Gruppo di Biologia Computazionale di UNIBO è membro di PloneGov Italia.

● BioDec, portando avanti esperienze originate in UNIBO, ha promosso la nascita di una sottocomunità di PloneGov.org, Plone4Bio, basata sulla condivisione dell'omonima soluzione Plone, rilasciata pubblicamente da BioDec, e utilizzata in riuso da università di tutto il mondo.

● Proprio perchè proviene da un settore di nicchia, questa testimonianza suffraga i concetti di fondo: valore del riuso del software libero e degli standard aperti, flessibilità della tecnologia Plone.


Cosa è HaPlone?● Un'applicazione per la gestione di

dati di Antropologia Molecolare, costruita sul Content Management System Plone (http://plone.org), software libero di classe enterprise.

● E' stato sviluppato per il progetto “BiBi – Biodiversity and Bioinformatics” dell' Università degli Studi di Bologna, uno dei cui obiettivi era “la progettazione, l'implementazione, il test e la manutenzione di un database utile per studi teorici”.

http://plone.org/


Cosa fa HaPlone ...● Consente di memorizzare,

ispezionare, ricercare e recuperare dati, attraverso la familiare interfaccia di un Web Browser standard.

● Gestisce dati molecolari Y-UEP e Y-STR, assieme a dati personali.

● I sottoinsiemi di popolazione possono essere agevolmente selezionati (per località, aplogruppo, sesso, MRCA) usando semplici formulari di interrogazione, i cui report forniscono anche raggruppamenti di base, statistiche e grafici sugli insiemi selezionati.


Cosa fa HaPlone ...● Si può effettuare import massivo di

dati da file CSV.

● I dati selezionati possono essere esportati verso programmi esterni (tramite file CSV).

● Sfruttando le caratteristiche di Plone per il controllo degli accessi, l'applicazione può gestire un accesso selettivo a grana fine ai dati memorizzati, è quindi può essere utilizzata sia per la disseminazione dei dati al pubblico, sia per la gestione interna dei dati riservati.


● I dati sono memorizzati nella struttura “Soggetto”, che contiene dati sia personali, sia molecolari.

● I dati degli UEP e degli STR sono facilmente modificabili.

● Per ogni soggetto, l'applicazione calcola al volo l'aplogruppo, basato sui suoi UEP, e il più recente antenato comune (MRCA) per ogni linea sessuale, basandosi sulla popolazione memorizzata.


Error checking

Il sistema si occupa anche di verificare la coerenza dei dati e avverte al volo l'operatore di eventuali incoerenze:

● Controllo di errori su UEP conflittuali o incoerenti rispetto all'aplogruppo e ai nodi di ramo genealogico calcolati;

● Marcatura di STR fuori range.


Volete saperne di più?

● La prima installazione pubblica di HaPlone è all'indirizzo http://anthropos.biocomp.unibo.it

● ... ma a richiesta sono disponibile dei singoli interessati per una visita guidata.

http://anthropos.biocomp.unibo.it/

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